microbiologie

shit dat die vaak vraagt op het examen, zo van die invulwoordjes

6-fosfogluconaathydrolase

belangrijkste enzym bij Entner-Doudoroff, zorgt voor de omzet van 6-fosfogluconaat in 2-keto-3-deoxy-6-fosfogluconaat

nitrogenase complex

een enzymcomplex die N2 fixatie katalyseert want dit heeft veel E nodig. Bestaat uit dinitrigenase en dinitrogenase reductase. Enkel werkzaam in micro-aerofiele omstandigheden, wordt (bijvoorbeeld in Rhizobium) beschermd door een slijmlaag en leghemoglobine.

formaat-waterstof lyase

Belangrijk enzym in de mixed acid fermentatie.Zet mierezuur (formiaat) om in waterstof (H2) en CO2 in gelijke hoeveelheden; een 1/1 verhouding. Deze 1/1 verhouding is kenmerkend aan mixed-acid fermenteerders.

pyruvaat-formaat lyase

zet pyruvaat om in mierezuur en Acetyl-CoA, soms met bijvorming van succinaat. Belangrijk in de mixed acid fermentatie.

MMO Methaan mono-oxygenase

enzym voor de omzet van methaan naar methanol in methanotrofen, Proteobacteria.

ammoiak mono-oxygenase

Sleutelenzym bij Nitroso-bactriën, nitrificerende bacteriën. Katalyseert de omzet van ammoniak tot nitriet en water

hydroxylamine oxido-reductase

Komt voor bij nitroso, stikstoffixerende bacteriën. Verantwoordelijk voor de omzet van hydroxylamine naar nitriet.

urease

Enzym die ureum afbreekt tot ammoniak, kenmerkend enzym bij Proteus (urinewegontsteking, Enterobacteriën)

Pectinasen

Enzymen die plantenweefsel afbreken door pectine af te breken, zorgen voor “soft rot”. Komt voor bij Erwinia soorten (2,3-butaandiol fermentatie, Enterobacteriën)

CTXphi

(eigenlijk geen enzym) = temperate faag, deze introduceert nieuwe eigenschappen in Vibrio cholerae, zoals de mogelijkheid om het cholera entero-toxine te produceren.

luciferase

Enzym dat betrokken is bij het bioluminescentieproces, komt voor in bepaalde bacteriën, vuurvliegjes en vissen. Komt voor in de Vibrio groep.

acyl-homoserine lacton

Inductiemolecule die, wanneer in grote hoeveelheid aanwezig, de transcriptie van luciferase induceert. (is dus zelf GEEN enzym). Komt voor in de vibrio groep.

choleratoxine

geen enzyme maar een toxine die adenylcyclase activeert, aanwezig in Vibrio cholerae. Gecodeerd door het CTXphi gen.

adenylcyclase

Zorgt voor de omzet van ATP tot cAMP. Aanwezig in Virbio cholerae, geactiveerd door aanwezigheid van het choleratoxine.

ATP, cAMP

adenylcyclasse zet “__” om in “__” die dan zorgt voor de activiteit van het G-proteïne.

G-proteïne

Zorgt voor vocht en zout verlies in de darmcellen.

fosfoketolase

Bij heterofermentatie. Zet xylulose-5-fosfaat om in acetylfosfaat en glyceraldehyde-3-fosfaat.

collagenase

Breekt collageen af, komt voor bij Streptococcus pneumoniae, die zorgt voor longontsteking. Op deze manier kan het mo dieper in de longen penetreren.

Streptokinase

Lost bloedstolsel op, komt voor bij Streptococcus pneumoniae.

hyaluronzuur

Geen enzym, komt voor bij Streptococcus pneumoniae en dient ter bescherming tegen het immuunsysteem. “Een wolf in schaapsvacht” zodat deze herkend wordt als lichaamseigen cel.

coagulase

MRSA - MultiResistente Staphylococcus aureus. Zorgt voor bloedverdikking, waardoor de Bacillus ingepakt wordt, zo kan het immuunsysteem niet aan fagocytose doen.

dextraan-sucrase

Katalyseert de vorming van dextraan uit sucrose, komt voor bij de heterofermentatieve Leuconostoc. Dextraan wordt vaak gebruikt als bloedplasmaverdunner

SASPs

(geen enzymen) Small Acid Soluble Proteins, komen voor bij endosporenvormende bacteriën zoals Bacillus en Clostridium. Deze zorgen voor de bescherming van het DNA.

Calciumdipicolinaat

Zorgt voor de stabilisering van DNA bij de endosporevorming (Bacillus, Clostridium), wordt gevormd na de vorming van de primordiale cortex.

proteasen

Geproduceerd door Bacilus subtilis, gebruikt in wasmiddelen

amylasen - subtilisines

Geproduceerd door Bacillus subtilis, gebruikt in wasmiddelen.

penicillinase

zet peniciline om in penicilloïnezuur door de β-lactamring te knippen

Ti plasmide

Tumor inducing plasmide, integreert T-DNA in plantengenomen en is de veroorzaker van crown gall disease bij Agrobacterium tumefaciens, een stikstoffixerende G negatieve Proteobacterie

hopanoïden

in CM, structuur vergelijkbaar met sterolen, 4 ringen, komen voor bij ALLE bacteriën en NIET bij Archaea

glyceroldiëther

= isprenoïde, is een vetzuurstaart bij Archaea, equiuvalent aan fosfolipoden, 4 isopreeneenheden → dubbellaag

diglyceryltetraether

= isoprenoide, CM, Archaea in hoge T —> monolayer

lac permease

eenvoudig transport, eiwit die protonen door CM laat stromen via proton motive force

fosfotransferase

groepstranslocatie eiwit, energie komt van PEP: fosforyleerd stof tijdelijk voor transport

ATP Binding Casette Transport

ABC transport

Sec systeem

= transport systeem voor proteinen, maakt gebruik van translocase eiwitten

peptidoglycaan

mureïne

N-AcetylGlucosAmine

NAGA

N-AcetylMuraMineAcid

NAMA

NAM

hierop zit tetra-peptide zijketen met volgende 4 AZ: L-alanine, D-alanine, D-glutaminezuur, L-lysine

meso-diaminepimelinezuur

= L-lysine

teichoïnezuren

= esters van fosfaat en koolhydraten, bij G+, gebonden aan C6 van suikermoleculen, binden Mg2+ en Ca2+ door hun negatieve lading

lilpoteichoïnzuren

= teichoïnzuren gebonden aan de membraan

lysozym

zit in lichaamsvocht, breekt beta-1,4 binding tussen NAG en NAM af → celwand wordt zwak en cel lyseert

O-specifiek polysacharide

= lipopolysaccharide LPS, G-, sequentie tetracycliden, bepaalt antigenische eigenschappen

kern-polysacchariden

= lipopolysaccharide LPS, G-, vnl hexosen, ook bijzonderheden zoals octosen en heptosen

lipide A

= lipopolysaccharide LPS, bepalen immuniteit = gedifosforyleerd glucosamine-disaccharide = endotoxine —> limulus test!

limulus test

test de aanwezigheid van lipide A (=endotoxine) met het bloed van een degenkrab → gekwantificeerd door de coagulatie

hydrolitische enzymen

enzymen die aan substraatafbraak doen

N-acetyltalosaminezuur

NATA, komt voor bij Archaea

pseudomureïne

NAGA-NATA, beta-1,3 gebonden

Small Acid Soluble Proteins

SASPs, bevat in sporen! beschermen DNA

calcium dipicolinaat

stabiliseert DNA in sporen

K

een element die intracellulair wordt geaccumuleerd door actief transport die zeer belangrijk is voor de enzymactiviteit

K+, Na+

een cel neemt veel “_” op en pompt veel “_” naar buiten

ferro-vorm

Fe2+

ferri-vorm

Fe3+

sideroforen

ijzerbindende stoffen uitgescheiden door mo om minerale ijzer op te nemen

hydroxamaat

een soort siderofoor die ijzer zeer goed chelateert

enterobactines

een siderofoor die een derivaat is van catechol

peptidesideroforen

een siderofoor die met peptidekop Fe bindt en met lipidestaart geassocieerd is met de CM

antennepigmenten, antennecomplexen, groene zwavelbacteriën

“___” geven lichtenergie door aan reactiecentra, deze zitten vervat in “___” en komen voor bij “___”

carotenoïden, isoprenoïden

“___” zijn een soort “___” die geel/roodd/bruin zijn van kleur

fycobiline proteïnen

antennepigmenten van cyanobacteriën en rode algen

H2S, Fe2+, NO2-

reducerende equivalenten (= elektronen acceptoren) bij anoxygene fotosynthese (3)

Calvin cyclus, rubisco, carboxysomen

de “___” fixeert CO2 in organische stoffen, een belangrijk molecule dat hier in voorkomt iss “___”, deze cyclus komt voor in “___”

hydroxypropionaat pathway, hydroxypropionzuur

“___” is een andere pathway dan de Calvin cyclus die ook CO2 fixeert in organische stoffen, een sleutellmetaboliet is “___”

Wood Ljungdal pathway

anaerobe bacteriën zetten CO, H2 en CO2 om naar azijnzuur en ethanol = gasfermentatie, bio-ethanol productie

hydrogenase enzymcomplex, Ni2+

knalgasbacteriën doen aan waterstofoxidatie, een belangrijk enzym hierin is “____”, met als cofactor “_”

ammoniak mono oxygenase, hydroxylamine oxidoreductase

sleutelenzymen bij nitrosobacteriën (2)

nitriet oxidoreductase

sleutelenzym bij nitrobacteriën

anammoxosomen, hydrazine

anoxische ammoniak oxidatie gebeurt in “___” die de cel beschermen van “___”

CO2, formaat, butyraat, acetaat, propionaat, 2-alkyl-acetaat

algemene fermentatieproducten (6)

alcoholehydrogenase

sleutelenzym bij alcoholfermentatie van gist

6-fosfogluconaathydrolase

sleutelenzym bij Entner-Doudoroff

pyruvaat-formaat lyase, waterstof-formaat lyase

2 sleutelenzymen bij gemengde zuur fermentatie/ mixed acid fermentatie

ABE fermentatie

saccharolytische clostridia doen aan “___”

Stickland reacties

proteolytische Clostridia doen aan “___”

Aceton, Butanol, Ethanol

ABE fermentatie (afkorting)

acidogene, acetaat, butyraat, solventogene, aceton, butanol

ABE proces: de eerste fase is de “___” fase, hierin wordt “___” en “___” gevormd, de tweede fase is de “___” fase waarin “___” en “___” worden gevormd

Adenosine-5-fosfosulfaat, sulfaatreductie

APS, afkorting + bij welk metabolisme komt het voor

ATP sulfurylase

enzym voor omzet van sulfaat naar APS

oxygenasen

enzymen die incorporatie van zuurstof in organische moleculen katalyseren

OH toevoegen, hydroxyleren, benzeenring knippen, verder metabolisme, oxygenasen

aerobe oxidatie van koolwaterstoffen, centraal principe: 1) “___”, 2) “___”, 3) “___”, de enzymen “___” spelen hierbij centrale rol

benzeen, catechol, monooxygenase, muconzuur, catechol-1,2-dioxygenase

een voorbeeld van aerobe oxidatie van een aromatische koolwaterstof; “___” wordt omgezet tot “___” met 2x “___” (enzym), dit wordt dan omgezet naar “___” met “___” (enzym)

acetaat, oxalo-acetaat, glyoxylaat sshunt

en shortcut voor C4 en C6 organische zuren; van “___” naar “___” via de “___” (mechanisme)

pyruvaat, oxalo-acetaat, PEP carboxylase, pyruvaat carboxylase

(metabolisme van organische zuren) shortcut voor C3: “___” naar “___” met de enzymen: “___” en “___”

pseudomonas carboxydovorans

knalgasbacterie

Entner Doudoroff pathway, 1, substraat niveau fosforylatie, 6, oxidatieve fosforylatie

welk metabolisme gebruiken de Pseudomonaceae? Deze vormt “_”ATP uit “___” en “_” ATP uit “___”

xenobiotische stoffen

welke stoffen worden afgebroken bij bioremediatie en voedingsbedderf? (=stoffen die niet van nature in ed natuur voorkomen)

twitching motility

hoe beweegt Pseudomonas aeruginosa zich voort?

Xanthomonas campestris, xanthaan

een Pseudomonassoort, “___”, veroorzaakt een verwelkingsziekte door de productie van “___”

Pseudomonaceae, Zymomonas mobilis, Entner Doudoroff, ethanolfermentatie, hoge osmotische druk

een MO behorende tot de “___”, genaamd “___”, kan naast het gewone metabolisme (“___”) aan “___” doen, waarbij het glucose omzet in ethanol. Het MO heeft een resistentie tegen een “___”

proteobacteria, ethanol, azijnzuur, glucose, gluconzuur, oxidatie, acetobacter, CO2, gluconobacter

azijnzuurbacteriën behoren tot de “___” en zetten “__” om in “__” en zetten “__” om in “__” via “__”, “___” zet dit eerste voorbeeld ook verder om tot “__”, “__” kan dit niet

druppelbedfermentor, Frings acetator

productie van azijn uit wijn gebeurt via een “___” of via een “___”

gluconobacter oxydans, azijnzuurbacteriën, D-sorbitol, L-sorbose, Reichstein-Grussner

de synthese van vitamine C wordt gedaan door “___” van de “___” (groep). Hierbij wordt “___” omgezet in “___” via de “___” pathway.

L-ascorbinezuur

Acetobacter xylinum, azijnzuurbacteriën

“___” van de “___” produceert bacterieel cellulose

nitrogenase complex, dinitrogenase, dinitrogenase reductase

stikstoffixerendde bacteriën bevatten “___” dat bestaat uit “___” en “___”

acetyleen reductie-assay

Een techniek voor het meten van de nitrogenaseactiviteit

rhizobium, symbiose, leguminosen, leghaemoglobine, O2

het stikstoffixerende mo “___” die “___” heeft met “___” of vlinderbloemigen, bevat de stof “___” ter berscherming tegen “_”