Biochemie - deel II: Aminozuren

alle aminozuren behalve… hebben een chiraal koolstofatoom:

glycine heeft geen chiraal koolstofatoom, het heeft twee waterstoffen

eigenschap proline

proline is een cyclisch iminozuur en beperkt de flexibiliteit in de peptideketen

Aminozuren zijn zwitterionen, wat houdt dat in?

synoniem: dipolaire ionen

moleculen die zowel als zuur (carboxylgroep) als als base (aminogroep) kunnen optreden

hydrofoob effect in eiwitten:

apolaire moleculen zullen in een waterig solvent meer naar de binnenkant van het eiwit gericht zijn, terwijl de polaire AZ naar het water gericht zullen zijn

eigenschap tyrosine en tryptofaan

beiden hebben een aromatische ring, beiden hebben een karakteristiek absorptie-maximum bij een golflengte van 280nm

eigenschap cysteïne

cysteïne heeft een polaire thiolgroep en kan een disulfidebrug vormen (covalente S-S verbinding)

welke stereo-isomere vorm van AZ komt er voor in eiwitten?

De L-vorm

Wat zijn ongewone aminozuren?

derivaten van aminozuren, dit zijn aminozuren die na translatie gemodificeerd worden in hun zijketens, de modificatie houdt het toevoegen van een extra functionele groep (OH, fosfaat, methyl, carboxyl) in

Wat zijn niet-essentiële AZ?

Aminozuren waarvoor een individu een biosynthetisch apparaat bezit, en het AZ dus volledig zelf kan aanmaken door de omzetting van suikers en van stikstofhoudende verbindingen

Wat zijn essentiële AZ?

AZ die een organisme niet zelf kan aanmaken en dus moet opnemen via de voeding

Wat is een peptide

een keten van aminozuren

soort binding tussen aminozuren

peptidebinding= amidebinding tussen aminogroep van AZ1 en carboxylgroep van AZ2

dit is een partieel dubbele binding en dus een zeer starre binding

de binding wordt gevormd via een condensatiereactie

Wat zijn geconjugeerde eiwitten?

Eiwitten die een extra niet-aminozuur groep bevatten. Deze groep noemt men de prosthetische groep, het is al dan niet covalent-gebonden met het eiwit en het is doorgaans essentieel voor de functie van het eiwit

Hoe noemt men een geconjugeerd eiwit zonder zijn prosthetische groep?

een apoproteïne

wat is de functie van chaperone-eiwitten in de context van eiwitvorming?

Chaperone-eiwitten helpen bij de opvouwing in de secundaire en tertiaire structuur van het eiwit

Wat is de natieve structuur van een eiwit?

de thermodynamisch meest gunstige conformatie van het eiwit onder gegeven omstandigheden, deze conformatie heeft de laagste Gibbs vrije energie en is dus het stabielste

Wat zijn gedenatureerde eiwitten en op welke manieren kan je een eiwit denatureren?

Gedenatureerde eiwitten zijn eiwitten die geheel of gedeeltelijk ontvouwen zijn door het verbreken van zwakke interacties

Denaturatiemethoden:

• verhitting: verstoring van waterstofbruggen

• pH: ionogene interacties verstoord

• ureum, detergentia, organische oplosmiddelen: verstoring van hydrofobe interacties

Wat is ammoniumsulfaatprecipitatie?

een techniek om eiwitten te scheiden op basis van hun oplosbaarheid in aanwezigheid van hoge zoutconcentraties.

Wat is salting in? Hoe kan dit?

het oplossen van eiwitten bij een verhoging van de zoutconcentratie.

De ionen van het zout interageren met de lading van het eiwit, stabiliseren het eiwit→ eiwit lost op

Wat is salting out?

Het verlagen van de oplosbaarheid van eiwitten door een hoge zoutconcentratie.

de oppervlaktelading van ionen is veel groter dan die van eiwitten, ionen zijn dus in staat op watermoleculen te onttrekken van het eiwit, hierdoor krijg je onderlinge interactie tussen de eiwitten → aggregatie → precipitatie

Doel van kolomchromatografie+ soorten:

doel: het opzuiveren van eiwitten, je gaat eiwitten scheiden op basis van verschillende interacties met een bepaalde kolommatrix

soorten:

• ionenuitwisselingschromatografie: scheiding op basis van lading

• affiniteitschromatografie: scheiding op basis van interactie met een bepaald ligand

• gelfiltratie: scheiding op basis van grootte

Wat is gelelektroforese? welke soorten zijn er voor eiwitten? + welke kleur voor detectie

=migratie van moleculen in een elektrisch veld door een gel (de moleculen van de gel zorgen voor een selectie op grootte)

Natieve PAGE= eiwit blijft in zijn originele vorm, scheiding op basis van lading en grootte

SDS-PAGE: eiwit wordt behandeld met SDS (een detergent), scheiding op basis van grootte van het polypeptide

Isoelektric focusing: de gel heeft een stabiele pH-gradiënt dmv polyamfolyten, eiwitten migreren door de gel totdat ze aan pH=pI komen

detectie met Coomassie-blauw

Wat is de ninhydrinetest?

een test waarbij men aminozuren detecteert

wat is de biureetreactie?

een test om de aanwezigheid van peptidebindingen te detecteren

Wat is de Bradford assay

een kwalitatieve bespreking van de eiwitconcentratie: hoe intenser de blauwe kleur van de oplossing, hoe meer eiwit aanwezig

(vnl. arginine en hydrofobe AZ)

wat is het doel van de BCA assay?

het kwalitatief bespreken van de eiwitconcentratie: hoe paarser de oplossing, hoe meer eiwitten aanwezig