Practicum 1:

welke factoren zijn van invloed op het verkrijgen van losliggende kolonies

1.       Reinstrijk techniek is cruciaal om de bacteriën te verdunnen en zo te verspreiden dat individuele cellen de ruimte krijgen om uit te groeien tot losliggende kolonies. 1e streep hoogste concentratie.

2.       Steriele werkwijze:  bacteriën uit de omgeving te vermijden. Om de vlam is er een opstijgende lucht stroming dat ervoor zorgt dat niets op je plaat kan landen

3.       Kweekmedium:  biedt de voedingsstoffen die de bacteriën nodig hebben om te groeien.

4.       Temperatuur: De platen worden bebroed in een stoof bij 37°C, de optimale temperatuur voor de groei van veel bacteriën, waaronder E. coli

5.       Tijd:  Worden overnacht bebroed >> genoeg tijd voor kolonievorming 

6.       Bacteriestam: Verschillende bacteriestammen hebben verschillende groeisnelheden en -karakteristieken.

Influent

rioolwater waaruit men in de zuiveringsinstallatie het grove materiaal heeft verwijderd en dat rijk is aan micro-organismen zoals darmbacteriën

McConkey-medium

• door de aanwezigheid van galzouten selectief voor darmbacteriën.

• bevat lactose —> wanneer darmbacteriën de lactose afbreken, treedt er gasvorming en zuurvorming op, waardoor er een kleuromslag plaatsvindt.

Bacteriofagen

Virussen die bacteriën infecteren

• binden eerst aan een receptor op het celoppervlak van de bacterie

• injecteren hun genetisch materiaal in de cel

• maken gebruik van de transcriptie-translatiemachinerie van de gastheer voor het maken van nieuwe faagpartikels

Zou je de plaat die je net met UV hebt behandeld onder rode licht kunnen bewaren ipv in het donker?

Ø  Nee, het enzym photolyase in bacteriën kan blauw licht gebruiken om de door UV veroorzaakte schade aan het DNA te herstellen.

Ø  Hoewel rood licht een andere golflengte heeft dan blauw licht, kan er nog steeds een kleine overlap in het spectrum zijn, waardoor photolyase geactiveerd kan worden.

Ø  Dit kan leiden tot gedeeltelijke reparatie van de DNA-schade, waardoor de resultaten van het experiment beïnvloed worden.

Welke golflengte UV gebruik je voor de behandeling en waarom niet bijvoorbeeld 360 nm (ook UV)?

de energie van UV-licht neemt af naarmate de golflengte toeneemt.

Dus 360 nm zou minder effectief zijn.

Hierdoor gebruiken wij UV-licht met een golflengte van 260 nm

Sterilisatie door filtratie (membraangrootte en hoeveel cellen/ml)

-          membraanfilter met poriewijdte van 0,45um

-          bacteriesuspensie: suspensie met ongeveer 1000 cellen/ml

Waarom zou 100 graden niet voldoende zijn om bacterien af te doden?

• Sommige bacteriën kunnen sporen vormen die extreem hittebestendig zijn en dus de temperatuur van 100 graden kunnen overleven

• De buitenste laag van deze sporen is erg dik en ondoordringbaar

• Ook bevatten sporen weinig water >> voegt toe aan hittebestendigheid

Carcinogeen

chemische stoffen die frequenties van de mutaties verhogen

Kan Indol de Tryptofaan Auxotrofe Stam Laten Groeien?

Ø  Nee, Indol is weliswaar een tussenproduct in de tryptofaan biosynthese pathway, maar het is niet het eindproduct.

De gemuteerde stam mist de enzymatische activiteit van TrpE om indol om te zetten naar de volgende tussenstap in de pathway.

Vector

een kunstmatig plasmide, samengesteld uit stukken DNA die gewenste eigenschappen aan een cel kunnen toevoegen of bepaalde kenmerken van een cel kunnen veranderen.

Exp 9: Het maken van fluorescente E. coli bacteriën door transformatie: waarom incubeer je op ijs

DNA-binding aan cellen

wat doet hitteshock

Men neemt aan dat er tijdelijk kleine gaatjes en scheurtjes in de celenvelop ontstaan, waardoor het DNA de cel in kan gaan.

Waarom gebruik je UV licht om de kolonies te bekijken?

UV-licht wordt gebruikt om de kolonies te bekijken omdat de fluorescerende eiwitten licht van een specifieke golflengte absorberen (in dit geval UV-licht) en vervolgens licht van een langere golflengte uitzenden, wat zichtbaar is als een specifieke kleur

wat betekend de term veilig? (2)

1.       Risico’s van ongewenste besmetting voor de gezondheid en welzijn van mens, plant en dier

2.       Risico ongewenste besmetting voor de experimenten

Aerosolen:

kleine vloeistofdruppeltjes die door de lucht gedragen worden en die een of meerdere microbiële cellen meevoeren

regels lab: (4)

-          Wegwerphandschoenen (bepaalde handelingen)

-          Handen wassen (zeker na werk)

-          Gesloten labjas en laat deze achter in de werkruime

-          Niet eten, drinken, roken

Infectie

“algemene of plaatselijke ziekteverschijnselen door een micro-organisme dat zich in het weefsel of in de cellen van de gastheer kan vermenigvuldigen tegen de weerstand in”

Biologische inperking

hoe groot of hoe klein de kans is dat het rDNA-organisme zich kan handhaven wanneer het vrijkomt uit een kweek (+kans dat DNA verspreid)

Fysische inperking

hoe groot of hoe klein de kans dat rDNA-organismen uit de kweekapparatuur of kweekruimte ontsnappen

Chemische factoren vs fysische factoren

1. c: maken puntmutaties

2. f: hebben grotere deleties tot gevolg

Ames test

er is al een mutatie in de bacterie (geen synthese essentieel aminozuur). Mutatie wordt weer teruggemuteerd door een stof en kan dus groeien à gedetecteerd

• Kijken of een bepaalde stof mutageen is

• Standaard worden in een Ames-test ongeveer 1 x 108 cellen per petrischaal uitgeplaat.