MIC21T

Hogeschool Rotterdam

ML-I

onwaarschijnlijk dat het ziekte veroorzaakt bij mensen

ML-II

onwaarschijnlijk voor een volksverspreiding, bestaat effectieve behandeling

ML-III

kan ernstige ziekte veroorzaken, volksverspreiding, er bestaat meestal een effectieve behandeling

ML-IV

ernstige ziekte veroozaken, volksverpsreiding, meestal geen effectieve behandeling

psychrofiel

optimum -5 - 15 graden Celcius

psychotroof

optimum 15-30 graden Celcius

mesofiel

optimun 25-45 graden Celcius

thermofiel

optimum 45-70 graden Celcius

hyperthermofiel

optimum >70 graden Celcius

obligate aerobe

zuurstof nodig

facultatieve anaerobe

groeit beter met zuurstof maar kan groeien zonder

obligatie anaerobe

kan niet groeien met zuurstof

microaerofiel

heel een kleine hoeveelheid zuurstof nodig

aerotolerante anearobe

kan groeien met zuurstof, maar verbruikt zelf geen zuurstof

neutrofiel

pH 5-8

acidofiel

< pH 5,5

alkalifiel

< pH 8,5

foto-autotroof (planten)

zuurstof en anorganische koolstof (CO2)

foto-heterotroof

zonlicht en organische koolstof

chemolitho-autotroof

anorganische chemicaliën en anorganische koolstof

chemo-organische-heterotroof

organische verbindingen en organische koolstof

direct microscopische telling

in vloeibaar monster snelle nauwkeurige telling (10^7 cell/mL)

cel-telling instrument

tellen elektronische cellen door een laser, lage dichtheid

plaattelling

tellen van levensvatbare cellen door koloniën (>100 organisme/mL)

membraanfiltratie

vangt micro-organisme op uit vloeibare monster, relatief weinig cellen

MPN

schatting van celconcentratie door een seriële verdunning

turbidity

snelle methode, is op biomassa

totale gewicht

op biomassa, ook de dode cellen, kost veel tijd

detecteren van celproducten

detecteren van groei

sterlisatie

verwijderen of vernietigen van alle micro-organisme en virussen

desinfectie

verwijderen of vernietigen van meeste pathogenen

antispetisch

antimicrobe chemicaliën die non-toxic zijn voor huid of lichaamweefsel

pasteurisatie

korte hitte process

filtratie (disinfectie)

voor vloeistoffen of hitte gevoeilige organisme

irradiatie

door golven

chemische methodes

alcohol, ozon, aldehyde en halogenen

katabolisme

verbindingen afbreekt en energie ontstaat

anabolisme of biosynthese

macromolecuul maken en gebruikt energie

metabolische pathway

meerdere chemische reacties van beginproduct tot eindproduct

substraat-level fosforylatie

vrijgekomen energie tijdens exergonische reactie

oxidatieve fosforylatie

ADP -> ATP

proton motive force

vorm van energie door electrochemicaliën gradiënt

glycolysis

splitst glucose en oxideert het tot pyruvaat

pentose fosfaat pathway

breekt glucose af en verbindingen maken voor biosynthese

TCA cyclus

deel 1: zet pytofaat om in acetyl-CoA
deel 2: oxideert di-koolstof-acetyl-groep twee CO2
Maakt meeste ATP

cellulaire respiratie

vervoert elektronen van glucose naar ETC

fermentatie (central pathway)

breekt glucose af tot glycolyse en maakt pyrofaat

generatie-proton-bewegingskracht

ETC gebruikt het reducerende vermogen van NADH en FADH2

ATP synthetiseren

protonaandrijfkracht is ATP synthetiseren

glucosefermentatie

fosforylatie op substraat niveau in glycose waardoor ATP vormt (NADH)

lactic acid

streptococcus lactocillus

ethanol

saccharomyces

propionic acid

propionibacterium

butyric acid

clostridium

verticale gene transfer

nageslacht mutatie

horizontale gene transfer

overgeven van DNA aan andere organisme dat geen nageslacht is

auxotroof

organisme dat afhankelijk is van voedingsstoffen van buitenaf

prototroof

synthetiseert alles zelf

directe selectie

methode waarmee de mutant groei stimuleert maar de ouders niet

indirecte selectie

isoleren van auxotrofen mutant van een prototrofen ouders

homologe recombinantie

een chromosomaal fragment is overgedragen en dan geïntregreerd in een replicon

bacteriofagen

bacteriële virussen

generale transductie

gedaan door virulente bacteriofagen waarin bacteriële cellen worden gelyseerd wanneer nieuwe bacteriofagen worden vrijgegeven

transductie delen

draagt geen faag DNA, is ok geen faag

conjugatie

contact overdracht (F-plasmide)

pan-genoom

subtotaal van genen die coderen bij verschillende strengen ven bepaalde soort

transposon

een deel van DNA zichzelf beweegt naar een andere locatie in chromosomaal of plasmide DNA

genomice eilanden

grote DNA delen in een celgenoom dat is ontstaan in een andere soort

profagen

het faag DNA dat deel wordt van host cel genoom

restrictie-modificatie systeem

bacterie die zelf specifieke delen van het DNA methyleert. Knipt de niet gemethyleerde delen, dus vreemd DNA

CRISPR systeem

imuunsysteem

selectable marker

gen dat gecodeerd is voor geobserveerde eigenschappen

rijk of domein (domain)

collectie van vergelijkbare stammen

stammen (phylum)

collectie van klassen

klasse (class)

collectie van vergelijkbare orders

order

collectie van vergelijkbare families

familie

collectie van vergelijkbare geslachten

geslacht (genus)

collectie van vergelijkbare soorten (species)

70s

archaea en bacteriën

80s

eukaryoten

peptidoglycaan celwand

bacteriën

microscopische morfologie

grote, vorm en kleureigenschappen

metabolische capaciteiten

specifieke verbindingen

biochemische test

specifieke enzymen of chemische reactie

serologische kenmerken

gebruikt antilichamen om specifieke eiwitten en polysachariden op oppervlakte van micro-organisme detecteren

MALDI-TOF MS

eiwitprofiel, massa van eiwitten. Breekt micro-organisme af en versnelt de brokstukken. De brokstukken worden door de detector geraakt (groot → klein) en geeft proteïne prfiel aan welke micro-organisme het was.

chitine

schimmel celwand

capside

eiwitjas dat slijmerig is

lystische fagen

verlaat de host aan het einde van de infectie door lyse

lysogenetische infectie

plaatst faag DNA in de host cel chromosoom op een specifieke plek

profaag

overgedragen faag DNA bij lysogenetische infectie

lysogen

drager van een profaag

generaliseerde transductie

draagt bacteriële DNA inplaats van faag DNA

specialiseerde transductie

gedaan door gematigde bacteriofagen waarin bacteriële cellen niet worden gelyseerd, en viraal DNA integreert met bacterieel DNA en overleeft in profaagstadium binnen de bacteriën gedurende verschillende generaties.

first-line defense

voorkomt dat microben en andere onbekende materiaal in het lichaam komt

sensorsysteem

herkent wanneer first-line defense wordt doorbroken (camera’s)

sentinel cellen

bewakers en onderzoekers van het lichaam

pattern recognition receptors

zitten in of buiten de sentinel cellen

complement systeem

verwijderen of verbouwen binnenvallende microben

interferon

waarschuwt wanneer een virus in de buurt komt (eiwit)