1.1. Daugiaveiksnis fenotipas

Kas daro svarbią įtaką fenotipų pasireiškimui?

Aplinka, bet svarbiausia yrs genetika

Kokių tipų paveldimas ligas lemia genetinė įvairovė?

Monogenines, daugiaveiksnes ir aplinkos veiksnių nulemtas

Monogeninių ligų pvz.:

CIstinė fibrozė, dauno sindromas, pjautuvinė anemija, turnerio sindromas

Daugiaveiksnių ligų pvz.:

Alzhaimeris, širdies ir kraujagyslių ligos, diabetas (2 tipo), uždegiminės žarnyno ligos

Aplinkos veiksnių nulemtų ligų pvz.:

Gripas, hepatitas, vėjaraupiai

Geno variacijų skirtumai gali būti:

Nežalingi, žalingi ir lateniniai

Koks yra nežalingas genomo variacijos skirtumas?

Fenotipo pokytis

Kokie yra žalingi genomo variacijos skirtumai?

1 tipo diabetas, vėžys, širdies ligos, hemofilija, Hantingtono liga

Kas yra latentiniai genomo variacijos skirtumai?

Kai variacija randama koduojančiuose ar reguliaciniuose genomo regionuose nėra žalinga, tačiau sąveikoje su kitais veiksniais ji tampa žaliga, pvz. Plaučių vėžys ir rūkymas

Kas yra mutacija?

Geno pakitimas lemiantis ligos pasireiškimą

Koks yra mutacijų paveldimumas?

Paremtas Mendelio dėsniais

Mutacijų dažnumas populiacijose:

Retos (<1%)

Kas yra polimorfizmai?

Geno sekos variantai, kurie lemia padidėjusią riziką susirgti tam tikra liga, bet tiesiogiai ligos nesukelia

Koks polimorfizmų paveldimumas?

Paveldimumo forma nėra aiški

Koks polimorfizmų dažnumas?

Dažnos populiacijose (>5%)

Kokia yra mutacijų ir polimorfizmų vystymosi eiga?

Naujos mutacijos atsiradimas → Reto alelio išlikimas → Alelio dažnio didėjimas plečiantis populiacijai → Naujas alelis įsitvirtina populiacijoje kaip naujas polimorfizmas

Ką reiškia g arba c prieš DNR?

g - genominė DNR; c - komplementari DNR

Kas yra genominė DNR?

Visa mūsų ląstelių DNR - genai, pasikartojanti DNR, reguliuojančios sekos ir t.t.

Kas yra komplementari DNR?

DNR, kuri susidaro atvirkštinės transkripcijos metu, t.y. koduojanti DNR

Kaip žymimi nukleotidai (numeriukais)?

Startinio kodono ATG nukleotidas A žymimas +1. Kita bazė +2. Priešinga kryptimi bazės žymimos su minuso ženklu. 0 nenaudojamas

Kaip žymimas nukleotidų pakitimas?

Pirma rašomas normalus nukleotidas, tad jo numeris, ženklas “>” ir tuomet pakitusi bazė

Kaip žymimos delecijos?

del

Kaip žymimos insercijos?

ins

Kaip klasifikuojami polimorfizmai?

Esantys baltymus nekoduojančiose sekose ir esantys koduojančiose sekose

Kur būna polimorfizmai esantys baltymus nekoduojančiose sekose?

Promotoriuose;

5’ UTR arba 3’ UTR

Intronuose

Tarpgeniniuose regionuose

Pseudogenuose

Reguliatoriniuose regionuose

Kas vyksta/kas yra reguliatoriniuose regionuose?

Splaisingas

Transkripcijos reguliacija

Transliacijos reguliacija

Reguliatorinių miRNR raikinių vietos

Transkripcijos reguliacijos vieta:

Promoteriaus ir transkripcijos faktoriaus prisijungimo vieta

Transliacijos reguliacijoje yra:

Iniciacija ar terminacija

Koki polimorfizmai koduojančiose sekose?

Sininiminiai ir nesinoniminiai

Sinoniminiai polimorfizmai yra…

Kuomet bazės pakeitimas nepakeičia amino rūgšties

Nesinoniminiai polimorfizmai yra…

Kuomet bazės pakeitimas pakeičia amino rūgštį

Kur polimorfizmų tyrimia/jie patys panaudojami gyvenime?

Identifikuojant žmones bei teismo medicinoje

Ligų genetiniuose tyrimuose

Kilmės ir giminystės ryšių nustatyme

Audinių bei kraujo tipizavime prieš persodinimą/perpylimą

Farmakogenomikoje ir personalinėje medicinoje

Kokios yra genetinės įvairovės formos?

Insercijos ar delecijos (mikro-, minisatelitai)

Vieno nukleotido variantai (SNV)

Kopijų skaičiaus polimorfizmai (CNV)

Kiek proc. genomo variacijos sukelia vieno nukleotido variantas?

90%

Kas yra mikrosatelitai (STRP)?

Trumpos DNR atkarpos (20-200 bp), sudarytos iš viena po kitos pakartotų kelių nukleotidų dydžio sekų

Kas yra minisatelitai (VNTR)?

Pasikartojančios DNR atkarpos (10-100 bp), sudarytos iš 17-40 bp pasikartojimų

Kodėl rekombinacijos etapai yra universalūs visiems gyviems organizmams?

Nes ląstelės rekombinacinė struktūra yra gana konservatyvi

Kokie yra pagrindiniai universalūs rekombinacijos etapai?

Trūkių atsiradimas DNR molekulėse;

Viengrandžių DNR fragmentų susidarymas;

Heteroduplekso (hibridinio DNR fragmento) susiformavimas;

Geno konversija ir/ar krosingoveris

Kas yra genetinė rekombinacija?

Nukleorūgščių molekulių tarpusavio sąveika, kurios metu kiekybiškai arba kokybiškai pakinta jose esanti genetinė informacija

Kas yra vadinama nerekombinaciniais genotipais?

Iš tėvų paveldėti genotipai

Kur dažniau vyksta rekombinacija?

Tarp lokusų, kurie yra toli nutolę vienas nuo kito palyginus su lokusais, esančiais arti

Kas sudaroma remiantis rekombinacijų dažnio informacija?

Genolapiai - apskaičiuojama kiek rekombinacijų įvyko tarp lokusų palikuonyse palyginus su tėvais

Koks yra rekombinacijos dažnis?

Du chromosomoje esantys genai, turintys 1% krosingoverio tikimybę vienoje kartoje, yra atitolę vienas nuo kito per 1cM atstumą.

Kas sudaro haplotipą?

Genetiniai variantai, kurie genome yra paveldimi kartu (jų neperskiria rekombinacija)

Kur tuli būti haplotipas?

Vienoje chromosomoje ar chromosomos segmente (cis)

Ar haplotipai ir genotipai yra tas pats?

Ne

Ką gali nusakyti genotipų duomenys?

Haplotipus

Kaip vykdomas haplotipų nustatymas?

Vykdomas atliekant variantų paskirstymą kuomet nustatoma, kurie genetiniai variantai yra iš tos pačios chromosomos kopijos (cis), o kurie iš skirtingų kopijų (trans)