Flashcard di Biologia Molecolare – Corso Introduttivo

300 flashcard vocabulary in italiano sui concetti fondamentali di biologia molecolare, strutture di DNA/RNA, enzimi, esperimenti storici, meccanismi di replicazione, trascrizione, traduzione e regolazione.

Biologia molecolare

Disciplina che studia struttura, funzione e interazioni delle macromolecole (DNA, RNA, proteine) alla base dei processi vitali.

DNA ricombinante

Molecola di DNA ottenuta mediante tecniche di clonaggio che unisce sequenze provenienti da organismi diversi.

DNA

Polimero a doppia elica di nucleotidi che immagazzina l’informazione genetica in tutti gli organismi viventi.

RNA

Polimero di ribonucleotidi a singolo filamento che funge da intermediario tra DNA e proteine e svolge funzioni catalitiche e regolatorie.

Genetica

Scienza che studia l’ereditarietà e la variabilità dei caratteri biologici.

Biochimica

Scienza che analizza la composizione e le reazioni chimiche delle biomolecole.

Esperimento di Griffith

Studio del 1928 che dimostrò l’esistenza di un "principio trasformante" capace di trasferire la virulenza tra batteri di Streptococcus pneumoniae.

Principio trasformante

Materiale responsabile della trasformazione batterica identificato successivamente come DNA.

Esperimento di Avery-McLeod-McCarty

Esperimento del 1944 che provò che il DNA, e non proteine o lipidi, è il principio trasformante.

Esperimento del frullatore

Dimostrazione di Hershey e Chase (1952) che il DNA, non le proteine, è il materiale genetico dei fagi.

Batteriofago

Virus che infetta specificatamente batteri; composto da capside proteico e acido nucleico interno.

Capside

Involucro proteico che racchiude il genoma di un virus.

Ciclo litico

Ciclo virale in cui il fago replica, assemblea virioni e lisia la cellula ospite liberandoli.

Ciclo lisogenico

Modalità infettiva in cui il genoma fagico si integra nel cromosoma batterico come profago.

Desossiribosio

Zucchero pentoso privo di ossidrile in 2’, presente nei nucleotidi del DNA.

Ribosio

Zucchero pentoso con gruppo OH in 2’, costituente i nucleotidi di RNA.

Purine

Basi azotate a due anelli (adenina e guanina).

Pirimidine

Basi azotate a un anello (citosina, timina, uracile).

Adenina

Base purinica che si appaia con timina (o uracile) mediante due legami a idrogeno.

Guanina

Base purinica che si appaia con citosina con tre legami a idrogeno.

Citosina

Base pirimidinica complementare alla guanina.

Timina

Base pirimidinica presente solo nel DNA, complementare ad adenina.

Uracile

Base pirimidinica presente nell’RNA in sostituzione della timina.

Nucleoside

Base azotata legata a uno zucchero pentoso senza fosfato.

Nucleotide

Nucleoside con uno o più gruppi fosfato; monomero degli acidi nucleici.

Legame fosfodiesterico

Collegamento covalente tra 3’-OH e 5’-P di nucleotidi adiacenti nella catena di DNA/RNA.

Polarità 5’→3’

Direzione convenzionale in cui si leggono e sintetizzano acidi nucleici.

Cariche negative del fosfato

Gruppi PO₄⁻ che conferiscono acidità e repulsione elettrostatica al backbone del DNA.

Effetto stacking

Interazione idrofobica di impilamento tra basi aromatiche che stabilizza la doppia elica.

Leggi di Chargaff

Regole che indicano A=T, G=C e costanza della somma purine/pirimidine in un genoma.

Doppia elica B

Conformazione canonica destrorsa del DNA a 10,5 bp per giro e 20 Å di diametro.

DNA A

Forma destrorsa più compatta (11 bp/giro) tipica di duplex RNA-RNA o ibridi DNA-RNA.

DNA Z

Forma sinistrorsa di DNA ricca in GC con 12 bp per giro.

Tripla elica

Struttura di DNA con terzo filamento appaiato tramite interazioni di Hoogsteen.

Quartetti di G

Struttura tetrastrand formata da guanine stabilizzate da ioni K⁺, presente nei telomeri.

Forcina di DNA

Struttura a stelo-ansa derivata da sequenze palindromiche a singolo filamento.

DNA cruciforme

Struttura a croce formata da due forcine opposte in DNA a doppia elica.

DNA curvo

Curvatura intrinseca del DNA dovuta a tratti ricchi in AT.

Superavvolgimento

Avvolgimento dell’asse del DNA su se stesso che introduce tensione torsionale.

Linking Number (Lk)

Numero totale di volte in cui i due filamenti di una molecola circolare si intrecciano.

Twist (Tw)

Numero di giri della doppia elica lungo il suo asse centrale.

Writhe (Wr)

Numero di supercoil dell’asse del DNA nello spazio tridimensionale.

Densità di superelica (sigma)

ΔLk/Lk₀, misura normalizzata del grado di superavvolgimento.

DNA topoisomerasi

Enzimi che tagliano e richiudono DNA per modificare il superavvolgimento.

Topoisomerasi di tipo I

Taglia un filamento per volta, modifica Lk di ±1 senza ATP.

Topoisomerasi di tipo II

Taglia entrambi i filamenti, modifica Lk di ±2 e richiede ATP (es. DNA girasi).

Nick

Interruzione di un solo filamento che permette il rilassamento topologico.

Superavvolgimento plectonemico

Supercoil a doppia elica attorcigliata su se stessa senza proteine.

Superavvolgimento toroidale

Supercoil avvolto attorno a proteine (istoni) formando anelli toroidali.

Elettroforesi su gel di agarosio

Tecnica di separazione di acidi nucleici basata su dimensione e conformazione.

Buffer TAE

Soluzione di Tris-acetato-EDTA usata come tampone di corsa nei gel di agarosio.

Buffer TBE

Soluzione di Tris-borato-EDTA alternativa al TAE per elettroforesi.

Pettine

Dispositivo che crea pozzetti nel gel per caricare i campioni.

Loading buffer

Miscela di colorante e glicerolo che appesantisce il campione nel pozzetto.

Etidio bromuro

Intercalante fluorescente usato per visualizzare DNA nei gel; mutageno.

SYBR Safe

Colorante intercalante meno tossico dell’etidio bromuro per visualizzare DNA.

Marker di peso molecolare

Miscela di frammenti di DNA di dimensioni note usata come riferimento.

DNA superavvolto

Forma circolare compatta che migra più veloce in gel rispetto al DNA lineare.

DNA rilassato

Molecola circolare priva di tensione che migra più lentamente del supercoil.

DNA lineare

DNA con estremità libere, migrazione intermedia in gel di agarosio.

Spettrofotometria del DNA

Quantificazione di acidi nucleici misurando l’assorbanza a 260 nm.

Assorbanza a 260 nm

Punto di massimo assorbimento di basi nucleiche, usato per misurare DNA/RNA.

Ipocromicità

Diminuzione dell’assorbimento UV quando il DNA è a doppia elica.

Ipercromicità

Aumento dell’assorbimento UV durante la denaturazione del DNA.

Rapporto A260/A280

Indicatore di purezza; 1,8 per DNA puro, 2,0 per RNA puro.

Rapporto A260/A230

Indice di contaminazione da sali/fenolo; deve essere ≥2.

Temperatura di melting (Tm)

Temperatura alla quale metà delle basi di una doppia elica sono denaturate.

Annealing

Riappaiamento complementare di filamenti di acidi nucleici dopo denaturazione.

Cot curve

Analisi della cinetica di rinaturazione che rivela complessità di un genoma.

Esperimento di Meselson-Stahl

Dimostrazione del 1958 che la replicazione del DNA è semiconservativa.

Replicazione semiconservativa

Meccanismo in cui ogni molecola figlia conserva un filamento parentale.

Replicator

Sequenza cis che definisce l’origine di replicazione di un DNA.

Origine di replicazione (OriC)

Sito unico in E. coli dove inizia la duplicazione del cromosoma.

Replicone

Unità di DNA replicata da una singola origine fino a un punto di stop.

Proteina DnaA

Iniziatore che si lega alle box 9 di OriC e apre la doppia elica.

Proteina DnaB

Elicasi principale che separa i filamenti alla forcella replicativa.

Proteina DnaC

Caricatore che consente il posizionamento di DnaB su DNA.

Proteine SSB

Proteine che stabilizzano il DNA a singolo filamento prevenendo la riappaiamento.

Primer di RNA

Corta sequenza sintetizzata da primasi essenziale per avviare DNA polimerasi.

Primasi DnaG

Enzima che genera i primer di RNA durante la replicazione batterica.

DNA polimerasi III

Polimerasi replicativa di E. coli ad alta processività e attività proofreading.

DNA polimerasi I

Enzima che rimuove i primer di RNA e colma i gap nei frammenti di Okazaki.

Frammenti di Okazaki

Segmenti di DNA sintetizzati discontinuamente sul filamento lagging.

Leading strand

Filamento di DNA replicato in modo continuo verso la forcella.

Lagging strand

Filamento replicato in frammenti opposto alla direzione della forcella.

Clamp beta

Subunità ad anello della Pol III che conferisce alta processività.

Clamp loader

Complesso che apre e carica la clamp beta sul DNA primato.

Tus

Proteina che si lega alle sequenze Ter bloccando la forcella in E. coli.

Terminatori Ter

Sequenze di terminazione che arrestano la replicazione batterica.

Decatenazione

Separazione di molecole di DNA interconnesse da parte della topo IV.

Processo di proofreading

Controllo esonucleasico 3’→5’ che riduce gli errori di replicazione.

Ribonucleasi

Enzima che degrada RNA; varie specie partecipano al processamento.

Telomerasi

Ribonucleoproteina che estende i telomeri usando un RNA stampo.

TERT

Subunità proteica catalitica (reverse transcriptase) della telomerasi.

TERC

Componente di RNA della telomerasi che funge da stampo per TTAGGG.

T-loop

Struttura di loop telomerico che nasconde l’estremità 3’ del cromosoma.

Istoni

Proteine basiche attorno a cui si avvolge il DNA eucariotico formando nucleosomi.

Nucleosoma

Unità fondamentale di cromatina: 147 bp di DNA avvolte su un ottamero istonico.

Istoni H1

Istoni di linker che sigillano il DNA avvolto e compattano la fibra da 30 nm.

Istoni H2A

Parte del core istonico, presente in due copie per nucleosoma.