Biomol Parcial 2

¿Que parte de la estructura nuclear marca 1 y 2?

1: Heterocromatina 2: Eucromatina

¿Que tratamiento se ha usado?

Digestión con MNasa

Las histonas…

Ninguna de las anteriores son correctas

Cada cadena corresponde a…

A) transcrito B) ADN molde C) ADN codificante

Hemos secuenciado los promotores de unos genes que se coexpresan para buscar secuencias reguladoras y hemos encontrado una...

motivo CArG box (CC(A/T)6GG]

Los genes eucariotas transcritos por la ARN pol II...

Todas son ciertas

Las ARN polimerasas eucariotas...

...tienen subunidades comunes

¿Que RNA pol es responsable de la transcripción de los genes que codifican proteínas?

RNA pol II

La RNA pol I…

Se localiza en el nucléolo

La RNA pol II…

Todas son ciertas

La RNA Pol III…

Los promotores suelen encontrarse dentro de la región codificante

De las ARN polimerasas eucariotas...

Todas son ciertas

Los promotores de la ARN pol II...

La secuencia Inr se encuentra en +1 del inicio de transcripción

El inicio de la transcripción...

Las dos son falsas

El primer complejo proteico que se une al núcleo del promotor (core promoter) es:

Factor general de transcripción TFIID (contiene TBP)

El nucleosoma…

… esta formado por 4 heterodímeros de histonas

Marca que frase es FALSA

Las modificaciones post-tradicionales de la H1 son C-ter

La técnica Hi-C permite estudiar…

… las interacciones de la cromatina a gran distancia

¿En que tejido esperamos que se exprese mas el Gen 1?

Tejido A

Observando los dominios de estas proteínas podemos decir que…

Pertenecen a los complejos de remodelación de histonas

La metilación del ADN 5mC…

… no es la única modificación posible del ADN

La metilación de Novo del ADN…

… puede estar medida para siRNA

Las modificaciones de las histonas del core mayoritariamente…

… ocurren en el extremo N-terminal

En este perfil de cromosoma, el pico de metilación corresponde a:

Región centromerica i pericentromerica

La acetilación de histonas…

Ninguna es correcta

La fosforilacion de las histonas…

Incorpora grupos fosfato en serinas

La ubiquitinizacion de histonas…

Regula la transcripción de manera opuesta en H2A i H2B

La ubiquitinizacion de histonas…

Regula la transcripción de manera opuesta en H2A i H2B

Cuál es CORRECTA

La metilacion de ADN reconocido por MeCEP2 provocara represión

¿Qué tipo de modificación debe presentar la ARN pol II para activar el complejo de preiniciación (el conjunto de factores de transcripción basales)?

Fosforilacion

¿Qué región reguladora tiene capacidad de activación de la transcripción?

Sobretodo la verde

El complejo basal de la transcripción (o complejo de preiniciación)...

Requiere la TBP para unirse al promotor

La TBP (TATA binding protein)...

Todas son correctas

Durante la pausa después de la iniciación de la transcripción...

Se produce el capping

Durante la elongación se produce una "burbuja" de ADN desapareado que avanza con la síntesis de ARN. Participan...

Las dos primeras son ciertas

La terminación de la transcripción ocurre en la siguiente serie:

corte - poliadenilación- exonucleasa - disociación ARN Pol II

La secuencia de ADN que aumenta la velocidad de iniciación y se puede localizar a miles de bases upstream/downstream (aguas arriba/abajo) es:

Potenciadora/Amplificadora (enhancer)

Los genes sin caja TATA ni Inr...

Todas son correctas

Marca la respuesta CORRECTA: Los factores de transcripción...

Todas son ciertas

Los coactivadores transmiten la señal desde...

...el factor de transcripción que reconoce un potenciador (enhancer) al complejo basal de la transcripción

Los silenciadores unen proteínas...

Las dos son ciertas

En este ensayo, el factor de transcripción tiene un dominio...

De unión ADN en el extremo N- terminal y activación en el extremo C-terminal

En este ensayo (gel de acrilamida hibridado con sonda), la unión al ADN se puede estudiar...

Con EMSA

¿Cuál de estos tres dominios es activador?

B

Marca cuál es FALSA: Los factores de transcripción pueden combinarse para formar fácilmente heterómeros...

… gracias a su unión al ADN

El mRNA…

…se une a proteínas llamadas RBP

El capping del mRNA...

Ocurre en el extremo 5’ con enlace 5’-5’

La metilación durante el capping...

Todas son ciertas

La modificación en el extremo 3' del mRNA...

Está relacionada con la estabilidad del mRNA

Los mRNA eucarióticos...

No siempre tienen intrones y exones

El splicing es un proceso...

...que está relacionado con el transporte del mRNA hacia el citoplasma

El espliceosoma o partícula de corte y empalme...

Todas son ciertas

El espliceosoma o partícula de corte y empalme...

Todas son ciertas

Splicing alternativo...

Todas son ciertas

El pre-rRNA...

Tiene una vida media larga

La maduración del tRNA eucariótico...

Añade grupos metilo a la cadena

La vida media del mRNA...

Se regula por la unión de RBPs

Los mRNA pueden tener una regulación relacionada mediante la formación de complejos de RNP, ¿cuál de los siguientes pasos modulan estos complejos?

Todas son ciertas

Para regular el transporte del mRNA...

El espliceosoma forma el complejo EJC (exon junction complex)

Los elementos reguladores de la vida media de los mRNA...

Principalmente en la región 3’

Los elementos reguladores de la vida media de los mRNA...

Principalmente en la región 3’

Las secuencias IRE...

Unen las IREBP en ausencia de hierro

Para degradar el mRNA...

Los siRNA se alinean perfectamente con la secuencia del mRNA

La deadenilación...

Todas son ciertas

Los Processing bodies (P-bodies)...

Se encuentran en el citoplasma

Respecto al código genético es cierto que:

Ninguna es correcta

Respecto a la traducción, es FALSO que:

La actividad del ribosoma (unión al ARN y catalítica) reside principalmente en las proteínas que forman parte de él

Los ARNt (tRNA) sufren durante su maduración muchas modificaciones de bases, como por ejemplo:

Todas son ciertas

Respecto a las aminoacil-tRNA sintetasas...

...identifican el tRNA que les corresponde por anticodón y su estructura terciaria

En el ribosoma eucariota, es cierto que:

Las proteínas ribosomales forman un túnel por donde saldrá la cadena polipeptídica mientras se sintetiza

Respecto al inicio de la traducción eucariota, es cierto que:

Es la etapa más diferente entre procariotas y eucariotas

Los eEFs...

...son proteínas que controlan la elongación de la traducción

Respecto a los péptidos señal, es FALSO que...

Se encuentran en proteínas que tienen que ir al Golgi, peroxisomas y núcleo

En ausencia del grupo hemo, una quinasa específica de reticulocito se activa y fosforila eIF2. Esto provoca:

Bloqueo de la formación del complejo ternario y por lo tanto de la traducción

Los elementos IRES:

Permiten la regulación de la traducción independientemente de la activación del mRNA

Los pequeños ARN:

Todas son ciertas

Un mRNA con una secuencia IRE en la región 5' UTR:

Reduce la traducción del mRNA cuando hay IREBP unidas

Las chaperonas son proteínas que ayudan al plegamiento de proteínas

Verdadero

El procesamiento postraduccional de las proteínas es irreversible

Falso

La degradación de proteínas en eucariotas es siempre vía ubiquitinación y proteasoma

Falso

La vida media de las proteínas puede estar determinada por la presencia de ciertas secuencias

Verdadero

El proteasoma degrada proteínas monoubiquitinadas

Falso

La ubiquitinación y sumoilación de proteínas se da mediante un conjunto de enzimas llamadas E1, E2 y E3.

Verdadero

La histona H1 en la cromatina...

.. se une al ADN espaciador (linker) por la parte interior para estabilizar, proteger y compactar el nucleosoma.

La técnica genómica Hi-C...

... permite estudiar la estructura tridimensional de la cromatina identificando la proximidad de los Dominos Asociados Topológicamente (TADs).

La acetilación de las colas N-terminales de las histonas...

… neutraliza las cargas positivas de las lisinas, lo que descondensa la cromatina y activa la transcripción

La enzima RNA polimerasa II en eucariotas...

... sintetiza el ARN mensajero (y otros RNA pequeños) y posee un dominio CTD clave que debe fosforilarse para regular la pausa y elongación.

Durante la formación del complejo de preiniciación de la transcripción, la proteína TBP...

... forma parte del factor basal TFIID y se une a la secuencia de la caja TATA en el promotor proximal.

El proceso de "capping" del transcrito primario (mRNA) consiste en...

... la adición de una 7-metilguanosina en el extremo 5' mediante un enlace 5'-ppp-5'.

Los elementos de la cromatina llamados aisladores (insulators)...

... funcionan como fronteras mediadas por proteínas CTCF, separando dominios e impidiendo que el efecto de potenciadores y silenciadores se propague a los genes vecinos.

El complejo enzimático conocido como espliceosoma (spliceosome) se encarga de...

... reconocer el inicio (GU) y el final (AG) de los intrones mediante los snRNA, formando un lazo para eliminarlos del pre-mRNA y acoplar los exones.

A nivel celular, los Cuerpos P (P-bodies) citoplasmáticos...

... son macrocomplejos de represión que acumulan la maquinaria de decaimiento y mRNA para promover su degradación o reprimir temporalmente su traducción.

En el código genético y la traducción, la posición de balanceo (wobble)...

... permite que la primera base del anticodón del ARNt (por ejemplo, mediante la formación de inosina) reconozca múltiples codones distintos en el ARNm.

Durante una situación grave de estrés celular (o apoptosis), los elementos IRES permiten...

... que el ribosoma y algunos factores puedan iniciar la traducción de mRNAs de emergencia de forma totalmente independiente a la activación dependiente del Cap 5'.

En la regulación de la vida media de las proteínas, para que sean degradadas de forma selectiva en el proteasoma, normalmente deben...

... ser previamente poliubiquitinadas mediante una cadena repetida anclada típicamente en la lisina 48 (K48).

En el estudio de la cromatina, ¿cuál es la diferencia clave entre el uso de Nucleasa Microcócica (MNasa) y la DNasa I?

La MNasa corta específicamente el DNA espaciador (linker) para mapear la posición de los nucleosomas, mientras que la DNasa I digiere la cromatina relajada para identificar sitios hipersensibles activos.

En un análisis de epigenética, el tratamiento del DNA con bisulfito permite:

Convertir las citosinas normales (no metiladas) en uracilo, dejando intactas las citosinas metiladas, lo que permite detectarlas tras una secuenciación.

¿Con qué finalidad principal se clona un "gen informador o reportero" (como LacZ o la luciferasa) junto a una secuencia promotora en un plásmido?

Para cuantificar de forma visual o enzimática la actividad de ese promotor y determinar si permite la transcripción.

Durante el inicio de la transcripción, los complejos SAGA y Mediator actúan como coactivadores. ¿Cuál es la función específica del complejo SAGA?

Posee actividad acetiltransferasa que relaja la cromatina en el sitio de inicio, facilitando la acción de la RNA Polimerasa II.

Durante el splicing del pre-mRNA, ¿cómo se identifican de manera precisa las fronteras del intrón a eliminar?

La snRNP U1 reconoce el extremo 5' del intrón (secuencia GU) y la snRNP U2 se une a la adenina del punto de ramificación para formar el lazo.