H7.3 DNA-varianten & moleculaire gevolgen

Wat is een Single Nucleotide Variant (SNV)?

Verandering van één nucleotide.

Wat is een transitie?

Purine → purine of pyrimidine → pyrimidine.

Wat is een transversie?

Purine ↔ pyrimidine.

Welke komt vaker voor: transitie of transversie?

Transitie.

Waarom zijn CpG-plaatsen mutatie-hotspots?

Gemethyleerd cytosine kan deamineren → vaak C>T.

Welke 3 coderende SNV's moet je kennen? (3)

Synonymous/silent, missense en nonsense.

Wat is een synonymous/silent variant?

Ander codon, zelfde aminozuur.

Wat is een missense variant?

Ander aminozuur.

Wat is een nonsense variant?

Er ontstaat een stopcodon.

Kan een variant in een intron ziekte veroorzaken?

Ja, bijvoorbeeld door splicing te verstoren.

Wat is een splice-site variant?

Een variant die normale splicing verstoort.

Welke 3 afwijkende vormen van splicing moet je herkennen? (3)

Intron retention, exon skipping en cryptische splice site.

Wat is intron retention?

Een intron blijft aanwezig in het mRNA.

Wat is exon skipping?

Een exon wordt overgeslagen.

Wat is een cryptische splice site?

Een verkeerde splice site wordt gebruikt.

Wat is een indel?

Een insertie of deletie van nucleotiden.

Wat is een in-frame indel?

Indel van een veelvoud van 3 → leesraam blijft behouden.

Wat is een frameshift?

Indel geen veelvoud van 3 → leesraam verschuift.

Wat kan een frameshift veroorzaken?

Veranderde aminozuren en vaak een vroeg stopcodon.

Wat zijn microsatellieten/STR's?

Korte DNA-sequenties die achter elkaar herhaald worden.

Wat is een repeat-expansie?

Toename van het aantal DNA-herhalingen.

Wat is een dynamische mutatie?

Een repeat die tussen generaties van lengte kan veranderen.

Wat is anticipatie?

De aandoening wordt in volgende generaties vaak vroeger of ernstiger.

Geef 2 voorbeelden van aandoeningen door repeat-expansies. (2)

Huntington en myotone dystrofie (Steinert).

Wat betekent loss-of-function?

Een genproduct verliest zijn normale functie.

Wat is haplo-insufficiëntie?

Één werkende genkopie is onvoldoende voor een normaal fenotype.

Wat is een dominant-negatief effect?

Een afwijkend eiwit verstoort ook het normale eiwit.

Waarvoor staat g. in variantnomenclatuur?

Genomisch DNA.

Waarvoor staat c. in variantnomenclatuur?

Coderend DNA (cDNA).

Waarvoor staat p. in variantnomenclatuur?

Eiwitniveau.

Wat betekent > in bijvoorbeeld c.76C>T?

C is vervangen door T.

Wat betekent del?

Deletie.

Wat betekent ins?

Insertie.

Wat betekent dup?

Duplicatie.

Wat betekent fs?

Frameshift.