2.6 Visualisierung von Biopolymerstrukturen

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graphische Darstellungen

  • Ball & Stick

  • Stick

  • Ribbon (Hauptketten ohne Seitenketten)

  • Cartoon/Bändermodel (Haupt- (und Seitenketten))

  • Connolly Surface (Atomen in reele Größe - VdW-Oberfläche)

+gefärbt nach elektrostatischen Potential (rot-, blau+)

<ul><li><p>Ball &amp; Stick</p></li><li><p>Stick</p></li><li><p>Ribbon (Hauptketten ohne Seitenketten)</p></li><li><p>Cartoon/Bändermodel (Haupt- (und Seitenketten))</p></li><li><p>Connolly Surface (Atomen in reele Größe - VdW-Oberfläche)</p></li></ul><p><span>+gefärbt nach elektrostatischen Potential (rot-, blau+)</span></p>
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Rasmol zeigt…

Ball&Stick, Stick, Ribbon, Cartoon

3
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SoftWare für Vizualisierung:

  • Rasmol

  • Discovery Studio Visualizer

  • Pymol mit PDB-Code

  • UCSF Chimera

4
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Molecular modeling ist…

computerunterschtütztes Hantieren mit mathematischen Modellen von Molekülen

erlaubt Strukturen von Molekülen vorherzusagen und zu optimieren, Molekülbewegungen simulieren, Simulation von chemischen Reaktionen.

5
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Molekülmechanik-Model:

  • basiert auf parametrisierten Federkräften (Hofkoches Gesetz)

  • betrachtet keine Bindungselektronen (→ kleine Reaktionsbetrachtung möglich)

  • für kleine, mittelgroße und große Moleküle und Biopolymere

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