Transcriptomics

Wanneer is de genexpressie hoger?

meer transcripten van het gen

Uit hoeveel RNA moleculen bestaat een gen?

een aantal

Wat is het transcriptoom?

alle transcripten in een biologisch monster

Wat is transcriptomics?

onderzoek aan de complete set aan RNA transcripten die onder specifieke omstandigheden of op een specifieke locatie aanwezig zijn

Waarmee meet je transcriptomics?

RNA sequencing

Welke vraag onderzoek je met transcriptomics?

welke genen harder of zachter aan staan onder verschillende omstandigheden

Wat zijn de stappen van transcriptomics?

1. samples

2. sample prep

3. RNA sequencing

4. quality control

5. pseudoalignment

6. normaliseren

7. differentiële genexpressie-analyse

Waaruit bestaan de samples?

cel, weefsel, lichaamsvloeistof onder verschillende omstandigheden → controlegroep en behandelgroep

Wat doe je tijdens de sample prep?

RNA-isolatie, omzetten naar cDNA en library prep

Waaruit bestaat de library prep?

zuiverheid, fragmentgrootte en adapters

Wat verkrijg je uit de RNA-sequencing?

een bestand met reads, vaak miljoenen

Wat doe je tijdens de quality control?

basen van slechte kwaliteit verwijderen aan het uiteinde van reads

Wat is er aan de hand als het stukje cDNA korter is dan de lengte van je read?

dan zit er een adaptersequentie in je read

Wat doe je tijdens de pseudoalignment?

voor elk gen de expressie bepalen

Als je 4 reads hebt van een gen, wat is dan de expressie?

4

Wat doe je bij het normaliseren?

het aantal reads gelijk maken en kijken of er één gen heel erg tot expressie komt, waardoor de andere minder lijken

Wat doe je bij de differentiële genexpressie-analyse?

bepalen welke genen er een statistisch significant verschil laten zien tussen controlegroep en behandelgroep

Waar kijk je naar bij de differentiële genexpressie-analyse?

fold change

Wat is transcriptionele variatie?

het verschil in genexpressie tussen cellen/weefsels en individuen

Waardoor kunnen verschillen in expressieprofielen geassocieerd zijn met genetische variatie?

regulatoire elementen in het genoom en expression quantitative trait log1

Wat is de isovorm van een eiwit?

verschillende combinatie van exonen

Wat is miRNA?

1. kort en robuust

2. single stranded

3. noncoding

4. weefsel specifiek

Wat betekend het dat je een hoge sensitiviteit en een lage specificiteit hebt bij de identificatie van lichaamsvloeistoffen?

Dat je geen negatieve uitslag hebt bij bloed, maar dat sperma ook een positieve uitslag kan geven op een bloedtest

Wat zijn nadelen van identificatie van vloeistoffen?

er is geen universele test en het DNA van de samples gaat stuk

Kan mRNA gebruikt worden voor identificatie van lichaamsvloeistoffen?

het heeft een snelle degradatie en is een probleem onder slechte omstandigheden

Wat zijn andere toepassingen van mRNA’s?

• identificatie van orgaanweefsel (nog geen test)

• leeftijdsbepaling

• leeftijd van vlekken (degradatieprofiel)