Molecular Biology Vocabulary

Flashcards in Italian for vocabulary review based on lecture notes about molecular biology.

Esperimento di Griffith

Esperimento che ha suggerito l'esistenza di un "principio trasformante" capace di trasferire l’informazione genetica da una cellula all’altra, utilizzando ceppi virulenti e non virulenti di Streptococcus pneumoniae.

“Bomba di Avery”

Dimostra che il DNA, e non le proteine, è il materiale genetico responsabile della trasmissione dell'informazione ereditaria tra cellule batteriche, utilizzando enzimi che degradano selettivamente macromolecole biologiche.

Esperimento del frullatore

Dimostra che il DNA, e non le proteine, entra nella cellula e porta l’informazione necessaria per la produzione di nuovi virus, marcando radioattivamente proteine e DNA del batteriofago T2.

Densità di superelica (σ)

Parametro che descrive il grado di superavvolgimento di una molecola di DNA circolare covalentemente chiusa, confrontando il superavvolgimento di molecole di DNA date le dipendenze con la sua lunghezza.

Linking number (Lk)

Numero di volte in cui uno dei due filamenti di DNA, tagliato in un solo punto, deve passare attorno all’altro in modo che risultino due filamenti indipendenti in una molecola di DNA circolare covalentemente chiusa.

Lk₀

Linking number teorico che avrebbe la molecola di DNA se fosse rilassata, cioè senza alcun superavvolgimento. Calcolato come numero di paia di basi / 10.5 pb per DNA B.

Superavvolgimento del DNA

Condizione in cui la doppia elica si avvolge su sé stessa, oltre la sua struttura elicoidale normale, con superavvolgimenti positivi (DNA più compatto) o negativi (DNA più lasco).

Superavvolgimento plectonemico

Superavvolgimento in cui la doppia elica del DNA nudo si attorciglia su sé stessa formando strutture elicoidali ramificate, tipico dei procarioti.

Superavvolgimento toroidale

Superavvolgimento in cui il DNA è avvolto attorno a proteine istoniche formando strutture a spirale simili a solenoidi, tipico degli eucarioti.

Equazione di Fuller

Principio fondamentale che definisce la relazione tra Lk, Tw e Wr nella configurazione tridimensionale di una molecola di DNA chiusa circolarmente o bloccata alle estremità: Lk = Tw + Wr.

Twist

Indica il numero di avvolgimenti locali della doppia elica: quanti giri la doppia elica fa attorno al proprio asse. Aumenta se il DNA è più avvolto, diminuisce se è più lasco.

Writhe

Misura il superavvolgimento spaziale del DNA, cioè quante volte l’intera molecola si avvolge su sé stessa nello spazio tridimensionale.

Twist

Angolo di rotazione tra due coppie di basi consecutive attorno all’asse dell’elica, essenziale per definire il numero totale di avvolgimenti del DNA.

Roll

Piegatura dell’asse delle basi verso l’interno o l’esterno della doppia elica, che inclina le basi verso il solco maggiore influenzando la curvatura generale della molecola.

Tilt

Inclinazione laterale tra due coppie di basi consecutive, che causa asimmetrie laterali nella struttura del DNA.

Topoisomerasi

Categoria di enzimi essenziali che modificano il grado di superavvolgimento del DNA, facilitando processi come replicazione e trascrizione.

Topoisomerasi di tipo I

Topoisomerasi che regolano la topologia del DNA modificando il linking number di una singola unità alla volta, introducendo una rottura temporanea in uno solo dei due filamenti della doppia elica.

Topoisomerasi di tipo II

Topoisomerasi essenziali per la regolazione della struttura tridimensionale del DNA, che agiscono introducendo una rottura transitoria su entrambi i filamenti della doppia elica.

RNA

Acido nucleico a filamento singolo che può ripiegarsi su se stesso formando strutture secondarie e terziarie stabilizzate da legami a idrogeno e interazioni con ioni metallici.

Nucleoside dell’RNA

Unità fondamentale dell'RNA formata da una base azotata (A, G, C, U) e uno zucchero a cinque atomi di carbonio (ribosio).

Nucleotide dell’RNA

Unità fondamentale dell'RNA formata da una base azotata, il ribosio e uno o più gruppi fosfato.

Ribonucleoproteine nucleari eterogenee (hnRNP)

Complessi formati da proteine e molecole di RNA che intervengono durante la trascrizione e il processing del pre-mRNA nel nucleo delle cellule eucariote.

Soppressori amber

Mutazioni tRNA che permettono la lettura di un codone di stop amber (UAG) come un codone per un amminoacido, sopprimendo l’effetto terminatore prematuro nella sintesi proteica.

Teoria del vacillamento o tentennamento

Teoria che spiega come un numero limitato di tRNA sia in grado di riconoscere e appaiarsi con i 64 codoni possibili, grazie alla flessibilità nell’appaiamento della terza base del codone.

Nucleosoma

Unità fondamentale di organizzazione della cromatina nel nucleo delle cellule eucariotiche, costituito da un ottamero istonico attorno al quale si avvolge il DNA.

Istoni

Proteine fondamentali per l'organizzazione del materiale genetico, che permettono la condensazione del DNA e influenzano l'espressione genica.

Eucromatina

Forma decompatta della cromatina, dove il DNA è più accessibile per l’apparato trascrizionale e si divide in attiva e facoltativa.

Eterocromatina

Forma più compatta della cromatina, dove il DNA è strettamente impacchettato e generalmente trascrizionalmente silente, suddivisa in costitutiva e facoltativa.

Operone

Gruppo di geni adiacenti che vengono trascritti insieme in un unico mRNA, tipico dell'organizzazione genetica nei procarioti.

Policistronico

mRNA che contiene le informazioni per la traduzione di più proteine, tipico degli operoni nei procarioti.

DNA ripetitivo in tandem

Sequenze ripetitive del genoma eucariotico in cui brevi unità nucleotidiche si susseguono una accanto all’altra, in ordine ripetuto e senza interruzioni.

DNA ripetitivo intersperse

Sequenze ripetute disperse in modo casuale all’interno del genoma eucariotico, che contribuiscono alla plasticità del genoma.

Enzimi di restrizione

Endonucleasi che tagliano il DNA a doppia elica in corrispondenza di sequenze bersaglio ben definite, chiamate siti di restrizione.

DNA ligasi

Enzimi fondamentali che provvedono a unire i frammenti di DNA che presentano un’interruzione nello scheletro zucchero-fosfato.

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Tecnica molecolare che consente di amplificare in modo rapido e selettivo una sequenza di DNA a partire da una quantità iniziale anche minima.

Promotore classico (procarioti)

Sequenza di DNA che serve da segnale per l’inizio della trascrizione nei procarioti, contenente le regioni -10 e -35.

RNA polimerasi procariotica

Oloenzima responsabile della trascrizione nei procarioti, costituito da un core e dal fattore σ (sigma).

Sintesi abortiva

Processo in cui la polimerasi produce piccoli frammenti di RNA, non abbastanza lunghi, che si staccano e vengono eliminati nella fase d’inizio della trascrizione.

Terminatori

Sequenze specifiche del DNA situate a valle della sequenza codificante che determinano la fine della trascrizione.

Terminazione intrinseca (Rho-indipendente)

Processo di terminazione in cui il terminatore è rappresentato da sequenze palindromiche ed il trascritto forma una struttura a forcina.

Terminazione Rho-dipendente

Processo di terminazione in cui il fattore Rho (un’elicasi che utilizza l’ATP) si muove lungo l’RNA, raggiunge l’RNA polimerasi e ne provoca il distacco dal DNA.

Complesso chiuso

Fase della trascrizione in cui il DNA è ancora a doppia elica e il legame è debole e reversibile.

Complesso aperto

Fase della trascrizione in cui il DNA è svolto per un tratto di circa 17 paia di basi e l’RNA polimerasi inizia a trascrivere.

RNA pol I (eucarioti)

Polimerasi che trascrive i geni per l’rRNA (28s, 18s e 5,8s) ed è localizzato nel nucleolo.

RNA pol II (eucarioti)

Polimerasi che trascrive i precursori dell’mRNA e piccoli RNA implicati nella regolazione genica post-trascrizionale ed è situata nel nucleoplasma.

RNA pol III (eucarioti)

Polimerasi che trascrive i geni per l’rRNA55, tRNA e piccoli RNA per la maturazione di mRNA, la quale si trova nel nucleoplasma.

Processamento dell’RNA

Meccanismo attraverso il quale l’RNA precursore dà luogo ad un RNA maturo.

Saggio del doppio ibrido

Tecnica per individuare e analizzare le interazioni proteina-proteina sfruttando l’attività trascrizionale.

Ribozimi

Piccole molecole di RNA con attività catalitica e possono effettuare tagli idrolizzando il legame fosfodiesterico.

Traduzione

Processo tramite il quale l’informazione contenuta nell’mRNA porta alla sintesi delle proteine.

Amminoacil-tRNA sintetasi

Enzimi che catalizzano il caricamento degli amminoacidi corrispondenti sul tRNA.

tRNA isoaccettori

tRNA che portano lo stesso amminoacido

Sito A (amminoacidico)

Sito del ribosoma che lega il tRNA amminoacilato, ovvero il tRNA che porta l’amminoacido da integrare nella catena polipeptidica.

Sito P (peptidico)

Sito del ribosoma che lega il tRNA che porta la catena polipeptidica in formazione.

Sito E (exit)

Sito del ribosoma che lega il tRNA scarico, che ha ceduto l’amminoacido alla catena polipeptidica.