BIOCHEMIA - 1 - WODA/KOMÓRKA

woda - kąt wiązania H-O-H

104,5

typowe wiązanie C-C - długość i energia

0.154 nm

356 kJ/mol

wiązania niekowalencyjne - typy (od najmocniejszego)

elektrostatyczne > wodorowe > Van der Waalsa > oddziaływania hydrofobowe

oddziaływania hydrofobowe - zasada działania

agregacja związków hydrofobowych w środowisku wodnym

oddziaływania Van der Waalsa - zasada działania

dipol/dipol lub siły dyspersyjne Londona (chwilowy moment dipolowy)

wiązania elektrostatyczne - charakterystyka

dwie cząsteczki o przeciwnych ładunkach przyciągają się

wiązania elektrostatyczne - kiedy są najsilniejsze?

w niepolarnych rozpuszczalnikach

wiązania wodorowe - energia

20 kJ/mol

ilość wiązań wodorowych a temperatura wody

temperatura pokojowa: 3,4 wiązania między cząsteczkami wody

w lodzie: maksymalne wysycenie wiązaniami wodorowymi - 4 dla każdej cząsteczki H2O, struktura krystaliczna

wiązanie wodorowe - zależność kształtu od siły

są najsilniejsze, kiedy elektroujemny atom - wodór - elektroujemny atom są w linii prostej

rozpuszczalność w wodzie CO2, O2, N2

są niepolarne i słabo rozpuszczalne w wodzie

rozpuszczalność w wodzie NH3 i H2S

polarny charakter - dobrze rozpuszczalne w wodzie

promień Van der Waalsa

odległość, na jaką mogą zbliżyć się do niego inne atomy

jonizacja wody

szybki ruch jonów OH- i H3O+ w polu elektrycznym; przeskakiwanie po sieci wiązań wodorowych

umożliwia dużą szybkość reakcji kwas-zasada w środowisku wodnym

bufory Good’a

syntetyczne bufory operujące w zakresie pH 6-8

ważne bufory biologiczne

system fosforanowy (H2PO4- i HPO4 2-) - cytoplazma

system wodorowęglanowy (H2CO3 i HCO3-) - osocze krwi

tetraedryczna struktura węgla - kąt

109.5

wspólne cechy wszystkich komórek

- obecność błony plazmatycznej
- cytoplazma złożona z cytozolu i struktur subkomórkowych
- obecność jądra lub nukleoidu, przynajmniej przez część cyklu życiowego

rozmiary komórki - górne granice

zachowanie optymalnego (dużego) stosunku powierzchnia:objętość - dyfuzja tlenu

prokariota - podział

archebakterie (archeony) i eubakterie

bakterie tlenowe/beztlenowe

różnica w akceptorze elektronów z utlenianych substancji organicznych - u tlenowców tlen, u beztlenowców azotany/siarczany/CO2

budowa bakterii gramujemnych

błona zewnętrzna + zewnętrzna
cienka warstwa peptydoglikanu
liposacharydy na błonie zewnętrznej

budowa bakterii gramdodatnich

jedna błona - wewnętrzna
gruba warstwa peptydoglikanu z kwasami tejchojowymi

barwienie Grama

1 - fiolet krystaliczny (nadaje barwę G+)

2 - roztwór jodu (utrwalacz)

3 - odbarwienie etanolem

4 - fuksyna zasadowa (nadaje barwę G-)

więc gramdodatnie - fioletowe
gramujemne - czerwone/różowe

budowa błony archebakterii

podobna do G+ , też tylko błona wewnętrzna, ale inne lipidy i inne polimery cukrowe (nie peptydoglikan)

składniki wirusa

DNA/RNA + białkowa otoczka (kapsyd) + dodatkowa osłonka

wirus poza komórką

wirion

mezosom

fragment pofałdowanej błony bakteryjnej; miejsce replikacji DNA i innych reakcji enzymatycznych

peroksysomy

pęcherzyki z katalazą rozkładającą H2O2 do wody i tlenu

glikosysomy

wyspecjalizowane peroksysomy u roślin; mają enzymy przekształcające w czasie kiełkowania nasion zapasowe lipidy w cukry

metody wizualizacji składników komórki

mikroskopia elektronowa, mikroskopia immunofulorescencyjna