cours 2 bacterio identification bcaterienne

identification def

caracteisation de marqueurs phenotypique ou genetique permettant de placer un individu dans un taxon

caracterisation taxon

historiquement cetait sure des caratere phenotypiques

mtn cest sur analyse de adn tq avce le %GC, puis hybridation ADN/ADN et enfin usur la omparaison de genomes complets

sur la base de analyse ARNr tq sequencage et si meme espece alors >98% similitude

interet ADNr

molecule ancestral

homologie fonctionelle

signal genetique naturellment amplifie

struccture primaire mosaique

comparaison sequences avec celle presentes d ela banque de donnés

identification baterienne

pour des diganostif preis, etudes epidemiologies ou encoe depot de brevet dans agroalilentaire ou phamaceutique

methode prevelement ad hoc = monomirobiej ou pluri micorbine et pa identification phenotypiqueu soit identifiation direct

demarche a la reception dun pevelvement bcaterien

observation microsccopique, mise culture, identificazton phenotype, etude sensibilite aux antibiotiques, identifiation genotypique

observation microscopique

caractere morphologique tq a etat frais : morphologie et mobilite, apres oloration gram : morphologie, caratere tinctorial tq morphlogie des ccocci ou des bacilles

permet determiner le premiere ritere didentification phenotypique tq forme et coloration mais pas toutes bacteries prennent la coloration gram

morphologies

cocci : positif = grappes, paire, chianette negatif = diplocoque

bacille = positif = ronds negatif = bouts ronds + coccibacilles

mise en culture

plupart peuvent croitres sur milieux synthetiques ou semi synthetique solides ou milue liquides

pusi isolment soit multiplication des bact sous ofrme de colonies en culture pure

et enfin eenrihchissement soi tmise ne ulture liquide en cas de prelevement pauvre pour obtenir suffisament de mat erielbiologique

besoin de nutriment elementaire tq eau, source energie, carbone, atmospjere adpates et base de synthese des elemnts constituifs des maromolecules tq si bact peut pas synthetiser brique de base alors auxotrophe sinon prototrophe

facteur de croissane = compose organique specifique indispensable a la croissace bacterienne

metabolisme bacterien

bacteries interet medical sont heterotrophes chimio organotrophes tq multipliation en produisant oxydation composés organiques

production energie

respiration = reaction oxydation induisant la producion denergie essentiellment grace a des phosphorylation oxydatives membranaires

fermentation = processus dans lequel l’accpteur finale deltron ets une mole organique et transfert electrons se fzit par couplage

type respiratoire des bacteries

aerobie strict : accpeuteur final electrons O2

aerobie-anaerobie facultatif : O2+ compose orga

anaerobie aerobie tolerant : compose org

anaerobie strict : ccompose org

micoaerophilie : o2

determination pas test gelose

condition mise en culture

choix milue : en focntion de la coloration gram. et epidemiologie tq millieu minimum, riches, enrichis, selectifs

atmosphere dincubation selon type respiratoires

facteurs physico chimique tq T, pH ou pression osmotique

croissance bacterienne

= replication des bacteries par division binaire - scissiparité tq doublement pop a chaque generation

temps de generation = t de doublement pop, varible en focnction des bacteries

autre mode de croissance bacterienne

inn vivo = apport renouveles de nutriments mais crpissane plus lente

en biofilm

sporulation/germination

identificaion phenotypique sur des caractere metabolique

caractere metabolique = recherhe enzyme respiratoir, de metzaboiqte particulier pu enzyme metabolique

micromethodes tq system API

caraterisation phenotypique su caractere antigenique

caratere de surface : ag commun somatiuqe O LPS ou ag flagellaire H sur bact mobiles pour bact G negatif

permet identifier salmonelles shigelles

caraterisation phenotypique par spexctrometire de masse

MALDITOF tecnoique proteomique

utilisation en laboratoire a partir de colonies bacterienne

avantage de gain de temps mais cout a l’achat et identification delicate pour certaine especes

effet des antibiotiques sur la croissance bactérienne

activite bacteriostatique ou bcatericide

bacteriostatse : arte de la croissance bacterienne = stagnation du nombre viable mesure par CMI

bactericidies = mort bacterienne tq D du numbre de bacteries viables mesure par CMB

identification genotypique

en routine tq isolment bcateri eimpossible et gain de temps

identificaqtion base sur amplification adn tq. pcr et qpccr