Kaarten: begrippen methoden | Quizlet

precisie = variabiliteit

maat voor reproduceerbaarheid

accuraatheid

verschil tussen gemeten waarde en de "echte" waarde

analytische range/ dynamic range

gebied dat reproduceerbare gegevens geeft

robuustheid

mate waarin de methode een consistent resultaat geeft ondanks kleine verschillen in experimentele parameters

prospectieve studies

mensen volgen om gegevens te verzamelen

retrospectieve studies

info uit het verleden verzamelen om iets beter te begrijpen

ESC

embryonale stamcellen

autologe stamceltransplantatie

patiënt krijgt eigen stamcellen terug

allogene stamceltransplantatie

patiënt krijgt stamcellen van donor

iPSC

= geïnduceerde pluripotente stamcellen -> eiwitten toevoegen die cel dwingen om te de-differentiëren naar pluripotente SC

3 V's

- vervangen van proefdieren door andere onderzoeksmethoden

- verminderen van aantal proefdieren

- verfijnen vd proeven voor beter dierenwelzijn

Saccharomyces cerevisae

gist

Danio rerio

zebravis

xenopus laevis en tropicalis

kikker (laevis complex genoom dus minder geschikt voor gen studies)

mutagenese

genetische wijzigingen aanbrengen

transgenese

gen van andere diersoort inbrengen

'outbred' muizenstam

genetisch verschillend, divers

'inbred' muizenstam

inteelt, genetisch identiek, homogeen

orthologen

gen afkomstig van gemeenschappelijk voorouder-organisme

xenograft

transplantatie van bv humaan weefsel in een muis

PMBC

perifeer bloed mononucleaire cellen (monocyten en lymfocyten)

anticoagulans

antistollingsmiddel

biopsie

stukje weefsel verwijderen uit levend organisme

autopsie

stukje weefsel verwijderen uit overleden organisme

microtoom

hiermee coupes snijden van verhard, gefixeerd weefsel

cryotoom

cyrocoupes mee snijden (ingevroren weefsel)

cyropreservatie

cellen bewaren op een heel lage temperatuur zodat ze leefbaar blijven (gecontroleerde afkoeling)

FACS

fluorescence-activated cell sorting

MACS

magnetic-activated cell sorting

LCM

Laser Capture Microdissection

laminaire flow kabinet

laminaire luchtstroom in kabinet -> bescherming experiment, geen bescherming onderzoeker of milieu

chemische veiligheidskabinet

afzuiging van chemische dampen -> geen bescherming experiment, wel bescherming onderzoeker en omgeving

bioveiligheidskabinet

lucht uit kabinet w gefilterd door HEPA-filter -> bescherming experiment en onderzoeker

hemocytometer

telkamerapparaat voor manuele celtelling

latiele vloeistoffen

vloeistoffen die snel vervliegen

hygroscopische stoffen

stoffen die waterdamp uit lucht aantrekken en hierdoor klonteren of vervloeien

PBS buffer

fosfate buffer saline (=fosfaatbuffer)

HEPES buffer

piperazine buffer (celculturen)

autoclaveren

sterk verhitten om micro-organismen vrij te maken

sedimentatiesnelheid (v)

snelheid waarmee deeltjes sedimenteren

sedimentatiecoëfficient (s)

waarde eigen aan een deeltje die bepaalt hoe snel het deeltje centrifugeert (hoe groter het deeltje, hoe groter s)

preparatieve ultracentrifuges

om subcellulaire deeltjes of virussen te scheiden voor verder onderzoek

analytische ultracentrifuges

om fysische eigenschappen van zuivere macromoleculen te bestuderen

bias

een herhaalbare fout van dezelfde grootte in dezelfde richting (bv plastic schaaltje mee wegen bij het wegen van een stof)

nauwkeurigheid (accuracy)

de mate van overeenstemming tussen de gemeten waarde en echte waarde (onnauwkeurig = ver van centrum)

precisie

maat voor hoe goed resultaat kan worden bepaald, onafhankelijk van de werkelijke waarde (hoe dicht de gemeten waardes bij elkaar liggen)

dynamisch bereik

meetbereik met een reproduceerbare nauwkeurigheid en precisie

detectielimiet

limiet om aan te tonen dat een bestanddeel aanwezig is

kwantificatielimiet

laagste meting die kwantitatief bepaald kan worden

lineariteitslimiet

limiet die aangeeft tot waar lineaire gebied loopt (niet-lineaire gebied = gebied dat we willen vermijden

analytische specificiteit = selectiviteit

mate waarin het systeem beïnvloed wordt door andere componenten (! blancometing)

analytische sensitiviteit

maat van verandering in output tov verandering in input (hoe hoger, hoe groter de signaalverandering)

blanco meting

deel van het totaalsingaal dat niet te wijten is aan het te bepalen bestanddeel (dit aftrekken van het gemeten signaal om wat we zoeken te krijgen)

numerieke apertuur (NA)

geeft aan onder welke uiterste hoeken licht opgevangen wordt door een lens

DIC

differentieel interferentie contrast (=Nomarski microscopie)

Stokes shift

energieverschil tussen excitatiepiek en emissiepiek doordat emissielicht (fluorescentielicht) langere golflengte heeft dan excitatielicht

interne conversie

energie die verloren gaat door trillingen, warmte zonder dat energie w uitgezonden

fluorofoor

fluorescente molecule, 'kleurverschuiver'

directe immunofluorescentie

gemerkte antilichamen binden direct aan target (eenvoudig en snel)

indirecte immunofluorescentie

gemerkte antilichamen (secundaire) binden aan niet-gemerkte antilichamen (primaire) die aan target zijn gebonden (++ versterking van signaal mogelijk)

FRET

fluorescence/forster resonance energy transfer

FLIM

fluorescence lifetime imaging

FRAP

fluorescence recovery after photobleaching

FLIP

fluorescence loss in photobleaching

TLC

thin layer chromatography (papier / dunne laag chromatografie)

silaniseren / endcapping

silica heeft polaire Si-OH groepen die minder polair worden gemaakt voor RFLC door andere groepen hieraan te binden

schotelgetal N

hoe vaak interactie optreedt tussen stationaire en mobiele fase

theoretische plaathoogte (HETP)

minimale lengte nodig voor goede interactie tussen mobiele en stationaire fase

isocratische elutie

samenstelling van de mobiele fase blijft constant doorheen de elutie

gradient elutie

samenstelling van de mobiele fase verandert (bij reversed van polair naar apolair, bij normal van apolair naar polair) -> zo snellere elutie bekomen

HPLC

high performance / pressure liquid chromatography

ELSD

Evaporative light scattering detector

TCD

thermal conductivity detector

FID

flame ionization detector

transmissie

intensiteit die we meten wanneer het staal zich bevindt tussen lichtbron en detector tov intensiteit als er geen staal aanwezig is (T = I/ Io)

monochromator

scheidt verschillende frequenties van polychromatisch licht zodat een bepaalde golflengte w geselecteerd en gebruikt (in spectrofotometer)

PMT

photo multiplier tube

scan-spectrofotometer

meet elke golflengte afzonderlijk

array-spectrofotometer

meet licht verspreid door een monochromator (nadat licht door staal is gestuurd met fotodiode-array-detector

Rayleigh verstrooiing (elastische)

energie foton verandert niet na interactie met molecule

Raman verstrooiing (niet-elastisch)

energie foton verandert na interactie met molecule

NMR

nucleaire magnetische resonantie

TMS

tetramethylsilaan

proteomics

onderzoeken welke eiwitten er op een bepaald moment in een bepaalde cel zitten

molecular ion peak

moleculair gewicht van de verbinding (hiermee molecuulmassa identificeren)

base peak

piek met hoogste intensiteit (meestal een fragment ion)

EI

electron impact ionisatie (harde)

CI

chemische ionisatie

ESI

electrospray ionisatie

MALDI

matrix assisted laser desorption ionization

TOF

time of flight

PAGE

polyacrylamide gel elektroforese

IEF

isoelektric focussing

forward scatter

geeft info over de grote van cellen door verstrooiing van licht (hoe groter de schaduw, hoe groter de cel)

celsenescentie

onomkeerbare blokkage in celcyclus die door versch factoren kan geïnduceerd worden

celmigratie

beweging van cellen als reactie op een chemische of mechanische reactie (vb wondheling)

celinvasie

cellen die door extracellulaire matrix of tussen naburige cellen bewegen (vb uitzaaiing kanker)

flow cytometrie

nakijken van merkers in individuele cellen

BrdU test

celproliferatie meten

MTT test

aantal levende cellen bepalen