vragen analytische biochemie

hoe kwantificeer je je oplossing?

• interne standaard

• standaaradditie

• ijk-curve

Wat is de biureet assay ?

achtergrondinfo: biureet en CUCO4 reageren in een basische en waterige oplossing en vormen een blauwkleurig complex rond Cu2+. stabilisator (tartraat) wordt toegevoegd om neerslag te voorkomen.

In eiwitten: Cu2+ wordt gereduceerd tot Cu+ door oxidatie van de peptidebinding en dit leidt tot een paarse kleur.

BCA assay ?

biureet reactie met een extra stap om hogere gevoeligheid te bekomen.

CU+ reageert let bichinonzuur en vormt een sterk gekleurd complex.

waarom is het lyseren van een cel in principe problematisch? Waarom doen we dit dan toch?

.

verschil preparatieve en analytische methode

.

leg de verschillende stappen van een opzuivering uit. Hoe gaat elke stap hiervan in zijn werk?

.

wanneer is een staal zuiver? wees genuanceerd in je antwoord ?

welke methoden in deze cusus kunnen we gebruiken om de zuiverheid van een staal na te gaan? zijn deze methoden voor elk type moleculen bruikbaar?

waarom bereikt de buffercapaciteit zon hoge waarde voor hoge en lage pH in figuur 2.1?

je probeert een stof te kwantificeren en meet hiervoor een signaal S. Geef 3 verschillende manieren waarmee je dit signaal kan omzetten naar een absolute concentratie. Probeer kwantitatief te zijn in je antwoord.

je ontwikkelt een nieuwe methode om de aanwezigheid van een molecule X te bepalen. Leg uit welke controles je minimaal dient uit te voeren?

de verantwoordelijke voor een analytisch labo heeft de keuze tussen 2 methoden om een bepaald analiet te bepalen. Leg uit welke aspecten deze persoon in overweging kan nemen.

waarom is er steeds een fout of onzekerheid geassocieerd met een bepaalde meting? welke bijdragen zijn er aan de meetfout? leg uit hoe je de spreiding en systematische afwijking geassocieerd met de meetfout kan bepalen

hoe kan een analytisch labo meetfouten minimaliseren en in rekening brengen

wat is het verschil tussen concentratie, activiteit in de zin van vergelijking (2.16), en activiteit in de zin van sectie 2.5 ?

leg de van deemstervergelijking uit

in hoeverre is de Van Deemtervergelijking toepasbaar op affiniteitschromatografie?

w

wat zijn de verschillen en gelijkenissen tussen HPLC, GC en CE

iemand wenst een eiwitmengsel te scheiden met chromatografie. Welke methodes komen in aanmerking? waarom? wat zijn de beperkingen?

slide 15 toont een grafisch overzicht van de scheiding vaneiwitten op basis van pI voor verschillende ionenwisselaars en eiwitten. Leg deze figuur uit?

Waarom wordt affiniteitschromatografie zo dikwijls gebruikt in de biochemie?

Waarop moeten wel letten bij de staalinjectie?

Welke parameters kan je overwegen om een bepaalde detector te kiezen voor een chromatografie-experiment

leg uit: de resolutie van een chromatografische scheiding is specifiek voor 1 bepaald toestel, kolom, methode, en de scheiding zelf

wat kan men doen als een bepaalde scheiding niet voldoende goed verloopt?

Waarom wordt elektroforese bij voorkeur uitgevoerd op een vaste drager? zijn hier nadelen aan verbonden?

Waarvan hangt de elektroforetische mobiliteit af

kan je elektroforese enkel gebruiken om geladen deeltjes e scheiden ? Waarom (niet)?

leg capillaire elektroforese uit ?

bespreek de verschillen en gelijkenissen tussen cappilaire electroforese en HPLC. Wat zie jij als de mogelijke voor- en nadelen van elk.

2- of meerdimensionele scheidingen zijn in principe interessant wanneer de methodes scheiden op andere moleculaire eigenschappen en ze bovendien met niet al te veel moeite aan elkaar gekoppeld kunnen worden. Welke methodes zijn volgens jou interessant om met elkaar te combineren?

Treedt bandverbreding ook op bij elektroforese? Welke factoren zouden deze beïnvloeden? Kan de Van Deemtervergelijking toegepast worden of niet?

Als je goed kijkt naar een DNA elektroforese-experiment, zie je dat er kleine gasbelletjes ontstaan aan de elektrodes van zodra de elektroforese gestart wordt . Wat zijn deze gasbelletjes? Hoe ontstaan ze ?

Wat maakt een ionselectieve elektrode ionselectief ?

Beschouw een tweewaardg metaalion M2+ dat in staat is tot de halfreactie M2+ (aq) + 2e- ←→ M(s). Leg uit hoe je de hoeveelheid van dit metaalion in oplossing kan bepalen met potentiometrie, coulometrie, amerometrie en voltammetrie?

Wat is het verschil tussen amperometrie en coulometrie?

Wat gebeurt er gewoonlijk aan de tegenelektrode bij coulometrie of amperometrie ?

je wil een ionselectieve elektrode maken voor een stof X. Leg uit hoe je dit kan doen. Wat dien je voorhanden te hebben? Wat als X een netto lading draagt ? Wat als X geen netto lading draagt?

Waarom kan amperometrie ons iets vertellen over de concentratie van een analiet? Waarom kan dit bij voltametrie?

Wat kan voltametrie dat moeilijk is bij amperometrie?

Waarom zijn er twee werkelektrodes in het schema de ‘personal glucose monitor’ in figuur 5.19’? EEn ervan is gecoat met glucose oxidse en mediator, de andere is gecoat met mediator maar niet met glucose oxidase. Waarom

Waarom wordt massaspectrometrie uitgevoerd in vacuum?

Geef een voorbeeld van hoe fragmentatie een belangrijke bron van informatie is in massaspectrometrie?

Vergelijk de verschillende mass analysatoren met betrekking tot gevoeligheid.

MS kan ook kwantitatief zijn, om bijvoorbeeld concentraties te bepalen. LEg uit hoe je dit zou aanpakken?

Waarom ontstaan er beperkingen op de grootte van de moleculen voor sommige toepassingen? bijvoorbeeld het feit dat de bepaling van de brutoformule via isotopische abundanties enkel kan voor voldoende kleine moleculen

in de gemeten MS data is de m in m/z dikwijls groter dan de eigenlijke massa van het gemeten eiwit, waarom?

In PMF en tandem-MS meten we de fragmenten van eiwitten. Hoe kunen we de sequentie van het intacte eiwit bepalen? Met andere woorden: hoe weten we in welke volgorde de fragmenten in de primaire structuur van het eiwit aanwezig zijn?

Met welke andere methodes uit e cursus denk je dat we massaspectrometrie kunnen combineren om een meerdimensionele scheiding te bekomen?

Wat zijn de voor en nadelen van optische metingen

beschrijf hoe de spectroscopie aan de grondslag ligt van de kwantummechanica

veronderstel dat je absorbantiemetingen wil doen, maar dan het gemeten signaal (de absorbantie) zeer zwak is. Wat kan je hieraan doen?

Waarom absorberen verhoudingsgewijs veel moleculen UV licht? Waarom absorberen verhoudingsgewijs weinig moleculen rood licht? Waarom zijn nog minder moleculen fluorescent?

Wat is het verschil tussen een excitatie- en een emissiespectrm?

Waarom is het gebruikt van fluorescentie erg courant voor metingen in levende cellen of organismen?

We hebben het gehad over vibrationele, rotationele, en elketronische enrgieniveau’s, elk met hun eigen optisch gebied waarin ze uitgelezn worden. Waarom ebben we het net over translationele energieën ?