10 paskaita- transkripsijos valdymas

Koks dvejopas reguliatoriaus geno reguliavimo pobūdis?

• Teigiamas – prisijungus baltymui reguliatoriui, tranksripcija vyksta;

• Neigiamas – prisijungus baltymui reguliatoriui, transkripcija stabdoma.

Kas yra operonas?

Genų sankaupos

koks bakterijų operonas ir jo transkripcijos valdymas yra tipiškas prokariotų transkripcijos valdymo pavyzdys.

lac(laktozės operonas)

Bakterijų lac operonas sudaro trijų struktūrinių genų sankaupa:

• lacZ – koduoja fermentą beta galaktozidazę;

• lacY – koduoja laktozės permiazę;

• lacA – koduoja tiogalaktozido transacetilazę

koks lac operono transkripcijos valdymo pobūdis?

neigiamas

Laktozės operono transkripciją valdo baltymas reguliatorius, kurį koduoja koks genas?

lacI genas

Kas yra Alolaktozė?

tai yra lac operono induktorius

Represorius turi dvi savitas sritis:

• Viena jungiasi prie operatoriaus DNR;

• Kita prijungia laktozės molekulę. kaip vadinamas toks baltymo aktyvumo valdymas?

alosteriniu valdymu

kas yra Nemokami induktoriai?

tai induktoriai, kurie patekę į ląsteles lieka nesuskaidyti;

Koks induktorius Laban veiksmingai indukuoja lac operoną?

izopropiltiogalaktozidas (IPTG).

kaip vadinamas reiškinys, kai genų transkripcija valdoma ne jų koduojamais baltymais?

kataboliniu slopinimu.

Koks yra transkripcijos aktyviklis?

CRP baltymas, jungiantis ciklinį adenozino monofosfatą –cAMP

cAMP koncentracija priklauso nuo gliukozės koncentracijos:

• Kuo gliukozės koncentracija didesnė, tuo cAMP – mažesnė.

Kokio operono korepresorius yra triptofanas?

trp

kokiu būdu Triptofano transkripcija gali būti valdoma?

ateniuacijos būdu – RNR segtukas, kuris gali susidaryt transkripcijos pradžios vietoje. Dar vadinamas vidiniu terminatoriumi.

Kokioje srityje randami signalai ateniuacijai?

trpL srityje

Kai geno transkripciją valdo jo paties produktas, kaip tai vadinama?

transkripcijos autoreguliavimu.

koks yra dar vienas operonas, kurio valdymas dar kitoks?

ara operonas(nežinau jis tiesiog pažymėtas, nelabai yra kažkokių paaiškinimų, jei įdomu 32 skaidrė)

Kas yra griežtasis atsakas?

kai trūksta medžiagų ir yra slopinami gyvybiškai svarbūs procesai.

Kokie grežtojo atsako metu sintetinami netipiški nt?

alarmonai, kurie prisijungdami prie baltymų keičia jų aktyvumą.

Kas yra plazmidė?

žiedinė DNR molekulė, kuri stabiliai palaikoma mikroorganizmų ląstelėse ir sugeba juose autonomiškai replikuotis.

Aktyviklių domenų, sąveikaujančių su DNR struktūra motyvai skirstomi į:

• cinko pirštelius;

• steroidinius receptorius;

• spiralės-posūkio-spiralės motyvus;

• spiralės-kilpos-spiralės motyvus;

• leucino užtrauktuko motyvus.

Cinko pirštelio motyvas:

Turi dvi cisteino ir dvi histidino a. r. liekanas, kurios koordinuoja Zn joną;

Kokios dažniausios grupės yra steoidinių receptorių?

gliukokortikoidai ir mineralokortikoidai.

Kodėl steroidų receptorių struktūra panaši į cinko pirštelio motyvą?

• Turi tik dvi cisteino a. r., kurios riša Zn joną;

Kokios yra spiralės?(Spiralės-kilpos-spiralės (HLH) motyvas)

yra amfipatinės: vienoje pusėje hidrofobinės, kitoje – hidrofilinės a. r. l

Kas kiek a.r. spiralėje yra leucino a.r.?

• Spiralėje kas 7 a. r. yra leucino a. r.;

Ką primena leucino užtrauktuko stuktūra?

Y raidę

Kas yra RNR interferencija?

RNR interferencija (RNRi)– genų raiškos nutildymo mechanizmas per taikininių iRNR transkriptų, komplimentarių trumpom interferentininėm RNR (siRNR), degradaciją.

Žinomos mažosios RNR:

• lin-4 mikroRNR, 22 nt RNR, jungiasi prie komplementarių lin-14 geno sričių ir slopinama jo transliacija;(lin-4 žaliai pažymėta)

• Antroji atrasta mažoji RNR – let-7.(let-7 žaliai pažynėta)

Skiriamos trys pagrindinės mažųjų RNR klasės:

mikroRNR, siRNR ir piRNR.

iš ko sudarytos siRNR ir miRNR

iš dvigrandžių transkriptų

iš ko sudaryta piRNR

viengrandžių transkriptų

kas atpažysta ir skelia stiebo–kilpos struktūrą?

Drosha nukleazė

Su kokiu kofaktoriumi veikia Drosha veikia kartu, žmogaus organizme?

DGCR8

Pre-miRNR 3’ gale lieka išsikišę kiek nt?

2 nt

Koks baltymas atpažįsta 2 nt?

eksportinas 5

kas citozolyje skelia pre-miRNR?

Dicer endonukleazė

prie kokio baltymo subrendusi mikroRNR ir kas po to susidaro?

prisijungia prie Ago baltymo ir susidaro RISC kompleksas

Ago baltymai skirstomi į tris poklasius:

Ago, PIWI ir kirmėlėms savitus Ago balt –WAGO.

Ago baltymai turi tris domenus:

• PAZ domenas atsakingas už sąveiką su vedančiosios mikroRNR grandinės 3’ galu;

• MID – 5’ galu;

• PIWI pasižymi RNAzės H aktyvumu ir skelia taikinį;

Koks baltymas pasižymi RNazėsH aktyvumu?

Ago2

Grandinių atranka atliekama pagal duplekso galų stabilumą:

• Kur 5’ galas mažiau stabilus, pasirenkama, kaip vedančioji grandinė;

• Pirmoje grandinės pozicijoje U, pasirenkama, kaip vedančioji grandinė.

Ar SiRNR yra koduojamos genome? Jeigu ne, iš kur jos susidaro?

Nėra koduojamos genome, susidaro iš egzogeninės dgRNR arba endogeninės dgRNR;

Kokia piRNR pagrindinė funkcija?

transpozoninių elementų, kurie įsiterpia įvairiose genomo vietose, slopinimas lytinėse ląstelėse;

Sąveika su PIWI argonautais per kokią modifikaciją?(kalbama apie piRNR)

per 2‘-O-metil 3’ galo modifikaciją

AR Drosha ir Dicer nukleazės piRNR brendime dalyvauja?

Ne

kokio antigeno Išmatuojama ir prostatos specifinio antigeno (PSA) RNR molekulių koncentracija ir apskaičiuojamas jų santykis šlapimo mėginyje.

prostatos vėžio antigeno 3(nežinau kaip šitą paklausti, jei ką pasiskaitykit 63 skaidrė)

Kas yra imprintingas?

genai veikia tik vienoje iš homologinių chromosomų, ir priklauso nuo to, iš kurio iš tėvų ji yra gauta;

Xist valdo kitos inRNR:

• Aktyvioje chromosomoje šia inRNR aktyvina Jpx inRNR;

• Neaktyvioje chromosoje Xist reguliuojama jos antiprasminio transkripto Tsix