Kwasy nukleinowe prawie z każdego slajdu

Widełki replikacyjne

Obszar DNA, ulegający otwarciu, żeby rozpocząć replikację DNA

Kiedy powstaje oczko replikacyjne?

Jeśli replikacja przebiega dwukierunkowo

Nić prowadząca jest syntezowana

W sposób ciągły, w kierunku ruchu widełek

Nić opóźniona jest syntezowana

W sposób nieciągły, w kierunku przeciwnym do ruchu widełek

Startery - to

Krótkie odcinki DNA, RNA lub wirusów

Fragmenty Okazaki - to

Fragmenty DNA zaczynające się od starterów, syntezowane w czasie reakcji na opóźnionej nici podwójnej helisy

Etapy replikacji DNA:

Inicjacja, propagacja, terminacja

Inicjacja obejmuje:

Rozpoznanie miejsca początku replikacji w obrębie DNA

Elongacja obejmuje

Procesy związane z działaniem widełek replikacyjnych podczas kopiowania rodzicielskich łańcuchów polinukleotydowych

Terminacja obejmuje

proces kończenia i ostatecznego kompletowania nowych łańcuchów DNA

Replikon - to

Odcinek DNA, który się replikuje jak pojedyncza jedna cząsteczka DNA

OriC ma dwa motywy:

9-nukleotydowy, powtórzony 4 razy, rozproszone powtórzenia w konfiguracjach prostej i odwróconej; 13-nukleotydowy, bogaty w pary A-T, 3 kopie ułożone

Dna A funkcja

Rozplata DNA w miejscu OriC

Dna A gdzie się wiąży?

W obrębie sekwencji bogatych w A-T

Funkcje helikaz:

Dołączanie prymazy DnaG w OriC i inicjacja syntezy fragmentów Okazaki

Dna B funkcja

Rozwijanie dwuniciowego DNA

DNA C funkcja

Wprowadzenie DNA B do kompleksu inicjacyjnego

SSB funkcja

Ochrona i stablizacja jednoniciowego DNA

Do kompleksu preinicjacyjnego wchodzą:

DNA A, DNA B, ssb

Do kompleksu inicjacyjnego wchodzą:

DNA A, DNA B, ssb, DNA G

DNA G (prymaza) - jaką funkcję pełni?

Synteza starterów

Polimeraza DNA III składa się z

holoenzymu i dodatkowych białek

Który enzym wydłuża startery i w jakim keirunku?

Polimeraza DNA 3, 5’-3’

Do którego momentu są wydłużane startery?

Aż polimeraza DNA 3 natrafi na poprzedni fragment Okazaki

Który enzym syntezuje fragmenty Okazaki?

Polimeraza DNA 1

Który enzym prowadzi ligację na nici opóźnionej

Ligaza DNA

DNA polimeraza zależna od DNA:

DNA polimeraza

DNA polimeraza zależna od RNA:

Odwrotna transkryptaza

DNA polimeraza zależna od RNA:

Odwrotna transkryptaza

Która polimeraza nie wymaga matrycy?

Terminalna transferaza

Polimeryzacja DNA

wymaga:

Matrycy, dNTP, startera

Aktywności polimerazy:

Polimeryzacyjna 5’-3’, egzonukleazowa 3’-5’ - zdolność do odcinania nukleotydu 3’, egzonukleazowa 5’-3’ - zdolność do odcinania co najmniej części fragmentów wcześniej dołączonych do matrycy

Polimeraza 1 co robi?

Usuwa startery DNA i syntezuje

Polimeraza 2 co robi?

Naprawia DNA

Polimeraza 1 co robi?

Usuwa startery RNA i jednocześnie uczestniczy w dojrzewaniu fragmentów Okazaki

Rdzeń polimerazy 3 składa się z

podjednostka alfa, epsilon, theta

Polimeraza 3’ składa się z

Rdzeń polimerazy 3 ×2, podjednotska tau x2

Polimeraza 3* składa się z

Polimeraza 3’ i kompleks gamma

Holoenzym składa się z

Polimeraza 3* i podjednostka beta

Który kompleks kontroluje procesywność?

Kompleks gamma

Która podjednostka odpowiada za wiązanie enzymu z DNA?

beta

Topoizomerazy - to

Enzymy katalizujące zmiany konformacyjne DNA

Topoizomerazy w replikacji odpowiadają za

Rozdzielenie kolistych chromosomów po replikacji

Terminacja replikacji u bakterii zachodzi w

Regionie naprzeciw miejsca inicjacji

Jakie sekwencje odpowiadają za terminację?

Ter

Jakie białka wiążą się do sekwencji Ter?

Tus

Różnice między replikacją u bakterii i eukariota

U eukariota: liczne miejsca inicjacji replikacji, dłuższe startery RNA, Krótsze fragmenty Okazaki, więcej polimeraz DNA zaangażowanych w proces replikacji

Jaka nić jest replikowana przez polimerazę delta w eukariotów?

delta

Przez co jest replikowana nić opóźniona u eukariontów?

alfa, delta, epsilon

Jaka polimeraza ma aktywność polimerazy i primazy?

Polimeraza alfa

Telomery co to

Krótkie sekwencje powtórzone bogate w pary GC znajdujące się na końcach chromosomów u człowieka GGGGTTA

Funkcja telomerów

Ochrona DNA przed atakiem nukleaz, ochrona stałej długości cząsteczki DNA, wyznaczanie liczby podziałów komórek

Jaki enzym syntezuje telomery?

Telomeraza

Ile razy w eukariota jest aktywowana replikacja?

Tylko raz w czasie cykłu komórkowego

Inne rodzaje replikacji

Replikacja obracającego się koła, mitochondrialnego DNA

Genom to

Kompletna informacja genetyczna żywego organizmu

Genotyp to

Zespół genów danego osobnika warunkujących jego właściwości dziedziczne

Gen co to

Region DNA, który określa dziedziczoną cechę organizmu

ORF co to

Otwarta ramka odczytu - część sekwencji nukleotydów między otwartą ramką start a kodonem stop

CDS- co to

Sekwencja kodująca

Synteza nici RNA wzóry

(RNA)n+NTP=(RNA)n+1+PPi
PPi+H2O=2Pi

Gdzie zachodzi transkrypcja?

W jądrze

Rodzaje RNA w komórce

tRNA, rRNA, mRNA

Matryczne RNA: Start i Stop kodony translacji

Start kodon: AUG, Stop kodon: UAG, UAA, UGA

mRNA składa się z elementów:

5’ UTR, start kodon, stop kodon, 3’ UTR

Gdzie jest położony 5’ UTR? A 3’ UTR?

Przed i po ORF

Fukcji czapeczki mRNA:

Chroni przed degradacją, umożliwia zainicjowanie syntezy białek

Czapeczka - to nietypowy nukleotyd

7-metyloguanozyny

Poliadenylacja u mRNA polega na

Dodaniu szeregu nukleotydów adeninowych poli(A)

Pierwszy etap ekspresji genów - to

transkrypcja

Transkrypcja - to proces, kiedy

Sekwencja DNA jest kopiowana, żeby stworzyć cząsteczkę RNA

Główny enzym transkrypcyjny - to

Polimeraza RNA

Kiedy rozpoczyna się transkrypcja?

Polimeraza RNA łączy się z sekwencją promotorową na początku genu

Którą nić wykorzystywuje polimeraza RNA?

Matrycową

Transkrypcja kończy się jakim procesem?

Terminacją.

Promotor co to

Sekwencja nukleotydów DNA, do której się wiąże polimeraza RNA

Start transkrypcji jest oznaczany jako

+1

Nukleotydy powyżej sekwencji transkrypcyjnej mają znak

-

Nukleotydy poniżej sekwencji transkrypcyjnej mają znak

+

Ile nukleotydów koduje 1 transkrypt:

Wiele

Nić matrycowa w transkrypcji nosi nazwę

Matrycowa (antysensowna, minusowa)

Nić komplementarna w transkrypcji nosi nazwę

Sensowna, kodująca, plusowa

Czego wymaga transkrypcja?

Obecności rybonukleozydotrifosforanów, matrycy, enzymu

Czego nie wymaga transkrypcja?

Startera

Etapy transkrypcji w bakterii

Rozpoznanie promotora, rozplecenie DNA, rozpoczęcie syntezy RNA, elongacja łańcucha RNA, terminacja

Polimerazy zdolne do syntezy RNA u bakterii:

Polimeraza RNA (transkrypcja), primaza (replikacja)

Holoenzym polimerazy RNA składa się z:

5 podjednostek + czynnik sigma

podjednostki polimerazy RNA:

alfa - pomaga w tworzeniu kompleksu, beta - centrum katalityczne, beta prim - wiązanie z DNA, czynnik sigma - rozpoznawanie promotora, czynnik omega - ulatwia asocjacje czynnika sigma z częścią korową

Jaka podjednostka polimerazy RNA odpowiada za wiązanie nukleotydów?

beta

Promotory prokariotyczne: jakie sekwencje zawierają i o jakich koordynatach

kaseta Pribnowa (-35 nt), kaseta TATA (-10 nt)

Rdzeń polimerazy RNA ma zwiększone powinowactwo do

Specyficznych promotorów

Holoenzym przesuwa się, aż… i to jest kompleks…

Napotka promotor, zamknięty

Rozplecenie DNA nastaje po

Otwarty

Promotor silny a słaby:

Silny kieruje się względnie dużą liczbą efektywnych inicjacji transkrypcji w jednostce czasu, a słaby - małą

Od czego się rozpoczyna synteza RNA?

Od puryny (G, A)

Po udanej incjacji czynnik sigma się oddysocjowuje i tworzy się potrójny kompleks jaki?

rdzeń polimerazy RNA, DNA, powstający RNA

Jak długie jest oczko rozplecionego przez polimerazę RNA DNA?

17 pz

Gdzie zachodzi terminacja transkrypcji?

Na odcinku DNA zwanego terminatorem

Dwa typy terminatorów i jakie ich osobliwości:

Właściwe: RNA uwalniany spontanicznie, Rho- zależne: funkcjonowanie zależy całkowicie od białka Rho

Nić matrycowa DNA, kodująca terminator, zawiera

Odwrócony palindrom