3 paskaita nukleotidai

[Pažaidos]

kokios gali būti pažaidos

deamininimas, glikozidinio ryšio hidrolizė, uv sukeltos dnr pažaidos, alkilinimas, oksidacinės pažaidos

kaip atrodo deamininimas

kokie junginiai sukelia deamininimą?

mutageneze su NaNO2

kaip atrodo Glikozidinio ryšio hidrolizė

UV spindulių sukeltos DNR pažaidos

kokie junginiai alkilina?

DNR yra nukleofilas ar elektrofilas?

Nukleofilas

eilute

G(N7)>A(N3) >>A(N1) >C(N3)

DNR oksidacinės pažaidos

[Oligodeoksiribonukleotidų cheminė sintezė]

kas yra Oligodeoksiribonukleotidai

Oligodeoksiribonukleotidai – tai viengrandiniai sintetiniai DNR fragmentai

kur naudojami Sintetiniai oligonukleotidai

kokiu rysiu jungiasi nukleotidai

Nukleotidai susijungia (3’ →5’) fosfodiesteriniu ryšiu

kokias funkcines grupes butina blokuoti

blokuočių reikalavimai

ko reikia dar

aktyvatorių

fosfodiesterinio metodo kitas pavadinimas

koranos metodas

kas sintetinama Fosfodiesteriniu metodu

trumpi 5-10 monomerų oligonukleotidai

Fosfodiesterinio metodo trūkumai

Fosfotriesterinio metodo privalumai

Sintetinant šiuo metodu oligodeoksiribonukleotidų tarpnukleotidinius fosfatus būtina blokuoti, susidaro fosfotriesteriai, todėl nevyksta pašalinės reakcijos. Tokius junginius lengviau išskirti iš reakcijos mišinio, jie geriau tirpsta organiniuose tirpikliuose.

Sintezės panaudojant polimerinius nešiklius (Merifieldo metodas) privalumai

kietafazė sintezė

kietafaze sinteze 2

[Nukleozidų ir nukleotidų sintezė]

kas yra Nukleotidų cheminė sintezė

Nukleotidų cheminė sintezė - tai nukleozidų hidroksigrupių fosforilinimas.

kur galima prijungti fosfatą

Fosfatą galima prijungti prie laisvų deoksiribozės arba ribozės hidroksigrupių.

kaip blokuojamos monosacharidų hidroksigrupės

alkilinamos arba acilinamos.

kodėl fosforilinimo reagento fosforo atomas turi turėti dalinį teigiamą krūvį?

Nukleozidų fosforilinimas - tai nukleofilinė reakcija, todėl fosforilinimo reagento fosforo atomas turi turėti dalinį teigiamą krūvį, kad reakcija vyktų ir prisijungtų prie monosacharido hidroksigrupės.

kas naudojami fosforilinimui

fosforo rūgšties halogenanhidridai, anhidridai, arba aktyvūs trivalenčio fosforo junginiai, POCl3

Nukleozidų fosforilinimas panaudojant fermentus

Nukleozidas + ATP → Nukleozido 5’-monofosfatas + ADP. Nereikia blokuočių

Ribonukleotidų gavimas hidrolizuojant RNR RNR šarminės hidrolizės mechanizmas

[reakcijos]

kas pakeičiama halogeninimo metu pirimidinuose

vandenilis prie 5-ojo C atomo

halogeninimo reakcijos terpė

bevandenėje terpėje

su kuriais hal reaguoja

F, Cl ir Br, jodo pakeitimas vyksta sunkiau

halogeninimas purinuose

lengvai halogeninami C8 padėtyje

purininių halogeninimo terpė

vandeniniuose tirpaluose ir organiniuose tirpikliuose.

halogenintu purinu pakeitimo reagentai ir rezultatai

izotopu mainu reakcija. kas pakeiciama? terpe?

Purininių nukleozidų pakeičiamas prie C8 atomo esantis vandenilis, o pirimidinų prie C5 atomo esantis vandenilis. Izotopų mainų reakcija vyksta silpnai šarminėje terpėje. virš rodykles T2O

kur vyksta hidrinimo reakcija, katalizatorius?

Prijungimo reakcijos vyksta tik prie pirimidininių heterociklinių bazių C5- C6 dvigubojo ryšio. kat Pt

pirimidino bazines savybes

silpnos

purino bazines savybes

alkilinimo reagentai

diazometanas, alkilhalogenidai ar alkilsulfatai

kas dalyvauja alkinimo reakcijose

Alkilinimo reakcijose dalyvauja heterociklinių bazių azoto atomai.

Metilinimo reakcija naudojant diazometaną ir aplinkos sąlygos

: jei reakcija vyksta inertiniame (nėra protonus teikiančių medžiagų) organiniame tirpiklyje, metilinami Urd, Cyd - N3 ir Ado, Guo (purinai) N1 atomai.

Metilinimo efektyvumas su diazometanu eterio/H2O mišinyje

Guo> Urd > Cyd > Ado

kas metilinamas Guo metilinant vandens ir organinių tirpiklių (eterio) mišinyje

metilinamas N7 atomas

ka metilina metiljodidas? kokia terpe?

Metiljodidas neutralioje terpėje metilina nukleozidus Guo, Ado ir Cyd, bet nemetilina Urd ir Thd.

kokia atomai metilinami

Adenozino metilinamas N1, citidino N3, guanozino N7 atomai. Gali būti metilinamas ir Guo N1 atomas, jei reakcijos mišinyje yra karbonato.

Labai svarbi monosacharidų reakcija

kaip pašalinamos blokuotes 5’-OH grupėms,

veikiant rūgštimis: 20% CH3COOH CF3COOH CCl3COOH

Nukleozidų heterociklinės bazės acilinimo reakcijos

Virinant citozino tirpalą alkoholyje su ekvimoliariniu acto rūgšties anhidrido kiekiu, specifiškai acetilinasi heterociklinės bazės citidino amino grupė. Acilinimui naudojant acto rūgšties anhidrido perteklių paprastai acilinamos visos pentozių laisvos hidroksigrupės: 2’, 3’ ir 5’, tačiau naudojant ekvimoliarinį anhidrido kiekį, acilinama tik 5’-hidroksigrupė

Reakcija su aldehidais ar ketonais

Ribonukleozidai, esant rūgštiniams katalizatoriams, lengvai reaguoja su aldehidais ir ketonais, jie jungiasi prie ribozės cis-glikolinių 2’ 3’ hidroksigrupių, susidaro cikliniai acetaliai arba ketaliai.

Nukleotidų savybės

Fiziologinėmis sąlygomis nukleotidai turi neigiamą krūvį (disocijuoja fosforilgrupės ) • Nukleotidai sugeria UV šviesą ( šviesą sugeria heterociklinės bazės) • Tirpsta vandenyje

pakaitai