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Taxonomía
Para nombrar y ordenar la diversidad biológica en taxones anidados unos dentro de otros, ordenados en una jerarquía.
Sistemática
Clasificación objetiva de los organismos que refleja las relaciones evolutivas entre los grupos de organismos.
Esta propone hipótesis sobre las relaciones evolutivas entre los diferentes taxones → Filogenia.
Funciones de la clasificación biológica
Catalogación de la diversidad.
Establece hipótesis detalladas sobre las relaciones evolutivas entre grupos de animales.
Sistema de información
Clasificación Linneana
Clasificación jerárquica inclusiva: Categorías taxonómicas.
Nomenclatura binomial.

Criterios para establecer relaciones filogenéticas
Morfología comparada.
Embriología.
Paleontología.
Análisis moleculares.
Tipos de modelos de relaciones filogenéticas
Cladograma: relaciones filogenéticas.
Filograma: el cambio que ha sufrido.
Árbol datado: escala temporal, indica las separaciones de lo linajes.

Homología
El mismo órgano en diferentes organismos, bajo todas las variedades de forma y función. Se caracteriza por:
Poseer la misma estructura fundamental.
Misma posición relativa respecto a otros órganos.
Mismo origen embrionario.

Analogía (homoplasia)
convergencia evolutiva → caracteres o estructuras que cumplen la misma función pero cuyos orígenes son diferentes y no derivaron evolutivamente de la misma estructura. Como resultado de convergencia evolutiva.

Dependiendo de las relaciones de parentesco
Monofilético: incluye a todos los descendientes a partir de ellos.
Parafilético: incluye a algunos. Ej: aves y reptiles (de un nodo de los reptiles parten las aves).
Polifilético: no comparten un antecesor común entre ellos antes que con otros grupos.

Principales escuelas taxonómicas
Taxonomía evolutiva: reconoce grupos monofiléticos y parafiléticos
Cladista: sólo reconoce monofiléticos.

Criterios de polaridad
Para establecer relaciones filogenéticas tenemos que determinar los caracteres ancentrales (plesiomórficos) para así poder identificar los derivados (hapomórficos).
Para esto necesitamos un grupo externo para comparar.
