Capítulo 3: Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Flashcards de vocabulario para el repaso de conceptos clave de Aminoácidos, Péptidos y Proteínas basadas en la lección.

Oligopéptido

Cadena peptídica corta compuesta por pocos residuos de aminoácidos (generalmente menos de 20 a.a.).

Zwitterion

Estado dipolar de un aminoácido sin carga neta a pH neutro (7.0), en el cual el grupo carboxilo está desprotonado ($\text{-COO}^-$) y el grupo amino está protonado ($\text{-NH}_3^+$).

Prolina

Aminoácido alifático no polar con una estructura cíclica que forma un iminoácido, lo cual restringe la flexibilidad conformacional de la cadena principal en las proteínas.

Glicina

El único aminoácido no quiral (carece de carbono-$\alpha$ asimétrico) y el más pequeño de todos, otorgando una alta flexibilidad a la cadena polipeptídica.

Tirosina

Aminoácido aromático cuyo grupo fenólico ($\text{-OH}$) es ionizable ($pK_a = 10.5$), capaz de formar puentes de hidrógeno y absorber luz ultravioleta a $280\,\text{nm}$.

Triptófano

Aminoácido aromático con un anillo indol bicíclico; presenta el coeficiente de extinción molar más alto a $280\,\text{nm}$ entre los aminoácidos aromáticos.

Cisteína

Aminoácido que contiene un grupo sulfhidrilo ($\text{-SH}$) capaz de oxidarse reversiblemente para formar puentes disulfuro (cistina), estabilizando la estructura tridimensional de las proteínas.

Histidina

Aminoácido básico que contiene un anillo imidazol con un $pK_a \approx 6.0\text{--}6.9$, siendo el único aminoácido capaz de actuar como amortiguador fisiológico a pH neutro.

Arginina

Aminoácido básico que posee un grupo guanidinio que se mantiene protonado a pH fisiológico, clasificándolo como el aminoácido más básico.

Aminoácido esencial

Aminoácido que el organismo humano no puede sintetizar endógenamente y debe ser incorporado a través de la dieta (ej. His, Ile, Leu, Lys, Met, Phe, Thr, Trp, Val).

Glutatión (GSH)

Tripéptido antioxidante (Glu-Cys-Gly) que neutraliza las especies reactivas de oxígeno (ROS) y radicales libres; su forma oxidada en dimero unida por azufre es el GSSG.

Ley de Beer-Lambert

Ecuación espectrofotométrica $A = \epsilon \times c \times l$, donde la absorbancia ($A$) es proporcional a la concentración del soluto ($c$), la longitud del paso óptico ($l$) y el coeficiente de extinción molar ($\epsilon$).

Punto isoeléctrico (pI)

Valor específico de pH en el cual la carga eléctrica neta total de una molécula o proteína es exactamente cero.

Enlace peptídico

Enlace covalente tipo amida producido por una reacción de condensación entre el grupo $\alpha\text{-carboxilo}$ de un aminoácido y el grupo $\alpha\text{-amino}$ de otro, liberando una molécula de agua.

Centrifugación diferencial

Técnica de fraccionamiento celular que somete un homogenizado de tejido a fuerzas centrífugas y tiempos crecientes para separar componentes celulares según su masa y tamaño.

Salting-out

Efecto de precipitación selectiva de proteínas al incrementar la concentración de sal (como sulfato de amonio), debido a que los iones salinos compiten por las moléculas de agua que solvatan a la proteína.

Diálisis

Procedimiento de purificación basado en la difusión a través de una membrana semipermeable que permite separar sales e iones pequeños de macromoléculas de alto peso molecular.

Cromatografía de exclusión molecular

Método de separación por tamaño (filtración en gel) en el que las proteínas de mayor peso molecular eluyen primero al no ingresar en los poros de las perlas de la matriz.

Cromatografía de intercambio catiónico

Técnica cromatográfica que utiliza una resina cargada negativamente (ej. carboximetilcelulosa) para retener proteínas con carga neta positiva.

Cromatografía de intercambio aniónico

Técnica cromatográfica que emplea una resina cargada positivamente (ej. dietilaminoetilo / DEAE) para retener proteínas con carga neta negativa.

Cromatografía de afinidad

Método cromatográfico basado en la unión biológica específica y reversible entre la proteína de interés y un ligando inmovilizado en la matriz sólida.

SDS-PAGE

Electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato de sodio, detergente aniónico que desnaturaliza las proteínas y les otorga una relación carga/masa uniforme para separarlas según su masa molecular.

$$\beta\text{-mercaptoetanol}$$

Agente reductor utilizado en electroforesis para romper los puentes disulfuro ($\text{-S-S-}$) e independizar las cadenas polipeptídicas unidas covalentemente.

Enfoque isoeléctrico (IEF)

Técnica electroforética en la que las proteínas migran a través de un gradiente inmovilizado de pH bajo un campo eléctrico hasta detenerse en el punto donde su pH es igual a su $pI$.

Actividad específica

Cociente entre el número total de unidades de actividad enzimática y la masa total de proteína expresada en miligramos (unidades/mg); aumenta durante la purificación.

Prueba de Ninhidrina

Reacción colorimétrica para detectar aminoácidos que genera un complejo azul-púrpura con aminas primarias y un producto amarillo-naranja con aminas secundarias como la prolina.

Degradación de Edman

Método de secuenciación peptídica que emplea fenilisotiocianato (PITC) para marcar y liberar cíclicamente el residuo del extremo N-terminal sin hidrolizar el resto de la cadena.

Tripsina

Endopeptidasa pancreática que hidroliza específicamente los enlaces peptídicos en el lado C-terminal de los aminoácidos básicos Lisina (K) y Arginina (R), salvo que les siga Prolina.

Quimiotripsina

Proteasa que cataliza la ruptura de enlaces peptídicos en el extremo C-terminal de aminoácidos aromáticos (Phe, Tyr, Trp), siempre que el residuo subsecuente no sea Prolina.

Bromuro de cianógeno (CNBr)

Reactivo químico de escisión específica que rompe enlaces peptídicos únicamente en el extremo carboxilo de los residuos de Metionina.

MALDI-TOF

Técnica de espectrometría de masas (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight) que desorbe e ioniza macromoléculas por pulso láser para determinar con alta precisión su masa molecular.

Síntesis de Merrifield

Método de síntesis peptídica en fase sólida en el que los aminoácidos se acoplan secuencialmente desde el extremo C-terminal hacia el extremo N-terminal sobre un soporte resinoso inerte.

Fmoc (9-fluorenilmetoxicarbonilo)

Grupo protector del grupo $\alpha\text{-amino}$ empleado en la síntesis de péptidos en fase sólida, el cual se elimina selectivamente usando una base orgánica suave como la piperidina.