unité 1 biochimie cellulaire

organites

assemblages de grosses molécules: macromécules

macromolécules

grosses molécules complexe qui augment la spécificité et la capacité d’intéragir; plus de fonction possible

polymère

composé de macromolécules

monomère

unité de base qui compose les polymère

composition atomique du corp

hydrogène, oxygène, carbone et azone= 99%

\
liquide intercellulaire (dans la cellule) et liquide extracellulaire (cellule se baignent dedans) sous forme ionisé car dans un milieux aqueux

molécule

élément diatomique ou composé formé par liaison covalent

ions

atomes ou molécules possèdant une charge positive (cation) ou anion (négative) suite à une perte/gain.

\
done la fonction

molécules inorganique

très petit, responsable de fonctions simple

\
ex. H2, O, O2, CO2

molécules organiques

faites de carbone et d’hydrogène

* car carbon est tétrahydrique et possibilité de formé 4 liaision stable
* forme donne la diversité de formation de molécules complexe

\

type de représentation

forme moléculaire

* nombre réel et type d’atomes

dorme moléculaire développé

* ordre des atomes

diagramme structurel complet

* facon dont atomes sont liée

diagramme structural linéaire

* extrémité de traits et point de rencontre

structure tridimensionnel

* forme 3d

isomére

même formule moléculaire mais structures différentes

* structuraux et stéréo-isomère

isomère structuraux

mpemes atommes mais liée différement. structure est différent visiblement et facilement en 2d

stéréo⁻isomère

atomes liée de même façon mais structure 3d différement.

**géométrique**

* structure différent

**optique**

* images mirror non-superposables.

chiralité

c'est la propriété d'une molécule de ne pas être superposable à son image dans un miroir, comme la main droite n'est pas superposable à la gauche.

achiral

superposable à son image dans un mirror. possède un plan/axe de symmétrie

chiral

non supperposable à son image dans un mirror. doit posséded une molécule avec 4 liaison différentes

énantionères

2 objets chiraux.

pas le même fonction biologique (forme 3d donne particularité)

affecte au niveau des récepteurs. (s’ils recconaissement pas, alors aucun signaux transmit)

isomère trans

stéréo-isomère géométrique. 2 groupes important du côté ***opposé*** de l’axe de liaison double.

isomère cis

stéréo-isomère géométrique. 2 groupes important du ***même*** côté de l’axe de liaison double.

polarité des molécules

donne la fonction de la molécule (s’ils intéraggisent avec les cellules polaires ou non.)

polaires = 0.4-1.8

non-polaires= plus petit que 0.4

polarité de liaison c-c

non-polaire

polarité de liaison c-h

non-polaire

polarité de liaison c-s

non-polaire

polarité de liaison c-o

polaire

polarité de liaison c-n

légèrement polaire

polarité de liaison c-p

polaire

polarité de liaison o-h

polaire

polarité de liaison p-o

polaire

polarité de liaison n-h

polaire

molécule amphopatique

région polaire (tête) et longue queue non-polaire

Forces de dispersion de London (FDL)

molécules non-polaire

dipôle instantanée (analogie bouteille d’eau)

généralement molécule de grande masse

force dipôle dipôle

molécule polaire

attraction +répulsion entre 𝛿− et 𝛿+

force ions-dipole

entre ion (cation ou anion) et molécule polaire

liaison hydrogène

très stable. (tiens brisn ADN ensemble)

3 chose requise

* 2 molécule polaire
* une molécule H𝛿+
* autre molécule avec soit N𝛿−,F𝛿−,O𝛿−

liaison hydrophobe

molécules N-P se regroupe pour avoir le moins grand surface de contact avec les molécules polaires

molécule hydrophile

atiré par l’eau. ont des liaison covalents polaire et/ou ioniques. vont se dissoudre dans l’eau

molécule hydrophobe

pas soluble. formera 2 couches distinct. n’aime pas l’eau

concept d’ordre et désordre

l’univers tend vers le désordre.

ex.

ordre= molécules polaire qui entoure les molécules non-polaire

désordre= non-polaires vont s’aggréger pour avoir le moins de contact possible

molécule amphipatique

forme des sphères. régions polaire à l’extérieur. région non-polaires à l’intérieur

biomolécules

contient du carbon. capable de former j’usqu’a 4 liaison stable, et structure tridimentionnelle complexe.

groupement fonctionenelle

propriétéchimique caractérique. hydrophiles. role spécifique dans le métabolisme cellulaire.

* hydroxyle, carbonyle, carboxyle, amine, sulfhydryle, phosphate

hydroxyle

polaire. alcools.

carbonyle

polaire. dans aldéhydes et cétone

carboxyle

polaire dans acide carboxilique (cède un protons lorsque dossout)

amine

polaire sauf si aucun hydrogène. alacalin, gagne un protons

sulfhydryle

légèrement polaire dans thiols

phosphate

polaires dans phosphate organiques, chargé négativement lorsque dissout dans l’eau.

glucides

formé par photosynthèse

précurseur métabolique

majoritairement hydrosoluble (pas amidon car trop grand)

3 groupes

* monosaccharides
* oligosaccharides
* polysaccharides

catabolisme

avec glucides, fournit énergie qui permet la vie animale. détruit les molécules pour les réutiliser

glycolipide

glucose + lipide (surface de cellules)

glycoprotéine

glucose+protéine (fonction de recognition)

monosaccharide

une molécule/unité

oligosaccharide

2-10 monomère. liaison glycosidique

polysaccharide

plusieurs molécules de sucre simple en formes linéaires ou branché

\
\

cellulose

type de polysaccharide. fonction structurel pour cellule végétale. humain peut pas digérer car sait pas comment brisé les liaison cellulose

alpha

groupement hydroxyle attaché aux carbon 1 du glucose vers le bas

béta

groupement hydroxyle attaché ayx carbon 1 du glucose vers le haut

lipides

molécule idéal pour mise en réserve d’énergie.

hydrophobe ou amphipatique

* si amphipatique barrière efficase (bicouche lipidiques)

4 groupes: acides gras, triglycérides, phospholipides, stéroïdes

acide gras

longue chaine carbonée (queue) terminé par groupe carboxyle (tête)

souvent ionisé

\
saturée ou insaturé

acide gras saturée

toutes les liaison sont covalent simple

acide gras insaturée

un ou plusieurs liaison double

\
monoinsaturée: seulement une liaison double

polyinsaturée: plusieurs liaison double

hydrogénation

processus qui prend un gras trans et brise la liaison double

* peut former gras saturé
* ou un gras insaturée non-biologique
* reformation de la liaison double avec rotation

triglycérides

principaux dérivée neutre du glycérol (lipides)

* réserve d’énergie chez animaux
* isolants, (fat layer) dans tissu adipeux
* hydrophobe (tendance à se regrouper)
* résultat d’estrification d’une molécule glycérol et trois acides gras
* réaction de condensation

triglycérides insaturée ou saturée

affecte la forme tridimentionelle

\
acides gras insaturée = liquides

acides gras saturée= solides

\
hydrogénation

* ajouter des hydrogènes aux acides gras insaturée pour avoir des acides gras saturée

phospholipides

ou **glycérophospholipides**

* constituants important de la membrane cellulaire
* similaire structure que tricglycérine mais 3e groupe hydrogène liée à un **phosphate**
* amphipatique
* hydrophile= groupement phospate azote
* forme bicouche lipidique en milieux aqueuxsté

stéréoïdes

motif structural

**Cholestérol**

* commun chez animaux et précurseur de tout autre constituants lipidique de la membrane plasmique des cellules animales
* contient des complexe lipoprotéiques et des plaques peuvent se former dans les vaisseu sanguins

hormone stéroïdes

androgène, oestrogène, progestratif, glucocorticoïde, minéralocorticoïde

protéines

polymière linaire d’acide aminée liée par liaison peptidique covalente entre les groupes carboxyle d’un acide aminée et le groupe amine de l’acide aminée suivant

liaison peptidique

liaison entre 2 acides aminée

polymère linéaire

longe chaine de monomère d’acide aminée

structure primaire

séquence linéaire d’une protéine

structure secondaire

liaison hydrogène entre groupe carboxyle et groupe amine des structures communes forme

* feuillet ou hélice
* chaine R détermine si favorable à former feuillet ou hélice

structure tertiaire

chaine polypeptide des structures secondaire subissent processus de pliage et orientation grace aux intéractions

* (hydrophobe, hydrophile, ioniques, liaison hydrogènes, ponts disulfures)

structure quaternaire

plusieur tertiaire mise ensemble

sous unité protéiques sont mises ensemble par regroupement de liaison pour former un complexe protéique.

homodimère

même sous unités protéique

hétérodimère

différent sous unité protéique

dénaturation

processus dans des conditions spécifique qui brisent les forces intermoléculaire qui permettent structure secondaire et tertiaire (molécule se déplie)

condition: extrèmes de temp. changement pH, milieux concentré électrolyte.

motif

organisiont des séquence d’acide aminée qui ont des propriété physique spécifique et permettent a la protéine de reconaitre le substrat et accomplir la fonction

substrat

molécule recconu par la protéine/enzyme

site actif

recconait la protéine et fait en srt que la réaction spécifique se produit

acide nucléique

base azoée hétérocyclique

polymère linéaire de nycléotide

ADN

* acide désoxyribonucléique
* conservateur de tout mat. génétique
* peut pas sortir du noyea
* ponts de 3’ -5’ phosphodiester relie nucléotides
* 2 brins de plynucléides forment une double hélice (2 brins ADN complémentaire
* liaison hydrogène intercatènaire (entre 2 chaines dif.)
* tient ADN ensemble

ARN

polymère ribonucléique

* peut sortir du noyeau donc copie des gènes de l’ADN qui permettent de faire une protéine
* liée par ponts phosphodiester
* un seul brin qui peut se replier en structure complexe
* 3 types
* messager: photocopie du gène et transport vers sute de synthèse de protéine
* transfer: agit comme protéine. peut ajouter des A.A lors de création de protéine
* robosomique: dans réticulum endoplasmique. composante des ribosomes
* aucune thyamine, au lieu, **uracine**

nucléoside

base azoté lié à un pentose

nucléotides

nucléoside phosphorylés

* base azotée lié à un pentose qui est lié at un phosphate

Base ADN

complémentaire et peuvent se lier.

A-T

G-C

* plus résitant à chaleur car plus de possibilité de liaison hydrogène.

eucaryote

mat génétique dans un noyeau

procaryote

aucun noyeau, mat. génétique flotte dans le cytoplasme.

membrane

* limites des cellules et organites intercellulaire
* site de réac. biologiques
* lorsque laisse passé une substance
* contient protéine
* régule transport de molé.
* ont des mol. de reconnaissance avec glucides et protéines.

monocouche

acide gras ajouté à eau forme une substance polaire

micelle

bulle de monocouche

bicouche lipidiques

2 monocouches, tête P à l’ext, N-P à l’int

* formé dans sol. aqueuse spontanément + rapidement.
* stable

liposomes

comme mini cellulle sans organites; bulle dont tu peut mettre n’importe quoi.

* vésicule monolamellaire de phospholipides
* amphipatique
* facilement véhiculer enzymes et meds
* peuvent se fusioner avec autre cellule et libère donc ses contenus dans le cytoplasme.

modèle de mosaïque fluide

structure non-statique

* pas physiquement attaché, seulement attiré, peut se déplacer sans se briser

membrane est une structure dynamique

* phospholipides de la bicouche forme une matrice bidimentionelle
* lipides+protéines on liberté de mouvement latérale et rotation

types de protéines dans la membrane

protéines périphérique: seulement surface

protéines intégrale: dans la membrane (région hydrophobe) ou peut aussi être transmembrannaire

protéine transmembranaires: travers des 2 côté de la membrane.

membrane divers et dynamique

* composition des membranes d’organites sont différents
* assymétrie de composition des 2 côtées de la membrande car dif. fonctions (crée gradient électrochimique)
* macromolécules qui forme la membrane peuvent se déplacer librement.

role de protéines dans la membrane

peuvent être intrinsèque (int.) ou extrinsèque (ext.)

rôles

* **stabiliser** la membrane et tenir en place la cytosquellette
* **transporter** les molécules
* **catalyser** les réactions chimiques
* **reconnaissance** de cellule
* **récepteur et transduction** de signaux

protéine intégrale

* doit avoir région hydrophobe
* pour intéragir avec intérieur de la membrane
* s’il est transmenbranaire
* doit avoir région hydrophile
* s’ils sont protéine de transport
* doit avoir région interne pour permettre passage
* peuvent avoir charge + pour intéragir avec phosphate

facteurs qui influence fluidité de la membrane

* température
* présence de liaison double
* insat = tordu, pas se rapprocher
* sat = linéaire + compacte; augmente FDL, plus solide
* longeur de la queue d’acide gras
* longue chaine s’attire moins que courte chaine
* présence de cholestérol

effets de temp. sur membrane

si temp. augmente, énergie cinétique entre phospholipides augemente aussi

* ceci diminue les force d’attractins faible (FDL) et les molécules se séparent ce qui rend la membrane fluide