gen, genom, kolokwium 2

how you can see microorganisms, 2 ex.

microscopy, using a magnifying glass, assesing growth on a plate by looking at it

criteria for bacteria growth

temperature, pH, moisture, type of media, time, atmospheric conditions, nutritional requirements

differential plate, ex.

chocolate agar, McConkey plate, sheep blood agar

dezynfektant

disinfectant, sanitizing spray

szalka petriego

Petri dish

pożywka w szalce petriego

agar plate

szczotka do mycia probówek

(tube) brush

szczypce

tongs

szkiełko podstawowe

glass slide

lejek

funnel

palnik

(Bunsen) burner

łyżeczka, szpatułka

spatula/scoop

wirówka

centrifuge

zlicza

colony counter

lodówka

refrigerator

inkubator, cieplarka

incubator

stojak na probówki

lab stand/tubes holder

cylinder

measurement jar

probówka

tube

skos agarowy

agar slant

butelka do prowadzenia hodowli

culture bottle for conducting cultures/ culture growing bottle

głaszczka

glass spreader

waga (na odważniki)

balance

waga analityczna/ automatyczna

analytical balance/scale

szkiełko z łezką

cavity slide

pipeta automatyczna/mikro

automatic pipette

pipeta szklana

glass pipette

mikroskop

microscope

trójnóg laboratoryjny

tripod

łaźnia wodna

water bath

szkiełko nakrywkowe

cover glass

okulary laboratoryjne, gogle

googles

komora laminarna

laminar flow hood

fartuch laboratoryjny

lab coat

fartuch specjalnego przeznaczenia

apron

autoklaw

autoclave

eza

inoculation loop

transformation

involves uptake of short fragments of naked DNA by naturally transformable bacteria

(polega na pobieraniu krótkich fragmentów DNA przez bakterie mogące naturalnie transformować)

transduction

involves transfer of DNA from one bacterium to another via bacteriophages

(transfer DNA z jednej do drugieg bakterii przez bakteriofagi

conjugation

involves transfer of DNA material via sexual pilus and requires cell to cell contact

(zakłada transfer DNA przez pilusy i wymaga bezpośredniego kontaktu komórka-komórka)

cDNA complementary DNA = RNA sequence

komplementarny DNA, czyli taki jak sekwencja RNA

eradicate

wytępić, zneutralizować

premises design

założenia projektu

assay

doświadczenie/procedura

GLP

good laboratory practices

GMP

good manufacturing practice

ex. of GLP - przykłady dobrej praktyki laboratoryjnej

sterility tests (testy sterylności), isolation (izolacja), data integrity (spójność danych), international standards (standardy międzynarodowe), aseptic techniques (techniki aseptyki), expertise of staff (doświadczenie i wiedza personelu), test metod validation (walidacja procedur)

Biblioteki DNA zawierają kolekcje organizmów-klonów.

DNA library contains a collection of clones.

odwrotna transkryptaza - wirusy używają jej by wbudowywać się w inne organizmy

reverse transcriptase - viruses use it to bulid into different organisms

polimeraza używana do PCR

PCR polymerase, precisely TAC polymerase

tępe końce

blunt ends

lepkie końce

sticky ends (overhang - ta struktura którą tworzą zanim na siebie najdą)

EtOH

etanol

dH2O

deionized water

choosing a cloning vector - wybieranie wektora do klonowania

small molecule (mała cząsteczka)

capable of replication in a living cell (może się replikować w żywej komórce)

convinient restriction sites (tnie w dobrym miejscu)

easily identifying (łatwo zidentyfikować)

dependent on the size of DNA (zależy od wielkości cząsteczki DNA)

E. coli traits - cechy E.coli

gram negative (gram -)

rod-shaped (w kształcie pręta; że pałeczka)

intestinial tract of animals (w przewodzie pokarmowym; jelicie cienkim zwierząt)

some deadly to humans (niektóre szczepy śmiertelnie niebezpieczne)

gene cloning - step by step

1. fragment of DNA containing the gene to be cloned is inserted into a circular DNA molecule - vector (wektor jest wstawiany do kolistej cząsteczki DNA)

2. producing of recombinant DNA molecule (produkujemy zrekombinowane DNA)

3. Vector transports gene into a host cell - a bacterium or other types of living cell can be used (wektor transportuje gen do komórki gospodarza - bakterii albo jakiejkolwiek innej żywej)

reporter plasmids (plazmidy reporterowe?)

used for studying the function of genetic elements, contain a reporter gene - luciferase

(sa używane do sprawdzania funkcji elementów genu, mają gen lucyferazy)

gene knock-down plasmids - plazmidy wyłączające gen

used for reducing the expression of an endogenous gene

(jest po to by zmniejszyć ekspresję endogennego genu)

Wektor ekspresji może też zawierać sekwencję enhancera

An expression vector can also include an enhancer sequence

plazmid ekspresji

Expression plasmid - gene expression. Must contain a promoter sequence as well as a transcription terminator sequence and the inserted gene. Promoter required. Terminator on the newly synthesized RNA signals for the transcription process to stop

(czyli plazmid ekspresji odpowiada za ekspresję, musi mieć promotora i terminatora, terminator na nowo zsyntetyzowanym DNA mówi kiedy stop transkrypcja)

plazmid do klonowania

cloning plasmid - facilitates cloning of DNA, very simple, often containing only a bacterial resistance gene ORI and MCS

(plazmid do klonowania - ułatwia klonowanie DNA, prosta budowa, geny oporności + ORI+MCS

znacznik do wyboru

selectable marker

miejsce wiązania startera

primer binding site - short, 1 stranded DNA; initiation for PCR amplifictaion or sequencing primers can be exploited for sequence verification of plasmids

(krótki, jednoniciowy DNA, inicjowanie PCR albo sekwencjonowanie primerów i weryfikacji sekwencji plazmidów)