biochemia

Wiązanie kowalencyjne spolaryzowane

między niemetalami
przesunięcie elektronów
silne

Wiązanie kowalencyjne niespolaryzowane

elektrony współdzielone równomiernie
silne

jaka jest helisa DNA A

prawoskrętna, bezwodna, syntetyczna

jaka jest helisa DNA B

prawoskrętna, wodna, naturalna

jaka jest helisa DNA Z

lewoskrętna

organizacja DNA

chromosom
chromatyna
solenoid
nić DNA

jak zbudowany jest oktamer histonowy

8 białek
H2A x2
H2B x2
H3 ×2
H4 ×2

i H1 spinające

RNA vs DNA

RNA- ryboza, uracyl, ss, hydroliza zasadowa i kwasowa, mało stabilne
DNA- deoksyryboza, tymina, hydroliza tylko kwasowa, stabilniejsze

hnRNA

heterogenny jądrowy (premRNA)

mRNA

nośnik informacji o genie

tRNA

przynosi aminokwasy do translacji

rRNA

może być 5,8S 18S 28S 5S, używany przy translacji

snRNA

jąderkowe RNA, wycina introny

siRNA

tnie i reguluje translacje

miRNA

uniwmożliwa translacje

shRNA

uniemożliwia translację, SZTUCZNY, obrabiany przez DICER, który łączy go z RISC

Czemu błona komórkowa jest ważna

wyznacza obszar, który żyje

Czy komórka to układ otwarty?

Komórka to układ otwarty (izolowanie zwiększa entropię co prowadzi do śmierci)

Czemu woda się nie pali

Bo woda to spalony już wodór

Właściwości wody

wysoka T wrzenia
dipol
jony w wodzie ulegają hydratacji
tworzy wiązania wodorowe

Jaką strukturę przestrzenną ma woda

Tetraedr

Czym różni się nukleozyd i nukleotyd

Nukleozyd nie ma r. fosforanowej

funkcje nukleozydu

przenoszą r. fosforanowe
tworzą koenzymy FAD NAD NADP KoenzymA (po ufosforylyzowaniu)
prekursor ogolem nukleotydów

co to cAMP i cGMP

przekaźniki 2 rzędu, przekazuje sygnał lol

co robią nukleotydy z UV

pochłaniają je silnie

jak zbudowany jest enzym

Apoenzym (główna część)
c. allosteryczne
c. aktywne
Koenzym (witaminy, nukleotydy, NADP i takie tam) aktywuje apoenzym

3 sposoby łączenia enzymu z substratem

1. zamek klucz (ureaza i sacharoza)

2. indukowane dopasowanie (heksokinaza fosf. glukozy, polimeraza DNA)

3. 3punktowe (dehydrogenzaza mleczanowa)

z czego składa się tRNA

ramię akceptorowe (CCA) przyłącza aminokwas
pętla TuC wiąże tRNA do rybosomu
pętla zmienna
pętla anykodonowa ma 3literowy kodon odczytywany 3do5
pętla D (dihydroksyuracyl) służy do rozpoznawania przez syntetazę aatRNA

jak wygląda aktywacja aminokwasu (synteza aatRNA)

aminoacyloAMP przez syntetazę aatRNA (z użyciem ATP) do aminoacylotRNA

AMP jest jakby przekaźnikiem aminokwasu

cechy kodu genetycznego

trójkowy
współliniowy (kolejność)
jednoznaczny
zdegenerowany
niezachodzący
bezprzecinkowy
uniwersalny

który “aminokwas” to tak naprawdę iminokwas

Prolina (ma 2-rzędowa gr. aminową)

Polarne aminokwasy

Glicyna
Seryna
Asparganina
Glutamina

jakie aminokwasy pochłaniają UV

Aromatyczne
Tryptofan
Tyrozyna
Fenyloalanina

Który aminokwas NIE jest aktywny optycznie

Glicyna

jaka jest replikacja DNA

semikonserwatywna

Co robią białka SSB

przy replikacji trzymają nici DNA żeby się nie złączyły spowrotem

Hydroliza nukleotydów

etap w replikacji DNA po przyłączeniu starterów, dostarcza energii dzięki odłączeniu dwóch reszty fosforanowych (używane są trifosforany nukleozydów no a po co aż 3 fosforany więc ich rozwalenie daje energię do budowy nowej nici tak)

W jakim kierunku przebiega polimeryzacja w replikacji DNA

5→3

co robi topoizomeraza w replikacji

relaksuje naprężenie nici cięciem

Replikacja EUKARIOTA

EUKARIOTA
-w jądrze komórkowym
-są telomerazy (bo DNA nie jest koliste)
-Polimerazy są wyspecjalizowane i oznaczone greckimi literami
-wiele miejsc ori

Polimeraza DNA alfa

inicjacja, usuwa przerwy

Polimeraza DNA beta

naprawa

Polimeraza gamma

replikacja DNA w mitochondriach

Polimeraza DNA delta

replikacja na nici opóźnionej

Polimeraza DNA epsilon

replikacja na nici wiodącej

Replikacja PROKARIOTA

-w cytozolu
-nie ma telomeraz
-3 polimerazy
-jedno miejsce ori

Polimeraza DNA 1

na nici opóźnionej, wycina krótkie fagmenty, synteza wiązań 5→3 egzonukleaza weryfikuje, wycina startery

Polimeraza DNA 2

naprawcza

Polimeraza DNA 3

główna, inicjator replikacji

Jak inicjowana jest transkrypcja u eukariota

Białko TBF i TAF łączy się z TATA BOX tworząc PIC

jaka jest sekwencja terminacyjna w transkrypcji u Eukariotów

AATAA (sygnał poliadenylacji)

Obróbka mRNA po transkrypcji

wycinanie intronów
GUAG (między u a a) jest splicing
A tworzy LASSO
czapeczka na 5’ (7 metyloguanozyny)
poliadenylacja na 3’

Inicjacja transkrypcji u Prokariota

Holoenzym gamma rozpoznaje promotor TTGACA (miejsce 35) i TATAAT (miejsce 10)

Jakie są rodzaje terminacji u prokariota

rho niezależna - powstaje spinka (w regionie palindromowym i dużo uuu)
rho zależna - dzięki białku rho

Jaki jest rybosom u ekratiora

80s (60 i 40)

Jaki jest rybosom u prokariota

70s (50s i 30s)

Transkacja eukariota vs prokariota

Eukariota nie ma miejsca P
Eukariota na nieformylowaną metioninę, Prokariota formylowaną

Ryfamycyna

blokuje właściwości polimerazy DNA

Modyfikacje potranslacyjne białek

metylacja
acylacja
glikolyzacja
fosforylacja
cięcia potranslacyjne

Z czego powstaje mocznik

amoniak, CO2, asparganinianu przy użyciu ATP

Co bierze udział w reakcji cyklu mocznikowego

ornityna, cytrulina, argininobursztynian

1 etap cyklu mocznikowego (w matrix)

z CO2 ATP i AMONIAKU powstaje KARBAMOILOFOSFORAN

2 etap cyklu mocznikowego (w matrix)

na ORNITYNĘ traia gr.karbomoilowa co daje cytrulinę i idzie do cytozolu

3 etap cyklu mocznikowego

cytrulina z asparginianem tworzy ARGININOBURSZTYNIAN (zużycie atp)

4 etap cyklu mocznikowego

argininobursztynian rozwalany na argininę i fumaran

5 etap cyklu mocznikowego

arginaza tworzy mocznik z arganiny i regeneruje ornitynę (która wraca do matrix)

REAKCJA POMOSTOWA po co i jaki enzym

powstaje acetyloCoA, który trafia do cyklu Krebsa
KOMPLEKS DEHYDROGENAZY PIROGRONIANOWEJ PDH

KREBS (jakie składniki)

acetyloCoA
cytrynian
izocytrynian
a-ketoglutamaran
busztynyloCoA
bursztynian
fumaran
jabłczan
szczawiooctan

gdzie są przekaźniki w krebsie

NAD NADH H
między izocytrynianem i alfaketoglumaranem
między jabłczanem i szczawiooctanem

FAD
między bursztynianem a fumaranem

Zysk Krebsa i gdzie

20ATP
1cz ATP między bursztynyloCoA a bursztynianem

Co jest niebiałkową częścią łańcucha oddechowego?

Koenzym Q (ubichinion)

KOMPLEKS 1 łańcucha

oksyreduktaza nadh

KOMPLEKS 2

bursztynian zamienia w fumaran, nie przebija błony

KOMPLEKS 3

ulteniony cytochrom c

KOMPLEKS 4

nieutleniony kompleks c

KOMPLEKS 5

syntetaza atp

nieodwracalne reakcje glikolizy

fosforylacja glukozy (1) (glukoza → glukozo6fosforan)
fosforylacja (3) (fruktozo6fosforan → fruktozo16bifosforan)
synteza ATP (10) (defosforylacja PEP → Pirogronian)

1 glikolizy

GLUKOZA → GLUKOZO6FOSFORAN
żeby nie uciekła, kinaza, wykorzystywane atp

2 glikolizy

GLUKOZO6FOSFORAN → FRUKTOZO6FOSFORAN
potem będzie łatwiej rozszczepić, izomeraza

3 glikolizy

FRUKTOZO6FOSFORAN → FRUKTOZO 16 BIFOSFORAN
żeby było symetrycznie, kinaza, wykorzystywane atp

4 glikolizy

FRUKTOZO 16 BIFOSFORAN → FOSFOHIHYDROKSYACETON I ALDEHYD3FOSFOGLICERYNOWY
aldolaza

5 glikolizy

FOSFODIHYDROKSYACETON → ALDEHYD3FOSFOGLICERYNOWY
żeby były 2 takie same:) izomeraza

6 glikolizy

ALDEHYD3FOSFOGLICERYNOWY→ 13BIFOSFOGLICERYNIAN
elektrony przechodzą na NADPH (ultenianie związku) dehydrogenzaza

7 glikolizy

13BIFOSFOGLICERYNIAN→ 3FOSFOGLICERYNIAN
pozbyta się grupa fosforanowa trafia na adp i tworzy się atp, fosforylacja sub.

8 glikolozy

3FOSFOGLICERYNIAN→2FOSFOGLICERYNIAN
mutaza

9 glikolizy

2FOSFOGLICERYNIAN→PEP
enolaza, pozbywamy się wody

10 glikolizy

PEP→ PIROGRONIAN
kinaza
defosforylacja
powstaje atp

Co tworzy rozgałęzienia podczas glikogenogenezy

AMYLO 14→16 TRANSGLUKOZYDAZA

Synteza cholesterolu

1. mewalowian powstaje

2. difosforan izopentylu

3. skwalen z 6

4. cyklizacja skwalenu do lanosterolu i przemiana do cholesterolu

gdzie jest glukozo6fosfataza

tylko w hepatocytach, dlatego z miocytów glukoza nie ucieknie

kwas C16:0

kwas palmitynowy

kwas 18:0

kwas stearynowy

kwas 20:4

kwas arachidonowy

aktywacja kwasu tłuszczowego

musi zajść aby kwas wszedł w reakcję
przyłącza się acyloCoA

lipogeneza zachodzi inaczej w wątrobie i t. tłuszczowej

w wątrobie z glicerolu
w t.tłuszczowej z fosfodyhyroksyacetonu (z glikolizy)
POWSTAJE GLICEROLO3FOSFORAN

Kwas fosfatydowy

punkt wyjścia do syntezy triglicerydów (albo triglicerydy albo fosfolipidy)

jaka grupa determinuje wł. cholesterolu

Hydroksylowa, nadaje mu wł. słabo hydrofilowe

Co przeprowadza kwasy tłuszczowe przez błonę do mitochondrium

Karnityna

co robi LPL

uwalnia kwasy tłuszczowe poza komórką (żeby komórka mogła je wciągnąć)

co robi HSL

uwalnia kwasy tłuszczowe w komórce (żeby komórka mogła je wydalić))