Microben Hoorcollege 1

Hamoen

MRSA

De Meticilline-resistente Staphylococcus aureus is een representant van de bacterie Staphylococcus aureus die resistent is voor meticilline, een vertegenwoordiger van de groep β-lactam-antibiotica die doorgaans worden gebruikt bij de bestrijding van stafylokokkeninfecties.

Streptococcos pneumoniae

Veroorzaakt een longonsteking. is een grampositieve bacterie, die bij veel mensen als commensaal aanwezig is en bij de meeste mensen geen ziekte tot gevolg heeft. Als dit wel gebeurt, kan een dergelijke ziekte echter soms zeer ernstig zijn en fataal verlopen

*Mycobacterium tuberculosis*

Mycobacterium tuberculosis is de bacterie die tuberculose bij de mens veroorzaakt. De infectie vindt plaats als de tbc-bacterie door weet te dringen tot de alveole waar hij wordt gefagocyteerd door alveolaire-macrofagen. In deze afweercellen weten tbc-bacteriën te overleven en zich te vermeerderen.

\n Salmonella typhimurium

Salmonella enterica is een staafvormige, flagellaat, facultatief anaërobe, gramnegatieve bacterie en een soort van het geslacht Salmonella. Een aantal van zijn serovars zijn ernstige menselijke ziekteverwekkers.

Escherichia \n coli

is een gramnegatieve staafvormige bacterie en is een van de meest voorkomende facultatief anaerobe bacteriën in de dikke darmen van warmbloedige dieren, zoals zoogdieren en is nodig voor het verteren van voedsel.

Helicobacter pylori

is een gramnegatieve bacterie die bij de mens in de maag voorkomt. In West-Europese landen bij een steeds kleiner percentage, 10-20%, maar in minder ontwikkelde landen in veel hogere percentages, 60-90%.

Neisseria gonorrhoeae

is een gramnegatieve, aerobe, 0,6–1,0 μm grote, bacterie die de seksueel overdraagbare aandoening gonorroe veroorzaakt. De bacterie is in 1879 door Albert Neisser ontdekt, en in 1885 gelukte het de Duitse gynaecoloog Ernst Bumm de bacterie te kweken.

Legionella pneumophila

Legionella pneumophila is een bacterie die de ziekte legionellose veroorzaakt. De ziekte kan ontstaan wanneer mensen de bacterie inademen, bijvoorbeeld in een douche of via een sproei-installatie.

Haemophilus influenzae

Haemophilus influenzae type b, afgekort Hib, is een bacterie. De bacterie wordt door hoesten en niezen van de ene op de andere persoon overgebracht. Ongeveer vijf procent van de gevallen van hersenvliesontsteking bij zuigelingen en peuters in Nederland wordt veroorzaakt door deze bacterie.

\n Bacillus anthracis

Bacillus anthracis is een gram-positieve, obligaat aerobe, staafvormige bacterie uit het geslacht Bacillus. Bacillus anthracis is de verwekker van de ziekte miltvuur. Een van de ziekteverschijnselen is een opgezwollen en ontstoken milt en kan leiden tot de dood. Bacillus anthracis valt onder pathogeniteitsklasse 3.

Candida albicans

Candida albicans is een gist die leeft in het maag-darmstelsel en de tractus urogenitalis. Het leeft daar als een zogenaamde commensaal en berokkent gewoonlijk geen schade.

Fusarium / Phytophthora

Fusarium is een geslacht van parasiterende schimmels die in de bodem voorkomen en die planten en dieren kunnen aantasten. Daarnaast produceren ze ook mycotoxines die voedsel kunnen besmetten./ Phytophthora infestans is een oömyceet die tot de waterschimmels behoort. Oömyceten lijken erg op schimmels maar zijn het niet, daarom worden ze wel pseudoschimmels genoemd. Phytophthora infestans is de veroorzaker van aardappelziekte bij aardappels en tomaat. Ze lag aan de basis van de Ierse hongersnood.

\n Plasmodium falciparum

Plasmodium falciparum is een eencellige, behorend tot het
geslacht Plasmodium die de verwekker is van malaria tropica bij mensen.

Trypanosoma brucei

bruceiis een eencellige parasiet, die behoort tot het geslacht Trypanosoma en bij de mens de veroorzaker is van Afrikaanse trypanosomiasis ofwel slaapziekte. Bij dieren is het de veroorzaker van diertrypanosomiasis, die bij koeien en paarden nagana wordt genoemd.

Leishmania major

is een soort parasieten die voorkomt in het geslacht Leishmania en wordt geassocieerd met de ziekte zoönotische cutane leishmaniasis. L. major is een intracellulair pathogeen dat de macrofagen en dendritische cellen van het immuunsysteem infecteert.

hepatitis

Hepatitis is een ontsteking van de lever. Deze kan veroorzaakt worden door een virus, dan is dat een virale hepatitis. Er bestaan verschillende soorten virale hepatitis.

Dengue

De denguemug of gelekoortsmug is een tweevleugelig insect uit de familie steekmuggen. De soort komt voor in de tropen en subtropen en is een overbrenger van onder andere dengue, gele koorts, Riftdalkoorts, Chikungunya-virus en het zika-virus.

HIV

Hiv of humaan immunodeficiëntievirus is een snel muterend retrovirus, verantwoordelijk voor aids.

Polio

een ernstige besmettelijke ziekte die veroorzaakt wordt door het poliovirus. Het virus wordt van mens op mens overgedragen. De infectie kan verlammingen geven, kan leiden tot blijvende restverschijnselen en soms tot overlijden.

measles

Mazelen (morbilli) is één van de meest besmettelijke ziekten die er bestaan en
wordt veroorzaakt door het mazelenvirus. Het virus is van mens op mens overdraagbaar.

vaccine (attenuated)

Een verzwakt vaccin is een vaccin dat wordt gemaakt door de virulentie van een ziekteverwekker te verminderen, maar toch levensvatbaar te houden. Verzwakking neemt een besmettelijk agens en verandert het zodat het onschadelijk of minder virulent wordt.

Pasteur

Louis Pasteur was een Franse scheikundige en bioloog, vooral bekend vanwege de naar hem vernoemde pasteurisatietechniek en door zijn ontdekking van het vaccin tegen hondsdolheid.

Immunization

Immunisatie of immunisatie is het proces waarbij het immuunsysteem van een individu wordt versterkt tegen een middel.

symbiosis

is het langdurig samenleven van twee of meer organismen van verschillende soorten waarbij de samenleving voor ten minste een van de organismen gunstig of zelfs noodzakelijk is. De verschillende partners heten symbionten. De grootste partner is de gastheer.

Rhizobium

Het geslacht Rhizobium omvat wortelknobbelbacteriën uit de familie van de Rhizobiaceae. Het zijn beweeglijke, gram-negatieve bacteriën. Deze bacteriën leven in symbiose met vlinderbloemige plantensoorten, en leggen voor deze planten de stikstof uit de lucht vast, waardoor deze ook op stikstofarme grond kunnen groeien.

Mycorrhiza

Een mycorrhiza is een samenlevingsvorm van schimmels en planten via de wortels. Bijna alle planten werken ondergronds samen met schimmels. Deze absorberen bijvoorbeeld mineralen uit de bodem die ze vervolgens afstaan aan een plant, in ruil daarvoor krijgen ze suikers terug voor hun eigen voeding.

Lichens (korstmossen)

Een korstmos is een schimmel die in mutualistische symbiose samenleeft met een alg of met een blauwwier. Samen hebben ze een welbepaalde morfologische structuur en vormen ze een fysiologische eenheid. De schimmel is de belangrijkste symbiosepartner en kan gewoonlijk voortplantingsorganen vormen.

Microbiome

Het menselijke microbioom is het geheel van alle microbiota die zich op of in menselijke weefsels en biovloeistoffen bevinden, samen met de overeenkomstige anatomische plaatsen waar ze zich bevinden,

Flemming

In 1928 ontdekte Fleming penicilline, de eerste vorm van antibiotica. Fleming leidde daaruit af dat het een stof afkomstig van de schimmel moest zijn die de bacteriegroei remde. Deze stof noemde hij penicilline, naar de schimmel op zijn kweek Penicillium notatum.

examples of food preservation/processing

Chilling, Freezing, Sugaring, Salting, Canning, Vacuum Packing.

3 essential roles of bacteria

1. Bacteria are decomposers which break down dead material and recycle it.
2. They also can be producers, making food from sunlight, such as photosynthetic bacteria, or chemicals, such as chemosynthetic bacteria.

3 useful activities of viruses

Viruses have been used extensively in genetics research and understanding of the genes and DNA replication, transcription, RNA formation, translation, protein formation and basics of immunology.

microbial scale (micrometres)

Een micrometer is een lengtemaat uit het SI-stelsel. De maat heeft het symbool μm. Een micrometer is gelijk aan 10⁻⁶ meter, oftewel 0,000 001 meter, een miljoenste deel van een meter, of een duizendste deel van een millimeter, oftewel 0,001 mm.

\n Antonie van Leeuwenhoek

microscoop

Hooke (cell)

Robert Hooke (1635 - 1703) was een begenadigd uitvinder en bracht ons zowel de spiraalveer als de fotografische iris. Hij bedacht na zijn waarnemingen met de microscoop van kurkweefsel in 1665 de naam 'cel' in de biologie

Basic forms (bacilli, cocci, spiral)

wavelength visible light\~bacterial cell

Visible light (400-800 nm) at high intensity was previously found to kill bacteria that are frequently found in infected wounds, while lowpower white light enhances bacterial proliferation. The phototoxic effect was found to involve induction of reactive oxygen species (ROS) production by the bacteria.

bright field

Helderveldmicroscopie is de eenvoudigste van alle optische microscopiebelichtingstechnieken. De monsterverlichting wordt doorgelaten wit licht en het contrast in het monster wordt veroorzaakt door verzwakking van het doorgelaten licht in dichte gebieden van het monster.

oil emersion

Olie-immersie is in de microscopie een techniek om een sterkere vergroting van het object mogelijk te maken. Om olie-immersie te gebruiken heeft een microscoop een speciale lens nodig. Niet elke microscoop heeft deze mogelijkheid.

Gram-stain

Gramkleuring is een methode om bacteriën te kleuren om ze onder een lichtmicroscoop zichtbaar te maken en als hulpmiddel bij het herkennen van soorten. Met behulp van gramkleuring vallen bacteriën uiteen in twee verschillend aankleurende groepen, die men gramnegatief (rood) of grampositief (blauwpaars) noemt. De methode is genoemd naar de uitvinder ervan, de Deense microbioloog Hans Christian Gram

Immunofluorescence (primary/secondary antibody)

Secondary (indirect) immunofluorescence uses two antibodies; the unlabeled first (primary) antibody specifically binds the target molecule, and the secondary antibody, which carries the fluorophore, recognizes the primary antibody and binds to it. Multiple secondary antibodies can bind a single primary antibody.

GFP

Groen fluorescerend eiwit

phase contrast microscope (Zernike)

Fasecontrastmicroscopie is een optische microscopietechniek die faseverschuivingen in licht dat door een transparant preparaat gaat, omzet in helderheidsveranderingen in het beeld. Faseverschuivingen zelf zijn onzichtbaar, maar worden zichtbaar wanneer ze worden weergegeven als helderheidsvariaties.

TEM/SEM

Transmission Electron Microscopy vs Scanning Electron Microscopy: The main difference between SEM and TEM is that SEM creates an image by detecting reflected or knocked-off electrons, while TEM uses transmitted electrons (electrons that are passing through the sample) to create an image. As a result, TEM offers valuable information on the inner structure of the sample, such as crystal structure, morphology and stress state information, while SEM provides information on the sample’s surface and its composition.

cryo-EM (tomography)

Elektronencryotomografie is een beeldvormende techniek die wordt gebruikt om driedimensionale beelden met hoge resolutie van monsters, typisch biologische macromoleculen en cellen, te produceren.

cell envelope

De celomhulling omvat het binnenste celmembraan en de celwand van een bacterie. Bij gramnegatieve bacteriën is ook een buitenmembraan opgenomen. Deze envelop is niet aanwezig in de Mollicutes waar de celwand afwezig is.

Nucleoid

De nucleoïde is de onregelmatig gevormde plek in prokaryoten waar het erfelijk materiaal zich bevindt. De nucleoïde wordt niet omgeven door een kernmembraan, maar is wel van het omliggende cytoplasma te onderscheiden. De nucleoïde bestaat voor 60% uit DNA in een circulair genofoor

Hopanoids

Hopanoïden zijn een diverse subklasse van triterpenoïden met hetzelfde koolwaterstofskelet als de samengestelde hopaan.

peptidoglycan/murein sacculus

Peptidoglycaan of mureïne is een driedimensionaal netwerk van één zeer groot molecuul, dat de celwand van een bacterie verstevigt. Peptidoglycaan bepaalt niet de vorm van de cel, maar deze wordt bepaald door het MreB proteïne.

lipid II

is een precursormolecuul in de synthese van de celwand van bacteriën. Het is een peptidoglycan, die amfipathisch is en genoemd is naar zijn bactoprenolkoolwaterstofketen, die fungeert als een lipide-anker en zichzelf in het bacteriële celmembraan nestelt.

L- & D-alanines

Alanine is een klein, natuurlijk voorkomend aminozuur. Als een van de twintig α-aminozuren die voor eiwitsynthese worden gebruikt, maakt alanine deel uit van vrijwel elk eiwitmolecuul. De zijketen van alanine bestaat uit een methylgroep, waardoor het geclassificeerd wordt als een apolair en alifatisch aminozuur.

transglycosylation/transpeptidation

Correlation between transglycosylation and transpeptidation. In normally growing bacteria, transglycosylation catalyzing the formation of the glycan chains and transpeptidation catalyzing the cross-linking between peptide subunits are continuous, tightly coupled reactions

Gram-positive/negative

\

\n periplasma

De periplasmatische ruimte of periplasma is een ruimte tussen de binnenste celmembraan en buitenste membraan bij gram-negatieve bacteriën of de equivalente ruimte buiten de binnenste membraan bij gram-positieve bacteriën

S-layer

De S-laag is een parakristallijne mantel van proteïnen en glycoproteïnen aan de buitenzijde van bacterieën en archaebacteriën. De S-laag heeft een hexagonale, tetragonale of trigonale symmetrie.

Lipopolysachariden (LPS

ook bekend als lipoglycanen, zijn grote moleculen bestaande uit een lipide en een polysacharide bijeengehouden door een covalente binding. Ze komen voor in de buitenmembraan van gramnegatieve bacteriën. Het zijn endotoxinen, die een sterke immuunrespons bij dieren en mensen veroorzaken

capsule

The bacterial capsule is a large structure of many bacteria. It is a polysaccharide layer that lies outside the cell envelope, and is thus deemed part of the outer envelope of a bacterial cell. It is a well-organized layer, not easily washed off, and it can be the cause of various diseases.

mycoplasma

Mycoplasma is een geslacht van bacteriën. Ze hebben geen celwand. Hierdoor zijn ze erg kwetsbaar.

 FtsZ, MreB, CreS

division septum

The cell wall that forms between daughter cells at the end of mitosis in plant cells or just before separation in bacteria.

thylakoids/carboxysomes

Een thylakoïde is een membraan-omsloten compartiment in chloroplasten en cyanobacteriën. Thylakoïden bestaan uit een thylakoïdemembraan die het lumen van de thylakoïde scheidt van het stroma van de chloroplast./ Een carboxysoom is een celcompartiment dat voorkomt in bepaalde bacteriën. Het is vrijwel volledig opgebouwd uit de enzymen rubisco en carboanhydrase: de belangrijkste enzymen van de calvincyclus.

gas vesicles/storage granules (PHB)

Gasblaasjes, ook wel gasvacuolen genoemd, zijn nanocompartimenten in bepaalde prokaryote organismen, die helpen bij het drijfvermogen. Gasblaasjes zijn volledig samengesteld uit eiwitten; er zijn geen lipiden of koolhydraten gedetecteerd./ Storage granules are membrane-bounded vesicles containing condensed materials. They are also known as zymogen granules or condensing vacuoles. Storage granules are an important component of metabolism in many organisms spanning the bacterial, eukaryotes and archaeal domains.

Magnetosomes

Een magnetosoom is een kleine membraanrijke structuur die magnetotactische bacteriën gebruiken om zich te oriënteren met behulp van magneetvelden. De membranen van het magnetosoom bevatten ketens van ijzerhoudende magnetietkristallen die meebuigen met magnetische krachten

Pili

Een pilus is een haarachtige structuur op het oppervlak van micro-organismen. Pilusvorming komt vooral voor bij gramnegatieve bacteriën.

Koolstofnanobuizen

zijn een van de allotropen van koolstof en onderdeel van de groep fullerenen. Een koolstofnanobuis is een opgerolde laag grafeen, hol vanbinnen, waarbij de lengte tienduizenden malen groter kan zijn dan de diameter.

Chemotaxis

is het verschijnsel dat organismen zich verplaatsen als gevolg van de concentratie van bepaalde stoffen in de omgeving. Zo kan het zijn dat macrofagen naar de ontstekingshaard worden aangetrokken door stoffen die worden uitgescheiden door de bacteriën die de ontsteking veroorzaken.

clockwise/counter-clockwise/tumbling/random walk

zie plaatje