Frågor från gamla tentor

Beskriv alla olika taxis som finns

• fototaxis - ljus

• kemotaxis - molekyl/näringsämne

• aerotaxis - O2

• osmotaxis - osmotiskt tryck

• magnetotaxis - jordens magnetfält

• barotaxis - mot tryck

• hydrotaxis - mot vatten

• thermotaxis - mot temp

Vad finns det för olika motilitet?

• simmande motilitet

• twitching motilitet

• glidande motilitet

Vad är simmande motilitet

• flagell

• snurrar runt

• rör sig framåt/bakåt

Vad är twitching motilitet?

• pilus

• skickar ut den

• retrakterar och dras framåt

Vad är glidande motilitet?

• adhesionsproteiner

• snurrar runt

• kommer framåt

Hur gör psykrofiler med deras protein och membran

• Protein: mer flexibla, färre bindningar inuti, mindre interaktioner mellan proteiner (jon + vätebindningar)

• Membran: mer fluid membran, högre halt omättat och kortare, förgrenade fettsyror

Hur gör termofiler med deras protein och membran?

• Protein: gör protein mindre flexibla, fler bindningar inuti tex fler jonbindningar, kan producera olika ämnen som stabiliserar proteiner

• Membran: mindre fluid membran med mättande fetter

Vad har vissa hypertermofila arkéer som gör att de kan klara av höga temperaturer?

Monolager av cellmembranet

Vad kallas organismer som anpassat sig för lågt pH och högt pH

Acidofiler och alkalofiler

Nämn 5 livsmedel som är gjorda mha mikroorganismer

• yoghurt

• ost

• fil

• kaffe

• choklad

Vad visar position i redoxtornet?

Reduktionspotential, dvs dess benägenhet att ge bort elektroner

• reaktioner vid toppen kan enkelt donera elektroner

• reaktioner vid botten har tendens att ta upp elektroner

Skillnaden i reduktionspotential (fallet i tornet) avgör hur mycket energi som kan frigöras

Vad kallas de som använder CO2 som kolkälla

Autotrofer

Nämn skillnader mellan anoxygen-fotosyntes och oxygen-fotosyntes

• Oxygen: klorofyll, producerar syre, två ljusreaktionscenter, vatten som elektrondonator

• Anoxygen: bakterieklorofyll, producerar ej syre, ett ljusreaktionscenter, H2 eller svavelförening som elektrondonator

Vad är missense mutation?

Ändrar ett kodon så det kodar för annan aminosyra

I vilken ordning uppkom liv?

1. Vatten ansamlas på jorden

2. Enkla organiska föreningar bildas

3. RNA-världen

4. Protein uppstod

5. LUCA

6. Syresättning av atmosfären

7. Multicellulära eukaryoter

Vilken typ av experiment skulle du utföra för att räkna hur många bakteriofager du har i en lösning?

Plack assay

Vad är plack assay?

• växer fagerna på en agarplatta som har ett täcke med bakterier växande på sig

• Räknar uppklarnade zoner (plack) för att räkna hur många fager man hade i lösningen

Vad är primär endosymbios?

Hur mitokondrien och kloroplasten skapades

Vad finns det för två teorier hur primär endosymbio skedde

• endosymbios-teorin

• symbiogenes-teorin

Vad är endosymbios-teorin

En tidig eukaryot försökte äta upp en bakterie men den överlevde och blev mitokondrie/kloroplast

Vad är symbiogenes-teorin

En arkée och en bakterie levde i symbiotisk relation. Efter ett tag började bakterien växa inuti arkéen

Förklara vad sekundär endosymbios är

När en eukaryot har genomgått primär endosymbios (röd eller grönalg) tas upp av en eukaryot och ombildas till kloroplast

Ge ex på grupp av organismer/art som genomgått sekundär endosymbios

• rödalg

• grönalg

• brunalg

• ögondjur

Förklara vad växt respektive svamp ger vid mykorriza

• växt ger fixerat kol i form av socker

• svamp ger huvudsakligen fosfor men också kväve och vatten

Vad finns det för genetiskt kodade sätt som en bakterie kan bli resistent mot antibiotika

• organismen kan inaktivera/modifiera antibiotikamolekylen

• organismen kan modifiera måltavlan för antibiotikamolekylen

• organismen kan utveckla en resistent biokemisk reaktionsväg

• organismen kan pumpa ut antibiotikamolekylen (efflux)

Hur kan resistens mot antibiotika uppstå i detalj och ge ex på antibiotika som neutraliseras på det sättet

• Beta-laktamer blir uppklippta av Beta-laktamaser

• Macrolider blir utpumpade med effluxpumpar så intracellulära konc är låg

• Ändringar på ribosomen gör att macrolider inte kan binda och inhibera translation

Beskriv steg för steg hur en bakteriell biofilm bildas

• fäster sig på yta med tex fimbrier, kapslar

• efter quorom sensing börjar den bilda EPS av polysackarider, protein och nukleinsyror

• bakterier växer och ökar i antal och bildar mer polysackarider

• vattenkanaler bildas i biofilmen

• vid föroreningar i miljö eller näringsbrist kan biofilmen spricka och planktoniska celler utsöndras

Vilka fördelar kan bakterier i biofilm uppleva jämfört med planktoniska bakterier?

• delad näring

• skydd mot förändringar i yttre miljön, fagocytos

• försämrad penetration av antibiotika

• genetiska utbyten

Förklara skillnaden mellan exotoxin och endotoxin

• Exotoxin produceras och frisläpps av bakterien

• endotoxin är del av cellmembran hos gram-negativa och släpps bara ut om cellen lyseras

Ge ex på exotoxin

• AB exotoxin

• superantigenexotoxin

• cytolytiska exotoxin

Ge ex på endotoxin

LPS/lipid A

Förklara processen vid avloppsrening mekaniskt, kemiskt och biologiskt

Mekanisk - Från avloppsledningen pumpas avloppsvattnet upp i första byggnaden med hjälp av tre skruvpumpar. Vattnet möter tre rensgaller med hål (6 mm). Hålen är så små att bara vatten, sand och små organiska partiklar kan passera igenom dem. Det betyder att toapapper, trasor, tops och annat grövre skräp som följt med avloppsvattnet rensas bort. Det grova skräpet tar vi hand om genom att tvätta och pressa det, sedan kör vi det till förbränning tillsammans med brännbart hushållsavfall.

Kemisk - Efter att grova saker rensats bort förs vattnet genom inloppskanalen där vi tillsätter kemikalien järnsulfat för att rena vattnet från fosfor. Järnsulfaten fungerar som en magnet och drar till sig fosforpartiklarna så att de klumpar ihop sig till större, tyngre flockar som blir lättare att ta bort.

Biologisk - I det biologiska steget tar bakterier och andra mikroorganismer hand om näringen som är kvar. De äter upp ämnerna som vi vill bli av med och växer till sig. I biosteget arbetar mikroorganismer med att bryta ned kvarstående organiskt material. För att mikroorganismera ska trivas får de syre via stora luftpumpar. Efter luftningen går vattnet vidare till bassänger där mikroorganismerna sjunker ner till botten. En del mikroorganismer förs tillbaka till biosteget, resten leds till slamhanteringen. I rötkammare skickas slammet där det fermenteras till biogas. Kväve och fosfor tas bort här. Även organiskt material renas och mikroorganismer äts upp av protozoer.

Förklara mekanisk rening vid avloppsvatten

Mekanisk - Från avloppsledningen pumpas avloppsvattnet upp i första byggnaden med hjälp av tre skruvpumpar. Vattnet möter tre rensgaller med hål (6 mm). Hålen är så små att bara vatten, sand och små organiska partiklar kan passera igenom dem. Det betyder att toapapper, trasor, tops och annat grövre skräp som följt med avloppsvattnet rensas bort. Det grova skräpet tar vi hand om genom att tvätta och pressa det, sedan kör vi det till förbränning tillsammans med brännbart hushållsavfall.

Förklara kemisk rening vid avloppsvatten

Kemisk - Efter att grova saker rensats bort förs vattnet genom inloppskanalen där vi tillsätter kemikalien järnsulfat för att rena vattnet från fosfor. Järnsulfaten fungerar som en magnet och drar till sig fosforpartiklarna så att de klumpar ihop sig till större, tyngre flockar som blir lättare att ta bort.

Förklara biologisk rening vid avloppsvatten

Biologisk - I det biologiska steget tar bakterier och andra mikroorganismer hand om näringen som är kvar. De äter upp ämnerna som vi vill bli av med och växer till sig. I biosteget arbetar mikroorganismer med att bryta ned kvarstående organiskt material. För att mikroorganismera ska trivas får de syre via stora luftpumpar. Efter luftningen går vattnet vidare till bassänger där mikroorganismerna sjunker ner till botten. En del mikroorganismer förs tillbaka till biosteget, resten leds till slamhanteringen. I rötkammare skickas slammet där det fermenteras till biogas. Kväve och fosfor tas bort här. Även organiskt material renas och mikroorganismer äts upp av protozoer.

Beskriv Robert Koch pastulat

1. Den misstänkta patogenen måste vara närvarande i alla fall av sjukdom hos möss och inte hos friska möss. Hitta den genom mikroskopi och infärgning

2. Isolera patogenen och väx den i renkultur

3. Återinfektera en frisk mus med renkulturen av patogenen och se att den musen får samma sjukdom

4. Isolera patogenen igen från musen från steg 3 och se att det är samma mikrob

Vilken temp kör man i autoklavering

121°C

Vilken temp kör man i pastörisering

72°C i 15 s

Förklara filtrering

Passerar en vätska eller gas genom små porer så allting som är större än porerna fastnar. Tar bort allting större än porerna (vanligen 0.2 mikrometer), tex alla bakterier, tar inte bort virus (obs gäller labbfilter, inte tex luftfilter). Används för tex känsliga prover, media, luftfilter under corona, i vattenreningsverk

Förklara hur organismer som fermenterar skapar sin energi

De skapar ATP från kemiska reaktioner (vanligen i glykolysen om de växer på socker) som producerar ATP. Till skillnad från respirerande organismer används inte en protongradient och ATP-syntaser. Sättet kallas substratnivåfosforylering (oxidativ fosforylering är att skapa ATP genom respiration)

Vad är pilus uppbyggt av?

Pilin

Vad kallas den process där två symbiotiska mikrober hjälps åt för att bryta ned ett substrat

Syntrofi

Förklara transduktion

Virus packas med bakteriens DNA istället för sitt eget. Skicka in DNA:t i en ny bakterie där den kan integreras i genomet genom homolog rekombination

Förklara hur restriktionsenzymer fungerar

Bakterien producerar enzym som känner igen specifika DNA-sekvenser (som brukar vara palindrom) och klipper sönder den. Den skyddar sitt eget DNA genom att tex kemiskt modifiera det med metylgrupper

Nämn en bakterie från proteobacteria

E.coli

Nämn en bakterie från Firmicutes

Lactobacillus

Nämn en bakterie från Actinobacteria

Mycobacterium tuberculosis

Du växer en bakteriekultur och samtidigt mäter du hur mycket cellerna uttrycker av ett visst protein som vi kallar protein A. Efter du tillsatt en viss molekyl till kulturen ser du hur uttrycket av protein A ökar. Ge två förklaringar hur genuttrycket kan ha slagits på och vilka typer av protein som är involverade

• Molekylen binder till en aktivator som ändrar sin struktur och kan nu binda till en promotor och sätta på genuttrycket

• Molekylen binder till en repressor och får den att släppa från en promotor och genuttrycket sätts på

Vad står MRSA för

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Vad står ESBL för

Extended spectrum beta laktamaser

Transmissionselektronmikroskop

Svepelektronmikroskop

Vad är differentialmedia? VIKTIG

Man kan snabbt identifiera vilken typ av organism som växer genom tex färgen den får pga metabolisk aktivitet

Vad är selektivt media? VIKTIGT

Media som bara vissa organismer kan växa på, man selekterar för vissa organismers tillväxt och missgynnar andra

Vad är skillnaden på differentialmedia och selektivt media? VIKTIGT

• Differentialmedia - Man kan snabbt identifiera vilken typ av organism som växer genom tex färgen den får pga metabolisk aktivitet

• Selektivt media - Media som bara vissa organismer kan växa på, man selekterar för vissa organismers tillväxt och missgynnar andra

Vilka tre klasser av transportörer finns det? VIKTIGT

• enkel transport

• ABC transport

• Grupptranslokation

Vad är grupptranslokation? VIKTIGT

Ämnet blir kemiskt modifierat under transporten av en kaskad av olika enzymer som tex lägger till en fosfatgrupp på glukos

Förklara Rhizobium VIKTIGT

• baljväxt och rhizobium-bakterier

• bakterien fixerar atmosfäriskt kväve till baljväxten

• baljväxten fixerar kol=kolhydrater (näring) till bakterien

Förklara vad celler använder NADH för VIKTIGT

Används som elektronbärare mellan olika redoxreaktioner

Vilken roll har pigment i fotosyntesen? VIKTIGT

Fotosyntesens antenner som fångar ljusenergi (och skickar det till fotosystemens reaktionscenter)

Varför producerar växter, alger och cyanobakterier syre under fotosyntesen? VIKTIGT

Vatten är elektrondonator i fotosyntesen. När elektroner tas från H2O bildas H+ och O2 som biprodukt

CO2 fixering kallas ibland för fotosyntesens mörkerreaktion. Detta är missvisande eftersom CO2 inte fixeras när det är mörkt. Varför inte? VIKTIGT

Det krävs energi för att fixera CO2. Energin kommer från ljus. Ingen energi när det är mörkt

Homolog rekombination brukar ha en viktig roll i horisontell genöverföring. Förklara varför VIKTIGT

En bit fritt DNA kan inte replikera sig själv om den inte är en del av en plasmid eller genomet. För att generna ska stanna kvar i genomet permanent krävs homolog rekombination.

A = kvävefixering

B = nitrifikation

C = denitrifikation

Vad kallas utrymmet mellan inre och yttre lipidmembranet? VIKTIGT

Periplasma

Nämn 4 bevis för att mitokondrien härstammar från en bakterie VIKTIGT

• har eget genom

• har en ribosom som liknar bakteriers

• har dubbelmembran

• cirkulärt genom likt bakterier

• Har 16S sekvens som placeras med bakterier medan eukaryoter har 18S rRNA sekvens

Beskriv kortfattat samtliga steg i en lytisk infektion av en bakteriofag VÄLDIGT VIKTIG

1. Fästning av virus till värdcellen - viruset känner igen och binder till någon del av bakteriens yta

2. Injektion av virusgenom - virusets DNA eller RNA - genom förs in i cellen

3. Syntes av virusprotein/genom - nya virusdelar skapas av bakterien. Arvsmassan (DNA eller RNA) kopieras, virusprotein syntetiseras

4. Montering av nya virus - de nya virusen sätts ihop inuti cellen

5. Utsläpp av virioner från cellen - cellen lyseras och nya virioner släpps ut

Vad är protozoer? VIKTIGT

Kallas “urdjur”, protister som har djurliknande egenskaper, kan röra sig, äter andra organismer. En äldre term som används mindre ofta idag

Beskriv hur betalaktamer fungerar, vilken del av cellen är måltavla och hur agerar antibiotikan mot den? VÄLDIGT VIKTIGT

Binder och inhiberar enzymet som skapar peptid-tvärbindningarna i cellväggssyntesen (peptidoglukanlagret)

Vad är R0-tal? VIKTIG

Basreproduktionstal

Hur många som varje person med sjukdomen smittar, givet att ingen i befolkningen är immun