Kaarten: moleculaire hst 9: regeling van transcriptie bij eukaryoten | Quizlet

a) bij de regeling van transcriptie in prokaryote cellen zijn ook de dimensies van het genoom van belang

b) tijdens welke fase van de celdeling zijn de chromosomen zeer sterk gecondenseerd?

c) wat maakt dit mogelijk?

a) fout: in eukaryote cellen

b) metafase

c) scheiding vd chromosomen over dochtercellen

a) de Giemsa kleurstof kleurt preferentieel G/C-rijke gebieden in chromosomen

b) in welke cellen worden zeer frequent translocaties waargenomen?

c) wat is het gevolg hiervan?

d) theoretisch is het DNA van het menselijk genoom langer dan 1m

a) fout: A/T-rijke gebieden

b) kankercellen

c) eenexpressie thv de translocatie is verstoord

d) juist

a) het DNA komt in de cel soms voor als naakt DNA

b) wat is een paternosterstructuur? (beads on a string)

c) de beads worden ... genoemd

d) wat zijn de basic units van chromatine?

e) histonen hebben een specifieke structuur, waardoor ze kunnen dimeriseren onder de vorm van een ...

f) deze dimerisatie treedt op tussen ... enerzijds, en ... anderzijds

a) fout: nooit, steeds gecomplexeerd met verschillende eiwitten --> chromatine

b) eleketronenmicroscopische foto van zeer sterk ontwonden chromatine-streng

c) nucleosomen

d) nucleosomen

e) 'hand shake'

f) H2A en H2B,

H3 en H4

waaruit bestaan nucleosomen?

DNA + eiwitkern uit 8 histonen

wat zijn histonen?

10-15 kDa (kleine) eiwitten die voor 20% bestaan uit de AZ Arginine en lysine

--> positief geladen (basisch)

hoe worden histonen gevormd?

histonen hebben een specifieke structuur, waardoor ze kunnen dimeriseren onder de vorm van een hand shake

deze dimerisatie treedt op tussen H2A en H2B enerzijds, en H3 en H4 anderzijds

- eerst: H3-H4 tetrameren

- + twee H2A-H2B dimeren

--> histon-octameer

a) samen met het DNA ziet het nucleosoom er als een ... uit

b) de vorm van het Histon-octameer is een perfect afgeplatte cilinder

a) afgeplatte cilinder

b) fout: beetje wigvormig --> nucleosomen passen tegen elkaar in de 30nm solenoïde

a) bij de 300nm fibers zijn de chromosoom-fragmenten meer/minder gecondenseerd dan bij 700 nm fibers

b) 700nm fibers: euchromatine

c) heterochromatine is zichtbaar tijdens welke fase? als optisch dense structuren in de celkern

d) heterochromatine bevat coderend DNA dat uit herhalingen van korte motieven bestaat

a) minder

b) fout: meer gecondenseerd --> heterochromatine

c) interfase

d) fout: niet-coderend DNA

a) transcriptie-regeling is gecorreleerd met de structuur van chromatine

b) waar worden reuzenchromosomen teruggevonden?

c) door hun groot aantal worden deze zichtbaar onder een lichtmicroscoop

d) volgt men de structuur van deze chromosomen in de tijd, dan ziet men ... ontstaan op de plaatsen waar even daarvoor nog heterochromatine aanwezig was

e) thv puffs kan men ... en ... aantonen, terwijl bij de denderen delen niet.

a) juist

b) speekselkliercellen van de fruitvlieg

c) juist

d) puffs

e) actief RNA polymerase II en nieuw gevormd RNA

hoe ontstaan reuzenchromosomen?

DNA wordt gerepliceerd + homologe DNA ketens blijven naast elkaar, terwijl cel niet meer deelt

wat zijn puffs?

volgt men de structuur van reuzenchromosomen in de tijd, dan ziet men puffs ontstaan op de plaatsen waar daarvoor heterochromatine aanwezig was.

a) gen-transcriptie regeling bij eukaryoten gebeurt meestal door toedoen van specifieke transcriptiefactoren

b) deze verschillen niet van de 'General transcription factors'

c) specifieke transcriptiefactoren veranderen de vorm van chromatine, waarin zich .. bevindt

d) hierdoor kan een ... gevormd worden op de promotor

a) juist

b) fout

c) het doelwitgen

d) transcriptie-initiatiecomplex

wanneer spreekt men van epi-genetische controle?

wanneer de controle van de transcriptie-regeling wordt doorgegeven aan dochtercellen, via de structuur van het chromatine en niet via de DNA sequentie zelf.

X-chromosoom inactivering is een voorbeeld van:

epigenetische controle

X-chromosoom inactivering

a) een aantal X-chromosomen zijn voldoende om de eiwitten die erdoor gecodeerd worden, voldoende tot expressie te brengen

b) daarom moet in vrouwelijke zoogdiercellen 1 X-chromosoom geïnactiveerd worden

a) fout: 1 X-chromosoom

b) juist

X-chromosoom inactivering

wat is het Barr-lichaampje?

een klein donker lichaampje dat in alle cellen van een volwassen vrouw voorkomt.

bestaat uit een zeer sterk gecondenseerd X-chromosoom

X-chromosoom inactivering:

de inactivering van 1 (en niet meer dan 1) X-chromosoom start vanuit ...

een X-inactivatie centrum (XIC)

X-chromosoom inactivering:

a) een X-inactivatie centrum bevat:

b) dit transcript heet het ...

c) dit is het signaal voor ... en het verspreidt zich over het X-chromosoom in cis

d) het kan zomaar naar een ander X-chromosoom overgaan

a) een gen dat codeert voor een RNA dat niet tot translatie komt

b) X-inactivation specific transcript (XIST)

c) chromatine-condensatie

d) fout

de X-inactivering gebeurt willekeurig/onwillekeurig? en pas na een aantal delingen van de bevruchte eicel

willekeurig

een vrouwelijk individu is een chimère van cellen waarin het X chromosoom, afkomstig van de vader of moeder, geïnactiveerd is

juist

inactieve X-chromosomen zijn gekenmerkt door ...

-XIST RNA

- methylatie van de cytosines

- Histon 2A variant in nucleosomen

waarom wordt de methylatie graad van DNA in inactieve x-chromosomen doorgegeven na replicatie?

omdat Hemi-gemethyleerd DNA (1 streng gemethyleerd) een signaal is voor gespecialiseerde DNA methyleren om de cytosines in de andere DNA streng ook te methyleren

waarom is inactivatie van x-chromosomen een vorm van epi-genetische controle?

omdat de signalen voor de controle niet in de DNA sequentie zelf liggen, maar in bepaalde modificaties van het DNA en het chromatine dat aan dochtercellen wordt doorgegeven.

wat is position effect variegation?

een vorm van epi-genetische controle van genexpressie

waar wordt position effect variegation gevonden?

gist, drosophila, mens

position effect variegation:

a) indien een gist een correct ADE gen heeft, dan zal deze kolonies vormen die ... van kleur zijn

b) wanneer men het correcte gen verplaatst naar de nabijheid van ..., is de gistkolonie rood gekleurd

c) hierin zijn ook geen witte stukken te vinden

d) het veranderen van actief naar inactief zijn van ADE vindt zijn verklaring in het feit dat:

e) hoe worden de witte stukken verklaard?

a) wit

b) telomeren

c) fout: witte sectoren doordat ADE hier wel actief is

d) het heterochromatine vanuit de telomeren kan uitbreiden, waardoor nabijgelegen genen niet meer tot transcriptie kunnen komen

e) op sommige momenten wordt heterochromatine teruggedrongen --> gen komt in open chromatine --> expressie

een gemuteerde ADE geen wordt zichtbaar doordat:

de gistkolonie rood gekleurd zal zijn

hoe wordt het mozaiekpatroon in de ogen van drosophila verklaard?

mutatie/ translocatie van het white gen --> witte ogen

af en toe wordt heterochromatine teruggedrongen --> gen in euchromatine --> rode stukjes

position effect variegation:

wat zijn insulators?

DNA sequenties die betrokken zijn bij begrenzing van hetero/euchromatine

genomic imprinting:

a) de chromatine-omgeving kan de activiteit van een gen beinvloeden

b) voor een aantal genen heeft men ontdekt dat één van de parentale allelen van een gen door modificatie van het omliggend chromatine geïnactiveerd blijft in de zygote

c) genen die van maternale of paternale afkomst zijn, zijn hetzelfde ingeprint (gemethyleerd) in de hersenen

a) juist

b) juist

c) fout: zijn verschillend ingeprint

hoe wordt verklaard dat bij kanker sommige tupor-suppressorgenen inactief blijven?

1 van de parentale allelen van het gen blijft geïnactiveerd in de zygote door modificatie van het omliggend chromatine

a) wanneer snelle response in expressie van een gen nodig zijn, zijn chromatineveranderingen waarbij celdeling betrokken is, uitgesloten

b) enhancers werken afhankelijk van hun oriëntatie tov de promotor

c) enhancers zijn ... in hun structuur, dwz dat ze bestaan uit kortere sequenties of DNA motieven van 15-25 basenparen

d) deze motieven zijn dikwijls palindromisch en worden herkend en gebonden door ...

a) juist

b) fout: onafhankelijk

c) modulair

d) transcriptiefactoren

wat zijn enhancers?

zones in het genoom die enkele tientallen tot honderden baseren lang zijn

kunnen van op grotere afstand transcriptie van een gen beinvloeden

de DNA sequenties in enhancers noemt men:

b) de transcriptiefactoren zijn eiwitten en worden ... genoemd

c) waarom is de activiteit van een enhancer afhankelijk van het celtype dat men bestudeert?

d) de transcriptiefactoren zijn het substraat voor ..., wat een snelle regeling van hun activiteit toelaat

a) cis-acting elementen

b) trans-acting elementen

c) omdat de transcriptiefactoren niet in alle cellen voorkomen

d) posttranslationele modificaties

wat zijn transcriptiefactoren?

eiwitten die de transcriptie van nabijgelegen promotoren beinvloeden door te binden aan enhancer-sequenties

waarvoor zorgen het DNA-bindend domein en het transactivatiedomein in eiwitten? (transcriptiefactoren)

- met hoge specificiteit en affiniteit aan DNA-sequenties binden

- transcriptie-initiatie beinvloeden

a) DNA-binding (tussen transcriptiefactor en enhancer-sequenties) gebeurt door specifieke reacties tussen ...

b) deze specifieke interacties worden gestabiliseerd door een aantal ...

AZresidu's in de transcriptiefactoren en zijgroepen van de basen in het DNA (enhancers)

b) minder selectieve interacties van andere residuen of peptidebindingen

welke zijn de 4 types DNA bindende domeinen in transcriptiefactoren?

helix-turn-helix

homeobox

zink-vingers

leucine-zippers

wat is de helix-turn-helix?

een typesDNA bindende domeinen in transcriptiefactoren

a) helix-turn-helix is een structuur die zelden voorkomt

b) deze DNA-bindende eiwitten dimeriseren

a) fout: in veel transcriptiefactoren (oa. lac-repressor, Trp-repressor, cAMP-responsieve proteïne)

b) juist

hoe werkt de helix-turn-helix? (transcriptiefactoren)

- 1 a-helix in grote groeve DNA helix --> residu's kunnen contacten maken met baseparen

- tweede helix stabiliseert eerste in grote groeve door met P-ruggengraat te interageren

waar werd de homeobox ontdekt?

bij Drosophila

a) een homeo-box bestaat uit ...

b) waarvan er 1 in de grote groeve past en een aantal sequentie-specifieke interacties maakt met de baseparen

c) wat doen de twee andere a-helices?

d) elke homeobox-transcriptiefactor heeft een specifieke herkenningssequentie die waar? ligt

e) de expressie van deze doelwitgenen leidt tot vorming van het ..

a) drie alfahelices

b) juist

c) de derde a-helix stabiliseren in de grote DNA groeve

d) in enhancers van zijn doelwitgenen

e) overeenkomstige orgaan

a) genen die coderen voor homeobox-transcriptiefactoren worden enkel bij prokaryoten gevonden

b) wat bepaalt de expressie van een homebox-gen?

c) de volgorde van homebox-genen op chromosomen komt min of meer overeen met ..

a) fout: bij mens, muis, fruitvlieg, wormen, zee-anemonen

b) de latere ontwikkeling van een lichaamsdeel

c) de richting kop-staart

vanwaar komt de naam zinkvinger?

door het feit dat Cys en His op bepaalde plaatsen in verwante eiwitten werden teruggevonden.

(4 cys), (2cys en 2his) of (4his) kunnen interageren met een zinkatoom --> worden op bepaalde positie vastgehouden --> lijkt op een vinger

a) in de eigenlijke eiwitstructuur van zinkvingers is deze vingerstructuur niet terug te vinden omdat ..

b) alle zinkvingers bevatten een a-helix die in de grote DNA groeve past, waardoor interacties mogelijk worden

c) deze a-helix wordt oa gestabiliseerd door

a) omdat ze opgevouwen zit in a-helices en/of b-sheets

b) juist

c) het zinkatoom

a) leucine-zippers worden vnl gekenmerkt door het voorkomen van ... in de polypeptideketen

b) deze ketens zijn gevouwen in

c) waardoor komen de leucines aan dezelfde kant van de a-helix te zitten?

d) hierdoor kunnen ze ...

e) de a-helices zijn korter dan de leucine-zipper

d) de ... van de a-helices kunnen interageren met de grote DNA groeve

a) leucine of isoleucine op regelmatige afstanden

b) in a-helices

c) door de regelmatige afstanden

d) dimeriseren via hydrofobe interacties

e) fout: langer

d) verlenging

hoe gebeurt DNA-binding door transcriptiefactoren hoofdzakelijk?

via a-helices van een DNA-bindend domein die in de grote groeve van de DNA helix terechtkomen

dimensies a-helix komen overeen met binnenkant grote groeve --> hoge graad van specificiteit

DNA-bindende domeinen of transcriptiefactoren dimeriseren dikwijls. wat heeft dit als gevolg?

de specificiteit van de DNA-herkenning en affiniteit voor DNA vergroot

(bindingsplaats vergroot en kans dat deze sequentie ergens toevallig voorkomt verkleint --> specificiteit verhoogt)

waarom is een grote specificiteit van de DNA-herkenning en affiniteit voor DNA bij transcriptiefactoren nodig?

als de androgeenreceptor 5'-TGTTCT-3' herkent, komt dit eens per 2048 basen voor.

a) dimerisatie is ook mogelijk tussen bv. verschillende leucine zipper domeinen.

b) aangezien elk domein een eigen herkenningssequentie heeft, verhoogt dit ..

a) juist

b) het aantal mogelijke combinaties van transcriptie-factoren en verkenningssequenties in de enhancers

waarvoor staan transactivatiedomeinen van transcriptiefactoren in?

activering van de transcriptie van nabijgelegen doelwitgenen