8. Replikation

När sker DNA-replikation?

Innan mitos

Vilka basparar till varandra och vilka har starkas bindning?

A-T och G-C
A-T har 2 vätebindningar och binder inte lika starkt som G-C som har 3 vätebindningar

Vart sitter basparen?

Deoxyribonukleotiden som har en negativt laddad fosfatrygg

Vad består 3´änden respektive 5´änden av?

3´= OH-grupp på sockrets 3´kol

5´= fosfat på sockrets 5´kol

Åt vilket håll syntetiseras DNA?

5´till 3´

Vart börjar DNA-syntes?

replication origin - där DNA dubbelhelixen öppnas

Hur går initieringen av DNA-syntes till?

Helikas binder till replication origin och smälter vätebindningarna i AT-rik region, vilket skapar en reaktions bubbla med två replikationsgafflar.
Primas binder till helikaset och syntetiserar RNA-primers på bägge strands.
DNA-polymeras 3 binder in och kopierar sig själv för att det ska vara ett Polymeras vid varje replication fork.

Åt vilka håll läser och syntetiserar DNA-ploymeras 3?

Läser mallsträng från 3´till 5´

Syntetiserar ny sträng från 5´till 3´

Hur syntetiserars leading/lagging strand?

Ett polymeras 3 syntetiserar direkt leading strand som endast behöver en primer.
Det andra polymeras 3 syntetiserar lagging strand genom 1 okazaki-fragment i taget som kräver varsin primer.

Vad "reparerar" okazaki-fragementen efter syntes?

Polymeras 1 tar bort primer

Ligas sätter samman överblivande hålrum

Hur går termineringen av DNA-replikation till?

Replication forks möts i Ter site där proteinet terminus binder och helikaset blockeras. Topoisomeras separerar på de två nybildade strängarna (förhindrar trassel)

Vad är SSB (single-stranded DNA-binding proteins)?

Stabiliseringsfaktorer som sitter längst strängarna för att skydda DNA från nukleaser som kan förstöra DNA genom hydrolys

Vad gör Sliding clamp och clamp loader?

Sliding clamp håller fast DNA-polymeras 3 så att den inte lossnar

Clamp loader ökar stabilitet och håller fast sliding clamp

Vad innebär Proofreading?

DNA-polymeras kontrolläser sig själv och rättar till felaktigt kopplade baspar

Vad händer om proofreading inte funkar?

Mutation

Vilka typer av mutation kan ske?

Tyst mutation - aa-sekvens blir densamma

Missense muatation - aa-substitution

Nonsense mutation - stoppkodon introduceras

Supressormutation - mutation återställer tidigare mutation

På vilka sätt kan reparation av mutationer ske?

1. Cut and patch
2. Nick translation
3. Missmatch repair
4. Base excison repair
5. Nucleotide excison repair

Vad innebär missmatch repair?

Enzym känner igen att 2 baser är felaktigt parade - missmatch området avlägsnas - replikeras återigen

Vad innebär base excison repair?

DNA glycosylas avlägsnar en skadad bas och lämnar kvar ett AP-sitev - Polymeras 1 fyller luckan och Ligas reparerar sockerfosfatryggraden

Vad innebär Nucleotide excision repair?

ABC exinucleas binder till skadad region och klyver ut en stor del - Polymeras 1 fyller lucka och Ligas reparerar sockerfosfatryggraden

Vilket problem uppstår hos Eukaryota kromosomer vid replikation? Vad löser problemt?

När primers tas bort fylls luckarna in från OH-grupperna på delar av DNA men i slutet finns det inte någon OH-grupp att fylla i från (blir kort)

Telomeras binder till 3´änden av luckan och förlänger mallsträngen med en RNA mall