এসেনশিয়াল বায়োইনফরমেটিক্স (Essential Bioinformatics) ফ্ল্যাশকার্ড

এই ফ্ল্যাশকার্ডগুলো 'এসেনশিয়াল বায়োইনফরমেটিক্স' বইয়ের মূল ধারণা, ডাটাবেস, সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট, বিবর্তনীয় বিবর্তন এবং জেনোমিক্স ও প্রোটিওমিক্সের মৌলিক শব্দভাণ্ডার মনে রাখতে সাহায্য করবে।

বায়োইনফরমেটিক্স (Bioinformatics)

কম্পিউটারের সাহায্যে জীবতাত্ত্বিক বৃহদণু (DNA, RNA, এবং প্রোটিন) সংক্রান্ত তথ্যের সংরক্ষণ, পুনরুদ্ধার, ম্যানিপুলেশন এবং বিতরণের প্রযুক্তিই হলো বায়োইনফরমেটিক্স।

প্রাইমারি ডাটাবেস (Primary Database)

বৈজ্ঞানিক সম্প্রদায় কর্তৃক জমা দেওয়া মূল জৈবিক তথ্যের আর্কাইভ, যেমন GenBank বা Protein Data Bank (PDB)।

সেকেন্ডারি ডাটাবেস (Secondary Database)

প্রাইমারি ডাটাবেস থেকে প্রাপ্ত তথ্যের কম্পিউটেশনাল প্রসেসিং বা ম্যানুয়াল কিউরেশনের মাধ্যমে তৈরি ডাটাবেস, যেমন SWISS-PROT।

সিকোয়েন্স হোমোলজি (Sequence Homology)

দুটি সিকোয়েন্সের যখন একটি সাধারণ বিবর্তনীয় উৎস বা পূর্বপুরুষ থাকে, তখন তাদের হোমোলজাস বলা হয়।

সিকোয়েন্স সিমিলারিটি (Sequence Similarity)

দুটি সিকোয়েন্সের অ্যামিনো অ্যাসিড বা নিউক্লিওটাইডগুলোর মধ্যে ভৌত রাসায়নিক বৈশিষ্ট্যের (যেমন আকার, চার্জ) মিলের শতাংশ।

গ্লোবাল অ্যালাইনমেন্ট (Global Alignment)

দুটি সিকোয়েন্সের শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত পুরো দৈর্ঘ্য জুড়ে সেরা সম্ভাব্য মিল খুঁজে বের করার পদ্ধতি।

লোকাল অ্যালাইনমেন্ট (Local Alignment)

পুরো দৈর্ঘ্য বিবেচনা না করে সিকোয়েন্স দুটির মধ্যে সর্বোচ্চ মিল থাকা ক্ষুদ্র অংশগুলো খুঁজে বের করার পদ্ধতি।

PAM (Point Accepted Mutation) ম্যাট্রিক্স

মার্গারেট ডেহফ প্রবর্তিত অ্যামিনো অ্যাসিড প্রতিস্থাপনের একটি পরিসংখ্যানগত মডেল যা বিবর্তনীয় দূরত্বের উপর ভিত্তি করে তৈরি।

BLOSUM (Blocks Substitution Matrix)

অ্যামিনো অ্যাসিড প্রতিস্থাপনের একটি এম্পিরিকাল মডেল যা অত্যন্ত সংরক্ষিত লোকাল সিকোয়েন্স ব্লকের সরাসরি পর্যবেক্ষণের উপর ভিত্তি করে তৈরি।

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

একটি দ্রুত হিউরিস্টিক পদ্ধতি যা ডাটাবেস থেকে সাদৃশ্যপূর্ণ সিকোয়েন্স খোঁজার জন্য বহুল ব্যবহৃত হয়।

মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট (Multiple Sequence Alignment)

তিন বা ততোধিক সম্পর্কিত সিকোয়েন্সের মধ্যে সর্বোত্তম মিল খুঁজে বের করে সেগুলোকে সাজানোর পদ্ধতি।

পজিশন-স্পেসিফিক স্কোরিং ম্যাট্রিক্স (PSSM)

একটি আনগ্যাপড মাল্টিপল অ্যালাইনমেন্টের প্রতিটি পজিশনে অ্যামিনো অ্যাসিড বা নিউক্লিওটাইড থাকার সম্ভাবনার তালিকা বা টেবিল।

হিডেন মারকভ মডেল (Hidden Markov Model - HMM)

একটি বিশেষ পরিসংখ্যানগত মডেল যা সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্টে গ্যাপ, ইনসারশন এবং ডিলিশন পরিচালনা করতে ব্যবহৃত হয়।

মোটিফ (Motif)

প্রোটিন বা ডিএনএ-র একটি সংক্ষিপ্ত সংরক্ষিত সিকোয়েন্স প্যাটার্ন যা নির্দিষ্ট কোনো জৈবিক কাজের সাথে যুক্ত থাকে।

ডোমেইন (Domain)

প্রোটিনের একটি বিবর্তনীয়ভাবে সংরক্ষিত অংশ যা স্বাধীনভাবে নির্দিষ্ট কাজ সম্পাদন করতে পারে এবং নির্দিষ্ট আকৃতির হয়।

ফাইলোজেনেটিক্স (Phylogenetics)

জীবের বিবর্তনীয় ইতিহাস এবং তাদের মধ্যকার সম্পর্কের ডায়াগ্রাম বা বৃক্ষ-সদৃশ (Tree-like) চিত্রের সাহায্যে অধ্যয়ন।

মলিকুলার ক্লক (Molecular Clock)

একটি অনুমান যার মাধ্যমে মনে করা হয় যে মলিকুলার সিকোয়েন্সগুলো একটি ধ্রুবক হারে বিবর্তিত হয়, যা বিবর্তনীয় সময় নির্ণয়ে সাহায্য করে।

হোমোলজি মডেলিং (Homology Modeling)

পরিচিত প্রোটিন কাঠামোর (Template) সাথে সিকোয়েন্স সাদৃশ্য ব্যবহার করে নতুন কোনো প্রোটিনের ত্রিমাত্রিক কাঠামো তৈরি করার পদ্ধতি।

থ্রেডিং (Threading)

একটি অজানা প্রোটিন সিকোয়েন্সকে পরিচিত প্রোটিন ফোল্ড লাইব্রেরির সাথে মিলিয়ে তার কাঠামো প্রেডিক্ট করার পদ্ধতি।

জেনোমিক্স (Genomics)

একটি জীবের সম্পূর্ণ জেনোম বা ডিএনএ সিকোয়েন্সের গঠন, কাজ এবং বিবর্তন নিয়ে গবেষণা।

প্রোটিওমিক্স (Proteomics)

একটি কোষে নির্দিষ্ট পরিবেশে প্রকাশিত সকল প্রোটিনের সেট বা প্রোটিওমের সামগ্রিক অধ্যয়ন।

জিন অনটোলজি (Gene Ontology - GO)

জিনের কাজ, জৈবিক প্রক্রিয়া এবং কোষীয় অবস্থান বর্ণনা করার জন্য ব্যবহৃত একটি সুসংজ্ঞায়িত এবং মানক শব্দভাণ্ডার।

ডিএনএ মাইক্রোঅ্যারে (DNA Microarray)

একটি উচ্চ-ক্ষমতাসম্পন্ন প্রযুক্তি যা একসাথে হাজার হাজার জিনের প্রকাশ (Expression) পরিমাপ করতে পারে।

SAGE (Serial Analysis of Gene Expression)

একটি সিকোয়েন্স ভিত্তিক পদ্ধতি যা স্বল্প দৈর্ঘ্যের ডিএনএ ট্যাগ ব্যবহারের মাধ্যমে মেসেঞ্জার আরএনএ (mRNA) এর প্রাচুর্য বা জিনের প্রকাশের পরিমাণ নির্ণয় করে।

ল্যাটারাল জিন ট্রান্সফার (Lateral Gene Transfer)

সাধারণ বিবর্তনীয় ধারার বাইরে এক প্রজাতি থেকে অন্য প্রজাতির মধ্যে জেনেটিক উপাদানের বিনিময়।