Molcell F1, F2, F6

mest eds delar

Endoplasmic Reticulum ER

internal transport network och syntes. Här sker även cellmembran syntes.

Vad är skillnaden mellan Rough ER och Smooth ER?

RER har ribosomer på utsidan och finns i celler där mycket proteiner ska tillverkas. SER har inga ribosomer på utsidan och finns i celler som tillverkar mycket lipider

Vad gör golgiapparaten?

tar emot, sorterar och paketerar protein

Vad gör lysosomen?

involverad i nedbrytning. Återanvänder “material”

Vad gör ribosomer? vad består de av? Vad skiljer eukaryota och prokaryota ribosomer åt?

Ribosomer tillverkar protein. De består av protein och av rRNA. Eukaryotas ribosomer är större än prokaryotas. Eukaryotas ribosomer kan sitta på ER eller vara fria i cellen. Prokaryota ribosomer är endast fria i cellen.

Vad är hopanoids?

har samma funktion som kolestrol i eukaryota celler. De sitter i membranet och stabiliserar det

Hur skiljer sig arkeers och bakteriers membran åt?

Bakterier har ester binding i fettsyramolekylen, samt att membranet är ett bilayer, medan arkeer har eterbidning samt även monolayer och även omättade fettsyror. Detta för att arkeer ska kunna överleva i extremt höga temperaturer

Vad är cellväggens uppgift?

Protection from osmotic stress. Structure of total cell. Place for anchoring of sensors and antigens

Teichoic acids

finns i grampositiva bakterier.

Är polymerer av glycerol/ribitol m fosfatgrupp som sitter på cellväggens yttre sida och ger väggen dess negativa laddning. Denna typ av molekyl finns inte i andra bakterier. Hjälper cellen att behålla dess struktur genom att de är som “ankare” som sitter fast i både plasmamembran och cellväggen vilket skyddar cellen mot skadliga ämnen. Dessutom, om cellen är en patogen så hjälper dessa i den processen

i gramnegativa bakterier, var finner vi selektiva och icke-selektiva membranet?

Det yttre membranet är inte selektivt men det inre är.

Brauns lipoprotein

förekommer i gramnegativa bakterier.

kopplar ihop yttre membran med cellen. Är den mest förekommande proteinet i yttre membranet.

*Lipopolysaccharides (LPS*)

förekommer i gramnegativa bakterier.

Är stora molekyler som består av lipider och kolhydrater som sitter i yttre membranet, vars sidokedja, ibland antigen, “sticker ut” ur membranet. Molekylen bidrar till negativt laddat yttre, stabiliserar yttre membranet och skapar permeabilitetsbarriär, dvs vissa salter, detergents och farliga substanser förhindras. Detta skyddar också patogena bakterier från hosts-försvarsystem.

vad är periplasmic space, vad görs där och vilken typ av bakterier har mest av detta?

Området mellan cellvägg och plasmamembran. Cellnegativa bakterier har väldigt mycket av detta.

Här finns många proteiner. Vissa bakterier har elektrontransport proteiner i periplasman. Andra proteiner involveras i peptidoglykan syntes och modifikation av giftiga substanser som skulle kunna skada cellen

Vad är gas vacuoles och vad är dess funktion?

which are protein-bound structures that contain air and allow the bacteria to adjust their buoyancy.

Vad är peptidoglykan, var hittar vi den?

Finns i cellers cellvägg. Subunit består av sockerderivat, och aminosyror. Aminosyrorna formar korta peptider, som består av fyra alternerande D och L aminosyror. Förekomsten av D aminosyror förhindrar nedbrytning av enzymer, som endast känner igen L varianten. Vi har “cross-linking” mellan peptiderna, vilket ger stark molekyl, samtidigt som den fortfarande är elastisk.

know exact composition of media

defined media

do not know exact composition of media

undefined media

**mainly mineral based medium**

**Simple medium**

mainly digested protein based, for example yeast cells or beef extract

**Complex media**

 **medium som** inhibiterar tillväxt av vissa bakterier och gynnar andra. Vanligt tex att tillsätta crystal violet för att inhibitera grampositiva bakterier. 

selective media

medium som används för att särskilja grupper av mikroorganismer. 

differential medium

E. coli needs medium that…

contain glucose. The medium must also regulate pH

Cyano bacteria need medium with…

more Si, utilizes inorganic carbon sources, CO2 and HCO3-, with light to produce glucose. Prefer simple media

pathogen bacteria need medium with…

glucose (because they absorb it), amino acids, vitamins and nucleic bases. 

Pathogens like complex media.

obligate aerob

kräver syre

Facultative anaerob

föredrar syre, växer bättre med syre, men kan leva utan syre

Aerotolerant anaerob

använder inte syre, men det är inte heller toxiskt.

Strict anaerob

syre är skadligt.

Microaerophile

behöver låg halt syre, ca 2-10%

Vad är ROS?

***reactive oxygen species***, reaktiva och oftast skadliga atomer som H202, OH\**, O2 *(* = extra elektron).* Dessa behöver celler kunna ta hand om för att överleva i en miljö med syre. De som inte kan det är strict anaeroba

Vad är SOD och catalase?

enzymer som tar hand om ROS. SOD reaktion: 2O2\* + 2H+ → O2 + H2O2 och catalase: 2H2O2 → 2H2O + O2.

En hypotonic solution

LÅG koncentration av salt. have to prevent cell to explode.

Hypertonic solution, solution of cells to this?

HÖG koncentration av salt utanför cell, have to prevent cell to shrink. Cells produce compatible solutes, bacteria K+ and amino acids, fungi produce mainly sugar (trehalose) & polyols (glycerol), K+

Halophiles

salt loving, klarar sig i hypertoniska lösningar. Detta pga anpassningar så att saltkoncentrationen är högre i cellen än i andra celler. 

Xenofiles

dry growing, found in low aw conditions

vilken av G+ och G- påverkas mest av vattenaktivitet?

G- is more affected by water activity than G+ because of the cell wall. 

Pshycrophiles, temperatur den växer i och anpassningar

trivs i -5-15 grader.

Unsaturated lipids in the cell membrane → more suitable for cold environments as it will be more flexible than with saturated lipids.
Antifreeze proteins for cytosol

vilka anpassningar finns för att mikroorganismer ska överleva i höga temperaturer?

Cell membrane:

→ Saturated lipids

→ usually higher molecular weight

→ monolayer (archea) instead of bilayer. 

→ ether linkage and not ester, more resistant to hydrolysis in higher temperatures. 

Other:

→ DNA is stabilized by proteins

→ heat stable enzymes (folding done by chaperones)

passive diffusion

Transport that does not require energy. Small, uncharged molecules such as water, oxygen and carbon dioxide can pass through. Functions well at high concentrations.

Facilitated transport

passive transport that uses channels or carriers. For example glucose. Is more effective than passive diffusion at lower concentrations. At high concentrations, the channels will be fed.

primary transport

active transport that uses ATP, they are uniporters. One important example is ABC (ATP bidning- cassette) transporters. Protein is carrying substance, which is bound to the transporter at the outside. At the inside, ATP activate the transporter, and substance is let through.

Secondary transport

active transport that uses ion gradient as energy source. Are cotransporters. for example can proton gradient be used to form ion gradient, which is then used in secondary transport.

group translocation

active transport where substance is modified on the way. Det mest vanliga systemet är PTS. PTS transporterar sockermolekyler samtidigt som de fosforyleras.

How can we determine growth in the lab? 4 methods

**OD -** spectrophotometry. Celler i ett medium sprider ut ljus så att mindre ljus passerar. Detta kan man mäta, vilket kallas optical density. Denna metod funkar sålänge cellkoncentrationen är hög nog. 

**cell dry weight -** cells growing in a liquid medium are collected by centrifugation, washed, dried and then weighted. Time consuming!

**CFU =** colony forming units (detta vi kollar med tex membrane filtration method, när vi odlar bakterier på plattor. Problem för att alla bakterier kan inte odlas.)

**Flow cytometry =** skapar ström av celler som får passera en laser. När laserns ljus “bryts” så är detta lika med en cell. På så sätt kan man räkna celler. effektivt men dyrt

What is Ks in moned eq?

Is the concentration of substrate required to reach half of maximum growth rate

moneds eq

μ = (μmax∙S) /(Ks + S)

Vad händer om S >> Ks?

hastigheten är lika med maxhastigheten umax

Vad händer om S << Ks?

Vi får ett linjärt samband: μ = (μmax/Ks)∙S

Formel generation time

Tg  = ln2 / μ

what is CFU

colony forming units

what is flow cytometry

creates a flow of bacteria (one at a time) which passes through a laser pulse. A computer counts how many time the laser has been “broken”, and thus we can count number of cells.