GW BGZ 2023 Practicum microbiologie

Wat zijn de zes I’s van de microbiologische technieken?

• Inocculatie

  • Bloed agar: hier groeit alles op

  • MacConkey agar: selectief, alleen wat jij wilt

  • MacConkey agar + neutrale rode kleurstof: alle soorten kunnen groeien en door kleurstof makkelijk te onderscheiden

• Incubatie

• Isolatie

  • Goed verdunnen en strijken → liggen kolonies ver uit elkaar

• Inspectie

• Informatie verzamelen

  • Microscoop → moeilijk om verschil te zien

  • PCR of sequencen

• Identificatie

Waarop berust het onderscheid dat gemaakt wordt door middel van een Gram-kleuring? Hoe ziet een Grampositieve dan wel een Gram-negatieve kleuring er uit onder de microscoop?

Gram-positief: dikke peptidoglycaanlaag → kristalviolet vasthouden → paars of donkerblauw

Gram-negatief: dunne peptidoglycaanlaag + extra buitenmembraan → verliezen violet → roze of rood

Wat wordt er bedoeld met staaf- of kok-vormige bacteriën? Tot welke van deze vormen behoren respectievelijk Escherichia coli, Staphylococcus aureus en Pseudomonas aeroginosa?

Staafvormig (bacillen) zijn langwerpig en hebben een staafvorm

Kokken (cocci) zijn bolvormige bacteriën

Escherichia coli en Pseudomonas aeroginosa → bacil

Staphylococcus aureus → cocci

Wat wordt er bedoeld met ‘differentiële’ en ‘selectieve’ voedingsbodems, en waar worden deze voor toegepast?

Differentieel: bevat indicatoren om bacteriën visueel onderscheidbaar te maken → bacteriën uit gemengde cultuur te identificeren

Selectief: remmen bepaalde micro-organismen → groei van selectieve groep → bacteriën uit gemengde culturen isoleren

Waar staan CNA en CLED voedingsbodems voor? Welke van deze platen zijn differentieel en welke selectief en waarop berust de selectiviteit/differentiatie van deze platen?

CNA staat voor Columbia Nalidixic Acid (meestal: Columbia-agar + 5% bloed + antibiotica). Selectief en differentieel

Waarop berust dat?

• Selectiviteit:

  • Door nalidixinezuur (en meestal ook colistine)

  • Deze remmen Gram-negatieve bacteriën

  • → groei vooral van Gram-positieve kokken (Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus)

• Differentiatie:

  • Door het toegevoegde bloed

  • Je kunt hemolyse onderscheiden

CLED staat voor Cystine Lactose Electrolyte Deficient. Differentieel.

Waarop berust dat?

• Differentiatie:

  • Bevat lactose + pH-indicator (meestal bromothymolblauw)

  • Onderscheid:

    • Lactosefermenters → geel

    • Niet-lactosefermenters → blauw/groen

Wat wordt bedoelt met transiente en residente microorganismen? Wat zijn de belangrijkste residente en transiënte huidbacterie-soorten?

Residente micro-organismen

• Permanent aanwezig op de huid

• Zitten dieper in de huid

• Moeilijk te verwijderen

• Meestal onschadelijk

Belangrijkste soorten:

• Staphylococcus epidermidis

• Cutibacterium acnes

• Corynebacterium spp.

Transiënte micro-organismen

• Tijdelijk aanwezig op de huid

• Oppervlakkig

• Makkelijk te verwijderen

• Vaak potentieel pathogeen

Belangrijkste soorten:

• Staphylococcus aureus

• Gram-negatieve staven (bv. E. coli, Pseudomonas)

Wat zijn de belangrijkste residente bacterie-soorten in neus en keel?

Neus (residente flora)

• Staphylococcus epidermidis

• Staphylococcus aureus (bij een deel van de bevolking)

Keel / orofarynx (residente flora)

• Viridans-streptokokken (α-hemolytisch)

• Neisseria spp. (niet-pathogene soorten)

• Corynebacterium spp.

Beschrijf het principe van Sanger sequencing .

Sanger sequencing is een methode om de volgorde van nucleotiden (DNA) te bepalen.

Hoe werkt het?

1. Het DNA wordt gekopieerd met behulp van DNA-polymerase, een primer en normale nucleotiden (dNTP’s).

2. Naast dNTP’s worden ook gemodificeerde nucleotiden toegevoegd: dideoxynucleotiden (ddNTP’s).

3. Wanneer een ddNTP wordt ingebouwd, stopt de DNA-verlenging, omdat het geen 3’-OH-groep heeft.

4. Dit levert een mengsel op van DNA-fragmenten met verschillende lengtes, elk eindigend op A, T, C of G.

5. De fragmenten worden gescheiden op lengte (capillaire elektroforese).

6. Aan de hand van het laatste nucleotide van elk fragment wordt de DNA-sequentie afgelezen.

Wat betekent query, query cover en max indent?

• Onder “Descriptions” staat een lijst van referentiesequenties uit deze database die goed overeenkomen met de door jou ingegeven sequentie (query).

• De “Query cover” geeft het percentage aan van de lengte van de ingegeven sequentie (query) dat is meegenomen in de alignment.

• De “Max indent” geeft het percentage overeenkomst aan tussen de query en de betreffende sequentie uit de referentiedatabase. Zo geeft een “Query cover” van 99% en een “Max ident” van 95% aan dat over een lengte van 99% van de ingegeven sequentie deze