Molekularna izpitna pt 3

"kaj je F faktor?""

=fertility faktor - plazmid, ki nosi zapis za proteine ki sintetizirajo piluse.

Celice s pilusi (F+) lahko tvorijo konjugacijski mostiček in prenesejo DNA na F- celice (lahko se tudi F faktor tako prenese). F faktor se lahko vključi v genom celice ali pa je samostojen plazmid. podvaja se po principu kotalečega kroga.

-"skiciraj kako se represor lacI veže na DNA?"

 "opiši mehanizem kontrolnega branja DNA polimeraze I pri E. coli?"

1. ko se napačen nukleotid veže na verigo prsti domena (D3) ne more oblikovati žepa → signal da je narobe

2. 3’-OH konec se premakne v D2 - dlan, ki ima 3’→5’ eksonukleazno aktivnost

3. napačna baza se odcepi (nukleofilni napad na 5’-fosfat) + še par baz pred njo

4. veriga se spet premakne na D3 mesto, podvojevanje se nadaljuje

"narisan je bil kratek odsek dvojnovijačne DNA, moral si označiti en zavoj, napisati njegovo dolžino v angstremih in napisati si moral širino vijačnice v angstremih in označiti konce”

dolžina zavoja: 35,4A (10bp cca po 3,4A)

širina zavoja: 23,7A

"kaj je razlika med induktorjem in aktivatorjem pri regulaciji transkripcije?"

• induktor- signalna molekula, ki se veže na regulatorni protein in mu spremeni konformacijo (represorski prot oddisocira, aktivatorski se veže) → transkripcija poteče - indirekten vpliv

• aktivator- regulatorni protein, ki s svojo vezavo na DNA sproži transkripcijo - direkten vpliv

kaj je razlika med sestavljenimi in nesestavljenimi transpozoni?"

• sestavljeni: iz večih IS (2), ponavadi izreži in prilepi transpozicija

• nesestavljeni: nima IS oz je eno samo zap, replikativna transpozicija(eden ostane kjer je bil)

"kje srečamo neobičajen genetski kod in kako se razlikuje od standardnega?"

v mitohondrijih, nekaterih organizmih (paramecij)

• UGA - namesto stop kodira Trp

• AUA - namesto Ile kodira Met

• AGA in AGG - namesto Arg sta stop

• CUn - namesto Leu je Thr

• CGG - namesto Arg je Trp

kaj je kemijska narava interkalatorjev in katere mutacije lahko povzročijo?"

so ploske - planarne organske molekule - se vstavijo med bazne pare dsDNA

lahko povzročijo motnje v strukturi dvojne vijačnice:

• DNApol lahko kjer je interkalator doda ekstra bazo

• sprememba strukture DNA - ne more poteči transkripcija in duplikacija ali pa potečeta z napakami

 "skicirati si moral evkariontsko drsno vponko, da se je iz skice da razbrati kvartarno strukturo, in napisati si moral razliko med prokariotnsko in evkariotnsko drsno vponko"

• prokariontska (beta): dimer, vsaka podenota 3 domene → oblika zvezde

• evkariontska (PCNA): trimer, vsaka podenota 2 domeni → also oblika zvezde

skicirati si moral terminator in opisati si moral biokemijski mehanizem terminacije trankskripcije tega terminatorja, ki pa ni povezan z terminacijo odvisno od faktorja ro?"

• na poliadenilacijsko mesto (AAUAAA) se veže CPSF in CstF na CDE

• CPSF reže pre-mRNA na poliadenilacijskem mestu

• poliA polimeraza nato naredi poliA rep

kaj je razvejitveno mesto in kako je to povezano z mehanizmom izreza introna?"

je nukleotid A znotraj introna

• samoizrezovanje (tip II) - OH skupina razvejitvenega mesta nukleofilno napade 5’ konec introna → lariatni intermediat

• spliceosom - U2 snRNP se veže na razvejitveno mesto

kako nastane Hollidayevo križišče in opiši lastnosti faktorjev, ki sodelujejo pri procesu"

1. ena dsDNA se prereže (zlomi ali pa z endonukleazo), gor se veže RecBCD (B,D helikaze C nukleaza)

2. hitreje se razgrajuje 5’ konec (RecB hitrejša-3→5 helikaza) → nastane 3’ previs

3. RecA - rekombinaza se veže na 3’ konec, razpre drugo dsDNA (D zanka nastane) in pripelje 3’konec notr → nastane HJ

4. RuvAB (B je helikaza) katalizirata premik HJ (branch migration)

5. RuvC - resolvaza razdre HJ, ligaza poveže verige med sabo

faktorji in njihova vloga pri katalitičnem mehanizmu izrezovanja introna z izrezovalnim telescem"

spliceosom je iz snRNPs sestavljen:

• U1: se veže na 5’ splicing mesto (GU),

• U2: se veže na razvejitveno mesto

• U4/U6.U5: se veže na U1 in U2, intron se izviha

• U6: nadomesti U1, se veže z U2

• U5: most med 6 in 2

opiši genom bakteriofaga lambda?"

• linearna dsDNA

• 48 500 bp

• cos elementi - 12nukleotidov dolgi 5’ previsi na koncih (da lahko rata ciklična v gostiteljski celici)

• lahko se podvaja s theta replikacijo in kotalečim krogom → litični cikel

• sposoben specializirane transdukcije - ko se v lizogenem ciklu loči iz bakt DNA jo lahko košček vzame s sabo in prenese na druge celice

"kaj vse se mora zgoditi pri procesu replikacije pri prokariontih preden se sestavi primosom?"

• prepoznavanje ori mesta in vezava DnaA na DnaA škatle

• DnaA razpre DNA v DUE regiji (bogata z AT) → nastane replikacijski mehurček

• DnaC naloži DnaB - helikazo na DNA, poveča se mehurček

• SSB proteini se vežejo na ssDNA - stabilizacija

• na DnaB se veže primaza DnaG

“napiši 3 evkariontske modelne organizme in 2 njihovi prednosti pri vsakem”

• arabidopsis thaliana: majhna - ne zavzame dosti prostora, hitro raste, majhen genom

• glive kvasovke: mnogo homolognih genov človeku, lahko gojenje, hitro se delijo

• vinska mušica (drosophilia melanogaster): lahke za gojenje, hitro razmnoževanje