2-Lopez

Pourquoi est-ce que certains chromosomes sont plus grand que d’autres (chromosomes polytène)

Car ces organismes ont besoin de beaucoup plus d’ARN lors de leur développement e.g. stade larvaire et ovocyte amphibien

Comment s’appelle la partie foncé et la partie claire ?

Foncé : bande

Clair : interbande

Comment est condensée la chromatine selon son expression ?

Condensé : gènes non exprimés

Décondensé / détendu : gènes très exprimés

Comment est organisé la chromatine lorsqu’il n’y pas de cycle cellulaire ?

• Les chromosomes ne sont pas l’un à coté de l’autre.

• Chaque chromosome occupe une place particulière → territoire chromosomique.

Seulement dans l’interphase.

Qu’est-ce que sont les domaines topologiquement associés (TADs) ?

Organisation entre les séquences exprimés (TADs exprimés) et les séquences réprimés (TADs réprimés)

A quoi sert de rendre les TADs lâches ?

Permet de rapprocher des promoteurs et les enhancers ensemble plutot qu’utiliser des facteurs de transcription qui serait beaucoup plus lent.

Comment réagit la chromatine lorsqu’elle a besoin d’être transcrits ?

Elle devient plus lâche et se rapproche du centre du noyau, s’éloignant de la périphérie

A quoi sert les boucles de chromatine ?

• Permet l’organisation tridimensionnelle du génome en permettant la compartimentalisation des gènes.

• Niveau d’organisation supérieur au nucléosome

• Permet l’expression des gènes en rapprochant les enhancers et les promoteurs pour la transcription

Quels sont les protéines impliquées dans la formation des boucles ?

• Les protéines SMC formant les boucles

• Cohésine permettant le maintien de la boucle

• Condensine pour compacter le chromosome.

Tous ce système consomme de l’ATP.

Fonction et composition de l’hétérochromatine

Forme très condensé de la chromatine pour l’inhibtion de l’expression des gènes.

divisé en 2 parties :

• Hétérochromatine facultative, régulé : pouvant exprimer ces gènes en devenant de l’euchromatine selon les besoins

• Hétérochromatine constitutive, permanente : contenant des séquences répéptitives, ou peu fonctionnels se trouvant principalement aux télomères et aux centromères.

Fonction et composition de l’euchromatine : 

Forme lâche de la chromatine permettant l’expression des gènes avec des

• promoteurs et enhancers accessibles

• gènes faiblement exprimé

• (Contient aussi de la chromatine quiescents chez les cellules quiescentes.)

Où se trouve l’euchromatine et l’hétérochromatine dans le noyau ?

L’euchromatine se trouve plus au centre alors que l’hétérochromatine se trouve plus en périphérie

Comment est-ce que des fonctions spécifiques sont donnés à certaines régions du gènome ?

La modification de la queue des histones

Ces modifications sont réversibles demandant un groupe (histone acétylase) pour modifier et un autre groupe pour enlever la modification. (histone desacétylase)

e.g. acétylation ou triméthylation (

Quelle effet a la méthylation ou l’acétylation ?

L’acétylation → activation

Méthylation → activation ou répression

Comment est-ce que la modification des histones amènent à des différentes fonctions ?

Les modifications des histones permettent de recruter des protéines de lecture qui vont eux recruter les bons protéines pour l’expression ou l’inhibition du gène

Différentes modifications aboutissent à un recrutement de différentes protéines.

Formation de l’hétérochromatine :

Des modifications sur les histones recrutent une protéine de lecture créant un site de liaison pour une autre protéine spécifiques pour l’hétérochromatine qui verouille la chromatine et s’arrête lorsqu’elle rencontre une séquence d’ADN barrière.

Quelle est la fonction de la protéine CTCF ?

• limite les TADs

• Forme la base en se plaçant de chaque coté de la boucle de chromatine et se rejoignent à la base pour arreter la formation des boucles.

Quel modification doit avoir l’histone pour avoir la supression de l’expression d’un gène ?

• Plus de methylation répressive

• Peu d’acétylation

Permettant d’avoir une grande densité de nucléosome

Quelle modification doit avoir l’histone pour l’activation de l’expression d’un gène ?

• Moins de méthylation répressive

• Beaucoup d’acétylation

Ouvrant la chromatine pour être transcrits

Panachage par effet de position :

Lorsqu’un gène change de position et se trouve dans l’hétérochromatine inhibant son expression.

Comment sont séparés l’euchromatine et l’hétérochromatine ?

1. Par des protéines barrières

2. Par des protéines actifs répresseurs

3. Par une protéine qui enlève le marqueur sur l’histone

A quoi sert la barrière dans la chromatine

A empecher l’hétérochromatine de se propager dans des gènes qu’on veut exprimer

Comment peut-on décondenser l’hétérochromatine facultative ?

Les facteurs de transcription recrutent un complexe de remodelage de la chromatine qui va :

• Glisser la chromatine pour donner accès à la TATA box et la machinerie de transcription

• Eliminer certains histones rendant + lâche

• Changer par des histones variant favorisant la transcription

• Une enzyme qui modifie l’histone pour recruter la machinerie de transcription.

Caractéristiques des variants d’histones : 

• Sont synthétisés dans l’interphase alors que les histones normaux sont synthétisés dans la phase S car replication donnant + de gène donc besoin de + d’histones 

• - conservé dans l’évolution

Fonction de certains variants d’histones :

• Marque le centromère pour être reconnu par les kinétochores pour séparer les chromatides soeurs.

• Réparation des dommages de l’ADN et signalise en phosphorylant afin de recruter la machinerie de transcription.