BIO120 Eksamen Flashcards

Vocabulary flashcards for BIO120 Eksamen.

Induserte mutasjoner

Mutasjoner som kun oppstår av menneskeskapte, kunstige stoffer

Baseanalog

Kjemikalier som har svært lik struktur som de 4 nitrogenbasene. Disse kan derfor innlemmes i DNA-strenger under replikasjon, og forårsake mutasjoner ved å parre seg feil med andre baser

Transposable elementer i genomet

Kjent som "jumping genes", og er DNA-sekvenser som kan endre sin posisjon innenfor genomet. Er også kjent for å øke antall repeterte DNA-sekvenser.

Operoner

Finnes kun hos prokaryoter. Funksjonell enhet av DNA som inneholder grupperte enheter som opererer under kontroll av enkelte promotorer. Genene blir uttrykt sammen som en enkelt mRNA-streng men koder for flere gener

Polysistronisk

En type mRNA som inneholder kodende sekvenser (cistroner), for mer enn ett protein.

Cis-regulerende elementer

Regioner av ikke-kodende DNA, som regulerer transkripsjoner på nærliggedne gener. Er på samme kromosom og i fysisk kontakt med genene de regulerer

Trans-faktorer

Proteiner som binder seg til cis-regulerende elementer for å kontrollere transkripsjon av gener. Kan bevege seg inne i cellen og påvirke genene hvor som helst i genomet

DNA-loops

Strukturer som dannes når DNA-molekylet bøyer seg tilbake på seg selv, slik at to regioner av DNA som er langt fra hverandre i en lineær sekvens kan komme i kontakt

Pre-initieringskompleks

Samling av transkripsjonsfaktorer og andre proteiner som er nødvendige for å starte transkripsjonen av et gen i eukaryote celler. Samles på promotoren før RNA-polymerase 2 utfører transkripsjonen

Nuklease

Enzym som kan klippe DNA- eller RNA-strenger. Eks: restriksjonsenzymer

Endonuklease

Klipper på innsiden (bryter fosfodiesterbindinger)

Eksonukleaser

Klipper fra enden

Genomannotering

Identifisere og beskrive funksjonelle elementer i et genom

Additiv nedarving

Kombinert effekt av to eller flere alleler på en enkelt fenotype, der effekten av hvert allel er distingt og bidrar til det endelige fenotypiske resultatet

Flaskehalseffekt

Noen få, tilfeldige individer overlever etter miljøkatastrofe, sykdom etc. Den fremtidige befolkningen består dermed hovedsakelig av avkomment til disse overlevende. Resulterer i mindre genetisk variasjon

Grunnleggereffekt

Ny befolkning blir etablert av et lite antall individer fra større befolkning. Vil ha mindre genetisk variasjon enn opprinnlig befolkning

Genetisk flyt

Prosessen hvor gener blir overført fra en befolkning til en annen. Kan skje gjennom migrasjon eller overføring av gameter. Er med på å introdusere nye alleler og skape genetisk variasjon.

Ikke-tilfeldig-parring

Kan forandre genotypefrekvens uten å påvirke allelfrekvens. Dette skyldes at individer med bestemte genotyper kan ha en tendens til å pare seg med hverandre mer enn tilfeldig.

Transisjon

En type punktmutasjon hvor en purin (A eller G) eller artstattet med en annen purin, eller en pyrimidin er erstattet med en pyrimidin (C eller T)

Transversjon

En type punktmutasjon hvor en purin er erstattet med en pyimidin. Eks A er erstattet med C eller T

Tautomerisk skift

Isomerisk prosess der et molekyl endrer sin struktur ved å flytte et atom (vanligvis H+), fra en plassering til en annen, noe som fører til endring i plasseringen av dobbeltbindinger. Får en annen baseparing

Transposable elementer

DNA-sekvenser som kan endre posisjonen sin i et genom. Dette kan ha stor innvirkning på genomet ved å forstyrre eller øke genetisk sekvens når de beveger seg

Genotype-miljø-interaksjon

Forskjellige genotyper har ulik respons på miljøet. Det vil si at effekten av en genetisk variant på en fenotype kan være avhengig av miljøet

Distruptiv seleksjon

Naturlig seleksjon som favoriserer ekstreme fenotyper, basert på bekostning av intermediære fenotyper. Dette skjer når miljøforholdene er slik at individer med middels egenskaper er ulempe, mens begge ender av spekteret har fordel

Transkriptomanalyse

Studie av det komplette settet av RNA-transkripter som er produsert av genomet ved en spesifikk tid eller forhold. Brukes til å identifisere gener som er aktivt uttrykt.

Monohybrid krysning

Mellom to individer som er heterozygote for en bestemt egenskap

Hemizygot

Bare ett allel er tilstede for et bestemt gen. Vanligvis brukt i sammengeng med X-kromosombundne gener hos mannlige individer

Interferens

En overkrysning av homologe kromosomer under meiose i ett område av kromosomet påvirker sannsynligheten for overkrysning i et nærliggende område

Mutagen

Fysisk eller kjemisk agent som endrer genetisk materiale, og øker frekvens av mutasjoner over det naturlige bakgrunnsnivået.

Kromatinremodellering

Endrer strukturen på kromatin-komplekset på DNA og proteiner som utgjør kromosomer, slik at dets funksjoner kan endres. Viktig mekanisme for regulering av genuttrykk, fordi det kontrollerer hvilke deler av DNA som er tilgjengelig for transkripsjon, og hvilke deler av genet som blir uttrykt.

Epigenetikk

Studiet av endringer i organsimer som skyldes modifikasjon av genuttrykk. Er forårsaket av modifikasjoner i DNA, RNA eller proteinene som DNA er viklet rundt

ddNTP-er

Nukleotid som brukes i DNA-sekvensering. LIk normale byggestener i DNA, men mangler en hydroksylgruppe. brukes i Singer sekvensering

Alternativ spleising

Mekanisme som tillater produksjon av flere forskjellige proteiner fra et enkelt gen. Skjer ved at forskjellige kombinasjoner av exoner blir spleiset sammen for å lage forskjellige mRNA-molekyler

Biopharming

Planter og dyr er genetisk manipulert for å produsere bioaktive stoffer, som medisiner, vaksiner, antistoffer eller andre terapautiske proteiner

Formel X^2

Summ (Observert - Forventet)^2/forventet

H^2=Vx/Vx

VA/VP VA=addidativ genetisk varians og VP= total fenotypisk varians

HW - likevekt

p^2 + 2pq + q^2 = 1

innavlskoeffisienten F=

He-H0/He

Recessiv epistasis

9:4:3

Dominant Epistasis

12:3:1

Komplementær epistasis

9:3:1 - Fenotype i begge loci påvirker hverandres uttrykk. Dvs. begge loci vil være dominant

Additativ epistasis

9:6:1 - Fenotype i begge loci påvirker hverandres uttrykk. Effekten er sterkest når begge loci er dominant

Teoretisk maksimum

For rekombinasjon som skyldes overkrysning = 50%. Fordi overkrysning kun skjer mellom to av ikke-søsterkromatidene som ligger inntil hverandre. Halvparten av kromatidene, som er vendt mot utsiden deltar ikke i overkrysnigngen

Sannsynlighet for dobber overkrysning

Lik produktet av sannsynligheten for enkel overkrysning mellom A og B og B og C

Interferens utregning

1 - Dobbelrekombinasjon / enkel R * enkel R

Avstand mellom gener

Antall rekombinanter /totalt avkom * 100%

Uv stråling

Induserer pyrimidin dimerer, som danner kovalent binding med hverandre og skaper problemer under replikasjon

alkylerende stoffer

Donerer en alkylgruppe til en amino/ketogruppe som endrer basens kjemiske egenskaper

ioniserende stråling

treffer molekyler som kan sprette opp og danne ROS som kan føre til mutasjoner

ROS oksidativ skade

En mutasjon der reaktive oksygenforbindelser angriper DNA og gjør kjemiske endringer

interkallerende stoffer

stoffer som legger seg mellom basene og forstyrrer hydrogenbindingene slik at de tvinner opp heliksen

Reparasjon under replikasjon (S-fase)

korrekturlesing og missmatch repair (enzymer fjerner feil område)

reparasjon etter replikasjon G2-fase

homolog rekombinasjonsreparasjon (DNAP hopper over skader og RecA fikser ved å hente tilsvarende sekvens fra søsterkromatid)

Reparasjon før replikasjon

Base excision repair (enzymer klipper ut feilinsatte baser) Nucleotide excision reparir ( mutasjoner i diameter, enzymer fjerner) fotoreaktivering (fotolyase bruker fotonenergi)

double stranded break repair

både før og etter. bruker homolog rekombinasjonsreparasjon og non homolog reparasjon

enhancer

som en promotor bare lengre unna og før og etter. fins på DNA. TF binder seg til den og styrer om et gen blir transkribert

CRISPR cas9

Et enzym som kan kutte i dobbelttrådet DNA for å fjerne sekvenser eller sette inn sekvenser. kan være en del av bakteriens imunforsvar da den gjennkjenner fremmedlegemer