10. Proteinsyntes (prokaryoter)

Vad betyder det att den genetiska koden är degenererad och universiell?

Vad betyder det att den genetiska koden är degenererad och universiell?

Degenererad = flera tripletter kan koda för en och samma aminosyra

Universiell = koden är samma i alla livsformer (virus, prokaryoter, eukaryoter)

Hur många kodon finns det?

64

Hur många kodar för aminosyror och hur många är stoppkodoner?

61 för aminosyror
3 stoppkodon

För hur många aminosyror är den 3 basen betydelselös?

8

Vad avgör den andra basen i ett kodon?

Vilken typ av aminosyra, ex hydrofob osv

Vad kodar för start, vilken aminosyra är det?

AUG - Metionin

Vad innebär wobble?

Samma tRNA känner igen fler än ett kodon - en cell ehöver alltså inte 61 olika tRNA för alla 61 olika kodon

Var och när uppstår wobble?

På sista positionen av kodonet och första positionen på antikodonet

Uppstår när det tillåts en variation i vätebindningsmönstret

Vad skyddar wobble mot?

tysta mutationer

Vilka steg ingår i proteinsyntesen?

1. Aminosyra aktivering
2. Initiering
3. Elongering
4. Terminering

Vad kräver aktiveringen av aminosyror?

Aminosyror
rRNA
ATP
Aminoacyl-tRNA syntas

Vilka två steg sker aminossyraktivering i och i vilka nivåer ger det selektivitet?

1. Aminosyra-nivå = Enzymet som binder till en aminosyra förblir bundet och kan verifiera om det är rätt aminosyra. Är det fel släpps den, är det rätt får vi aminoacyl-AMP

2. tRNA-nivå = efter det plockats en tRNA molekyl av aminoacyl-syntaset kollas om tRNA och aminosyran passar ihop

Vad kallas ribosomen, hur är den uppbyggd?

70s ribosomen

Betsår av två subenheter
50s - består av 5s rRNA och 23srRNA
30s - består av 16s rRNA

Vad sker när ribosomens subenheter sätts ihop?

det skapas urgröpningar som ger olika säten med olika funktioner (A, P, E)

Vad kräver initieringen av proteinsyntes?

1. formyl-metionin-tRNA
2. mRNA med AUG
3. 30s och 50s
4. IF-1, IF-2, IF-3
5. GTP och Mg2+

Vad är skillnaden mellan formyl-metionin-tRNA och metionin-tRNA?

tRNA-fmet känner endast igen AUG när det fungerar som startkodon

tRNA-met känner igen AUG när det befinner sig i mittena ev en proteinkodande sekvens av mRNA

Hur binds 70s initieringskomplexet?

1. IF-1 binder och blockerar A-site på 30s
2. IF-3 binder och ser till att 50s inte kopplas för tidigt
3. IF-2 med GTP transporterar den första aminosyran till P-site och basparar tRNA antikodonet med kodonet
5. Alla IF släpper och 50s binder in

Hur placeras ribosomen rätt?

Med hjälp av Shine-Dalgarno skevenser som ligger 10 nukleotider innan AUG. 16s 3´ände basparar med Shine-Dalgarno

Vad kräver elongeringen?

1. 70s initieringskomplex
2. mRNA
3. Aminoacyl-tRNA (aktiva aminosyror)
4. Elongeringsfaktorer
5. Energi, GTP och Mg2+

Hur ser steg 1 ut i elongeringen?

Får hjälp av EF-Tu och binder mha GTP till den aktiverade aminosyran som sedan transporteras till A-site.

Rätt match gör att GTP defosforyleras och EF-Tu släpper aminosyran på rätt plats

EF-Ts hjälper sedan EF-Tu att bli av med GDP och ger ny GTP

Vad sker i andra steget av elongeringen?

Aminosyrorna binds till varandra genom en nukleofil attack från aminosyran i A-sätet till aminosyran i P-sätet och blir dipeptid

Katalyseras av 23s rRNA

Vad sker i tredje steget av elongeringen?

Translokering = det som sitter i A-säte förflyttar sig till P-säte och det deacetylerade t-RNA förflyttas till E-säte och diffunderar bort
(görs möjligt av GTP)

Hur sker termineringen av proteinsyntesen?

rRNA träffar tillslut stopkodon som hamnar i A-site. Då bins RF 1 eller 2 som blockerar fler inkommande aktiverade aminosyror och frigör peptidkedjan från tRNA

Vad är kopplad translation?

En gen som transkriberas samtidigt som den translateras (endast hos prokaryoter)

Vad möjliggör kopplad translation?

Att flera ribosomer kan binda till ett och samma mRNA vilket skapar en polysom