Block 2 - bakteriell tillväxt och genreglering

AHL (Acyl-homoserinlaktone)

En typ av liten, fettlöslig signalmolekyl som ofta används i quorum sensing av gramnegativa bakterier.

Allolaktos

En metabolit av laktos som binder till lac-repressorn och får den att släppa från operatorn, vilket aktiverar lac-operonet.

Alternativa σ-faktorer

Proteiner som hjälper RNA-polymeras att binda till specifika promotorgrupper som svar på miljöförändringar (t.ex. värmestress), vilket ändrar genuttrycket.

Antikodon

En sekvens av tre nukleotider på en tRNA-molekyl som är komplementär till ett kodon på mRNA, vilket säkerställer att rätt aminosyra sätts in.

Autoinducer (AI)

En liten, diffusibel signalmolekyl som produceras av bakterier för quorum sensing. När koncentrationen når en tröskel aktiveras specifika gener.

Autolysiner

Enzymer som selektivt bryter bindningar i den existerande peptidoglykan-cellväggen för att tillåta insättning av nya byggstenar under tillväxt.

Binär fission

Den vanligaste formen av celldelning hos bakterier, där en cell replikerar sitt genom och delas till två identiska dotterceller.

Biofilm

Ett organiserat samhälle av mikroorganismer fästa vid en yta, inbäddade i en egenproducerad skyddande matris av EPS.

CFU (Colony Forming Units)

En måttenhet som används i "viable counting" för att uppskatta antalet levande, odlingsbara bakterier i ett prov. Varje koloni antas härstamma från en enda cell.

Divisom

Ett komplext maskineri av proteiner som samlas vid delningsstället i en bakterie för att genomföra cytokines (celldelning).

eDNA (extracellulärt DNA)

DNA som finns utanför cellerna i biofilmens matris. Det fungerar som ett strukturellt byggmaterial och kan bidra till horisontell genöverföring.

Endosporer

Extremt tåliga, vilande cellformer som bildas av vissa bakterier (t.ex. Bacillus, Clostridium) för att överleva ogynnsamma miljöförhållanden.

EPS (extracellular polymeric substances)

Den skyddande matris som omger bakterier i en biofilm, bestående av polysackarider, proteiner och eDNA.

Fruktkroppar

Flercelliga, svampliknande strukturer som bildas av Myxococcus xanthus under svält. De innehåller myxosporer för spridning.

FtsZ-ring

En ringstruktur bildad av proteinet FtsZ på insidan av cellmembranet som markerar delningsstället och rekryterar divisomen.

Generationstid

Tiden det tar för en bakteriepopulation att fördubbla sitt antal under exponentiell tillväxt.

Heterocyster

Specialiserade celler hos vissa cyanobakterier som utför kvävefixering i en syrefri miljö, skyddade av en tjockare cellvägg.

Hyfer

Trådliknande cellstrukturer som bildas av filamentösa bakterier som Streptomyces.

Kodon

En sekvens av tre nukleotider i mRNA som specificerar en viss aminosyra under proteinsyntesen.

Kopplad transkription och translation

Processen hos prokaryoter där translationen av ett mRNA påbörjas av ribosomer innan transkriptionen av samma mRNA är färdig.

lac-operonet

En grupp gener i E. coli som kodar för enzymer för laktosmetabolism. Uttrycket regleras så att generna endast är aktiva när laktos finns och glukos saknas.

Lag-fas

Den inledande fasen i en tillväxtkurva där bakterier anpassar sig till en ny miljö och syntetiserar nödvändiga enzymer, men ännu inte delar sig.

Log-fas

Den exponentiella tillväxtfasen där cellerna delar sig med en konstant, maximal hastighet.

Min CDE-systemet

Ett proteinsystem som säkerställer att FtsZ-ringen bildas i mitten av cellen genom att proteinet MinC, som hämmar FtsZ, oscillerar mellan cellpolerna.

Myxosporer

Vilande, resistenta sporer som bildas av Myxococcus xanthus inuti fruktkroppar under näringsbrist.

Oligotrof miljö

En näringsfattig miljö, som de flesta naturliga habitat (hav, jord), där bakterietillväxten är begränsad.

Operator (O)

En specifik DNA-sekvens i ett operon (t.ex. lac-operonet) där ett repressorprotein kan binda för att blockera transkription.

oriC

"Origin of replication", den specifika DNA-sekvensen på den bakteriella kromosomen där DNA-replikationen startar.

Persisterceller

Celler i en bakteriepopulation som har stoppat sin tillväxt och därmed blivit toleranta mot antibiotika, vilket kan orsaka kroniska infektioner.

Planktonisk

Beskriver livsstilen hos fritt simmande eller flytande mikroorganismer, i motsats till att leva i en biofilm.

Promotor (P)

En DNA-sekvens där RNA-polymeras binder för att initiera transkription av en gen eller ett operon.

Quorum sensing (QS)

Ett system för kemisk kommunikation som gör att bakterier kan känna av sin populationstäthet och koordinera genuttryck.

Regulon

En grupp av gener eller operoner som styrs gemensamt av en och samma regulator, till exempel en specifik σ-faktor.

Ribosom (70S)

Den typ av ribosom som finns i bakterier, bestående av en 50S och en 30S subenhet. De är ansvariga för proteinsyntes och är en måltavla för vissa antibiotika.

Septum

Den tvärgående skiljevägg av cellmembran och cellvägg som bildas i mitten av en cell under celldelning.

Stationär fas

En fas i tillväxtkurvan där antalet nya celler är lika med antalet döende celler, vilket resulterar i ett konstant totalt cellantal.

Transglykolysering

Ett steg i cellväggssyntesen där nya sockerpolymerer (peptidoglykan-kedjor) fogas in i den existerande cellväggen.

Transkription

Processen där genetisk information från en DNA-sekvens kopieras till en mRNA-molekyl av enzymet RNA-polymeras.

Transpeptidering

Det sista steget i cellväggssyntesen där tvärbindningar skapas mellan peptidkedjorna för att ge peptidoglykanlagret dess styrka och stabilitet.

tRNA (transfer-RNA)

En RNA-molekyl som fungerar som en adapter i proteinsyntesen genom att bära en specifik aminosyra och matcha den med rätt kodon på mRNA via sitt antikodon.

Turbiditet (OD600)

Ett mått på grumligheten i en bakteriekultur, som används för att uppskatta celltätheten genom att mäta hur mycket ljus som sprids.

VBNC (Viable But Not Culturable)

Ett tillstånd där bakterieceller är levande och metaboliskt aktiva men inte kan växa på standardlaboratoriemedier.

β-galaktosidas

Enzymet, kodat av lacZ-genen i lac-operonet, som klyver laktos till glukos och galaktos.