MGOT mutagenesis

Forward genetics

je hebt een bepaald fenotype en je gaat kijken welk gen dit veroorzaakt

Reverse genetics

je hebt een bepaald gen en dit ga je manipuleren en dan kijken wat het doet met je fenotype

Silent mutatie

geen verandering in eiwitsequentie (bv. Veranderde codon codeert nogsteeds voor zelfde aminozuur)

Nonsense mutatie

vorming van vroegtijdig stopcodon (UAA, UAG, UGA) à verkort, vaak niet-functioneel eiwit

Missense mutatie

verandering in één aminozuur in de sequentie

Framsehift mutatie

deletie of insertie van 1+ nucleotiden à leidt tot verschuiving van readingframe en meestal compleet andere eiwitseq/vroegtijdig stopcodon

Transitie mutatie:

vervanging van purine (A of G) door andere purine, of pyrimidine (C, T) door andere pyrimidine

Transversie mutatie:

purine naar pyrimidine of andersom

Physical: UV-licht

• Geabsorbeerd door T/C (hun dubbele bond)

• Creëert pyrimidinedimeren —> vervormt de DNA helix en verhindert de replicatie

• Resultaat: puntmutatie (door foutieve baseninsertie)

Ø  “If the damage is not repaired before replication, the errors become permanent changes in the DNA sequence”

Physical: ionizing (straling)

• kan single- en double-stranded breuken in de DNA-ruggengraat veroorzaken door hydroxylradicalen

• SS breaks are usually correctly repaired, DS breaks not:

• Kan ook basen modificeren (bv. C à U)

• resultaat: deleties, inserties en herschikkingen

Chemical: intercalerend (ethidiumbromide en acridine oranje)

• Binden met de DNA major en minor grooves

• Middelen bootsen nucleobasen na en voegen zich tussen de DNA-nucleotidenbasen —>

• schuiving tussen de basenparen, waardoor de helix wordt vervormd

• Veroorzaken insertie of deletie van basen tijdens de replicatie —> framsehift

Chemical; Base analogs

• Nucelotide na-apers

• Ze komen ertussen tijdens de DNA replicatie

• Zorgt voor puntmutaties (zijn ALLEEN transitionele mutatie!)

Chemical; Base altering agents

• Ook chemisch, maar komen niet in het DNA terecht (ipv. Passen ze de basenpaar mogelijkheden aan)

• F.e. salpeterzuur, HNO2 (deaminerend): vervangt aminegroep (NH2) door hydroxylgroep (OH),

Ø  bv, C —> U,     veroorzaakt GC à AT transities

Biological; insertional mutagenesis:

• transposons kunnen er bv. Tussenkomen (of T-DNA)

• transposons doen namelijk aan random springen tussen locaties

• Veroorzaken genverstoring en inactivatie

mutation mapping

van fenotype —> genotype

• op zoek naar waar je mutatie zit

• maakt gebruik van genetic linkage (dichter bij elkaar —> samen overerven en minder recombinatie)

Linkage analysis

• hoe dichtbij genen zitten

• kans dat genen samen over erven

• niet gelinked = kans max 50%

Moleculaire marker

herkenbare DNA sequentie met een bekende genoomlocatie —> kan worden gebruikt om genetische verschillen te spotten

Phenotypische marker:

een zichtbare, observeerbare trait, met een bekende genoompositie van het geassocieerde gen

• kan worden gebruikt om de inheritance van een gen/genetische regio te bepalen

Polymorphisms:

natuurlijk voorkomende gentische verschillen (SNP’s, indels etc.)

Ø  Kunnen worden gebruikt als markers

 

T-DNA

regio bevat een selectiemarker, en een linker en rechterborder.

Dit wordt in een plantengenoom toegevoegd om een gen uit te schakelen.

De positie van deze inserties is achteraf eenvoudig te detecteren (reverse genetics)