Beroende på vilka aminosyror som dominerar och i vilken ordning de sitter kan proteinmolekyler få mycket olika egenskaper:
* bygger upp kroppen, ex. muskler, hud och hår
* skyndar på kemiska reaktioner i celler, alltså katalysatorer. Dessa proteiner kallas enzymer och det finns ett enzym för varje kemisk reaktion i en cell
* bekämpar främmande ämnen och organismer som tränger in i kroppen, sjukdomar. Dessa proteiner kallas antikroppar
* transporterar ämnen i blodet, ex. hemoglobin som transporterar syre
* funkar som signalämnen, ex. hormoner (alla hormoner är inte proteiner)