4. Aminosyror och proteiner

Vad är grundstukturen för en aminosyra? (rita)

Alpha-kol bundet till en aminogrupp, karboxylgrupp, sidokedja och ett väte

Hur många essentiella aminosyror har vi? vad innebär det?

9 st
innebär att vi inte kan skapa de själva utan måste få i oss den genom kost

Aminosyror är en zwitterjon. Vad innebär det? rita strukturen

Zwitterjon = molekyl som både är positivt och negativt laddad

Vid neutralt pH har aminogruppen tagit upp en H+ medan karboxylgruppen har donerat en H+

När är aminosyror polära?

När deras sidokedjor kan bilda vätebindningar med vatten (när sidokedjan innehåller ex hydroxylgrupp, aminogrupp eller tiolgrupp)

Vad kan laddade aminosyror göra och vad är det viktigt för?

Laddade aminosyror kan bilda saltbryggor när de tar emot/donerar en H+
Saltbryggor är en viktig interaktion som bidrar till stabilitet i många biologiska system

hur bildas peptider /proteiner? (rita)

Peptidbindningar mellan aminosyror vilket sker genom en kondensationsreaktion

Vad är skillnaden mellan oligiopeptider/polypeptider/proteiner?

Oligopeptider = 2-20 aminosyror

Polypeptider = 21-50 aminosyror

Proteiner = över 50 aminosyror

Vad gör peptidoglykan?

bygger upp bakteriecellvägg

Vad är primärstruktur för proteiner?

Enklaste proteinstrukturen som är endimensionell och går bara på rad från N-terminal till C-terminal

Vad är Alpha-helix?

Sekundärstruktur där aminosyrakedja snurrar runt sin egna axel och stabiliseras mha vätebindningar mellan amino- och karboxylgruppenn på två olika aminosyror

Vad är beta-sheet?

Sekundärstruktur där sekvenser av aminosyror i ett protein staplas på varandra och bildar flak. Dessa binds samman med vätebindningar

Kan vara antiparalella eller parallella (antiparalella är stabilare då vätebindningen är fördelaktigt positionerat)

Vad är disulfidbryggor?

Kovalenta bindningar mellan aminosyrornas sidokedjor i främst extracellulära protein som cystein. detta stabiliserar proteinstrukturen

Vad är tertiärstruktur?

Den kompletta 3D-strukturen som innefattar alla sekundärstrukturer. Är även subenheter till kvartiärstrukturer

Vad är kvartärstruktur?

Den kompletta 3D-strukturen av ett proteinkomplex som innefattar flera sekundärstrukturer eller subenheter

Vilka är de stabiliserande krafterna för proteinstrukturer? Vilka faktorer påverkar dessa?

Van der Waalskrafter, vätebindningar, jonbindningar och kovalenta bindningar.

Temperatur, koncentration av salter/joner och pH

Hur får proteiner struktur?

vekning

På vilka sätt kan posttranslationell modifiering ske?

Fosforylering
Hydroxylering
Glykosylering
Klyvning
Kofaktor

Hur fungerar hemoglobin?

Har 4 hemgrupper med varsinn järn-jon. Suger upp syre i R-state och kastar ut syre i T-state

Hemgrupperna har en kooperativitet vilket gör att när en av hemgrupperna går från T/R state ökar chansen att resterande också gör det

Vad är enzymer?

Proteiner som katalyserar biologiska reaktioner som skulle ske spontant

Hur fungerar enzymer?

substrat binder till enzymets active-site, vilket ger ett enzym-substratkomplex. Detta gör att transitionstillståndet stabiliseras och aktiveringsenergin för reaktionen sänks. reaktionen påskyndas alltså.

Vad är kravet för att en reaktion ska ske spontant?

delta G måste vara mindre än 0

Hur kan en ofördelaktig reaktion ske?

Genom att reaktionen kopplas samman med en fördelaktig reaktion, vilket gör att den totala delta G blir negativ

Vilka mekanismer har enzymer?

Binda och orientera substraten på ett fördelaktigt sätt, påverka elektroners läge i substraten samt dra substraten så att de tvingas mot transitionstillstånd

Vad beror hastigheten för katalysationen på?

Substratkoncentrationen eftersom det blir lättare för enzymer att hitta substraten

Vilka typer av hämning av enzymer finns det?

Kompetitv hämning - tävlar med substraten att binda till active site

Icke-kompetitiv hämning - påverkar enzymets förmåga att katalysera genom att binda till regulatory site

vad är ett exempel på en hydrofob aminosyra? rita

Alanin

Vad är ett exempel på en polär aminosyra? rita

Serin

Vad är ett exempel på en laddad aminosyra? rita

Aspartat

Förklara begreppet domän.

Funktionell del av peptidkedja som vekas oberoende

Förklara begreppet subenhet.

Polypeptidkedja som kombineras med andra polypeptidkedjor för att bygga ett protein

Vad är alloster reglering?

Modulator ändrar formen på active site vilket både kan hämma och öka enzymets affinitet för substrat

Vad är ett apoenzym?

Kräver coenzym för att fungera som enzym

Vilka 5 faktorer bidrar till att hemoglobin ger ifrån sig syre snabbare?

1. högre temperatur i blodet
2. Hög koncentration CO2
3. Hög koncentration 2,3-bifosfoglycerat
4. Lågt pH
5. Lågt partialtryck för syre

Höjer ett enzym substrats energitillstånd för att reaktionen ska ske snabbare?

nej

Hjälper lagring av triacylglycerol till att värmeisolera cellerna?

ja

Åt vilket håll går en polypeptidsekvens?

N-terminal till C-terminal

Vad bildar en nukleosom?

DNA virat runt 8 histoner

Hur skiljer sig eukromatin och heterokromatin

eukromatin = löst packat
Heterokormatin = hårt packat