Begrippenlijst Voorbereiding tentamen DNA

Flashcards voor DNA tentamen

Transformatie

Verandering in genotype en fenotype t.g.v. assimilatie van extern DNA door cel

Mogelijke genotypes

Mogelijke genotypes = n(n+1)/2 met n = aantal allelen

Virus

DNA/RNA omringd door beschermende laat (coat) bestaand uit eiwit

DNA

Stikstofhoudende base (nucleotides) + pentose(5)-suiker Deoxyribose + fosfaatgroep

DNA uiteinden

Het 5'-uiteinde van een DNA draagt een fosfaatgroep op het 5'- koolstofatoom. Het 3'- uiteinde heeft een vrije hydroxylgroep (–OH) aan het 3'-koolstofatoom van de suiker.

RNA

Stikstofhoudende base + 5-suiker (pentose) Ribose + fosfaatgroep, Minder stabiel, enkelstrengs

Purines

Guanine en Adenine met 2 ringen

Pyrimidines

Cytosine, Thymine en Uracil met één ring

DNA replicatie

Proces waarbij DNA wordt gekopieerd

Origing of replication

Replicatie van DNA molecuul begint op een specifieke sequenties

Semi-conservatief model

Type van DNA replicatie waarbij de gerepliceerde dubbele helix bestaat uit één oude streng en één nieuwe streng

Conservatief model

Ouderlijke streng komt compleet bij elkaar na replicatie

Dispersief

Alle 4 volgende gerepliceerde helices hebben mix van oud en nieuw

Replication fork

Y-gevormde locatie waar ouderlijke strengen van DNA ontwonden worden

Helicase

Enzym dat dubbele helix ontwind op replication forks waardoor ze beschikbaar komen als template strengen

Single-strand binding proteins

Binden aan ongepaarde DNA-strengen en stabiliseert zodat strengen niet opnieuw binden

Topoisomerase

Verlicht spanning door verbreken DNA-strengen, draaien en weer samenvoegen

Primer

Aanhechtingspunt voor DNA-replicatie = complementair aan oude streng

DNA-polymerase III

Blijft in replicatievork op templatestreng en voegt continue nucleotiden toe op leading-strand

Lagging strand

Achterblijvende streng die weg van replicatievork werkt (discontinue)

DNA-polymerase I

Vervangt RNA tot DNA die gevormd zijn door primer

DNA ligase

Verbindt suikerfosfaat-ruggengraat van alle Okazaki-fragmenten tot continue DNA

Mismatch-reparatie

Verwijderen en vervangen door enzymen van verkeerd gepaarde nucleotiden die het gevolg zijn van replicatiefout

Nucleotide- excisiereparatie

Excideren = eruit knippen van beschadigd DNA door het enzym nuclease

Telomeren

Bevatten geen genen, bestaat uit korte herhalingen van één nucleotide sequentie aan uiteinde van chromosoom

Telomerase

Katalyseert verlenging van telomeren in eukaryotische geslachtcellen, waardoor oorspronkelijke lengte wordt hersteld en verkorting gecompenseerd

Chromatine

Eiwit, waaruit chromosoom bestaat

Euchromatine

Minder compacte, meer erspreide interfase chromatine

Heterochromatine

Meer compacte, dichter ogende

Nucleosoom

Fase waarin het om histonen zit gewikkeld in bloemvorm

Nucleofilament

Samenkomst van nucleosomen in 30-nm fiber

Linker DNA

Verbindt de histonen

Genexpressie

Proces waarbij DNA synthese van eiwitten aanstuurt in twee fasen: Transriptie en Translatie

Wild-type

Normale niet gemuteerde vorm van gen, organisme of eigenschap

Transcriptie

Synthese van RNA door informatie uit template streng van DNA

Translatie

Synthese van polypeptide door informatie uit mRNA met behulp van ribosomen

Pre-mRNA

Waar intronen en exonen nog aanwezig zijn, worden verwijderd door DNA processing. Alleen in eukaryoten

RNA-polymerase

Wrikt twee DNA-strengen uit elkaar en verbindt RNA-nucleotiden die complementair zijn aan DNA-template streng

Promotor

Dna-sequentie waar RNA-polymerase bindt en transcriptie initieert

Terminator

Sequentie die het uiteinde van transcriptie signaleert

Transcription unit

Deel van DNA dat wordt omgezet in RNA

Startpunt

Nucleotide waar RNA-polymerase start met het maken van mRNA

Openreading frame (ORF)

Het gehele RNA

Promotor

DNA sequentie direct vóór gen

Pribnow box

Onderdeel van promotor

-35

Onderdeel van promotor

TATA box

Onderdeel van promoter

Transcriptie initiatie complex

RNA-polymerase II

Operator

Regulatie sequentie vlak naast de promoter

Operon

Groep genen die samen worden afgeschreven vanaf één promoter

Enhancer

DNA sequentie dat activiteit van een promoter versterkt

Silencer

Tegenovergestelde Enchancer

Core-elementen

Onderdeel core-promotor

Terminatie

RNA-polymerase schrijft sequentie over op DNA

5-cap

Gemodificeerde vorm van Guanine (G) op 5-end na transcriptie van eerste 20-40 nucleotides

Poly-A-tail

Enzym met meer dan 50-250 A nucleotides op 3’-end van pre-mRNA

UTR

Untranslated regions

Coding segment

Locatie waar protein-coding segments bevinden

RNA-splicing

Verwijderen van intronen en samenvoegen van exonen

Spliceosome

Splitst RNA door binden uiteindes RNA intron

Ribozym

RNA-molecuul wat functioneert als enzym

Alternatieve splicing

Type eukaryote genregulatie op RNA- verwerkingsniveau waarbij verschillende mRNA-moleculen worden geproduceerd uit hetzelfde primaire transcript

Domeinen

Afzonderlijke structurele en functionele regio van een eiwit

Transfer mRNA (tRNA)

RNA-molecuul dat functioneert als vertaler tussen aminozuur en eiwit taal door het oppikken van een specifiek nucleïnezuur en dit over te dragen naar ribosoom waar tRNA de juiste codon in het mRNA herkent

Ribosoom

Structuur gemaakt van proteïnes en RNA

Anticodon

Nucleotide triplet op een uiteinde van tRNA-molecuul dat basepaard met specifieke complementaire codon op een mRNA-molecuul

Initiator tRNA

Geeft tRNA het startsein

Aminoacul-tRNA synthetase

Koppelt aminozuur met tRNA

Wobble

Flexibele basenparing

Ribosomaal RNA (rRNA)

RNA moleculen dat samen met eiwitten een ribosoom vormt

Signal peptide

Sequentie van 20 aminozuren op of bij de N-terminus dat polypeptide naar ER of andere organellen brengt

Signal-recognition particle (SRP)

Herkent signalpeptide als het samenvoegd van ribosoom en helpt begeleiden van ribosoom naar ER door binden met receptro eiwit op ER

Polyribosomes

Groep verschillende ribosomen gebonden aan (en vertalen) hetzelfde mRNA-molecuul

Mutatie

Verandering in nucleotide sequentie van DNA van een organisme of DNA/RNA van virus

Puntmutaties

Verandering in één nucleotidepaar van een gen

Nucleotide paar substitutie

Één nucleotide in een DNA-streng en partner in complementaire streng is veranderd door een ander paar

Silent mutatie

Heeft geen effect op het fenotype

Missense mutatie

Resulteert in codon dat codeer voor ander aminozuur

Nonsense mutatie

Mutatie dat aminozuur verandert in stop-codon

Mutageen

Chemische of fysieke stof (agent) dat met het DNA interacteert, wat mutatie veroorzaakt

Gene echting

Veranderen van genen op specifieke, voorspelbare wijze

CRSPR-CAS 9 systeem

Techniek voor bewerken genen, door gebruik te maken van bacterieel eiwit CAS-9, gekoppeld aan gids RNA dat complementair is aan gen sequentie van interesse.

Feedback inhibition

Wanneer een stof ophoopt in de cel, stopt de synthese van de stof door enzymactiviteit te remmen

Promotor

Plek waar RNA-polymerase kan binden

Operator

In bacterieel en faag-DNA een reeks nucleotiden nabij het begin van een operon waaraan een actieve repressor zich kan binden

Operon

Eenheid van genetische functies die voorkomt in bacteriën en fagen

Regulator Gen

Gen dat codeert voor proteïne (zoals repressor) dat de transcriptie van ander gen of groep genen controleert

Repressor

Bindt met operator, wat voorkomt dat RNA-polymerase kan binden

Corepressor

Klein molecuul dat samenwerkt met repressorproteïne om een operon uit te schakelen

Repressible operon

Meestal aan, kan uitgeschakeld worden

Inducible operon

Meestal uit, kan aan geschakeld worden

Β-galactosidase

Katalysator van omzetting disaccharide lactose in glucose + galactose

Inducer

Specifiek klein molecuul dat bindt met bacteriële repressor

Negatieve feedback

Als er genoeg geproduceerd is, stopt productie dus eindproduct remt eigen productie

Positieve feedback

Eindproduct stimuleert eigen productie katabolies proces

Precursors

Beginstof die wordt omgezet in andere stof

Cyclisch AMP (cAMP)

Detecteert verlaagde glucose concentratie

Activator

Eiwit dat bindt aan DNA en transcriptie van gen stimuleert

Host controlled restriction

Experiment dat liet zien dat bacteriën viraal DNA kunnen afbreken, terwijl eigen chromosomaal DNA niet geknipt werd

Endonuclease

Verbreken van chemische verbindingen aan de binnenkant door restrictieenzymen