Microbiologie Environnementale

Flashcards sur la microbiologie environnementale.

Qu'est-ce qu'un écosystème?

Un système dynamique constitué par un grand nombre d'individus vivant dans un même milieu et qui se maintient et se régularise grâce à de très nombreuses relations entre ses composants.

Définir la niche écologique.

Les activités spécifiques d'un organisme qui concernent son rôle ou sa fonction dans une communauté. Elle englobe non seulement l'endroit où il se trouve, mais de même la fonction qu'il est en train d'exercer.

Pourquoi les micro-organismes créent-ils des biofilms?

Lorsqu’ils ne disposent pas d’environnement physique structuré, les microorganismes tendent à créer leurs propres microenvironnements ou niches, en élaborant des biofilms.

Définir l’écologie microbienne.

L’étude du comportement et des activités des micro-organismes dans leurs environnements naturels.

Définir ectosymbiote.

Un micro-organisme qui s’installe à la surface d’un autre organisme.

Qu'est-ce qu'un consortium?

Lorsque des micro-organismes dissemblables mais de taille similaire vivent ensemble.

Définir endosymbiote.

Un micro-organisme qui s’installe à l’intérieur d’un autre organisme.

Qu'est-ce que le neutralisme?

Une situation où deux espèces occupent le même habitat, mais pas la même niche.

Décrire le commensalisme.

Une relation positive où l'hôte n'est affecté de façon ni positive, ni négative, mais où l'espèce commensale dépend de l'hôte pour sa survie.

Qu'est-ce que le mutualisme (ou la symbiose)?

Une relation positive qui est obligatoire pour les deux partenaires, aucun d'eux ne pouvant survivre en son absence.

Définir le Syntrophisme.

Une association de deux micro-organismes, qui coopèrent pour une activité métabolique globale bien précise sans que leur dépendance mutuelle ne puisse être remplacée par une simple addition de substrat ou de nutriment.

Quels sont les trois principaux types d’environnement?

Eaux douces, marin et terrestre.

Qu'est-ce que le phytoplancton?

Les plantes minuscules photosynthétisantes qui sont les producteurs d'un étang/mer.

Quels sont les trois domaines de la vie?

Prokaryotes (eubactéries), eucaryotes et archaebactéries.

Que sont les phototrophes?

Les organismes qui capturent l’énergie radiante du soleil.

Comment les bactéries photosynthétiques anoxygéniques tirent-elles leur énergie?

Utilisent le H2S (parfois H2) comme source d’électrons ; ou précipitent le soufre élémentaire à l’intérieur ou à l’extérieur de la cellule.

Quel gaz joue un rôle déterminant dans les processus chimiques et biologiques dans les milieux aquatiques?

CO2

Quelles sont les trois caractéristiques environnementales extrêmes auxquelles sont confrontés les micro-organismes vivant dans les eaux abyssales?

Basse température, fortes pression et rareté des nutriments.

Qu'est-ce que la zone euphotique?

La zone de l’océan où la lumière visible ne pénètre pas au-delà de 300m.

Que sont les micro-organismes barophiles?

Les micro-organismes qui aiment la pression.

Quel est le nom de la plus grosse bactérie du monde?

Thiomargarita namibiensis

Comment les bactéries forment-elles un biofilm?

Suite à un stress ou à un manque de nourriture, elles adhèrent alors à une surface et changent leurs phénotype.

Qu'est-ce que l'épilimnion dans un lac eutrophe?

La couche d'eaux plus chaudes et moins denses en surface (aérobie).

Qu'est-ce que l'hypolimnion dans un lac eutrophe?

La couche d'eaux plus denses et plus froides en profondeur (souvent anaérobie).

Ecrire les trois séries de phénomènes qui résument l'auto épuration des eaux polluées.

Antibiose par les eubactéries, actinomycète et mycétozoaires; Parasitisme bactériophages et Bdellovibrio bactériovorus et la Prédation par protozoaires, ciliés en particulier.

Qu'est-ce que DBO?

Demande biochimique en oxygène; mesure indirecte de la matière organique biodégradable dans les milieux aquatiques.

Quelles sont les trois étapes du traitement des eaux usées?

Traitement primaire, secondaire et tertiaire.

Qu'est-ce que le traitement primaire des eaux usées?

L'étape de traitement qui élimine 20 à 30% de la DBO présente sous forme particulaire par tamisage, par précipitation des petites particules et par décantation en bassins ou réservoirs.

Qu'est-ce que la digestion des boues?

Les boues issues des traitements primaires et secondaires sont pompées vers des digesteurs anaérobies; une étape où les anaérobies, en particulier des bactéries productrices de méthane diminuent ces solides organiques en les dégradant en substances solubles et gaz.

Qu'est-ce que l'AAO?

Anaérobie-anoxique-oxydant : AAO; le processus de traitement anaérobie et aérobie qui sont souvent utilisés ensemble dans une séquence soigneusement conçue.

Comment l'eau est-elle désinfectée dans le traitement de l'eau potable?

Généralement par chloration ou ozonation.

Quel est le test utilisé pour déterminer la sécurité sanitaire de l'eau?

La détection des micro-organismes pathogènes.

Qu'est-ce que la technique de filtration sur membrane?

Le procédé où L'échantillon d'eau est passé à travers un une membrane filtrante de porosité déterminée (0.45µm). Le filtre portant à sa surface les bactéries piégées est transféré sur un support solide de milieu adéquat.

Qu'est-ce que le test Colilert?

Un échantillon d'eau de 100 ml est ajouté à un milieu spécifique contenant l'o-nitrophényl-ß-D-galactopyranoside (ONPG) et de 4-méthylumbelliferyl-ß-D-glucuronide (MUG) comme seuls nutriments pour détecter les coliformes et d’E. coli.

Qu'est-ce que le limon?

Des particules comprise entre 0,002 et 0,1 mm de diamètre présentes dans le sol.

Qu'est-ce que le pH de l'eau souterraine?

Presque toutes les eaux souterraines ont un pH compris entre 6 et 9.

Qu'est-ce que la rhizosphère?

Le volume de sol autour de la racine influencé par les substrats rejetées par celle-ci

Les racines des plantes libèrent quelle variété de substrats dans leur sol environnant?

L'éthylène, divers alcools, des sucres aminés, des acides organiques, des vitamines, des nucléotides, des polysaccharides, et des enzymes.

Quels sont les genres de rhizobactéries qui favorisent la croissance des plantes (PGPR)?

Pseudomonas et Achromobacter.

Définir Mycorhizes

Des associations mutualistes de racines et d’un nombre d’espèces limitées de champignons, où les deux partenaires dépendent des activités de l’autre.

Que sont les Mycorhizes ectotrophes?

Certains champignons mycorhiziens ne pénètrent jamais dans les cellules des racines; ils forment, autour de celles-ci, un feutrage dense et plus ou moins épais, capable de s'insinuer entre les cellules des couches les plus extérieures de l'écorce, formant une gaine c'est le réseau de Hartig.

Décrire le procédé de la formation de nodules.

Une reconnaissance du partenaire correct à la fois par la plante et par la bactérie et l'attachement de la bactérie aux poils de la racine. La sécrétion de molécules de signalisation d'oligosaccharides (facteurs nod) par la bactérie. L'invasion bactérienne des poils de la racine. Mouvement des bactéries à la racine principale par l'intermédiaire du canal d'infection. Formation de cellules bactériennes modifiées (bactéroïdes) dans les cellules et le développement de l'état de fixation d’azote par les plantes. La division cellulaire bactérienne et celle de la plante continue et on observe la formation du nodule mature.

Que sont les opines produites grâce à des cellules végétales transformées par l'ADN-T?

Une source de carbone et d’azote et parfois de phosphate pour les cellules parasite.

Que sont les cycles biogéochimiques?

Les éléments sont oxydés et réduits par des micro-organismes pour répondre à leurs besoins métaboliques. Sans les cycles biogéochimiques, la vie sur Terre cesserait d'exister.

Quelle est la première étape du cycle de carbone?

La photosynthèse dans laquelle les photo-autotrophes incorporent le dioxyde de carbone dans la matière organique à partir d'énergie solaire.

Pourquoi le méthane est-il un gaz à effet de serre?

Il est de 20 fois plus efficace pour retenir la chaleur que le CO2.

Qu'est-ce que l'ammonification?

Les groupes amines des acides aminés sont éliminés et transformés en ammoniaque (NH3).

Qu'est-ce que la nitrification?

L’oxydation de NH3 en NO3-, qui est un important processus dans les sols oxiques bien drainés à pH neutre, et est effectuée par les bactéries nitrifiantes.

Qu'est que un anammox?

L'oxydation anaérobie du NH4+ est couplée avec la réduction du NO2- formant du N2 gazeux qui est libéré dans l'atmosphère.

Qu'est-ce que la dénitrification?

La réduction de NO3- en composés d'azote gazeux; en effet cette réduction est le principal moyen par lequel le N2 et N2O sont biologiquement formés.

Quel est le cycle biogéochimique le plus important?

Le cycle du carbone.

Quel micro-organisme est le plus commun sur les parois de l'estomac et peut causer des ulcères?

Helicobacter pylori