Pathogenetica H3: Methoden om de prevalentie van erfelijke aandoeningen terug te dringen

0.0(0)
studied byStudied by 0 people
learnLearn
examPractice Test
spaced repetitionSpaced Repetition
heart puzzleMatch
flashcardsFlashcards
Card Sorting

1/118

flashcard set

Earn XP

Study Analytics
Name
Mastery
Learn
Test
Matching
Spaced

No study sessions yet.

119 Terms

1
New cards
Hoe kunnen we aandoeningen onderverdelen? (3)
* Manier van overerving
* Beschikbaarheid DNA test -> makkelijker selecteren
* Geassocieerd met ras-standaard of niet
* extreme selectie naar bepaalde types (**hypertypes**)
* aandoeningen die hier los van staan
2
New cards
Ras
Groep dieren met gemeenschappelijke voorouders en welbepaalde karakteristieken
3
New cards
Ras-standaard
* Karakteristieken die vastgelegd worden voor een ras
* Niet statisch, hoewel vaak beweerd wordt van wel!
* hypertypes vaak opgenomen in rasstandaard
4
New cards
Fenotype geassocieerd met ras-standaard bij ridgebacks
* Predispositie voor dermoïd sinus → verbinding tussen huid en ruggenmerg
* ridge is autosomaal dominant → duplicatie van meerdere genen → associatie met dermoid sinus


* Verbinding kan voorkomen in verschillende gradaties
5
New cards
Penetrantie kan varieren met genotype: juist/fout
juist!

bv. Ridgebacks en dermoid sinus → 10% voor heterozygoten en 56% voor homozygoten

(= % individuals with a certain genotype that show the expected phenotype)
6
New cards
Hoe kunnen we het probleem van dermoïd sinus oplossen? (5)
* Toelaten ridgeless te kweken → lost probleem niet op, maar risico neemt wel af
* Toelaten ridgeless te kweken, en geen homozygoten onderling
* Toelaten ridgeless te kweken, geen homozygoten onderling en geen heterozygoten onderling
* Ridge verbieden → blijft een heel klein deel van de populatie over om te kweken → gebrek aan genetische variatie → nieuw probleem

===> best: verstandig combineren en ras-standaard aanpassen
7
New cards
Witte vacht en blauwe iris geeft een verhoogd risico op ..
* Sensorineurale doofheid
* Vooral bij dalmatiërs → patches (vlekken aanwezig bij geboorte) geven een verlaagd risico → niet toegelaten volgens ras-standaaard
* complexe overervingspatroon → doorheen het genoom, meerdere plaatsen waar geassocieerde varianten voorkomen
8
New cards
Oplossing sensorineurale doofheid Dalmatier
* = complexe overerving (h^2 = 0.27)
* aanpassing rasstandaard → toelaten patches
* andere: gebruik fenotype van ouderdieren → duidelijker beeld van risico nakomelingen
9
New cards
Brachycefalie bij de burmees (genotypes)
* Homozygoot wild allel → normale burmees
* Heterozygoot → brachycephaler = “contemporary” burmees
* Homozygoot mutant allel → zwaar craniofaciaal defect (vaak levend geboren)
* oplossing: kruising heterozygote en homozygote wildtype
10
New cards
Osteochondrodysplasie
* Structurele, metabole en endocriene defecten beïnvloeden de normale kraakbeen en/of botgroei waardoor een abnormaal gevormd skelet ontstaat.


* Heterozygote dieren hebben ook een mate van osteochondrodysplasie → variabele expressie
11
New cards
Osteochondrodysplasie bij de Scottisch Fold (6)
* autosomaal dominant kenmerk
* normale oren bij geboorte, op 3-4 weken begint vouwen
* klinische klacht: mank, niet willen bewegen, …
* distale voor- en achterpoten aangetast
* Scottish fold nu verboden in BE?
* missense mutatie in TRP4 → gen geassocieerd met normale celdifferentiatie en homeostase
12
New cards
Kenmerken manx katten (3)
* 1 allel geeft aanleiding tot alle soorten verkorte staart → **variabel expressie**
* autosomaal dominant patroon
* Genetische heterogeniteit → verschillende allelen gevonden geassocieerd met verkorte staart, geven zelfde fenotype
* __Embryolethaal in homozygote toestand__
13
New cards
Brachyurie (shortened tail) klinische belang
* 20% vd Manx katten: **additionele congenitale anomalieen**
* ook bij bv Corgis vastgesteld
* zowel bij kat als hond mutaties in het T-gen
* oplossing: verstandig combineren → nadenken over verbod
14
New cards
Sporadische mutaties, __niet geassocieerd met de rasstandaard__
* rasspecifiek → SeSAME
* (Seizures, Sensorineural deafness, Ataxia, Mental retardation and Elektrolyte imbalance)
* wijd verspreid → bv. degeneratieve myelopathie
15
New cards
Complicaties sporadische mutaties (6)
* **overerving niet gekend** → dominant? recessief? de novo? of niet eens overerfelijk (fenokopie)
* **multifactoriele overerving** → bv heupdysplasie: aantal nakomelingen met heupdysplasie stijgt met hoe meer aangetast de ouder dieren zijn
* **dragers recessief allel** → selecteren tegen recessief moeilijk als dragers nier herkend zijn
* **genetische heterogeniteit**
* **milde aandoening of laat optreden** → er wordt met dieren gefokt die nog geen symptomen vertonen of verminderde penetrantie hebben
* **hoge frequentie van de aandoening →** uitsluit van fok geeft ook problemen door lage genetische diversiteit
* **geringe genetische diversiteit**
16
New cards
Bottleneck (3)
* de populatiegrootte is tijdelijk sterk verminderd, gevolgd door groei
* oorzaken divers: oorlog, infectie,
* een groot deel van de populatie is dan drager van dezelfde mutatie → verantwoordelijk voor verspreiding van ziektes
17
New cards
Founder effect
* Specifiek voorbeeld van bottleneck
* Klein deel van de populatie vormt de basis voor een nieuwe populatie (bv. bij maken nieuw ras)
* aantal mogelijke onverwante combinaties klein
* Diversiteit gaat verloren
18
New cards
Popular sire effect
* Populair fokdier wordt veelvuldig gebruikt
* gebeurt nog vaak → bv. een bepaald manelijk dier drukt zware stempel op navolgende generaties
* Er kan een sterke spreiding van zijn van (recessieve) mutante allelen
19
New cards
Spondyloepifyseale dysplasie bij de miniatuur poedel
* voorbeeld van popular sire effect
* groeiretardatie, ‘klompvoet’, dorsoventrale afplatting thorax, verkorte en gebogen lange beenderen
* was tracked back → 1 reu die veel was gebruikt (kampioensschaps-winnaar)
20
New cards
Richtlijn met betrekking tot popular sire effect
Geen enkel dier mag \>5% van de nakomelingen in een populatie hebben over 5j
21
New cards
Lijnteelt
Dieren zijn verder van elkaar verwant, maar eigenlijk is het gewoon inteelt

* bedoeling: snel fixeren van fokkenmerk
* gevolg:
* verhoogde voorspelbaarheid fokresultaat
* fixering negatieve kenmerken
22
New cards
waarom aan inteelt gedaan?
* familie lijkt op elkaar → meer voorspelbaar doorgegeven kenmerk
* echter: ook negatieve kenmerken doorgegeven → kan leiden tot 2 slechte alellen voor recessieve ziekten
23
New cards
Gevolgen van fokpraktijken bij de hond (3)
* Fenotypische diversiteit uitzonderlijk hoog → veel verschillende rassen
* **Prevalentie ziekten hoog**
* **Genetische diversiteit laag**
24
New cards
Hoe ontstaat snelle evolutie, ondanks de lage genetische diversiteit?
O.a. door strand slippage → frequentie \~ 10^-3
25
New cards
Snelle evolutie van brachycephalie
* strand slippage → van de tandem repeats in het RUNX2 gen → (multifactorial so this is not the only cause of the face shape)
* verhouding tussen glutamines en de alanines was geassocieerd met de vorm van de schedel
* ook een duidelijke link met humane brachycephalie
26
New cards
Mogelijke oorzaken voor een verlies aan diversiteit (4)
- Bottleneck
- Founder effect
- Popular sire efect
- Inteelt

\==\> kunnen samen leiden tot extinctievortex
27
New cards
Extinctievortex
Soort circulaire beweging waarbij we uiteindelijk een populatie krijgen die niet meer levensvatbaar is

* start met kleine populatie → moeilijk om met niet-verwanten te kweken → stijging inteelt en genetische drift → fitness daalt
28
New cards
Consequenties van brachycephale schedels (3)
* BAOS = brachycephalic airway obstruction syndrome
* BOS = brachycephalic ocular syndrome
* dermatitis thv plooien
29
New cards
3 hondenrassen met fixatie van brachycephalie
* pekinees
* franse bulldog
* bulldog
* oplossing: gaan kruisen met ras dat wel variabiliteit heeft voor dat gen → breeders are against this because then “ruining” a breed
30
New cards
Hoe kunnen we genetische diversiteit bepalen? (2)
* Stamboomanalyse
* Genetische merkers → obv DNA
31
New cards
Hoe kunnen we de inteeltgraad F voor een populatie bepalen? (2)
OPTIE 1

* Voor individuen waarvan de ouders bekend zijn → inteeltgraad berekenen
* Voor individuen waarvan geen ouders bekend zijn → assumptie inteeltgraad = 0
* Gewogen gemiddelde van beide → = inteeltgraad **populatie**


OPTIE 2

* Voor individuen waarvan de ouders bekend zijn → inteeltgraad berekenen
* Gemiddelde inteeltgraad (zal hoger of gelijk zijn aan optie 1)
32
New cards
Is inteelt te vermijden in een gesloten populatie?
nee

* als je ver genoeg terug gaat kom je op een bepaald punt altijd verwanten tegen
* MAAR je kan het wel onder controle gaan houden dmv inteelt uitdrukken in inteelttoename (∆F)
* grotere populaties hebben een lagere ∆F
33
New cards
Formule effectieve populatiegrootte Ne
Ne \= 1 / 2∆F
34
New cards
Welke maximale waarde van ∆F wordt aanvaard?
0,5-1% (= 0.005-0.01)
35
New cards
De nauwkeurigheid van F is afhankelijk van ..
De volledigheid en juistheid van de stamboom
36
New cards
Pedigree completeness index PCI
* om de volledigheid van de stamboom uit te rekenen
* index russen 0 en 1
* als ouders aan 1 kant ontbreken = 0
* *ai* → het aandeel gekende voorouders in generatie i en *g* het aantal generaties
* C = completeness on either mother or fathers side
37
New cards
Complete generation equivalents CGE
* N = totale aantal dieren in laatste generatie van populatie
* n*j* = het totaal aantal voorouders van dier
* g*ij* = aantal generaties tussen dier j en voorouder i
* (→ idk → lets hope its not really asked)
38
New cards
Generatie interval
- Geen direct effect op de genetische diversiteit, maar bepaalt wel de evolutie van de diversiteit per jaar
- Soorten met een lang generatie interval evolueren trager dan soorten met een kort generatie interval
39
New cards
Genetische merker
* een variant die op het genoom zit en die __niet perse zelf het fenotype gaat veroorzaken__!
40
New cards
DNA merkers voor diversiteitsbepaling (2)
* Microsatellieten (/short tandem repeats) → meest variabel per locus
* SNPs → compenseren door aantal SNP te verhogen
* op 1 bepaalde plaats max 4 opties → de 4 nucleotiden
41
New cards
Genetisch: inteelt leidt tot…
* meer homozygositie
* minder heterozygositie
42
New cards
Hoe kunnen we DNA merkers gebruiken voor het bepalen van de genetische diversiteit? (2)
* Bepalen van het aantal allelen van hypervariabele loci (microsatallieten)
* eenvoudigste methode → wel problemen
* Bepalen van de heterozygositeit per locus of per genoom
43
New cards
Problemen met het bepalen van het aantal allelen per hypervariabele loci (2)
* Zeldzame allelen worden niet gedetecteerd bij een (te) kleine steekproef
* Houdt geen rekening met frequentie → enkele met aantal verschillende
44
New cards
Interpretatie van de heterozygositeit per locus of genoom (4)
Indien hoog:

* Aanwijzing voor langdurige natuurlijke selectie in heterogene milieus
* (in homogene milieus ga je selecteren naar dieren die het best aangepast zijn)
* Mengen van eerder geïsoleerde rassen


Indien laag

* Isolatie van populatie
* Inteelt
45
New cards
Waargenomen heterozygositeit, Hw
* % heterozygote loci per individu → genoomniveau

OF

* % heterozygote individuen per locus → locusniveau
46
New cards
F-indices (3)
* Fis = inbreeding coefficiënt = **I**ndividual within **S**ubpopulation
* Fst = fixation index = **S**ubpopulation within **T**otal population
* Fit = overall fixation index = **I**ndividual within **T**otal population
* Fis = inbreeding coefficiënt = **I**ndividual within **S**ubpopulation
* Fst = fixation index = **S**ubpopulation within **T**otal population
* Fit = overall fixation index = **I**ndividual within **T**otal population
47
New cards
Mogelijke heterozygositie-waarden
* Hwi = waargenomen heterozygositeit in subpopulatie
* Hvs = verwachte heterozygositeit in subpopulatie = **2pq**
* Hvt = verwachte heterozygositeit in populatie
48
New cards
Fis, ‘inbreeding coefficient’
* < 0 → meer heterozygositeit dan verwacht → uitkruising
* > 0 → minder heterozygositeit dan verwacht → inteelt
* = de mate van inteelt in een subpopulatie
49
New cards
Fst, ‘fixation index’
* = de mater van genetische differentiatie tss subpopulaties
* loopt van 0 tot 1.0 (complete differentiatie → subpopulaties zijn gefixeerd voor verschillende allelen)
* grootordes
* 0.0-0.05 → weinig genetische differentiatie
* 0.05-0.15 → matige genetische differentiatie
* 0.15-0.25 → grote genetische differentiatie
* > 0.25 → zeer grote differentiatie
50
New cards
vergelijking stambomen en DNA merkers
* stambomen
* nadelen:
* gevoeligheid voor fouten
* stamboomdiepte bepaald nauwkeurigheid
* voordeel:
* kost niets (buiten ‘tijd’)
* merkers
* nadelen:
* voldoende nauwkeurigheid pas bij voldoende merkers
* kostprijs per merkers
* → dankzij technologische evolutie eigenlijk geen nadeel meer
51
New cards
Wat is erg belangrijk bij de selectie van fokdieren?
Correcte fenotypering → maar niet altijd evident

* vals +ve → dier is gezond maar we gaan er niet mee fokken
* vals -ve → dier is eigenlijk ziek maar gaat wel gebruikt worden in de fok
52
New cards
Canine hipdysplasia CHD
* __varying degree of laxity__ (= amount of movement of the femoral head in the acetabulum)
* will finally lead to osteoarthritis
53
New cards
Diagnostiek heupdysplasie (2)
- Trachten laxiteit van het heupgewricht en/of artrose aan te tonen
- Standaard maken we een VD opname van de heup met extensie van de achterpoten
54
New cards
Problemen bij de diagnostiek van heupdysplasie (4)
* Laxiteit → manier van foto's maken is suboptimaal voor het aantonen van laxiteit → __onderschatting__
* Leeftijd → foto's worden meestal op 12-18m genomen, terwijl de meerderheid van de honden pas artrose ontwikkeld vanaf 2j
* Sedatie → protocol heeft invloed op resultaten → zonder sedatie: laxiteit verbergen
* Interobserver agreement → verschillende specialisten geven vaak verschillende antwoorden
55
New cards
Oplossing diagnostiek heupdysplasie
* VMBDD voor aantonen laxiteit (vanaf 6m)
* (Vezzoni modified Badertscher distension device)


* In combinatie met RX voor aantonen artrose
56
New cards
Waarom is VMBDD een oplossing?
* laxity → designed to detect laxity → more standardised approach
* age → primary cause of HD detected around 6 months?
* sedation → always sedated
* good interobserver agreement
57
New cards
Welke mbv verdient de voorkeur om elleboogdysplasie te detecteren?
CT

* is duurder dan RX maar is de gouden standaard → correcte fenotypering is super belangrijk!
58
New cards
Genetische vooruitgang (δG)
* = respons op de selectie (R) / het selectie effect
* Verschil tussen nakomelingen gemiddelde en gemiddelde van de ouderpopulatie
* Verwachte waarde die we gaan boeken op 1 generatie
* δG = Xn - Xp
59
New cards
Welke zaken beïnvloeden de genetische vooruitgang? (4)
- De erfelijkheidsgraad van het kenmerk (h2)
- De selectiedifferentiaal (S) en selectie-intensiteit (i)
- De standaardafwijking (σ)
- Het generatie interval (g)
60
New cards
Selectiedifferentiaal, S
* Maat voor de strengheid van selectie
* geeft de **gemiddelde meerwaarde van de geselecteerde ouders** (Xo) ten opzichte van de gewone populatie (Xp)
* S = Xo-Xp
61
New cards
de selectie-intensiteit, i
= de gestandardiseerde selectiedifferentiaal

* S uitgedrukt in eenheden van datgene waar we op selecteren
* **i is eenheidsloos** → zo kan je vergelijken tss populaties en kenmerken
62
New cards
Limitaties van de strengheid van selectie (6)
* **Selectie** onder **mannelijke dieren vaak strenger** dan onder vrouwelijke dieren → verschil in **i** tussen beide geslachten
* **Opfokpercentage**: het % levend geboren dieren dat als jong fokdier weerhouden moet worden zodat de fokstapel in stand wordt gehouden over verschillende populaties
* **Vruchtbaarheid**
* **Gemiddelde levensduur**
* **Aantal kenmerken waarop geselecteerd wordt** → i wordt lager naarmate er op meer kenmerken geselecteerd wordt
* **σF en σA nemen af per generatie waardoor het selectie-effect daalt**. Als σA daalt, daalt σF niet gelijkmatig.
* intuitief → doel van selectie: meer uniforme goede dieren dus daling variantie → op een bepaald moment fixatie vd goede allelen
63
New cards
Generatie interval (g) in het kader van genetische vooruitgang
* beinvloed niet de vooruitgang per generatie
* wel de vooruitgang per tijdseenheid
64
New cards
Hoe bepalen we het generatie interval (g)?
* Bij **discrete,** goed afgebakende generaties: **g = gemiddelde leeftijd ouders bij laatstgeboren**
* selectie onder nakomelingen gebeurt pas nadat alle kandidaten beschikbaar zijn, dus wachten tot laatstgeboren individu
* Bij **overlappende generaties**: **g = gemiddelde leeftijd ouders bij alle nakomelingen die worden geselecteerd**
65
New cards
Het generatie interval wordt beïnvloed door ..
Verschillen tussen diersoorten en verschillen tussen geslachten

→ g dikwijls groter bij mannelijke dieren dan vrouwelijke
66
New cards
δGt daalt met stijgende/dalende g
δGt daalt met stijgende g
δGt daalt met stijgende g
67
New cards
Selectiemethodes (5)
* zuiver fenotypische selectie
* fokwaardeschatting
* genomische selectie
* DNA testen
* kansberekeing adhv stambomen
68
New cards
Fokwaardeschatting (3)
* = zo nauwkeurig mogelijk inschatten van de additieve genetische aanleg op basis van zoveel mogelijk fenotypische waarnemingen
* fenotypes van fokdieren, verwanten, nestgenoten, nakomelingen
* Alle kenmerken met additieve genenwerking kunnen ingesloten worden en een ‘gewicht’ krijgen
69
New cards
Fokwaardeschatting: gebruik maken van:
* **waarde vh individu zelf** → niet altijd mogelijk b. post mortem diagnose
* **ouders en verdere voorouders**: sneller (g = relatief klein) → nier zo nauwkeurig
* **collaterale verwanten** (tijdgenoten): nauwkeurigheid afhankelijk v hoeveel beschikbaar
* **nakomelingen vh individu**: meest betrouwbaar, maar grotere g
70
New cards
Fokwaarde (3)
* Resultaat van de vergelijking waarbij elk dier voor een bepaald kenmerk een bepaalde waarde krijgt die het resultaat is van de waarden van familie
* = statistische waarde
* Familiewaarden hebben een bepaald gewicht → weergeven met regressiecoëffiënt b
* Absoluut of relatief door toevoegen/verwijderen populatiegemiddelde *X*
71
New cards
Voordelen fokwaardeschatting tov zuiver fenotypische selectie (2)
- Correctere inschatting van de waarde van het dier
- Snellere vooruitgang mogelijk
72
New cards
Marker-assisted selectiong vs DNA test → situering
* causale mutatie gekend → **directe DNA test** voor de mutatie zelf
* bv. SOD1 degeneratieve myelopathie
* causale mutatie **niet gekend**, maar merker geassocieerd met het fenotype gekend → DNA test voor merker = marker-assisted selectie
73
New cards
Marker-assisted selectie
De causale mutatie is niet gekend, maar wel een merker geassocieerd met het fenotype
74
New cards
Marker-assisted selectie is gebaseerd op ..
Linkage disequilibrium → allelen op 2 (of meer) loci komen vaker samen voor dan je at random zou verwachten (kan linkage of toeval zijn)

→ verband sterker als ze fysiek dicht bij elkaar liggen → hogere kans op associatie
75
New cards
Waarom is marker-assisted selectie niet geschikt voor multifactoriële aandoeningen? (2)
* Overschatting van de genetische variatie
* Lage linkage disequilibrium tussen de gebruikte merkers en QTL (quantative trait loci)
76
New cards
Genomische selectie
- Er worden veel merkers gebruikt, verspreid over het genoom
- Kan ook voor meerdere kenmerken tegelijk gebruikt worden
77
New cards
2 populaties bij genomische selectie nodig:
* Referentiepopulatie → genotypering + fenotypering
* zo kan je de link leggen tss varianten en fenotypen


* Rest populatie → genotypering → kennen fenotype niet: fenotype schatten op basis van genotype
78
New cards
Voordelen van genomische selectie (2)
* Genotypering kan gebeuren kort na de geboorte → nog voor fenotype geuit wordt → kleinere g (selectie kan al op jongere leeftijd)


* Geen fenotypische informatie nodig van verwanten → kleinere g
79
New cards
Nauwkeurigheid vd schatting van Genetische Vooruitgang (2)
* nauwkeurigehid schatting SNP effect → afhankelijk van N en h^2
* LD tss SNP en causale (meestal onbekende) variant → afhankelijk van **genoomstructuur** (haplotypes)
80
New cards
Haplotype (3)
* Regio's van het genoom die samen overerven door genetische linkage
* Door geleidelijke recombinatie worden deze regio's steeds kleiner
* Binnen een haplotype gaan varianten samen overerven → als je 1 variant typeert heb je informatie over het hele blok
81
New cards
Haplotypes en linkage disequilibrium
* binnen haplotypes: hoge LD
* tussen haplotypes: lage LD
* binnen haplotypes: hoge LD
* tussen haplotypes: lage LD
82
New cards
Het aantal haplotypes binnen een genoom is afhankelijk van ..
* de lengte van het genoom (L in Morgans) → hoe langer hoe meer blocks
* de effectieve populatiegrootte Ne → kleine Ne = grote haplotype blokken → minder merkers nodig om ze te volgen
83
New cards
Standaard stappen voor een DNA test
Staalname → DNA isolatie → PCR amplificatie → gebruikte test (bv. elektroforese) → analyse DNA patroon
84
New cards
PCR-RFLP
* Polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism
* Er worden restrictie enzymen toegevoegd die een bepaalde plaats herkennen
* Er wordt dan geknipt als een bepaald allel aanwezig is → kiezen allel die enkel aanwezig is in mutant → kleinere stukken bewegen sneller door gel
85
New cards
Zijn C en D homo- of heterozygote?
Zijn C en D homo- of heterozygote?
heterozygote

→ als homozygote aangetast: zou enkel de 2 onderste bandjes hebben
86
New cards
TaqMan assay
* Allel-specifieke **probe** met reporter en **quencher**. De reporter kan een fluorescent signaal uitzenden, maar dit wordt onderdrukt door de **quencher**.
* Probe bindt op het allel (indien aanwezig) en wordt bij replicatie geknipt door polymerase → reporter en quencher gaan uit elkaar → reporter kan fluorescent signaal uitzenden
* Kunnen ook twee probes toevoegen met uniek golflengte van quencher → 1 voor wildtype en 1 voor mutant allel → als heterozygote zien we beide golflengtes
* Allel-specifieke **probe** met reporter en **quencher**. De reporter kan een fluorescent signaal uitzenden, maar dit wordt onderdrukt door de **quencher**.
* Probe bindt op het allel (indien aanwezig) en wordt bij replicatie geknipt door polymerase → reporter en quencher gaan uit elkaar → reporter kan fluorescent signaal uitzenden
* Kunnen ook twee probes toevoegen met uniek golflengte van quencher → 1 voor wildtype en 1 voor mutant allel → als heterozygote zien we beide golflengtes
87
New cards
Sanger sequenering
* start met template unknown sequence → toevoeging DNA polymerase en dNTPs en ddNTPs (met eigen fluoroscerende kleur)
* als dNTP ingebouwd krijg je elongatie → als ddNTP ingebouwd geen verlenging meer → gebeurt ad random
* complementaire streng gesynthetiseerd → denatureren → terug ssDNA → worden in gel gezet → kleinere fragmenten (ddNTP eerder ingebouwd) bewegen sneller
* gaan door een laser en gaan fluorosceren → machine kan lezen welke nucleotide A, C, G of T ingebouwd en op welke lengte
* start met template unknown sequence → toevoeging DNA polymerase en dNTPs en ddNTPs (met eigen fluoroscerende kleur)
  * als dNTP ingebouwd krijg je elongatie → als ddNTP ingebouwd geen verlenging meer → gebeurt ad random
* complementaire streng gesynthetiseerd → denatureren → terug ssDNA → worden in gel gezet → kleinere fragmenten (ddNTP eerder ingebouwd) bewegen sneller
* gaan door een laser en gaan fluorosceren → machine kan lezen welke nucleotide A, C, G of T ingebouwd en op welke lengte
88
New cards
Materiaal voor DNA testen
Al het biologisch materiaal met gekernde cellen kan gebruikt worden → bloed is ideaal (op EDTA)
89
New cards
Kansberekening adhv stambomen
= kans moeder aangetast x kans vader aangetast x kans nakomeling aangetast
90
New cards
Wanneer gebruiken we welke methode?
* Indien DNA test voorhanden → DNA test
* Mendeliaanse aandoeningen → marker-assisted selection, stamboomanalyse
* Multifactoriële aandoeningen → fenotypische selectie, fokwaarden, genomische selectie
91
New cards
Waardoor kunnen systematische fouten ontstaan in DNA-testen?
DNA varianten waarvan men niet op de hoogte is

\
→ bv. degeneratieve myelopathie

* in bepaalde rassen werden heterozygoten getypeerd als homozygoot mutant vanwege insertiemutatie thv allelspecifieke primer voor wild-type allel → kon dus niet binden dus enkel mutant allel gedecteerd
92
New cards
Nadelen van marker-assisted selection (3)
* Er kan recombinatie optreden tussen de marker en locus → hoe snel dit gebeurt is afhankelijk van de afstand tussen de twee
* Enkel geldig voor populatie waarin de associatie gelegd is
* Enkel geldig voor korte periode → afhankelijk van hoe sterk ze gelinkt zijn
93
New cards
If a test is on the market it is proven reliable?
NEE

→ labos bieden ook testen aan die niet effectief zijn
94
New cards
Doel van het gebruik van DNA testen (3)
* Populatie → verminderde frequentie genetische aandoeningen
* Individu → voorkomen geboorte aangetaste dieren
* Maximaliseren genetische diversiteit!
* grote voordeel van DNA testen!
95
New cards
Wanneer mogen we kruisen met aangetaste dieren?
Enkel als het welzijn van het dier zelf en de nakomelingen niet aangetast wordt
96
New cards
Welke assumptie maken we als we DNA-testen combineren?
De genetische oorzaak van de verschillende aandoeningen is **ongelinkt** → meestal is dit het geval, maar niet altijd

\
bv: duitse herder getest voor deg. myelopathie, MDR1 en haarlengte → ongelinkt
97
New cards
Fokadviezen recessieve aandoeningen (3)

1. **uitsluiting van alle dragers en aangetaste dieren**


1. snelle daling populatiegrootte en dus snelle daling genetische diversiteit
2. **uitsluiting van alle aangetaste dieren** → vrije en drager dieren gebruikt bij de fok
3. **geen uitsluiting** → alle dieren gebruikt


1. zo behouden we de meeste genetische diversiteit
98
New cards
Kan er zonder uitsluiting gezorgd worden dat geen zieke dieren geboren worden? (recessief)
Ja!

→ geen dragers onderling kruisen

→ geen aangetaste dieren onderling kruisen

→ geen dragers met aangetaste dieren kruisen

(enkel ermee fokken als het welzijn van dier zelf niet aangetast!!)
99
New cards
Recessieve aandoeningen komen meer voor dan dominante aandoeningen
juist
100
New cards
Dominante aandoening: elk dier dat mutatie heeft is ziek
nee → door verminderde penetrantie

juiste bewoording = elk dier dat mutatie heeft is **genetisch ziek**