Oefentoets Labtools

Wat zijn de basiscomponenten van een chromatografisch systeem?

Stationaire fase, mobiele fase en kolom

Wat is de stationaire fase?

Het medium waarop het mengsel wordt aangebracht en waar de scheiding plaatsvindt. Dit kan een vaste of vloeibare stof zijn.

Wat is de mobiele fase?

Het medium waardoor het mengsel zich door de kolom beweegt. Dit kan een gas of een vloeibare stof zijn.

Wat is de kolom?

Dit is het deel waar de scheiding van de componenten plaatsvindt. Dit is gevuld met de stationaire fase en de mobiele fase beweegt er doorheen.

Wat is het basisprincipe van chromatografie?

Chromatografie is een scheidingstechniek die wordt gebruikt om mengsels van verschillende componenten te scheiden. Het basisprincipe van chromatografie is gebaseerd op de selectieve affiniteit van de componenten van het mengsel voor een stationaire fase en een mobiele fase.

Welke stoffen komen vertraagd van de kolom? Stoffen met een hoge of lage affiniteit met de kolom?

Stoffen met een hoge affiniteit voor de kolom

Waar wordt HPLC voor gebruikt?

Voor kleine biologische moleculen. Er is een hoge druk. De componenten van het systeem moeten bestand zijn tegen druk

Waar wordt FPLC voor gebruikt?

Grotere moleculen, zoals eiwitten. Er is een lagere druk. De componenten moeten geen eiwit denaturatie veroorzaken.

Wat is de selectiviteit bij een chromatogram?

Hoe ver de pieken uit elkaar liggen.

Hoe hoger de selectiviteit bij een chromatogram, hoe …

betrouwbaarder de proef

Wat is de resolutie bij een chromatogram?

Het verschil tussen de pieken in verhouding tot de breedte ervan. Dit is het verschil in retentietijden tussen twee verschillende stoffen gedeeld door de piekbreedtes aan de basis.

Wat is de dode tijd/volume?

De tijd/volume die nodig is voor de mobiele fase om de kolom te verlaten

Wat is de retentie tijd?

De tijd tussen het injecteren van het monster en het midden van de piek van het eluaat

Waar wordt de piekbreedte door veroorzaakt in het chromatogram?

Diffusie

Waar wordt de piekhoogte door veroorzaakt in een chromatogram?

De hoeveelheid stof die van de kolom af komt

Wat is het schotelgetal bij een chromatogram?

De efficiëntie van de kolom

Wat zegt een hoog schotelgetal over het scheidend vermogen van de kolom?

Een hoog schotelgetal = goed scheidend vermogen

Hoe kan het efficiëntie van een kolom worden verbeterd?

* Kolom verlengen
* Constante doorloopsnelheid
* Kwaliteit van het kolommateriaal

Hoe kan de resolutie tussen twee stoffen worden verbeterd bij chromatografie?

* Veranderen van de selectiviteit van de kolom
* Veranderen van de mobiliteit van de componenten
* Veranderen van de kolomparameters (lengte, breedte enz.)
* Gebruik van detectiemethoden

Wat zijn detectiemethoden bij vloeistof chromatografie? (Het zijn er 6)

* UV
* Fluorescentie
* Elektrochemisch
* Brekingsindex
* Aankleuren
* Radioactiviteit

Wat is de principe van gelfiltratie?

Gelfiltratie wordt gebruikt om eiwitten van verschillende grootte van elkaar te scheiden. Kleine eiwitten leggen een langere weg door het poreuze matrix dan de grote eiwitten. Dit zorgt ervoor dat kleine eiwitten later van de kolom elueren dan grote eiwitten.

Gelfiltratie is een scheiding op basis van …

Moleculair gewicht

Komen grote of kleine moleculen eerder van de kolom?

Grote moleculen

Wat is de principe van affiniteitschromatografie?

Eiwitten worden bij affiniteitschromatografie gescheiden door een ligand gekoppeld aan een vaste matrix te gebruiken waarbij een specifieke interactie plaatsvindt van het te scheiden eiwit. De overige eiwitten in het eiwitmengsel zullen niet binden en worden weggewassen met de buffer. Om de eiwit weer van de kolom af te krijgen, is er elutie nodig.

Wat wordt er bedoeld met affiniteit?

Bindingssterkte/bindingskracht

Wat is een eluens?

De stof waarmee je elueert

Wat is een eluent?

De stof die je elueert

Wat is een eluaat?

De vloeistof die van de kolom komt. Hier kan je stof van interesse in zitten, maar dit zal niet in alle fracties het geval zijn.

Wat zijn verschillende elutiemethodes?

* Verandering in condities, zoals pH en zoutconcentraties
* Eiwit denaturatie
* Competitie met het eiwit voor binding op de kolom
* Competitie voor binding aan het eiwit

Wat is het kolommateriaal van de His-tag?

Nikkel of kobalt

Welke elutie wordt bij de his-tag gebruikt?

Immidazol

Wat is het kolommateriaal van de Glutathion-S-transferase?

Glutathion

Welke elutie wordt gebruikt bij Glutathion-S-transferase?

Vrij gluthation

Wat is het kolommateriaal van streptavidine?

Biotine

Welke elutie wordt gebruikt bij streptavidine?

Biotine

Wat gebeurt er bij diffusie bij de kolom?

De stoffen vagen uit en blijven niet in een scherpe streep

Wat zijn de problemen bij diffusie?

* De stoffen die je wilt scheiden verspreiden zich tijdens chromatografie door de mobiele fase naar boven en naar onderen
* De banden zijn bij de elutie breder

Hoe kun je ervoor zorgen dat de diffusie minder wordt?

Hogere loopsnelheid zorgt voor minder diffusie en een betere scheiding → Gebruik maken van hoge-druk pompen

Wat is preparatieve scheiding?

De stoffen die worden gescheiden moeten nog worden hergebruikt, dus er moet voorzichtig worden gedaan met de stoffen

Wat is analytische scheiding?

Na de scheiding, hoeven de moleculen niet meer bruikbaar te zijn.

Wat wordt bedoeld met de primaire structuur van een eiwit?

De aminozuur sequentie

Wat wordt bedoeld met de secundaire structuur van een eiwit?

Lokale vouwingen zoals de a-helix en de b-sheet

Wat wordt bedoeld met de tertaire structuur van een eiwit?

De vouwing vaan een eiwit als geheel

Wat wordt bedoeld met de quaternaire structuur van een eiwit?

De associatie van meerdere eiwitten met elkaar

Wat is de polariteit van een stof?

Elektronen in een of meer covalente bindingen in een molecuul zijn ongelijk verdeeld over de covalente binding

Wat wordt bedoeld met het dipoolmoment van een stof?

Ongelijk verdeelde lading

Is een polaire stof hydrofiel of hydrofoob?

Hydrofiel

Is een apolaire stof hydrofiel of hydrofoob?

Hydrofoob

Waar maakt adsorptiechromatografie gebruik van in de scheiding van stoffen?

Maakt gebruik van verschil in polariteit tussen verschillende stoffen.

Waar bestaat de stationaire fase van adsorptie chromatografie uit?

De stationaire fase is vast en polair.

Waar bestaat de mobiele fase uit bij adsorptie chromatografie?

De mobiele fase is vloeibaar

Wat is de principe van normal phase chromatografie?

De mate waarin verbindingen worden vertraagd, kan beïnvloed worden door de mobiele fase meer of minder polair te maken

Waar bestaat de stationaire fase uit bij normal phase chromatography?

De stationaire fase is polair

Waar bestaat de mobiele fase uit bij normal phase chromatography?

De mobiele fase is relatief apolair → Hexaan/ethanol

Wat is de principe van reversed phase chromatografie?

De apolaire verbindingen worden het meest vertraagd. De elutiesterkte kan beïnvloed worden door de mobiele fase meer of minder apolair te maken

Waar bestaat de stationaire fase uit bij reversed phase chromatography?

De stationaire fase is apolair

Waar bestaat de mobiele fase uit bij reversed phase chromatography?

De mobiele fase is relatief polair → water

Wat is de principe van hydrofobe interactie chromatografie?

De hydrofobe stoffen in het mengsel zullen binden aan de koolwaterstofketens op de stationaire fase, terwijl de hydrofiele moleculen in de oplossing blijven en worden weggespoeld.

Waar bestaat de stationaire fase uit bij hydrofobe interactie chromatografie?

Hydrofobe moleculen

Bij dunne laag chromatografie, heeft de stip die het verste is gekomen de meeste of de minste affiniteit met de stationaire fase?

Het minste affiniteit

Bij dunne laag chromatografie, heeft de stip die het minst ver is gekomen, de meeste of de minste affiniteit met de stationaire fase?

Het meeste affiniteit

Hoe kunnen de stippen bij dunne laag chromatografie worden aangetoond?

* Aankleuren
* UV
* Radioactiviteit

Waarom wordt dunne laag chromatografie altijd gedaan in een afgesloten container?

Om het plaatje met daarop te scheiden stoffen in een omgeving te laten zitten die verzadigd is met het oplosmiddel (eluens) en om de verdamping van de mobiele fase tegen te gaan

Wat is de principe van elektroforese?

De snelheid waarmee de deeltjes bewegen naar een kant is afhankelijk van hun lading en grootte en de kracht van het elektrisch veld. Moleculen met een negatieve lading bewegen naar de positieve elektrode en de moleculen met een positieve lading bewegen naar de negatieve elektrode

Op basis van welke molecuuleigenschappen worden moleculen gescheiden bij elektroforese?

Lading en grootte

Wat zijn verschillende factoren die een rol spelen bij elektroforese?

* Buffer
* Elektrisch veld
* Gelmatrix
* Lading en grootte van de moleculen
* Detectiemethode

Wat gebeurt er als het elektrisch veld een hoge spanning heeft?

* De snelheid van de moleculen gaan omhoog
* De eiwitten gaan denatureren

Wat is de anode kant?

De positieve kant. Hier worden negatief geladen moleculen aangetrokken.

Wat is de kathode kant?

Dit is de negatieve kant. Hier worden positief geladen moleculen aangetrokken

Wat zijn anionen?

Negatief geladen moleculen. Deze bewegen naar de anode.

Wat zijn kationen?

Positief geladen moleculen. Deze bewegen naar de kathode.

Welke lading heeft een eiwit en naar welke kant beweegt het eiwit als de pH kleiner is dan het iso-elektrisch punt?

Dan is het eiwit positief geladen en gaat het eiwit naar de kationenwisselaar

Welke lading heeft een eiwit en naar welke kant beweegt het eiwit als de pH groter is dan het iso-elektrisch punt?

Dan is het eiwit negatief geladen en gaat het eiwit naar de anionenwisselaar

Hoe kan DNA in de gel zichtbaar worden gemaakt na de DNA-elektroforese?

Door UV-licht na SYBR-Safe

Hoe kleiner het DNA molecuul, hoe langzamer/sneller het door de gel migreert

Sneller

Waar zorgt SDS-Page voor?

SDS-Page zorgt voor de denaturatie en de negatieve lading van eiwitten

Wat gebeurt er bij native elektroforese?

De monsters worden in hun natuurlijke stand gehouden en worden niet behandeld met stoffen die hun vorm of structuur veranderen

Wat gebeurt er bij denaturerende elektroforese?

De monsters worden behandeld met een stof die de interacties tussen de verschillende delen van de eiwitten verbreekt en die de eiwitten ontvouwt.

Wat is het verband tussen de gelconcentratie en de scheiding?

Als de gel concentratie groot is, kunnen de grote eiwitten langzamer door de gel dan kleine eiwitten. Hoe hoger de concentratie, hoe beter de kleine eiwitten worden gescheiden

Wat is de stacking gel?

De stacking gel zorgt ervoor dat eiwitten tegelijkertijd de gel in gaan. Dit heeft een lager percentage arcrylamide en andere pH dan de separating gel. Het doel is om de eiwitmonsters in een smalle band te concentreren voordat ze de scheidinggel binnengaan

Wat is de running gel?

De running gel zorgt voor de scheiding op grootte, doordat de negatief geladen eiwitten worden aangetrokken naar de positieve elektrode aan de onderkant van de gel, waardoor ze door de scheidinggel gaan.

Wat is iso-elektrisch focussing?

Scheiding op basis van het iso-elektrisch punt. Bij IEF gaan eiwitten naar hun eigen iso-elektrisch punt.

Wat is het iso-elektrisch punt?

Het pH waarbij het eiwit netto neutraal geladen is.

Wat is de principe van 2-dimensionale elektroforese?

Twee verschillende soorten elektroforese:

Iso-elektrisch focussen (IEF) → 1e dimensie

SDS-PAGE → 2e dimensie

Hoe worden moleculen gescheiden in een elektroforese opstelling?

1. Grotere moleculen bewegen langzamer door de gel
2. Moleculen met een hogere lading zullen sneller door de gel migreren dan moleculen met een lagere lading
3. De eigenschappen van de gelmatrix, zoals de poriegrootte en de dichtheid kunnen invloed hebben op de migratiesnelheid van de moleculen

Wat is een zwitterion?

Een zwitterion draagt een positieve en een negatieve lading op verschillende onderdelen van een molecuul

Welke lading heeft een ion bij een lage pH?

Een positieve lading

Welke lading heeft een ion bij een hoge pH?

Een negatieve lading

Wat is de lading van de stationaire fase van de kationen wisselaar?

Negatief geladen

Wat is de lading van de stationaire fase van een anionen wisselaar?

Positief geladen

Wat is de lading van de eiwitten die binden aan de kationen wisselaar?

Positief geladen

Wat is de lading van de eiwitten die binden aan een anionen wisselaar?

Negatief geladen

Wat is de mobiele fase van een kationen en een anionen wisselaar?

Een laag zout

Hoe werkt elutie met een zoutgradient van een ionoenwisselaar?

Dit is competitieve elutie

Moet een zoutconcentratie sterk of zwak zijn als een eiwit sterk aan een kolom zit om te elueren?

Sterk

Hoe werkt veranderende pH van de ionenwisselaar om eiwitten te elueren?

De lading van de eiwitten gaan veranderen, waardoor de affiniteit met de kolom minder wordt.

Wat is de elutie van de kationen en anionen wisselaar?

NaCL voor competitie of pH voor lading veranderen

Wat is de pKa?

De pH waarbij aan beide zijden evenveel moleculen zijn

Waar wordt een microscoop voor gebruikt?

Om een voorwerp te vergroten

Wat is de werking van een microscoop?

Het licht wordt geproduceerd door een lichtbron en gaan wordt door een condensorlens gericht op het object dat moet worden bestudeerd. Het object reflecteert of verstrooit het licht en het licht gaat dan door een objectieflens die zich onder het object bevindt. De objectieflens produceert een vergroot beeld dat wordt waargenomen door de oculairlens. De oculairlens produceert nog een extra vergroting en het uiteindelijke beeld dat door de microscoop wordt waargenomen, is het product van de vergroting van de objectief- en de oculairlens.