bazunia biolo molo

podczas ekstrakcji RNA metodą fenolowo-chloroformową pH fenolu

pH w zakresie 4,5-6

etap lizy komórki można przeprowadzić na drodze

wszystkie odpowiedzi;

• mechanicznej

• enzymatycznej

• chemicznej

Do wytrącania kw. nukleinowych stosuje się

• alkohol izopropylowy

• etanol absolutny

Wybór odpowiedniej metody izolacji

zależy od rodzaju badanego kwasu nukleinowego jaki chcemy uzyskać

najdokładniejszą metodą wykorzystywaną podczas oceny ilościowej kwasów jest

przeprowadzanie reakcji qPCR

pomiar absorbancji przy długości fali 260nm wykonuje się dla oceny ilościowej

kwasów nukleinowych

W trakcie oceny jakościowej próbki o dobrej jakości niezdegradowanego RNA z wykorzystaniem elektroforezy zaobserwujemy

dwa prążki dobrze widocznych frakcji rRNA 18s i 28s

algorytm pozwalający ocenić integralność całkowitego komórkowego RNA-RIN (RNA Intergity Number) mieści się w skali od 1 do 10. wartość RIN=10 będzie wskazywać

bardzo dobrej jakości RNA

czynniki które określają prawdopodobieństwo uzyskania remisji w przypadku zastosowania określonej metody leczenia są markerami

predykcyjnymi

podczas izolacji DNA metodą kolumienkową w trakcie ćwiczeń została wykorzystana proteinaza K, służyła ona do

dezintegracji komórek i degradacji białek

prawdą jest, że w reakcji PCR

możemy powielić in-vitro wybrany fragment DNA

podczas reakcji PCR właściwym, enzymatycznym etapem jest

elongacja

w trakcie reakcji PCR amplifikacja w kilku próbówkach z próbek identycznie przygotowanych z podobnie przygotowanymi ale różnymi matrycami to

powtórzenie biologiczne

amplifikacja podczas reakcji PCR jest możliwa dzięki zastosowaniu

polimerazy DNA zależnej od DNA

promotor w operonie laktozowym odpowiada za

przyłączenie polimerazy RNA

przy niskim stężeniu glukozy stężenie cAMP jest

WYSOKIE, białko CAP jest AKTYWNE a operon laktozowy WŁĄCZONY i transkrypcja genów ZACHODZI

Lewoskrętną formą DNA jest

Z-DNA

atenuacja to mechanizm wspomagający działanie operonu

tryptofanowego

przyporządkuj zasady azotowe do pirymidyn bądź puryn

puryny: adenina i guanina

pirymidyna: cytozyna i tymina

cząsteczka składająca się z cukru i zasady azotowej jest

nukleozydem

małe koliste cz. DNA znajdujące się wewnątrz niektórych komórek bakteryjnych to

plazmid

polimorfizm to

występowanie w populacji dwóch lub więcej form danego genu - alleli z częstością większą niż oczekiwana wynikającą z ogólnej częstości mutacji w danej populacji

SNP to

polimorfizm jednonukleotydowy

w skład rdzenia polimerazy E.coli wchodzą podjednostki

2alfa, beta, beta prim, sigma

tranzycja to

zamiana zasady purynowej na inną purynową

zamiana zasady pirymidynowej na inną pirymidynową

molekularny efekt polegający na hiperaktywności fenotypu występuje gdy mamy do czynienia z

duplikacją

enzymy restrykcyjne będące izoschizomerami

rozpoznają taką samą sekwencję w obrębie DNA i dokonują cięcia w tym samym miejscu sekwencji

wybierz cechy genomu prokariotycznego

• genom kolisty

• obecność plazmidów

• obecność operonów

• przewaga kodującego DNA

inicjatorem polimeryzacji żelu poliakrylamidowego jest

nadsiarczan amonu APS

zdanie prawdziwe o elektroforezie poliakrylamidowej

• rozdział produktów PCR prowadzony jest wertykalnie

• usieciowanie żelu zależy od stężenia akrylamidu i bisakrylamidu

prawdą jest, że w reakcji PCR:

możemy powielić in vitro wybrany fragment DNA lub RNA

Podczas reakcji PCR właściwym enzymatycznym etapem jest:

Elongacja

W trakcie reakcji PCR amplifikacja w kilku probówkach próbek z identycznie przygotowanymi odczynnikami i podobnie przygotowanymi, ale różnymi matrycami to:

powtórzenie biologiczne

Amplifikacja podczas reakcji PCR jest możliwa dzięki zastosowaniu

Polimerazy DNA zależnej od DNA

Na elektroforegramie z rozdziału w 1% żelu agarozowym stwierdzono obecność 2 prążków. Świadczy to o obecności

Dobrej jakości RNA -> 2 prążki

Zdegradowanego DNA -> smuga Zdegradowanego RNA -> smuga Dobrej jakości DNA -> 1 prążek

Promotor w operonie laktozowym odpowiada za

przyłączenie polimerazy RNA

Uzupełnij zdanie podkreślając wyrazy tak, aby utworzyły informację prawdziwą dotyczącą represji

Przy niskim stężeniu glukozy stężenie cAMP jest niskie/wysokie białko CAP jest aktywne/nieaktywne a operator laktozowy włączony/wуłączony i transkrypcja genów struktury zachodzi/nie zachodzi.

Jest w 2 grupie Wysokie stężenie glukozy

Zastosowanie proteinazy K podczas ekstrakcji DNA powoduje dezintegrację:

enzymatyczna

Atenuacja to mechanizm wspomagający działanie operonu:

Tryptofanowego

Przyporządkuj zasady azotowe do pirymidym bądź puryn. (zamiat T jest U w innej grupie)

Puryny: Adenina Guanina Pirymidymy: Tymina Cytozyna

Opis gdzie zachodzi hiperfenotypowość i zmiana mutacyjna

duplikacja

Wybierz wyrazy dobre dla genomu prokarioty

ciągły nieciągły liniowy kolisty dominują sekwencje kodujące dominują sekwencje niekodujące

Toluen jakie pH do RNA

4,5 - 6,0 pH

Enzym restrykcyjny będący neoschizomerem to enzym, który:

• rozpoznaje tę samą sekwencję DNA, co inny enzym (czyli ma takie samo miejsce cięcia jak jego "rodzic"),

• ale tnie ją w innym miejscu – różni się miejscem przecięcia nici DNA.

Które z tych cech charakteryzują genom organizmu eukariotycznego

• zawiera monocistromowe mRNA

• genom liniowy

• dominują sekwencje niekodujące

Fenol jakie powinien mieć pH do DNA

8

Co degraduje komórkę i usuwa aktywność RNAz

izotiocyjanian guaniny

Co mierzy się falą o długości 280 nm (otwarte)

Białko

Ten pcr z akrylamidem jest pionowy czy poziomy i jaki barwnik

pionowa AgNO3

Metody ilościowe które

wszystkie;

• qPCR b) pomiar absorbancji światła w UV

• pomiar przy pomocy fluorymetru i systemów barwnikowych

Co oznacza wartość 1 w skali RIN

Zdegradowane RNA

Jakie jony są wykorzystywane w klasycznym PCR

Mg2+

W jakim kierunku zachodzi reakcja syntezy:

5’ do 3’

Jaka próba służy do oceny czystości odczynników i matrycy

kontrola ujemna to do sprawdzenia

Jakie Metody wykorzystują nośnik i mają etap elucji DNA

• kolumienkowa

• z chloroformem i czymś

Bufor sol QB z detergentem który służy do zniszczenia

• lipidów

• białek

podczas pomiaru spektrofotometrycznego ekstraktu DNA wartość wskaźnika A260/A230 (2,0-2,2) wynosiła 1,8 świadczy to o

zanieczyszczeniu ekstraktu etanolem, fenolem, guanidyną

etapy ekstrakcji DNA metodą kolumienkową

1. dezintegracja komórek

2. związanie DNA ze złożem kolumny

3. usuwanie zanieczyszczeń ze złoża kolumny

4. elucja DNA

wędrówka kwasu nukleinowego podczas rozdziału elektroforetycznego odbywa się

od katody (-) do anody (+)

zdanie prawdziwe o metodach homogenizacji

w chemicznej metodzie homogenizacji stosujemy sole chaotropowe guanidyny

co nie wymaga homogenizacji mechanicznej podczas ekstrakcji DNA

• krew pełna

• hodowla komórkowa

• płyn mózgowo-rdzeniowy

promotor w operonie laktozowym odpowiada za

przyłączenie polimerazy RNA

zalety elektroforezy agarozowej

• jest bezpieczna (bez toksycznego akrylamidu)

• łatwość sporządzania żelu i wykonania metody

• analiza cząsteczek o różnej wielkości

• precyzyjne rozdzielenie DNA/RNA

• tanie

bufor obciążający - 3 powody czemu

• zwiększenie gęstości próbki

• śledzenie postępu elektroforezy - zabarwienie

• stabilizacja próbki (odpowiednie warunki)

kosmidy można znaleźć u

drożdży

chromidy to plazmidy z

niezbędnymi genami

wykonano analizę 5 genów techniką PCR dla 3 pacjentów w 3 powtórzeniach technicznych - ile miksów reakcyjnych trzeba przygotować

25 = miks na każdy z 5 genów u każdego pacjenta (3) + miks na kontrole ( + i -) do każdego genu 5×3 + 10 = 15+10 = 25

wykonano analizę 5 genów techniką PCR dla 3 pacjentów w 3 powtórzeniach technicznych - jakimi składnikami będą różnić się te mieszaniny reakcyjne

starterami i matrycą - pacjentem

wykonano analizę 5 genów techniką PCR dla 3 pacjentów w 3 powtórzeniach technicznych - ile dołków reakcyjnych zajmie cała analiza

55

3 pacjentów x 3 powtórzenia techniczne (na pacjenta) x 5 genów + kontrole (+ i - ) na każdy gen 5 × 2 dołki

45 od pacjentów + 10 kontrole = 55 dołków

nieprawidłowe w odniesieniu do reakcji RT-PCR jest zdanie

bufor stanowiący element mieszaniny reakcyjnej zawiera jedynie MnCl2

podczas reakcji RTq-PCR można dokonać oceny ekspresji metodą swoistą i nieswoistą. Ocena swoista wymaga użycia i przygotowania miksu reakcyjnego

sondy TaqMan

dokonujemy analizy 5 genów u 8 pacjentów, ile mieszanin należy przygotować

5×8 + kontrole 5×2 = 40+10 = 50

podczas projektowania straterów wybrano parę sekwencji, których miejsca wiązania to odpowiednio F 351-370nt R 881-900nt jaka będzie wielkość amplimeru uzyskanego w tej reakcji

550

cel stosowania kontroli ujemnej w analizie techniką RT-qPCR

celem jest potwierdzenie wiarygodności wyników dokładności przeprowadzonej reakcji w celu wyeliminowania podejrzenia kontaminacji

jeżeli sekwencja w DNA to ATC GCG TAT to antykodon

AUC GCG UAU

mRNA'; UAG CGC AUA

do każdej z polimeraz dobierz informacje

• polimeraza RNA I - jąderko, geny 28S RNA

• polimeraza RNA II - nukleoplazma, geny mRNA, geny SnRNA

• polimeraza RNA III - nukleoplazma, geny 5S rRNA, geny tRNA

podczas ekstrakcji RNA metodą fenolowo-chloroformową oczyszczenia osadu kwasu nukleinowego dokonujemy

etanolem 75%

proces interferencji RNA

• polega na zahamowaniu ekspresji docelowego genu przez małe niekodujące cząsteczki RNA

• może być wywoływany przez miRNA lub siRNA

szlak biogenezy miRNA to

szlak kanoniczny i niekanoniczny

siRNA powstaje w wyniku

cięcia liniowego prekursora RNA

jedną ze strategii regulacji ekspresji genów - strategia antysensowna

zazwyczaj stosowana do zahamowania translacji zsyntetyzowanego już mRNA

działanie mikromacierzy DNA opiera się na tradycyjnych technikach hybrydyzacyjnych używanych do analizy ekspresji genów w komórce

prawda

polimerazy prokariotyczne - DNA I, II, III oraz RNA podjednostki

alfa, beta, sigma

eukariotyczne polimerazy DNA, RNA I, II, III podjednostki

alfa, beta, sigma

tranzycja to

pirymidyna na inną pirymidynę, puryna na inną purynę

transwersja

puryna na pirymidynę

SYBRgreen ocenia ekspresję

nieswoistą

reakcja RT-qPCR to

ilościowa reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją

etapy RTq-PCR w kolejności

1. odwrotna transkrypcja

2. denaturacja

3. aktywacja reakcji PCR

4. hybrydyzacja starterów'

5. elongacja

6. końcowe wydłużanie

proces transkrypcji przeprowadza

polimeraza RNA zależna od DNA

transkrypcja to

wytworzenie mRNA, rRNA, tRNA na matrycy DNA

cząsteczka tRNA posiada na końcu 3’

ramię akceptorowe

cel stosowania kontroli dodatniej w RTq-PCR

weryfikacja efektywności procesu

dokonujemy analizy 3 genów u 5 pacjentów - ile mieszanin trzeba przygotować

3

antykodon to

ta sama sekwencja co DNA tylko T → U

proces interferencji RNA iRNA polega na

zahamowaniu ekspresji docelowego genu przez małe niekodujące cząsteczki RNA

miRNA to

wszystkie odpowiedzi:

• małe cząsteczki RNA

• niekodujące cząsteczki RNA

• jednoniciowe cząsteczki RNA

cząsteczki siRNA

wszystkie prawidłowe:

• krótkie, dwuniciowe odcinki RNA

• główne cząsteczki efektorowe interferencji RNA

• prowadzą do specyficznej degradacji mRNA

jedna ze strategii regulacji ekspresji genów - strategia antygenowa

polega na oddziaływaniu ASO z komplementarnym fragmentem dwuniciowej cząsteczki DNA i zahamowaniu powstawania transkryptu mRNA

technika mikromacierzy umożliwia analizowanie ekspresji tysięcy genów

prawda