H1 DNA: DEOXYRIBONUCLEINE ZUUR definities

centrale dogma van de moleculaire biologie

transcriptie van DNA resulteert in RNA en translatie van RNA resulteert in eiwitten.

cel

éénheid die afgescheiden is van zijn omgeving en die bestaat uit een zeer georganiseerde opbouw die tot stand komt door de wisselwerkingen tussen biomoleculen: proteïnen, lipiden, carbohydraten (koolwaterstoffen) en nucleïnezuren.

genen

informatie-bevattende elementen die de karakteristieken van een individu, maar ook van de soort waartoe dit individu behoor, bevat. Zij coderen dus voor erfelijke eigenschappen.

alkaptonurie

zeldzame aandoening, opvallend: urine die enige tijd aan lucht is blootgesteld, kleurt zwart. Recessief kenmerk, enkel ziek wanneer homozygoot voor het defectieve gen. Teveel tyrosine  afbreken dmv enzymen  in urine weg  maar bepaald enzym werkt niet  opstapeling homogentisinezuur + O2 = zwart.

homogeniseren van cellen

in aanwezigheid van detergent brengen of mechanisch breken  celmembraan kapot (mbv sonicatie of mixen) maken  componenten cel in oplossing. Op deze manier komen we te weten welke stoffen genetische info bevatten.

differentiële (ultra)centrifugatie

centrifugatie die berust op het filtreren  bodem: pellet en rest: supernatans.

densiteitscentrifugatie

centrifugatie die berust op het verschil in dichtheid en densiteit van de verschillende celorganellen of moleculen in het cellysaat (lage c  hoger)

transformatie

bacteriën kunnen genen (de dragers van eigenschappen) uit hun omgeving opnemen, (experiment van Griffith)

bacteriofaag

virus die zijn eigen DNA in gastheercellen spuit. Hierdoor gaat de gastheercel stoppen met de aanmaak van zijn eigen RNA, maar gaat het alleen nog maar faag eiwitten maken, waardoor de faag zich zo kan vermenigvuldigen.

nucleoside

base verbonden aan deoxyribose via N-glycosidische binding.

nucleotide

fosfaatgroep verbonden aan 5’ C. Komen meestal vrij in de cel voor.

dntps

deoxyribonucleoside-tri-fosfaten

ntps

nucleotidetrifosfaten (wanneer de ribose niet gedeoxyleerd is)

atp

adeninetrifosfaat, een ribonucleotide, adenine die vasthangt aan ribose met 3 fosfaten aan 5’ uiteinde  levert energie

camp

cyclisch adenosine monofosfaat, cyclische vorm van een mononucleotide, gesynthetiseerd door adenylaatcyclase (α-fosfaat ATP wordt verbonden met 3’OH ribose), concentratie aan cAMP wordt bepaald door de enzymen die het aanmaken en de enzymen die het afbreken. Het wordt afgebroken door het enzyme fosfodiësterase AMP (door hydrolyse van verbinding tussen fosfaat en 3’OH ribose).

s-adenosyl-methionine

donor voor de methylgroep om basen en eiwitten te methyleren.

cafeïne

Inhibitor fosfodiësterase (omzetting van cAMP naar AMP), hierdoor stijgt concentratie en werking van cAMP en dit houdt het organisme in geëxciteerde toestand. Het gaat PDE binden zodat cAMP geen AMP kan worde. Opwekkend middel dat voorkomt in thee en koffie.

azt

3’-azido-2’-deoxythymidine: Aidsremmer, het inhibeert het enzyme reverse-transcriptase van HIV-virus waardoor er minder nieuwe virussen worden gevormd. Bevat acidogroep die giftig is voor het AIDS-virus.

aids

acquired immune deficiency syndrome

viagra

inhibitor van PDE(-5), bindt hieraan via een purine  dit biedt de mogelijkheid tot het hebben van een erectie.

bèta helix

dubbele helicale structuur waarbij de ribosen en fosfaatgroepen naar buiten gekeerd zijn en basenparen naar binnen (complementair en anti-parallel). Het heeft grote en kleine groeve en is rechtsdraaiend. Bevat stabiele H-bruggen. Andere minder voorkomende helices zijn Z-DNA en triple helix.

anti-parallel

de 5’ naar 3’ richtingen zijn parallel maar wijzen in de tegenovergestelde richting.

palindromische sequentie

ook in DNA kent men palindroomsequenties; dit zijn sequenties waarvan beide helices in gelijke richting dezelfde sequentie hebben (vb. 5’-TCCGATCGGA-3’ → 3’-AGGCTAGCCT-5’). Deze kunnen worden herkend door restrictie-enzymen (endonucleasen) die DNA-ruggengraat specifiek kunnen knippen. Grote DNA fragmenten  kleinere mbv deze enzymen.

grote groeven & kleine groeven

Via de grote groeven kan je DNA lezen. De twee groeven ontstaan doordat de N-glucosidebindingen (bindingen tussen een ribose en base) niet diametraal tegenover elkaar liggen.

hyperchromiciteit van enkelstrenging dna

als men de lichtabsorptie van een DNA oplossing volgt in functie van de temperatuur, dan zal deze bij een bepaalde temp. (smelttemperatuur) toenemen tot een volgende plateauwaarde. Absorptie UV Enkelstrengig DNA > dubbelstrengig (gec. Bdgen). Laten we de temperatuur toenemen boven het smeltpunt  denatureren tot enkelstrengig  lichtabosrptie neemt toe =hyperchromaciteit.

hybridisatie

als je DNA eerst denatureert en dan de oplossing laat afkoelen, zullen de 2 strengen elkaar terug vinden omwille van hun complementariteit en dan zullen ze met elkaar hybridiseren tot een dubbelstreng. Op voorwaarde dat het DNA mengsel niet te complex is en de temperatuurdaling traag gebeurt.

dna electroforese

dragen door elektriciteit, DNA is negatief geladen en zal in de agarose gel(vormt een netwerk) migreren naar de positieve pool van het elektrisch veld. Grote DNA fragmenten worden meer verhinderd door het netwerk dan kleine fragmenten.