Gen molo 25.03 trnaksrypcja cz 2

cechy transkrypcji u eukariotów

• inna liczba polimeraz RNA niz u prokariota

• polimeraza nie ma sama z siebie powinowactwa do DNA i wymaga czynnikow transkrypcyjnych

• sekwencje regulatorowe moga byc lokalizowane w odleglosci tysiecy par zasad od promotora

• DNA jest upakowane w chro,atgyne

budowa polimeraz eukariotow

• z wielu podjednsotek

• RNA pol II sklada sie z 11 podjednsotek

jakie mamy polimerazy u eukariota?

• 3 klasy polimeraz do transkrypcji genow jadrowych

• polimeraza mitochondrialan kodowana w jądrze

• dwie chloroplastowe PEP- w genomie i NEP w jądrze

RNA pol II (nukleoplazma) funckja

transkrypcja wszytkich genow kodujacych bialka i wiekszoc genow kodujacych male jadrowe RNA (snRNA)

RNA polimeraza I (jąderko) funkcja;

transkrypcja genow kodujacych RNA rybosomowe (28,18,5.8S) z wyjatkiem 5S rRNA!!!

RNA pol III (nukleoplazma) funckja

tranksrypcja genow kodujacych tRNA, 5S i innych malych jadrowych i cytoplazmatycznych RNA

cechy pol I II i III

• budowa podjednostkowa nieustalona

• maja rozna wrazliwosc na toksyne alfa amanityne

• kazda sklada sie z 2 duzych podjednostek i 12-15 malych

• duze podjednsotki odrbene dla kazdej klasy, niektore male wspolne

• wsrod nich podjednostka homologiczne do tych alfa beta u e coli

co to są czynniki transkrypcyjne

• bialka potrzebne do rozpoczecia regulacji transkrypcji

• ogolne czynniki transkrypcyjne - wewnatrz wszystkich promotorów

• białka regulacyjne - oddzialuja selektywnie z genami

moduł promotora podstawowego najwazniejsze sekwencje (wiecej wyjasnien o modulach w notatkach)

-TATA

-Inr ( sekwencja inicjatorowa)

moduły konstytutywne (proksymalne u donaty)

-40 do -500 pz od miejsca startu transksrypcji

• wplywaja na podstawwowy poziom traasksrypcji

• blok CAAT

• blok GC

co to TBP i co robi

bialko wiazace sie z kaseta TATA

• jest podjednostka czynnika TFIID ( podst czynn tranksrypcyjny pol II)

• TBP rozpozaje nie tylko sekwnejce promotora podstawowego pol II ale tez pol I i III

jak dziala TFIIH

dziala jak helikazza oraz jako kianaz fosforylujaca C koniec polimerazy, ufosforylowana polimeraza moze odlaczyc sie od kompleksu preinicjacyjnego

czym są sekwencje wzmacniające/osłabiające transkrypcje i gdzie są

• wiążą czynniki transkrypcyjne tak jak promotory

• leża poza promotorem, powyzej lub ponizej regionu kodujacego

• wplywaja na transkrypcje niezalenzie od orienatcji wzgledem genu

• moga lezeć przed bądź za genem lub nawet w intronie

jak uksztaltowanie chromatyny wplywa na dzialanie promotorów

utrudnia dostep sla czynnikow transkrypcyjnych

domeny Marsi i SARs - są regionami w których powstaje pętla dzieki ktroej mozna wplywac na czynniki biorace udzial w regualcji transkrypcji

co daje nam metylacja DNA w obrebie promotora

wyciszenie transkrypcji

co to insulator

• stanowi bariere zapobiegajaca rozciaganiu heterochromaatyny na regiony kodujace

• ma aktywnosc hamujaca dzieki dzialaniu sekwencji wzmacniajacych i wyciszajacych

• 300-2000 pz

czy czynniki tranksrypcyjne moga byc aktywowane prze hormony?

tak miau miau

• jak nie ma hormonu to czynnik transkr jest zwiazany z inhibitorem i siedzi w cytoplazmie

• jak hormon polaczy sie z czynnkiem to uwalnia go od inhibitora

• leca jako dimer do jadra

co to promotor tkankowo specyficzny?

jego ekspresja ma miejscse tylko w okrslonej tkance

promotor konstytutywny

ekspresja na stlaym poziomie we wszystkich tkankach

• zaweiraja kasete TATA i Inr wpromotorze minimalnym i CAAT w promotorze proksymlanym

• sa to zazwyczaj silne promotory

promotor indukcyjny

• jego espresja jest na niskim poziomie

• zeby ekspresj awzrosla musi sie poajwic jakis czynnik inukcyjny (tempreatura wysoka, swiatlo, patogen itp)

czym sa czynniki elongacyjne u prokariotow

sa to bialka wiazace sie z pol po opusczeniu promotora

co to nukleosom

chromatyna nawinieta na rdzen 8 histonowy

2 hipotezy pokonywania bariery nukleosomu

1. rozpad nukeosomu lub przesuniecei oktameru histonowego do takiego rejonu DNA ktorey byl juz odczytany

2. usuniecie dimeru H2A-H2B

na czym polega dojrzewanie RNA

1. skladanie - usuwanie intronow

2. ciecie - dojrzewanie ppre rRNA

3. modyfikacaj chemiczna

4. zmodyfikowanie koncow - czpeczka na koncu 5`(dodatkowa guanozyna), poliadenylacja n 3`

funkcje czapeczki

• ochorna przed degradacja

• wzmacnianie efektywnosci splicingu

• umozliwia eksport mrna z jadra

• incijacaja translacji

jakie sa rodzaje czapeczek

0 - podstawowa np u drozdzy

typu 1 - druga metylacaja w grupie 2 OH

typu 2 - trzecia metylacja w gr 2`OH

co to poly A

dodawanie na koncu 3` adenozyn niezaleznie od matrycy, przez polimeraze poli A

dziala ona od wewnatrz a nie na koncu 3`

czyli koniec zostaje uciety

sygnaly ciecia przy procesie poly A

• sekwencja sygnalowa - 10-30 nklt przed miejsce poliadenylacji, ponizej sekw bogata w G/U

• CPCP- czynnik specyficznosci ciecia i poliadenylacji wiaze sie z AAUAAA w hmRNA

• CStF- czynnik stymulacji ciecia wiaze sie z motywem bogatym w GU, CFI i CFII

• PAP - wiaze sie i przecina mRNA 10-35 nklt od miejscca AAUAAA

co to spliceosom

kompleks RNA i bialek umozliwiajacych splicing

z czego sklada sie spliceosom

• 5 kompleksow RNA-bialko - snRNP

• sklad zmienai sie w trakcie splicingu

• laczy sie z transkryptem jescze jak trwa rtnaksrypcja

• jest stymulowany prze czapeczke

jaka jest charakterystyczna sekwenjca miejsca splicingu intronu

5`GU -AG 3`

etapy splicingu

co to białka SR i jak dzialaja

bialka SR maja zapobiega bledom splingu

ich praca zalezy od ufosforylowanego ogonka, kiedy transkrypt sie wysuwa przenosi bialka na obszaru egzonow

jaka jest rola alternatynwego splicingu

• powstawanie roznych bialek z jednego genu

• kontrola ekspresji roznych izoform bialka

• regulacja, stabilmnosc

• jak zle dziala to sa choroby genetyczne

przyklad - determinacja plci u drosophila

czego dotyczny edycja / redagowanie RNA

• dotyczy tRNA, rRNA, mRNA

• polega na dlecji lub insercji

• moze byuc wynikiem deaminacji nukleozydow (adenina w inozyne, cytydyna w urydyne)

pozwala na powstawanie izoform bialka