Biologia Molecolare - lncRNA, RNA circolari e Sequenziamento Acidi Nucleici

Flashcards di biologia molecolare sulla regolazione della trascrizione, RNA circolari, sequenziamento di acidi nucleici e medicina personalizzata.

Cosa sono gli lncRNA?

RNA non codificanti lunghi che si legano a DNA e RNA, fungono da scaffold per complessi proteici e da spugna per i microRNA.

Qual è la funzione di HOTAIR?

Dirige PRC2 verso il locus HOXD in condizioni normali, silenziando i geni Hox per regolare l'embriogenesi. Sovraespresso, dirige PRC2 verso geni correlati al cancro.

Come regolano la trascrizione i lncRNA legando fattori di trasporto specifici?

lncRNA che possono inibire la localizzazione nucleare di fattori di trascrizione specifici.

Cosa sono gli RNA circolari?

Strutture stabili che derivano dai geni e possono sequestrare i miRNA dai loro mRNA bersaglio.

Come sono generati gli RNA circolari?

Back splicing di pre-mRNA, spesso facilitato da sequenze ripetute come le sequenze Alu.

Cosa sono le sequenze Alu?

Sequenze brevi intersperse di DNA specifiche per i primati che favoriscono la circolarizzazione dell'RNA quando fiancheggiano gli esoni.

Quali elementi permettono la circolarizzazione degli esoni?

Siti di splicing e brevi ripetizioni invertite, come gli elementi Alu, che consentono agli esoni di circolarizzare nelle cellule.

Come possiamo studiare i lncRNA?

Sequenziamento dell’RNA per identificare RNA non codificanti, come TINCR.

Quali sono i passaggi per validare un potenziale lncRNA?

qRT-PCR, RNA-FISH, Northern blot.

Quali sono le tecniche per capire le possibili funzioni dei lncRNA?

RIA-seq, PMA, RBP pulldown, Knockdown e/o overespressione.

Quali sono le discipline della biologia molecolare che aiutano a comprendere i processi biologici?

Genomica, trascrittomica, proteomica, metabolomica, epigenomica.

Di cosa si occupa la genomica?

Studio del genoma, concentrandosi sull'analisi dei geni, delle loro sequenze e interazioni.

Cos'è la trascrittomica?

Studio degli mRNA per capire quali geni sono attivi e come sono regolati.

Cos'è l'epigenomica?

Studio degli eventi epigenetici che influenzano l'espressione genica.

Cos'è la proteomica?

Studio delle proteine, inclusa la loro struttura, funzione e interazione.

Cos'è la metabolomica?

Studio del metaboloma, l'insieme dei metaboliti che riflettono lo stato fisiologico di un organismo.

Chi ha sviluppato il metodo di sequenziamento del DNA?

Fred Sanger e Walter Gilbert.

Quali sono le due molecole chiave utilizzate nel metodo di sequenziamento di Sanger?

Deossinucleotide normale (dNTP) e dideossinucleotide (ddNTP).

Quali vettori sono stati utilizzati per clonare frammenti di DNA più grandi nel progetto genoma umano?

BAC e YAC.

Quali sono le due strategie principali per il sequenziamento del genoma umano?

Clone by clone sequencing e whole genome shotgun.

Quali sono le variazioni genomiche individuali?

Elementi ripetuti, Copy Number Variations (CNVs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Piccole inserzioni e delezioni (indels).

Cosa comportano le mutazioni puntiformi?

Cambiamenti nella sequenza degli amminoacidi della proteina codificata o un troncamento prematuro della proteina.

Cos'è il WES (whole-ezome-sequencing)?

Sequenziare solo gli esoni che vengono trascritti.