molekuline biologija

Išvardinkite transkripcijos proceso etapus, trumpai parašykite kas vyksta kiekvieno etapo metu (ne daugiau nei vieno sakinio kiekvienam etapui)

1. Iniciacija - Prie promotoriaus prisijungia RNR polimerazė ir susidaro RPc, po to prie pirmojo transkribuojamo nukleotido išsiskiria DNR grandinės ir susidaro RPo.

2. Sintezė (elongacija) - RNR polimerazė sintetina RNR molekulę.

3. Terminacija - Dėl terminacijos signalų RNR polimerazė disocijuoja iš transkripcijos komplekso, vyksta transkripto atpalaidavimas.

Kokie DNR koduojami elementai (DNR sritys) svarbiausi prasidėti ir pasibaigti transkripcijai? (atviras kl.)

Promotorius (DNR nukleotidų sritis, kuri nustato transkripcijos pradžios nukleotidą (+1), aktyvina transkripciją. Parodo kuria kryptimi turi vykti transkripcija)

ir

Terminatorius

Kokie komponentai reikalingi transkripcijai?

1. RNR polimerazė

2. Transkripcijos veiksniai

3. DNR matrica

4. Ribonukleozidtrifosfato

5. GTP

Išvardinkite transkripcijos procese dalyvaujančius komponentus

1 - RNR

2 - Matricinė DNR grandinė

3 - Koduojanti DNR grandinė

4 - RNR polimerazė

5 - Transkripcijos burbulas

Kas yra ne branduolio eukariotų RNR polimerazės?

• Mitochondrijų polimerazės

• Chloroplastų polimerazės

Jei koduojančioje DNR grandinėje seka yra 5’-CTTGACA-3’ kokia bus RNR transkripto seka?

5’-CUUGACA

Kurie teiginiai apie eukariotų RNR polimerazes teisingi?

• Eukariotai turi bent 3 RNR polimerazes, sintetinančias atitinkamai rRNR, iRNR, tRNR ir kitas mažąsias RNR

• Eukariotai turi skirtingas branduolio (bent 3) ir organelių polimerazes, sintetinančias RNR tam tikrame ląsteles kompartmente

Kokie promotorių elementai būdingi eukariotų polimerazės II atpažįstamiems genams?

Tolimieji reguliaciniai genai:

Artimieji promotoriaus elementai:

Šerdinis promotorius:

Tolimieji reguliaciniai genai: nutolę nuo (+1) nuo 700 iki 100000). Stiprikliai, slopikliai, izoliatoriai, LCR.

Artimieji promotoriaus elementai: GC dėžutė (CpG salelė)

Šerdinis promotorius: TATA dėžutė, BRE ir kt. sritys

Kuris teiginys(iai) apie bakterijų RNR polimerazes yra teisingas(i)?

Bakterijos turi vieną RNR polimerazę, kuri sintetina visas ląsteles RNR

Kas būdinga nuo Rho veiksnio nepriklausomai transkripcijos terminacijai?

• Signalas koduojamas DNR sekoje

• RNR 3’ gale U turtinga sritis susilpnina DNR-RNR sąveiką

• Transkripte susidaro segtuko formos struktūra, destabilizuojanti RNR polimerazės kompleksą

1. Tolimieji reguliaciniai elementai

2. Artimieji promotoriaus elementai

3. Šerdinis promotorius

4. Pagrindiniai transkripcijos veiksniai

5. Ko-aktyvikliai

Kuo ypatingi eukariotų RNR polimerazės III promotoriai

Polimerazė su transkripcijos veiksniais atpažįsta įvairių struktūrų promotorius, dalies jų reguliaciniai elementai yra priešsrovinėje DNR dalyje, o dalies — pasrovinėje

1. -35

2. -10

3. +1

4. Promotorius (?)

Ar RNR polimerazei būdingas klaidų taisymas?

Taip, RNR polimerazė pasižymi endonukleaziniu aktyvumu, nuskeldama neteisingai suporuoto transkripto 3’ galą

Kaip modifikuojama bręstanti eukariotų iRNR? (kokie pokyčiai pre-iRNR turi įvykti, kad susidarytų subrendusi iRNR) (atviras kl.)

Patiria 5’ galo modifikavimą, kepurės uždėjimą ir 3’ galo modifikavimą, kai prijungiama poli(A) uodega. Galiausiai patiria splaisingą.

Kas vadinama splaisingu? (apibrėžimas)

intronų iškirpimo procesas.

Dar yra apibrėžimas: pre-iRNR brendimo procesas, kurio metu baltymo nekoduojančios sekos pašalinamos iš transkripto ir baltymą koduojančios dalys sujungiamos. Vyksta branduolyje. Būdinga eukariotams

Kas būdinga prokariotų ir eukariotų pre-rRNR?

Kelis genus koduojantis pradinis transkriptas —

Pradinis transkriptas skeliamas į mažesnius —

Intronų pašalinimas —

Nukleotidų modifikavimas —

Kelis genus koduojantis pradinis transkriptas — Eukariotai ir prokariotai

Pradinis transkriptas skeliamas į mažesnius — Eukatiotai ir prokariotai

Intronų pašalinimas — Eukariotai

Nukleotidų modifikavimas — Eukariotai ir prokariotai

Kurie teiginiai apie tRNR brendimą teisingi?

• Molekulės 3’ gale gali būti prijungtos papildomos sekos

• Bręstant pre-tRNR kerpami ir kitaip modifikuojami 3’ ir 5’ molekulės galai

• Bręstant pre-tRNR, modifikuojami jos nukleotidai

Kuo svarbus eukariotų iRNR 3’ galo modifikavimas?

• Padidina molekulės stabilumą

• Svarbi efektyviai transliacijai

• Reikalinga iRNR pernašai iš branduolio į citozolį

1. intronas

2. egzonas

3. splaisingas

???

Kam svarbus RNR brendimas?

• RNR molekulių pernešimu iš branduolio į citozolį

• Didina RNR molekulės stabilumą

• Bręstant susidaro funkcionalios RNR molekulės, kurias gali atpažinti kiti ląstelės komponentai

• Brendimo metu galima reguliuoti genų raišką

Iš ko sudaryta splaisosoma?

• Savitieji splaisosomos baltymai, Sm baltymai

• snRNR

Kas yra splaisingo cis ir trans veiksniai?

• cis veiksniai — RNR transkripto elementai, nukreipiantys splaisingo veiksnius į reikiamas vietas.

• trans veiksniai — elementai padedantys įvykti splaisingui.

Kuo svarbus tRNR molekulių nukleotidų modifikavimas?

• Iškodavimo proceso tikslumui ribosomoje

• tRNR molekulės tretinės struktūros palaikymui

Kokius funkcinius veiksnius galima išskirti ribosomoje, kas juose lokalizuota/vyksta transliacijos metu? (ne daugiau vieno sakinio vienam funkciniam centrui apibūdinti)

1. P sritis (peptidyl) yra išsidėsčiusi tRNR molekulė su prisijungusiu sintetinamu polipeptidu.

2. A sritis (aminoacyl) - ten yra išsidėsčiusi tRNR su prisijungusia aminorūgštimi.

3. E sritis (exit) - deacilintos tRNR išėjimo vieta.

4. A ir P srityse yra iškodavimo centras - tRNR antikodonų sąveikos su iRNR kodonais vieta.

5. Peptidiltransferazinis centras (PTC) - peptidinio ryšio susidarymo vieta.

6. Peptido išėjimo tunelis.

Kaip turi būti paruošiamos aminorūgštys įjungimui į baltymo sudėtį ribosomoje? (atviras kl.)

1. Aminorūgštys aktyvinamos panaudojant ATP, susidaro aminoacil-AMP.

2. Prisijungia tRNR, aminorūgštis perkeliama nuo AMP prie 3’ tRNR galo, susidaro daug energijos turintis esterinis ryšys.

Kokie ląstelės komponentai būtini vykti transliacijai? (atviras kl.)

1. Matrica - iRNR

2. polimerazė - ribosomos

3. monomerai - tRNR atnešamos aminorūgštys

4. energija - ATP ir 2 GTP

Kokias funkcijas atlieka ribosomos mažasis ir didysis subvienetai?

Kas:

1. Užtikrina tikslią sąveiką tarp iRNR kodonų ir tRNR antikodonų?

2. Prijungia transliacijos matricą iRNR

3. Tiksliai išdėsto pirmuosius transliuojamus kodonus ribosomoje

4. Užtikrina peptidinio ryšio susidarymą

5. Jame yra transliacijos veiksnių prisirišimo vieta

6. Dalyvauja iRNR ir tRNR perstūmime transliacijos metu

7. Jame yra kanalas, kurio peptidas išeina iš ribosomos

1. Mažasis

2. Mažasis

3. Mažasis

4. Didysis

5. Didysis

6. Mažasis

7. Didysis

1. iRNR

2. tRNR

3. akceptorinis stiebas

4. Aminorūgštis

5. antikodono kilpa ?

6. Antikodonas

7. Kodonas

Kaip nustatoma transliacijos pradžios vieta prokariotuose?

Mažojo ribosomos subvieneto 16S RNR elementas atpažįsta konservatyvią iRNR Shine-Dalgarno seką

Kas vyksta transliacijos terminacijos metu?

• Ribosomos subvienetai išardomi ir iRNR pašalinama

• Ribosomos A srityje prisijungia RF terminacijos veiksniai

• Hidrolizuojamas ryšys tarp P srityje esančios tRNR ir peptido

• Prie mažojo ribosomos subvieneto prisijungia iniciacijos veiksniai IF

Kurie teiginiai apie genetinį kodą teisingi?

• Kodonų yra daugiau nei baltymų sudėtyje randamų aminorūgščių

• Trijų nukleotidų kodonas koduoja vieną aminorūgštį

Kaip nustatoma transliacijos pradžios vieta eukariotuose?

• Pre-iniciacijos kompleksas atpažįsta 5’ kepurės struktūrą

• Pre-iniciacijos kompleksas juda išilgai iRNR kol suranda ATG kodoną

Kas vyksta transliacijos elongacijos etapo perstūmimo metu?

• Perstumiama iRNR molekulė

• EF-G veiksnys hidrolizuoja GTP

Kurie teiginiai apie aminorūgščių prisijungimą prie tRNR teisingi?

• Aminorūgštys prijungiamos prie tRNR akceptorinio stiebo

• Aminorūgštis prijungia aminoacil-tRNR sintetazė

• Tarp aminorūgšties ir tRNR susidaro didžiaenergis esterinis ryšys

Kokią funkciją atlieka Transliacijos veiksnys EF-Tu?

Atneša aminoacil-tRNR į ribosomos A sritį

Kurie teiginiai apie prokariotų iniciatorinę tRNR teisingi?

• iniciatorinė tRNR molekulė skiriasi nuo metioniną nešančios tRNR

• prie tRNR prikabintas formil-metioninas

• su iniciatorine tRNR atrankiai sąveikauja IF2

Kokią funkciją atlieka bakterijų RNR polimerazės sigma veiksnys? (atviras kl.)

Jis būtinas transkripcijos iniciacijoje. Kartu su šerdine RNAP dalele sudaro holofermentą, kuris atrankiai atpažįsta promotorių, žymiai silpniau jungiasi prie bet kurios atsitiktinės DNR. Sigma veiksnys sąveikauja su -10 ir -35 priešsroviniais heksamerais, o tai užtikrina tikslų RNR polimerazės išsidėstymą pradžios nukleotido atžvilgiu. Svarbus susidarant RPc kompleksui.

Kokia kryptimi vyksta transkripcija?

5’-3’

Kas būdinga nuo Rho veiksnio priklausomai transkripcijos terminacijai?

• Prie RNR prisijungęs Rho veiksnys pasiveja RNR polimerazės kompleksą ir sukelia jo disociaciją

• Ilga viengrandinė RNR seka lemia Rho veiksnio prisikabinimą

Kokia promotoriaus sritis reikalinga prokariotų transkripcijai inicijuoti?

Artimos idealioms -35 ir -10 sritimis promotoriaus sekos lemia efektyvią transkripcijos iniciaciją, labiau skirtingos - mažiau efektyvią

Kaip susidaro subrendusios tRNR 3’ galas??

• Jei CCA seka koduojama tRNR 3’ gale, iki jos RNR sutrumpina nukleazės

• Jei CCA seka nekoduojama tRNR, ją prijungia tRNR nukleotidil transferazė

Kas būdinga eukariotų rRNR splaisingui?

rRNR intronai išsikerpa savaime (autosplaisingas)

1. deacilinta tRNR

2. tRNR (aminoacil-tRNR)

3. E sritis

4. P sritis

5. A sritis

Kaip aminorūgštys prijungiamos prie tRNR?

prijungiamos prie akceptorinio stiebo 3’ galo

Kokios prokariotų transliacijos iniciacijos veiksnių funkcijos?

IF3 —

IF2 —

IF1 —

IF3 — kartu su mažuoju ribosomos subvienetu svarbus iRNR atpažinimui

IF2 — užtikrina iniciatorinės tRNR prisijungimą

IF1 — prisijungia A srityje 30S, mažajame subvienete, neleidžia aminoacyl-tRNR patekimą. Dalyvauja pereinant į elongaciją (disocijuoja ir atlaisvina vietą naujom aminoacyl-tRNR).

Kur sukuriamas peptidinis ryšys transliacijos metu?

Ribosomos didžiojo subvienteto peptidiltransferaziniame centre

Kokie komponentai būtini transliacijos elongacijai prokariotuose?

• iRNR, 70S ribosomos ir peptidil-tRNR kompleksas

• GTP

• Aminoacil-tRNR molekulės

• Transliacijos elongacijos veiksniai

• ATP

Kokie iRNR esantys elementai svarbiausi transliacijoje?

1. Kepurė 5’

2. Poli A uodega 3’

3. RBS

4. START kodonas

5. koduojanti seka

6. STOP kodonas