4.Replikacja, PCR i jego rodzaje

Replikacja DNA zachodzi w fazach cyklu kom. … i …

G1, S

Replikacja jest semikonserwatywna co znaczy, że …

jedna nić jest potomna, a druga syntezowana de novo

Replikacja jest w stanie zachodzić w … w tak zwanych …

wielu miejscach, oczkach replikacyjnych

Replikacja jest procesem … (ana/katabolicznym) zachodzącym przed podziałami kom.

anabolicznym

Pol DNA przyłącza dNTP do końca …

Synteza nici przez Pol zachodzi w kierunku …→…

3` (hydroksylowego)

5`>3`

Prokaryota posiadają … Pol DNA

3

Funkcje Pol I: … (2)

uzupełnianie przerw

synteza nici opóźnionej (prymaza)

Funkcje Pol II: … (3)

egzonukleaza

naprawa DNA

synteza mDNA (mitochondrialne)

Funkcje Pol III: … (2)

główny replikator

synteza nici wiodącej

Eukaryota posiadają … Pol DNA

5

Eukaryota odpowiada Pol alfa … (2)

uzupełnianie przerw, syntezę nici opóźnionej

Pol epsilon … (2)

sprawdzanie poprawności syntezy, naprawa DNA

Pol beta…

naprawa DNA

Pol gamma…

syntezę mtDNA Eukaryota

Pol delta …

synteza nici wiodącej (główny replikator)

Za syntezę nici wiodącej Eukaryota odpowiada Pol…

delta

Rozplatanie helisy zaczyna się w miejscu … bogatym w … i …

ori

A, T

Replikacja nici wiodącej jest …

Replikacja nici opóźnionej jest …

ciągła

nieciągła

Polimerazy DNA przesuwają się po niciach w kierunku …>…

5`>3`

Wiązania powstające między dNTP a nicią podczas syntezy Pol DNA mają charakter …

kowalencyjny

Asymetryczne widełki powstają w wyniku stebnowania

Synteza wiązań i wydłużanie nici odbywa się w … Pol DNA

miejscu P

Aktywność egzonukleotyczna Pol DNA odbywa się na niej w …

miejscu E

Dlaczego synteza w 5`→3`, a nie na odwrót

E tworzący startery na nici opóźnionej po czym je wydłuża to …

Prymaza

Podczas tworzenia startera prymaza przyłącza … (ile) cz. …

2, RNA

E odpowiedzialny za uzupełnianie dziur między końcami 3` i 5` po syntezie DNA to …

ligaza

Aparat replikacyjny to …

wieloE kompleks replikacyjny powstający w oczkach replikacyjnych

Licencjonowanie gwarantuje, że podczas replikacji DNA …

zostanie skopiowane tylko raz

Stres torsyjny powstaje, gdy DNA nie może się obracać będąc za helikazą

Za rozładowywanie stresu przez przecięcie jednej z nici DNA ich ponowne przyłączenie odpowiadają …

topoizomerazy

Eukaryota posiadają topoizomerazy … i …

I, II

Sekwencja telomerowa człowieka: 5`…3`

TTAGGG

Telomeraza składa się z … i …

Telomeraza syntezuje telomery na matrycy …

białka hTERT

RNA

RNA

W fazie S oprócz replikacji jest synteza i składanie histonów

PCR wykorzystuje … startery: … i …

2

forward

reverse

W etapie hybrydyzacji PCR zbyt duża T może spowodować …

W etapie hybrydyzacji PCR zbyt niska T może spowodować …

brak połączenia się primerów z matrycą

niespecyficzne wiązanie się primerów z matrycą

Jeżeli Tm>T to primery …

nie połączą się

Wzór na określenie Tm: …

2(A+T)+4(G+C)

Zasada techniki touch-down PCR: …

T hybrydyzacji powoli opada od 94 do 74*C, żeby każdy primer mógł znaleźć swoją parę i się dołączyć

Ilość cykli PCR zależy od c matrycy DNA

Każdy cykl PCR zwiększa ilość frag. DNA o …

2^(n-1)

Podczas analizy wyników PCR w elektroforezie bierze się uwagę na … (4)

jednorodność prążka

intensywność prążka

niespecyficzności prążka

kontrolę dodatnią i ujemną

Mieszanina frag. DNA o konkretnych długościach wobec której przyrównuje się długości rozdzielanych próbek to …

ladder

W RT-PCR:

-matryca=…

-E=…

-P=…

mRNA

odwrotna transkryptaza (RT)

cDNA

Real-Time PCR pozwala na …

monitorowanie reakcji i ilości uzyskiwanego produktu PCR w czasie

Specyficzność reakcji zależy od:

-reakcji chemicznej

-instrumentu monitorującego

Multiplex PCR polega na …

Pozwala na …

wrzuceniu par różnych primerów

jednoczesne powielanie kilku regionów

Używając wielu primerów jednocześnie w PCR ich T annealingu powinna różnić siebie o =<…*C

5

Nested PCR wykorzystuje … primery: … i …

Poprawia specyficzność amplifikacji

2

zew., wew.

Primery zew. wydłużają … frag. i są …

Primery wew. wydłużają … frag. i są …

dłuższe, pierwsze

krótsze, drugie

ASA-PCR używa się do wykrywania … (2)

polimorfizmu alleli

mutacji punktowych poza miejscami restrykcyjnymi

cDNA-RACE-PCT pozwala na …

szybsza amplifikację końców cDNA (żeby poznać sekwencję badanego mRNA)

W Konkurującym-PCR wykorzystuje się matrycę … i …

Ilość P określa się poprzez …

badanego i referencyjnego DNA o danym c

porównanie ilości P DNA badanego i referencyjnego