Teknik Biologi Molekuler

Flashcards ini mencakup konsep dasar teknik biologi molekuler termasuk PCR, ekstraksi asam nukleat, elektroforesis, DNA sequencing, dan analisis BLAST berdasarkan materi kuliah.

Polymerase Chain Reaction (PCR)

Suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi (perbanyakan) fragmen atau sekuens DNA secara invitro.

Fungsi PCR

Mendeteksi material genetik, yaitu RNA (ribonucleic acid) atau DNA (deoxyribonucleic acid) dari suatu organisme.

Thermal Cycler (Mesin PCR)

Instrumen laboratorium yang digunakan untuk mengamplifikasi fragmen DNA atau RNA melalui reaksi rantai polimer dengan menggunakan perubahan suhu.

Ekstraksi DNA/RNA

Kegiatan untuk memperoleh material genetik murni dengan melisiskan sel dan memisahkannya dari debris atau organel sel lainnya.

Lisis

Prinsip ekstraksi yang memecah sel atau jaringan baik secara enzimatik, kimia, maupun mekanik menggunakan detergen atau enzim.

Presipitasi

Tahap ekstraksi yang bertujuan mengendapkan DNA atau RNA menggunakan larutan ethanol, metanol, atau isopropanol absolut ($100\%$).

Elusi

Tahap mentransfer asam nukleat ke dalam air atau buffer bebas asam nukleat (seperti TE buffer) agar dapat disimpan atau diawetkan.

Proteinase K

Enzim yang digunakan dalam ekstraksi enzimatik untuk merusak protein membran sel dan mendegradasikan protein selular lainnya.

Metode Spin Column

Metode ekstraksi fase solid yang menggunakan partikel inti bersilika untuk mengikat asam nukleat dengan bantuan gaya sentrifugal.

Primer

Oligonukleotida rantai pendek ($15-32$ pasang basa) yang dirancang secara sintetik untuk mengenali urutan DNA cetakan yang akan diamplifikasi.

Taq Polymerase

Enzim DNA polimerase thermostabil yang diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus untuk mengkatalisis polimerisasi DNA dari ujung $5'$ ke $3'$.

dNTPs

Komponen PCR Mix yang terdiri dari dATP (Adenin), dTTP (Timin), dCTP (Sitosin), dan dGTP (Guanin) sebagai pembentuk untai DNA baru.

Reverse Transcriptase

Enzim yang digunakan untuk membuat DNA cetakan (cDNA) dari untaian RNA karena sifat RNA yang tidak stabil.

Denaturasi

Tahap amplifikasi pada suhu sekitar $94-96^{\circ}C$ di mana terjadi pemisahan DNA heliks ganda menjadi untaian DNA tunggal.

Annealing

Tahap amplifikasi pada suhu sekitar $45-60^{\circ}C$ di mana terjadi penempelan primer forward dan reverse pada untaian tunggal DNA cetakan.

Elongating (Extension)

Tahap amplifikasi pada suhu sekitar $72^{\circ}C$ di mana terjadi pemanjangan primer menjadi untai DNA baru oleh enzim DNA polimerase.

Nested PCR

Jenis PCR yang menggunakan dua pasang primer untuk meningkatkan spesifisitas amplifikasi fragmen DNA target.

Multiplex PCR

Teknik PCR yang menggunakan lebih dari sepasang primer untuk mendeteksi beberapa gen target sekaligus dalam satu tabung reaksi.

Real-Time PCR (qPCR)

Modifikasi teknik PCR di mana hasil amplifikasi dianalisis dalam bentuk grafik dan dapat menghitung konsentrasi DNA sampel secara kuantitatif.

Probe

Oligonukleotida yang diberi label fluoresen untuk mendeteksi keberadaan target spesifik pada alat Real-Time PCR.

Elektroforesis

Teknik pemisahan molekul selular berdasarkan ukurannya menggunakan medan listrik pada medium gel agarose.

Cycle Threshold (CT)

Banyaknya siklus amplifikasi yang dibutuhkan agar sinyal fluoresens melewati ambang batas deteksi; nilainya berbanding terbalik dengan jumlah target gen.

Rnase P (RP)

Kontrol kualitas dalam pemeriksaan RT-PCR untuk memastikan bahwa pengambilan sampel dan proses ekstraksi material genetik telah dilakukan dengan benar.

DNA Sequencing

Proses penentuan urutan asam nukleat atau nukleotida (Adenin, Guanin, Timin, Sitosin) pada molekul DNA suatu sampel.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Program untuk membandingkan sekuens nukleotida atau protein dengan basis data untuk menemukan daerah kemiripan dan menghitung signifikansi statistik kecocokan.