Mikrobioloģija - algoritms

Kādi pacienta materiāli minēti bakterioloģiskai izmeklēšanai?

Fēces, urīns, asinis, likvors, krēpas (arī inducētās/BAL), strutas, dažādas iztriepes un citi ķermeņa šķidrumi, piemēram, punktāts, sinoviālais, pleiras un perikarda šķidrums.

Kādi četri diagnostikas pamata jautājumi ārstam jāizvērtē?

Iespējamais izraisītājs; pareizais pacienta materiāls; parauga transportēšana (trauks/barotne, temperatūra, laiks); laboratorijas etaps - kultivēšana, tīrkultūras izdalīšana un identifikācija.

Kādi ir laboratorijas etapa galvenie posmi?

Parauga apstrāde/sagatavošana → kultivēšana un savairošana → tīrkultūras izdalīšana → identifikācija.

Ko var ietvert parauga sagatavošana laboratorijā?

Piemēram, DNS izdalīšanu un materiāla apstrādi/sagatavošanu.

Cik ilgi var ilgt materiāla kultivēšana un savairošana?

24-48-72 stundas atkarībā no mikroorganisma un metodes.

Kādas barotnes lekcijā minētas enterobaktērijām?

MacConkey, Levina, Endo, bismuta sulfīta, Kliglera un Simonsa barotnes.

Kādas barotnes lekcijā minētas patogēnajiem kokiem?

Olas dzeltenuma-sāls agars, mannitola-sāls agars, asins agars un šokolādes agars.

Kāds ir primārās kultivēšanas standarta princips nezināmam mikroorganismam?

Izmantot barotni no katras nepieciešamās grupas, lai radītu atbilstošu vidi iespējamajam nezināmajam mikroorganismam.

Kādas primārās barotņu grupas minētas nezināma m/o kultivēšanai?

Asins agars un/vai šokolādes agars, enterobaktēriju barotne un, ja nepieciešams, sēņu barotne.

Kāds selektīvas/speciālas barotnes piemērs minēts lekcijā?

Hromagars.

Kādas mikroorganismu identifikācijas pieejas minētas vispārējā algoritmā?

Mikroskopija, bioķīmiskās metodes (API, VITEK), serotipa noteikšana, molekulārie testi un antibiotiku jutības noteikšana.

Kā transportē fēces sterilā konteinerā ar lāpstiņu?

1-2 h istabas temperatūrā vai līdz 24 h pie 2-8 °C.

Kādās transportbarotnēs var pārnest fēces?

Amies vai Cary-Blair.

Cik ilgi fēces var transportēt Amies vai Cary-Blair istabas temperatūrā?

Līdz 24 h.

Cik ilgi fēces var transportēt Amies vai Cary-Blair pie 2-8 °C?

Līdz 72 h.

Kā fēces transportē molekulāriem izmeklējumiem?

Tikai sterilā konteinerā; līdz 48 h pie 2-8 °C.

Kā iegūst nokasījumu no perianālajām krokām?

Ar lipīgās lentes metodi (Graham testu) vai speciālu stobriņu ar vates tamponu.

Kā pacients jāsagatavo urīna parauga paņemšanai?

Jāapmazgājas un jāsavāc urīna vidējā porcija.

Kā transportē urīnu sterilā konteinerā bez konservanta?

Laboratorijā jānogādā 1-2 h laikā.

Cik ilgi urīnu ar konservantu var glabāt/transportēt istabas temperatūrā?

Līdz 24 h.

Cik ilgi urīnu ar konservantu var glabāt/transportēt 2-8 °C?

Līdz 72 h.

No kurienes nedrīkst savākt urīnu bakterioloģiskam uzsējumam?

No šībera, poda vai urīna maisa.

Kā pareizi paņem strutu paraugu?

Dezinficē ņemšanas vietu; aspirē ar adatu un šļirci vai paņem ar tamponu; ja nepieciešams, virspusējos audus noņem ar skalpeli vai tamponu.

Kā transportē strutas?

Sterilā konteinerā/stobriņā; 1-2 h istabas temperatūrā vai līdz 24 h pie 2-8 °C.

Kādas augšējo elpceļu iztriepes vietas minētas?

Abas nāsis un rīkles mutes daļa, nazofaringeālā un rīkles/mutes iztriepe.

Kas svarīgi, ņemot iztriepi vīrusu diagnostikai?

Censties savākt epitēlija šūnas ar rotējošām kustībām.

Kas jādara pirms deguna/nazofaringeālās iztriepes?

Jāiztīra deguns no gļotām un citiem izdalījumiem.

Kādu transportbarotni izmanto bakterioloģiskām iztriepēm?

Amies.

Kādu transportvidi izmanto vīrusiem un molekulārajiem testiem?

Šķidro vīrusu UTM (Universal Transport Media).

Cik ilgi iztriepi var transportēt istabas temperatūrā?

Līdz 24 h.

Cik ilgi iztriepi var transportēt 2-8 °C?

Līdz 72 h.

No kurienes jāņem iztriepe, ja ir bojājums, eksudāts vai izčūlojums?

No paša bojājuma, eksudāta vai izčūlojuma vietas.

No kurienes ņem materiālu difterijas gadījumā?

No robežas starp veselajiem un bojātajiem audiem.

Kad vislabāk paņemt asinis bakterioloģiskai izmeklēšanai?

Pirms antibiotiku terapijas uzsākšanas, drudža laikā.

Kas jādezinficē pirms asins kultūras paņemšanas?

Punkcijas vieta un pudeles vāciņš.

Kā transportē asinis bakterioloģiskai izmeklēšanai?

Speciālās pudelēs/barotnēs un uzreiz nogādā laboratorijā.

Ko nedrīkst darīt ar asinīm, ievietojot tās hemokultūras pudelē?

Nedrīkst asinis pārliet pudelē no šļirces.

Kā notiek tālākā mikroorganismu kultivēšana no asinīm?

Automatizēti; pozitīvās pudeles pārsēj uz barotnēm mikroorganismu pavairošanai.

Kam izmanto asins serumu/plazmu infekciju diagnostikā?

Antivielu (īpaši IgG, IgM, IgA) un antigēnu noteikšanai; kā papildus diagnozi apstiprinošu testu.

Kāda metode minēta antigēnu/antivielu noteikšanai serumā?

ELISA.

Kad jāpaņem likvors pēc lekcijas?

Ne vēlāk par 7. slimības dienu.

Kurās starpskriemeļu telpās veic lumbālpunkciju?

L3-L4, L4-L5 vai L5-S1.

Kā transportē likvoru bakterioloģiskai izmeklēšanai?

Sterilā konteinerā/stobriņā un nekavējoties nogādā laboratorijā - CITO.

Vai bakterioloģiskam izmeklējumam paredzētu likvoru drīkst likt ledusskapī?

Nē.

Kur var ievietot likvoru, ja nepieciešams pirms bakterioloģiskās izmeklēšanas?

Termostatā.

Kādiem likvora izmeklējumiem lekcijā minēts izņēmums, kad to drīkst atdzesēt vai sasaldēt?

Klīniskajiem izmeklējumiem un parazitoloģijai.

Kad vislabāk paņemt krēpas?

No rīta pēc mutes higiēnas.

Ko nedrīkst piejaukt kvalitatīvam krēpu paraugam?

Siekalas un deguna sekrētus.

Kā transportē krēpas?

Sterilā konteinerā/stobriņā, vēlams pēc iespējas ātrāk; 1-2 h istabas temperatūrā vai pie 2-8 °C.

Kādi krēpu izmeklējumi ir izņēmums un ļauj ilgāku uzglabāšanu ledusskapī?

TB un molekulārie testi.

Kāds ir E. coli diagnostikas algoritms kopumā?

Materiāls → transports → kultivēšana MacConkey/Levina 24-48 h pie 37 °C → kustīgums/KIA → Gram krāsojums → API/VITEK2 → seroidentifikācija → MALDI-TOF/PCR → antibiotiku jutība.

Kādus materiālus izmanto E. coli diagnostikai?

Strutas, krēpas, likvoru, urīnu, fēces un asinis.

Kā transportē E. coli materiālus?

Amies; sterils konteiners; Urotube urīnam; Cary-Blair fēcēm/rektālai iztriepei; BacTec asinīm; shēmā 2 h vai līdz 24 h pie 2-8 °C.

Uz kādām barotnēm kultivē E. coli?

MacConkey un Levina agarā 24-48 h pie 37 °C.

Kā E. coli izskatās MacConkey agarā?

Laktozes fermentācijas dēļ kolonijas kļūst iesārtas.

Kā E. coli izskatās Levina agarā?

Laktozes fermentācijas dēļ kolonijas kļūst zaļganas ar metālisku spīdumu.

Kāds ir E. coli kustīguma tests?

Pozitīvs; pusšķidrajā barotnē rodas saduļķojums.

Kāds ir E. coli KIA rezultāts?

Dzeltena barotne, jo fermentē glikozi un laktozi; var veidoties gāze.

Kā E. coli izskatās Grama krāsojumā?

Rozā Gram-negatīvas nūjiņas.

Kādas bioķīmiskās sistēmas izmanto E. coli identifikācijai?

API un VITEK2.

Kāpēc E. coli seroidentifikācija ir īpaši nozīmīga?

Patogēno E. coli diagnostikā.

Kā veic E. coli seroidentifikāciju?

Ar lateksa aglutināciju vai aglutināciju uz stikla.

Kādas molekulārās metodes minētas E. coli identifikācijai?

MALDI-TOF un PCR.

Kā nosaka E. coli antibiotiku jutību?

Disku difūzijas metode, E-tests vai VITEK2.

Kāds ir Salmonella spp. diagnostikas algoritms kopumā?

Fēces/rektāla iztriepe/atvemtās masas → Cary-Blair vai sterils konteiners → pavairošanas buljons → MacConkey/Levina/bismuta sulfīta agars 24-48 h pie 37 °C → kustīgums/KIA → Gram → API/VITEK2 → seroidentifikācija → MALDI-TOF/PCR → antibiotiku jutība.

Kādus materiālus izmanto Salmonella diagnostikai?

Fēces, rektālo iztriepi un atvemtās masas.

Kā transportē Salmonella materiālus?

Cary-Blair vai sterilā konteinerā; shēmā 2 h vai līdz 24 h pie 2-8 °C.

Kāda savairošanas vide minēta Salmonella diagnostikā pirms uzsēšanas?

Pavairošanas buljons.

Uz kādām barotnēm kultivē Salmonella?

MacConkey, Levina un bismuta sulfīta agarā 24-48 h pie 37 °C.

Kā Salmonella izskatās MacConkey un Levina agarā?

Laktozi nefermentē, tāpēc pH un koloniju krāsa nemainās.

Kā Salmonella izskatās bismuta sulfīta agarā?

H2S dēļ veido melnas kolonijas ar metālisku spīdumu.

Kāds ir Salmonella kustīguma tests?

Pozitīvs; pusšķidrajā barotnē rodas saduļķojums.

Kāds ir Salmonella KIA rezultāts?

Dzeltena apakša, sarkana augša un melns H2S precipitāts: glikoze+, laktoze−, H2S+.

Kā Salmonella izskatās Grama krāsojumā?

Rozā Gram-negatīvas nūjiņas.

Kādas bioķīmiskās sistēmas izmanto Salmonella identifikācijai?

API un VITEK2.

Kā veic Salmonella seroidentifikāciju?

Lateksa aglutinācija un aglutinācija uz stikla.

Kādas molekulārās metodes minētas Salmonella identifikācijai?

MALDI-TOF un PCR.

Kā nosaka Salmonella antibiotiku jutību?

Disku difūzijas metode, E-tests vai VITEK2.

Kāds ir Staphylococcus spp. diagnostikas algoritms kopumā?

Materiāls → Amies/sterils konteiners/Urotube/BacTec → asins, olas dzeltenuma-sāls un mannitola-sāls agars 24-48 h pie 37 °C → Gram → katalāze → koagulāze → API/VITEK2 → lateksa aglutinācija → MALDI-TOF/PCR → antibiotiku jutība.

Kādus materiālus izmanto Staphylococcus spp. diagnostikai?

Strutas, nazofaringeālu iztriepi, krēpas, likvoru, urīnu un asinis.

Kā transportē Staphylococcus spp. materiālus?

Amies, sterils konteiners, Urotube urīnam, BacTec asinīm; shēmā 2 h vai līdz 24 h pie 2-8 °C.

Uz kādām barotnēm kultivē Staphylococcus spp.?

Asins agarā, olas dzeltenuma-sāls agarā un mannitola-sāls agarā 24-48 h pie 37 °C.

Kā Staphylococcus spp. izskatās Grama krāsojumā?

Violeti Gram-pozitīvi koki vīnogu ķekaros.

Kāds ir Staphylococcus spp. katalāzes tests?

Pozitīvs; H2O2 šķelšanas dēļ veidojas burbuļi.

Kā koagulāzes tests identificē S. aureus?

S. aureus koagulāze sarecina truša plazmu.

Kādas bioķīmiskās sistēmas izmanto stafilokoku identifikācijai?

API un VITEK2.

Ko nosaka S. aureus lateksa aglutinācijā?

A proteīnu.

Kādas molekulārās metodes minētas stafilokoku identifikācijai?

MALDI-TOF un PCR.

Kā nosaka stafilokoku antibiotiku jutību?

Disku difūzijas metode, E-tests vai VITEK2.

Kāda tiešā identifikācija minēta stafilokokiem likvora gadījumā?

Mikroskopēšana un lateksa aglutinācija.

Kāds ir MRSA identifikācijas algoritms shēmā?

CHROM-MRSA un/vai PCR mecA/mecC noteikšanai, kā arī lateksa aglutinācija izmainītā PBP2/PBP2a noteikšanai.

Kāds ir Streptococcus spp. diagnostikas algoritms kopumā?

Materiāls → Amies/sterils konteiners/Urotube/BacTec → asins agars 24-48 h pie 37 °C → Gram → katalāze− → hemolīze → bacitracīns/optihīns pēc vajadzības → API/VITEK2/latekss → MALDI-TOF/PCR → antibiotiku jutība.

Kādus materiālus izmanto Streptococcus spp. diagnostikai?

Strutas, rīkles iztriepi, krēpas, likvoru, urīnu un asinis.

Kā transportē Streptococcus spp. materiālus?

Amies, sterils konteiners, Urotube urīnam, BacTec asinīm; shēmā 2 h vai līdz 24 h pie 2-8 °C.

Uz kādas barotnes kultivē Streptococcus spp.?

Asins agarā 24-48 h pie 37 °C.

Kā Streptococcus spp. izskatās Grama krāsojumā?

Violeti Gram-pozitīvi koki ķēdītēs.

Kāds ir Streptococcus spp. katalāzes tests?

Negatīvs; burbuļošanu nenovēro.

Kā pēc hemolīzes iedala streptokokus?

β - pilnīga hemolīze; α - daļēja; γ - hemolīzes nav.

Kā identificē S. pyogenes starp β hemolītiskiem streptokokiem?

S. pyogenes ir jutīgs pret bacitracīnu.

Kā identificē S. pneumoniae starp α hemolītiskiem streptokokiem?

S. pneumoniae ir jutīgs pret optohīnu.